牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。     

赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.     

4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析

旨在探究4个绵羊品种的多胎性状分子遗传机制,以高山美利奴羊、青海细毛羊、中国美利奴羊和敖汉细毛羊为研究对象,通过分析全基因组测序结果对4个绵羊品种FSHR基因外显子单核苷酸多态性进行筛选,利用专门软件预测单核苷酸多态性对FSHR基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。研究发现,高山美利奴羊、中国美利奴羊、敖汉细毛羊FSHR基因在外显子上分别存在3个SNPs(T904G、C975T、G1572A)、7个SNPs(G149A、G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A)、6个SNPs(G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A),青海细毛羊FSHR基因在外显子上不存在突变位点。生物信息学分析发现,试验所检测到的7个SNPs中T817C、T904G、T1234C导致mRNA的二级结构和最小自由能发生改变,G813A引起最小自由能改变,而未引起mRNA二级结构发生改变,G149A、C975T与G1572A未引起最小自由能与mRNA的二级结构发生改变。5个错义突变位点(G149A、G813A、T904G、C975T、G1572A)均导致编码蛋白质二级结构与三级结构发生改变。     

不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

[目的]揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记.[方法]参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响.[结果]从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T.其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上.Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低.Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致.[结论]在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因mRNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制.     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

大通牦牛TLR2基因SNP位点筛选及生物信息学分析

采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对大通牦牛TLR2基因CDS区的SNP位点进行筛选,估算各SNP位点等位基因频率,并通过生物信息学软件预测突变对TLR2 mRNA和蛋白质结构的影响。结果表明,大通牦牛TLR2基因CDS区存在2个SNP位点,分别为G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A,其中G⁶⁷⁷A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)转变为酪氨酸(Tyr)。生物信息学分析结果表明,G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A位点均降低了mRNA二级结构的稳定性,且蛋白二、三级结构组成也发生了改变。     

苦瓜MAP30基因克隆与单倍型分析

【目的】以揭示苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型为目的,为研究MAP30基因表达调控机制提供参考。【方法】以34份苦瓜初级核心种质为材料,参考苦瓜基因组序列,克隆MAP30基因,利用多种生物信息学软件分析苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型。【结果】苦瓜MAP30基因全长920 bp,包括52 bp的5′-UTR,7 bp的3′-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸。系统进化分析表明:MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白亲缘关系较远,MAP30蛋白在苦瓜属植物中保守性较强。通过比较34份苦瓜种质资源MAP30基因序列,共发现6个SNP位点,第1个SNP位于5′-UTR区,其余5个SNP位于编码区。SNP分组发现:34份苦瓜种质资源MAP30基因共存在3种单倍型。3种单倍型编码的氨基酸序列比对显示:共存在3个氨基酸变异位点,分别是第2位M/V、第69位R/H、第74位N/D,3个氨基酸变异位点分别对应于第2、3、4 SNP位点,第5、6 SNP位点并未引起氨基酸的改变。【结论】本研究克隆了MAP30完整基因结构并分析了MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白的亲缘关系,另外分析了不同苦瓜种质MAP30基因SNP分布情况及单倍型种类。     

贵州黑山羊BMP15基因多态性及生物信息学分析

为探究BMP15在贵州黑山羊上的基因多态性,本研究以102只贵州黑山羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15基因进行SNP多态位点检测。检测结果表明,BMP15存在1个SNP位点在第二外显子6 260 bp处发生C→G突变,通过对其生物信息学分析发现,BMP15基因的等位基因频率、mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构预测在突变前后均有差异,翻译的蛋白质为亲水性的具有跨膜结构的不稳定性蛋白。本研究发现的BMP15基因在第二外显子上的突变,可为今后与性状相关联研究提供理论依据。     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

猪SLA-DRA基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象,利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基因SNP位点,分别为外显子1的A~(177)G,外显子2的A~(3093)C,以及外显子4的A~(4167)G、A~(4246)G、C~(4282)T和G~(4293)A,其中A~(3093)C、A~(4167)G和G~(4293)A为错义突变,分别导致甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu)、谷氨酰胺(Gln)变为精氨酸(Arg)和精氨酸(Arg)变为组氨酸(His)。以3个错义SNP位点为基础,构建了6种DRA单倍型,其中H1、H3和H6为主要单倍型,频率分别为0.25、0.21和0.21。生物信息学分析表明,三个猪种DRA基因单倍型的mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构与野生型均存在一定的差异。研究结果可为八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪的保种和抗病育种提供理论依据。     

三穗鸭IP3R3基因SNP位点鉴定及其对 蛋壳品质的影响

[目的]明确IP3R3对蛋壳性状的效应机制及其在蛋壳品质改良中的应用价值,为开展蛋壳品质改良分子标记育种提供参考依据,也为深入研究IP3R3基因的生物学功能打下基础.[方法]以288羽三穗鸭为研究对象,收集45周龄母鸭生产的鸭蛋,测定蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重;采用DNA直接测序法对三穗鸭IP3R3基因SNP位点进行鉴定,使用SHEsis进行单倍型及连锁不平衡分析,通过RNAfold预测不同单倍型的mRNA二级结构和自由能,并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)对三穗鸭IP3R3基因SNP位点与蛋壳品质进行关联分析.[结果]在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现2个SNPs位点,分别位于第49外显子的g.35195T>C和g.35207G>A,均属于同义突变,且均存在3种基因型,对应的多肽信息含量(PIC)分别为0.330和0.276,属于中度多态位点(0.25C和g.35207G>A位点产生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2个SNPs位点间不存在强的连锁不平衡(D'为1.000,γ2为0.111).2个SNPs位点联合可构建3种单倍型和6种双倍型,优势单倍型H3(TG)的频率为0.495,劣势单倍型H2(TA)的频率为0.208;单倍型H1、H2和H3的mRNA二级结构最小自由能分别为-475.50、-476.50和-476.10 kJ/mol,表明2个SNPs位点的突变能引起基因mRNA二级结构和自由能改变.g.35195T>C和g.35207G>A位点对三穗鸭蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋形指数、蛋重和蛋壳重的影响均未达显著水平(P>0.05,下同);双倍型H1H1个体的蛋壳强度显著高于其他双倍型个体(P<0.05,下同),双倍型H2H2个体的蛋形指数显著低于其他双倍型个体,其他双倍型个体间均无显著差异.[结论]三穗鸭IP3R3基因与蛋壳品质有一定关联性.在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现的2个SNPs位点能引起基因mRNA二级结构和自由能改变,其构建的双倍型可作为主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记用于鸭蛋壳品质改良.     

海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态...     

贵州地方鸡IL8RB基因多态性及其对肉品质的影响

为了挖掘IL8RB基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,以长顺绿壳蛋鸡、黔画乌鸡和威宁鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对IL8RB基因进行SNP筛查,对突变前后序列进行生物信息学分析.结果表明:在3个鸡群体IL8RB基因中共检测到2个错义突变位点,g.22589443 CT突变共产生3种基因型,为中度多态,引起亮氨酸变成丝氨酸;g.22589512 CT突变共产生2种基因型,为低度多态,引起苏氨酸变成甲硫氨酸.卡方(χ~2)检测结果表明:g.22589443 CT位点在长顺绿壳蛋鸡群体的基因型分布极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),在黔画乌鸡和威宁鸡群体基因型分布显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05);g.22589512 CT突变位点在3个鸡群体基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05).连锁不平衡分析结果显示:3个鸡群体IL8RB基因2个SNP位点间不存在强连锁不平衡;2个SNP位点联合共产生3种单倍型和4种双倍型,单倍型H_1和双倍型H_1H_1出现的频率最高,单倍型H_3和双倍型H_2H_2出现的频率最低.生物信息学分析表明:3种单倍型自由能为:TCCCCT,稳定性为:CTCCTC;2个SNP位点引起氨基酸变化但未引起蛋白质二级结构和三级结构变化.IL8RB基因变异与黔画乌鸡肉品质关联性分析发现,双倍型H_1H_1个体的肉色指标显著高于H_1H_3个体(P0.05),其他各SNP位点及双倍型在各指标之间的差异未达到显著水平(P0.05).所检测到的这2个SNP位点或许可作为改善鸡肉品质遗传标记,为今后深入研究提供数据参考和理论支持.     

贵州本地山羊POLRMT 基因启动子区 SNP 的生物信息学分析

为给贵州本地山羊肉质品质选育工作提供更好的科学依据,以贵州白山羊、贵州黑山羊及黔北麻羊为 试验对象,探究肉质相关基因POLRMT 启动子区SNP 位点对肉质品质的影响。通过构建DNA 池筛选出SNP 位点, 并采用多种生物信息学软件预测核心启动子范围、CpG 岛及转录因子。结果表明,POLRMT 基因启动子区存在2 个 SNP 位点,分别为T-81A、T-289C。POLRMT 基因核心启动子范围发生改变,SNP 位点导致部分转录因子结合位点消 失,MethPrimer预测到CpG 岛增加1 个。     

绵羊DIO2基因组织表达及其多态性与产羔数关联分析

[目的]本试验旨在探明Ⅱ型脱碘酶(DIO2)基因在常年发情的小尾寒羊和季节性发情的草地型藏羊中的表达模式,并探讨其多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数之间的关系。[方法]通过荧光定量PCR(qPCR)检测DIO2基因在不同品种绵羊的10种组织中的表达,同时利用SNP技术对3个常年发情绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和3个季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草地型藏羊)的DIO2基因2个SNP位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。[结果]qPCR结果显示,DIO2基因在小尾寒羊和草地型藏羊各组织中广泛表达,其中草地型藏羊下丘脑、垂体、卵巢、子宫和输卵管组织中的表达量显著高于小尾寒羊(P0.05)。基因分型结果表明,绵羊DIO2基因g.88484603GC位点基因型频率和等位基因频率在季节性发情和常年发情绵羊品种间差异均达到极显著水平(P0.01)。群体遗传学分析表明,绵羊DIO2基因g.88484594TC位点在滩羊和策勒黑羊中表现为中度多态(0.25PIC0.5),在其他4个群体中均表现为低度多态(PIC0.25);g.88484603GC位点在这6个绵羊群体中均表现为中度多态(0.25PIC0.5)。卡方适合性检验结果表明,g.88484594TC位点在这6个群体中均处于哈代温伯格不平衡状态(P0.05),g.88484603GC位点在这6个绵羊品种中均处于哈代温伯格平衡状态(P0.05)。生物信息学分析表明,g.88484603GC位点突变前、后的mRNA二级结构发生了改变,而且其最小结构自由能降低,结构稳定性增强,蛋白质二级结构没有发生变化,但三级结构有一些变化。关联分析表明,这2个SNP位点与小尾寒羊前3胎产羔数均无显著关联(P0.05)。[结论]DIO2基因与绵羊的季节性繁殖密切相关,其g.88484603GC位点对绵羊季节性繁殖性状有一定的调控作用。     

奶牛CSF3基因遗传多态性筛查及其生物信息学分析

为探究奶牛集落刺激因子3(CSF3)基因的遗传免疫功能,采用DNA混合池扩增后用直接测序法对奶牛CSF3基因的5个外显子进行单核苷酸多态性(SNP)位点筛选,并采用生物信息学方法对CSF3基因开放阅读框(ORF)区、编码蛋白质信号肽跨膜区、氨基酸理化性质、蛋白质亲/疏水性、mRNA二级结构、蛋白质二级和三级结构进行预测分析。结果显示,奶牛CSF3基因外显子2上存在3个SNP位点,分别为T⁶⁶C、C⁶⁷A、C¹¹⁸A,全部为错义突变,分别导致丝氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)变为组氨酸(His)。mRNA二级结构预测结果表明,T⁶⁶C和C⁶⁷A降低了奶牛CSF3基因mRNA二级结构稳定性,而C¹¹⁸A增大了其稳定性。理化特征分析结果表明,奶牛CSF3基因全长为1 460 bp,共编码195个氨基酸,是一种混合型可溶蛋白,编码产物存在信号肽跨膜区,其二级结构的主要成分为α-螺旋和无规则卷曲。     

三穗鸭ORAI1基因SNPs筛查及生物信息学分析

为探讨钙释放酶激活钙调制器1(ORAI1)与三穗鸭蛋壳品质的相关性,构建三穗鸭DNA混合池,运用PCR扩增和直接测序法对三穗鸭ORAI1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,进而筛选出对三穗鸭蛋壳品质有显著影响的SNPs,同时对三穗鸭ORAI1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果显示,三穗鸭ORAI1基因编码263个氨基酸,组成一种不稳定的亲水性蛋白,蛋白质的二级结构主要由α螺旋、无规卷曲、延伸链和β转角构成;在扩增段共发现3个SNPs,分别是T84C、C188T、A471G,均为同义突变,未造成氨基酸的改变,但引起该基因mRNA二级结构和自由能的变化,并且各突变位点在突变前后等位基因频率存在差异。以上结果提示,ORAI1基因有3个SNPs,可作为改善蛋壳品质分子标记位点的参考。     

海南黑山羊GH1基因nsSNPs功能性预测及生物信息学分析

为了研究海南黑山羊生长性状的分子遗传信息,试验利用GH1基因筛选可能影响海南黑山羊生长性状的功能性突变位点。结果表明在GH1基因外显子1、2、3、4区域共检测到10个SNP位点,有4个错义突变,6个为同义突变。第一外显子350bp处发生的G→A导致氨基酸由原来的甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第二外显子739bp处发生G→A突变导致氨基酸由原来甘氨酸（Gly）变为丝氨酸（Ser）,第三外显子1101bp处发生A→G突变导致氨基酸由原来天冬氨酸（Asp）变为甘氨酸（Gly）,第三外显子1154bp处发生C→T突变导致氨基酸由原来精氨酸（Arg）变为色氨酸（Trp）。利用生物信息学方法对nsSNPs进行功能性预测、并进行mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构进行分析和建模,预测到Exon2-739G→A（G85S）,Exon3-1120G→A（D129G）、Exon3-1154C→T（R147W）3个突变位点属于有害突变,对蛋白功能有较大影响,可能是导致海南黑山羊个体矮小,生长缓慢的功能性SNP。     

鹅生长激素基因外显子SNP检测及与生长性状的关联分析

根据鸭生长激素(GH)基因序列设计5对引物,利用PCR-SSCP方法和测序技术对狮头鹅、皖西白鹅和籽鹅进行单核苷酸多态性(SNP)分析,检测鹅GH外显子序列单核苷多态位点,寻找与生长相关的遗传标记。结果表明:外显子2和4各有2个位点碱基发生突变,分别产生10种和3种基因型。3个群体在外显子2和4位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而品种间,P2位点狮头鹅与籽鹅基因型频率分布差异极显著,P4位点狮头鹅与皖西白鹅和籽鹅基因型频率分布差异极显著,其余品种间基因型频率分布差异不显著。最小二乘分析显示,各周龄体重在各群体中有极显著差异,仅P4位点具有基因型效应,AA型个体各周龄体重高于其他基因型。结果初步表明GH基因的P4位点可作为鹅生长性状的候选遗传标记。     

江口萝卜猪STAT3基因多态性及生物信息学分析

【目的】明确碱基突变对江口萝卜猪STAT3基因mRNA二级结构及其编码蛋白二、三级结构的影响,为更好地开发利用江口萝卜猪种质资源打下基础。【方法】利用江口萝卜猪血样提取基因组DNA构建DNA池,采用混合DNA池结合PCR产物直接测序的方法对STAT3基因进行多态性分析,筛选出SNP多态位点及估算等位基因频率,并进行生物信息学分析。【结果】从江口萝卜猪血样中扩增获得STAT3基因的24个外显子,并筛选出7个SNPs位点,分别是:Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A、Exon5-G~(57)A、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A。其中,Exon2-G~(74)A、Exon4-T~(81)A和Exon5-G~(57)A为同义突变,不改变其编码氨基酸序列;Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A为错义突变,会导致其编码氨基酸发生改变。Exon22-C~(43)A突变后致使最小自由能降低为-755.90 kcal/mol,结构稳定性增强;Exon2-A~(19)C、Exon5-G~(57)A和Exon5-C~(64)A突变均促使最小自由能增加,分别为-754.00、-753.40和-752.60 kcal/mol,且导致m RNA二级结构改变,结构稳定性降低,其中Exon5-G~(57)A突变导致mRNA二级结构完全改变。Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A突变均可导致编码蛋白二、三级结构的改变,具体表现为α-螺旋增加、β-折叠减少,而无规则卷曲除Exon2-A~(19)C突变呈增加趋势外,其他突变均呈减少趋势。其中,Exon2-G~(20)C突变对蛋白二级结构影响最大,而Exon2-A~(19)C突变的影响最小。【结论】从江口萝卜猪STAT3基因的24个外显子上检测出7个SNPs位点,其中Exon2-A~(19)C、Exon2-G~(20)C、Exon5-C~(64)A和Exon22-C~(43)A 4个为错义突变,除了造成编码氨基酸改变外,还导致mRNA及编码蛋白二、三级结构的改变,进而可能对STAT3蛋白的功能造成影响。