云南省种公猪精液中乙型脑炎病毒的监测

应用RT-PCR技术开展云南省种公猪精液中乙型脑炎病毒(JEV)感染监测,进而对阳性样品病毒基因扩增产物进行克隆、测序、比对及系统发育分析。从云南省16个地州797份猪精液中检出JEV阳性样品7份,阳性率0.88%。阳性精液样品中的JEV与基因Ⅰ型毒株PrM基因核苷酸序列同源性为97.5%～98.8%,与其他基因型毒株的同源性介于76.9%～89.8%之间,与疫苗毒株(基因Ⅲ型毒株,S19980008)的同源性为89.1%～89.8%。云南省种公猪精液中JEV属于基因Ⅰ型毒株,与人、猪、蚊虫基因Ⅰ型分离毒株遗传关系密切。     

基于E基因的猪乙型脑炎病毒一步法RT-PCR快速检测方法的建立和应用

根据猪乙型脑炎病毒(JEV)E基因保守序列设计了1对引物,建立了检测猪乙型脑炎病毒一步法反转录-聚合酶链(RT-PCR)方法,并对其特异性、敏感性进行了研究。该一步法RT-PCR对JEV扩增结果为阳性,对照毒株扩增结果均为阴性,对JEV检测的灵敏性为10 pg总RNA量。以上结果表明该一步法RT-PCR特异性强、敏感性高、简便、快速,可用于猪乙型脑炎的早期确诊和病毒鉴定。     

流行性乙型脑炎病毒一步法RT-LAMP检测方法的建立

为建立一种简便、快速、灵敏、特异的乙型脑炎病毒(JEV)检测方法,本研究根据GenBank中登录的25株流行性JEV基因组序列,设计3对特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,优化反应体系,建立了一步法反转录-LAMP(RT-LAMP)检测方法。该方法检测时间短,灵敏度比常规RT-PCR方法高,可检测出103TCID50/0.2mL JEV;特异性强,对猪细小病毒、猪圆环病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒等常见猪病毒均无交叉反应。结果判定时只需要在扩增产物中加入SYBR GreenⅠ染料,就可以直接在可见光或紫外光下观察颜色变化。该方法简便快捷,省时省力,是一种适用于基层实验室快速、准确检测流行性JEV的方法。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP快速检测方法的建立

为建立一种快速、灵敏、简便的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）早期检测方法,本研究利用逆转录环介导恒温扩增技术（RT-LAMP）,针对PRRSV的ORF5基因片段设计了4条引物,利用Bst DNA聚合酶在65 ℃恒温条件下进行逆转录扩增,通过1.0%琼脂糖凝胶电泳和加入SYBR Green Ⅰ染料肉眼判断结果,建立了PRRSV RT-LAMP检测方法。结果表明,该检测方法具有良好的特异性,与其他常见病毒如猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒等无交叉反应,较普通RT-PCR灵敏性高100倍。采用RT-LAMP和RT-PCR分别对10份临床样本同时进行检测,符合率为100%。因此,本研究建立的RT-LAMP是一种可适用于临床PRRSV检测的快速、简单、灵敏、特异的检测方法。     

猪流行性腹泻病毒野毒株及弱毒疫苗株RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)野毒株及弱毒疫苗株快速鉴别检测方法,根据Gen Bank中公布的PEDV野毒株及弱毒疫苗株的ORF3基因序列,在缺失区的两端设计合成1对特异性扩增引物,用以特异性的扩增PEDV ORF3基因片段,根据目的片段大小判断PEDV的毒株类型;通过退火温度等反应条件优化,建立了区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR鉴别检测方法。结果显示:所建立的RT-PCR鉴别检测方法能特异性区分PEDV野毒株和弱毒疫苗株;PEDV野毒株扩增出234 bp目的片段,PEDV弱毒疫苗株扩增出185 bp目的片段;与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、A群猪轮状病毒(PRo VA)、猪嵴病毒(PKV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;敏感性试验显示,该方法能检测到病毒滴度为1.3×10~3TCID_(50)/mL。利用该方法对采集自广西部分地区93份临床腹泻样品进行检测,临床腹泻样品中PEDV野毒株阳性率为61.29%(57/93),弱毒株阳性率为5.38%(5/93)。结果表明:该RT-PCR鉴别检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,能快速、准确地区分PEDV自然感染野毒株和弱毒疫苗毒株,为猪流行性腹泻的快速诊断及病原分子鉴别检测研究提供了可供借鉴的技术手段。     

鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株双重RT-PCR检测方法的建立

为建立鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株的检测方法,本研究根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)M、ORF3基因序列,设计合成了2对特异性引物,通过PCR扩增条件的优化,建立了鉴别PEDV野毒株和疫苗株的双重RT-PCR检测方法。特异性试验显示,该检测方法对猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、Salmonella及E.coli等结果均为阴性;敏感性试验显示,所建立的双重PCR检测方法对M基因和ORF3基因的最低有效检测量分别为44.5拷贝/μL和481拷贝/μL。本研究建立的双重RT-PCR检测方法可实现对PEDV野毒和疫苗毒的快速检测,适合于现地猪流行性腹泻的鉴别诊断。     

犬瘟热病毒野毒株与疫苗株鉴别检测RT-LAMP方法的建立

为建立一种鉴别犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的反转录-环介导等温扩增方法(RT-LAMP),本研究通过比对野毒株与疫苗株H基因设计特异性引物,对反应体系中的Mg2+、Betaine、Bst DNA Polymerase、dNTP和反应温度等条件分别进行优化,建立用于鉴别检测CDV野毒株与疫苗株的RT-LAMP。建立的RT-LAMP方法检测CDV野毒株时,在65℃水浴锅中反应40 min即可完成。该方法具有高度特异性,对犬细小病毒、犬腺病毒、狂犬病毒、犬冠状病毒无交叉反应,敏感度可达40 copies/μL,是常规RT-PCR方法的100倍。     

西藏环状病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与应用

西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)为2009年在我国西藏新发现的一种环状病毒属病毒,本研究拟建立TIBOV可视化RT-LAMP检测方法。根据我国分离TIBOV(YNSZ/V290/2019)毒株Seg-9基因的保守序列设计2对特异性引物,并引入1对环引物,通过反应条件优化,建立了可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为：64℃50 min。利用该方法对流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒、阿卡斑病毒、版纳病毒、芒市病毒等虫媒病毒的核酸样品进行检测,仅TIBOV能被检测出,与其他虫媒病毒均无非特异性扩增;灵敏度试验显示该方法的最低可检测限制为18.2拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用建立的RT-LAMP和RT-PCR方法分别对2 596只蠓虫和蚊虫样品核酸进行检测,结果显示,两者阳性检出率分别为3.31%和1.19%,RT-LAMP检出率是RT-PCR的2倍以上。本研究建立的TIBOV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高、快速等优点,为我国开展TIBOV的现场快速检测与流行病学研究提供了有效技术支持。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型RT-LAMP检测方法建立

本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型ORF6基因的6个区域,利用2对引物建立检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的RT-LAMP快速检测方法,该方法具有高灵敏度,高特异性的优点,在2小时左右即可得出结果,其灵敏度与PRRSV荧光RT-PCR检测方法相近,高于普通RT-PCR检测方法。将灭活的猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型培养物作10倍系列稀释,结果显示建立的荧光RT-PCR的检测极限可达10-7,RT-PCR检测方法的检测极限为10-5,RT-LAMP检测方法达到10-8,表明建立的RT-LAMP检测方法非常灵敏,可用于检测猪组织样本中的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒。     

1株猪源基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的分离鉴定及遗传进化分析

乙型脑炎是由日本乙型脑炎病毒引起的急性、自然疫源性蚊媒传播人兽共患传染病。猪是JEV最重要的宿主,监测和预防猪乙脑的发生对于人乙脑的防控具有重要意义。本研究通过RT-PCR、细胞接种、乳鼠脑内接种、电镜观察等方法,从广西某猪场的猪脑组织样品中分离了1株乙型脑炎病毒,命名为GX1209。全基因组测序结果表明,该毒株基因组为10 965 bp。系统进化分析表明该毒株属基因Ⅰ型,与基因Ⅰ型XJ69毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,达到99%,而与SA14、SA14-14-2、P3等Ⅲ型毒株的氨基酸同源性分别为98%、97%、98%。     

检测猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性和经典毒株可视化RT-LAMP方法的建立

猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)是目前影响养猪业的重要病毒之一,国内PRRSV是以美洲型为主,根据致病性的强弱又可分为高致病性(HP)和经典性PRRSV毒株,高致病性PRRSV是引起国内2006年"猪高热病"的主要病原。PRRSV属于条件性致病病毒,对PRRSV感染猪和发病猪的准确、快速检测是采取有效措施的前提和依据。环介导等温扩增技术(LAMP)是一种敏感、快速、操作相对简便的核酸扩增技术,整个反应在单一温度下进行,反应结果可以通过肉眼观察,在动物病原检测方面应用较多。本试验通过GenBank获得了HP-PRRSV和经典PRRSV分离株序列,选择2种毒株共同的保守基因区段,设计了用于检测PRRSV的RT-LAMP引物。通过对反应体系、反应温度、特异性、敏感性等优化,建立了检测PRRSV的RT-LAMP方法。建立的方法总体系为25μL,外引物终浓度为0.20μmol/L、内引物终浓度为1.60μmol/L,63.0℃恒温作用1 h,给反应产物中加入1μL SYBR GreenⅠ,阳性结果呈绿色,紫外光下可见荧光,阴性结果呈橙色,紫外光下无荧光。方法对PRRSV RNA的最低检测质量浓度为9.44×10~(-5) mg/L。用建立的方法对临床送检的19份猪样品(血清和组织)进行检测,与国标(GB/T 27517-2011)的HP-PRRSV和PRRSV双重RT-PCR检测方法进行对比,双重RT-PCR方法检测出6份阳性,RT-LAMP方法检测出8份阳性。本试验建立了检测PRRSV经典毒株和高致病毒株的RT-LAMP方法,为PRRSV的检测提供了可选择的方法。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR方法的建立

为了进行猪流行性腹泻病毒的快速诊断,本研究根据GenBank中登录PEDV E基因设计一对引物,建立了RT-PCR方法,敏感性结果显示,可以检测到8.50×104个拷贝。特异性试验采用该方法对猪伪狂犬病病毒,猪圆环病毒2型,猪瘟病毒,猪繁殖与呼吸综合征病毒,猪轮状病毒等进行,结果表明只有PEDV能扩增出目的条带;利用本方法对现有PEDV阳性病料进行了检测,结果野毒株9份,占64.2%(9/14)。本方法的建立,为PEDV疫情诊断及防控提供了新的技术支撑。     

猪乙脑RT-PCR快速诊断方法的建立

根据猪乙脑病毒SA14-14-2毒株的基因组序列,采用Primer5.0引物设计软件,设计1对乙脑病毒特异性引物,建立了检测猪乙脑病毒的的RT-PCR方法,利用合成的引物对乙型脑炎病毒（JEV）、猪瘟病毒（CSFV）和猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）进行RT-PCR扩增,结果仅JEV能扩增出819bp大小的特异性片段,证实了建立的RT-PCR对乙型脑炎病毒具有较高的特异性。灵敏试验表明,检测JEV的RT-PCR的最小灵敏度能够达到纳克（ng）级别。该方法的建立,对于准确快速检测JEV提供了依据。     

猪流行性腹泻病毒变异毒株与传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法的建立

为建立猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)变异毒株和传统毒株RT-PCR鉴别诊断方法,本研究根据GenBank中PEDV变异毒株(JN381492.1)和传统毒株(JN599150.1)S基因序列,设计两对特异性引物,进行反应条件优化。结果显示:建立的RT-PCR鉴别诊断方法能够特异性区分PEDV变异毒株和传统毒株,能扩增出变异毒株442 bp的目的片段,而传统毒株是270 bp的目的片段,并且与猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒、猪呼肠孤病毒、猪瘟病毒、猪脑心肌炎病毒、轮状病毒均无交叉反应;敏感性结果表明该方法能检测出变异毒株和传统毒株的底限均为4×104 copies;利用该方法对42份临床腹泻样品进行检测,PEDV阳性率为69%(29/42),变异毒株占总PEDV毒株的93.1%(27/29),传统毒株占总PEDV毒株的6.9%(2/29)。该RT-PCR方法为PEDV的病原鉴别诊断和流行病学调查提供了技术手段。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP检测方法的建立

针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因设计了2对特异性引物,建立了快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,并进行了酶切鉴定以及特异性、灵敏性和临床试验确定。酶切鉴定试验结果与RT-LAMP结果完全符合;特异性试验结果表明本研究所建立的RT-LAMP检测方法只针对猪繁殖与呼吸综合征病毒;灵敏度试验结果显示RT-LAMP是RT-PCR方法的100倍;临床试验中RT-LAMP方法的检出率与病毒分离的符合率为100%。本检测方法操作简单,不需要复杂的仪器,是适合基层和现场检测而无需送至诊断实验室的快速灵敏实用的分子生物学检测方法。     

基于PEDV M基因RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

为建立一种快速、灵敏、方便的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)早期诊断方法,本研究针对PEDV的M基因片段设计了4条引物,对反应体系的时间、温度进行了优化,对试验的特异性和敏感性进行了评估,初步建立了逆转录环介导恒温扩增技术(RT-LAMP)。结果表明,建立的PEDV RT-LAMP方法在65℃恒温下扩增60min,可通过琼脂糖凝胶电泳或SYBR Green I染料肉眼判断结果,灵敏性较普通RT-PCR高100倍。该方法与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)等无交叉反应,具有良好的特异性。采用该RT-LAMP对100份临床疑似发病粪便拭子、小肠组织、初乳样本进行检测,结果较RT-PCR更灵敏。因此,本研究初步建立了可用于临床PEDV检测的RT-LAMP检测方法,为PEDV的临床快速诊断和综合防控提供了一种新的手段。     

反转录环介导等温扩增技术快速检测猪水疱病毒方法的建立

为了建立一种针对猪水泡病毒(SVDV)的反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),用于减少猪水泡病与口蹄疫因临床症状相似而造成的误诊,试验针对SVDV VP1基因序列设计4个LAMP引物,其中外侧引物用于SVDV PCR检测,并利用RT-LAMP和RT-PCR方法进行敏感性试验、特异性试验以及临床样品检测。结果表明:针对SVDV的RT-LAMP检测方法的敏感性是RT-PCR的10倍; RT-LAMP方法的特异性良好,与口蹄疫病毒无交叉反应;两种方法对临床样品检测的符合率为100%。说明试验建立的RT-LAMP方法具有敏感性高、特异性强、快速等特点,适合实验室和临床对SVDV的快速诊断。     

猪瘟病毒E0基因检测方法的建立及甘肃河西地区E0基因特征分析

为给甘肃地区猪瘟的防控和检测提供参考资料,本研究根据典型猪瘟病毒的E0基因设计引物,建立猪瘟RT-PCR检测方法,并评估其特异性,同时用该方法检测甘肃河西地区猪瘟的流行状况,通过基因测序分析E0基因序列特征。建立的猪瘟RT-PCR检测方法对猪瘟病毒c DNA检测为阳性,而对其他病毒c DNA检测为阴性,甘肃省河西地区猪瘟流行广泛存在,流行率为26.92%,且流行毒株核苷酸同源性为80.2%~96.3%;氨基酸同源性为73.0%~95.4%。结果表明本研究建立的猪瘟RT-PCR检测方法特异性强,且甘肃河西地区猪瘟的流行毒株E0基因进化高度保守。     

美洲型猪蓝耳病病毒高致病性变异株RT-LAMP检测方法的建立

设计两套反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)引物,建立了检测美洲型猪蓝耳病病毒及其高致病性变异株的RT-LAMP方法。采用RT-LAMP方法与实时荧光RT-PCR方法检测58份病料,结果一致,但RT-LAMP方法的灵敏度大约高出10倍。RT-LAMP方法特异性良好,检测猪瘟、伪狂犬病和细小病毒等均未出现交叉反应。结果表明,建立的美洲型猪蓝耳病病毒及其高致病性变异株RT-LAMP检测方法具有特异、灵敏、高效和简便的特点,在我国猪蓝耳病快速检测领域将有广阔的应用前景。     

猪星状病毒4型SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测猪星状病毒4型(PAstV4)的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,根据已知的猪星状病毒4型序列的ORF1a基因设计了特异性引物,并将扩增片段克隆到pMD19-T载体上;将构建的重组质粒作为标准品建立SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR检测方法,并对建立方法的灵敏性、特异性及重复性进行验证。结果显示,建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法最低检测量为50.3拷贝·μL~(-1),其灵敏度是普通PCR的100倍;与CSFV、PRRSV、PRV、PEDV、PDCoV无交叉反应,特异性较好;建立的标准曲线呈良好的线性关系,相关系数R~2=1.00。应用该方法检测了2018—2019年收集的43份临床样品,阳性率为18.6%。本研究为猪星状病毒4型的临床检测建立了一种快速、灵敏、特异性强的方法。