青藏高原青稞耐寒种质资源基于SSR标记的遗传多样性及群体结构分析

为了解青藏高原青稞耐寒种质资源的遗传基础,利用SSR标记分析了来自青藏高原地区的71份青稞耐寒育种资源的遗传多样性和群体遗传结构。结果表明,利用从分布于大麦7个连锁群上的200对SSR引物中筛选的48对多态性引物,共检测到230个等位条带,变化范围为1~10个,平均每对SSR引物可检测到4.79个条带。多态性信息含量(PIC)变化范围为0.054 7~0.856 9,平均值为0.489 8。遗传相似系数(GS)的变化范围为0.469~0.924,平均值为0.745。经聚类分析,在GS约0.740处可将71份材料分为五大类,第51、43和14号品种分别聚为A、B和C类,第22、27、39和50号品种聚为D类,其余64个品种聚为E类,其中,第51号品种的穗长(3.8cm)、穗粒数(44.2粒)最低,第43号的单穗小穗数(90个)最高,但千粒重(35.6g)最低,第14号品种的生育期(86d)最短,但穗粒数(69.6粒)最多。此外,群体遗传结构分析表明,71份青稞资源材料可划分为2个亚群。     

大麦种质资源的SSR遗传多样性分析

为研究不同来源大麦品种资源的亲缘关系,利用107对多态性好的SSR引物对不同来源的96份大麦品种资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,107对SSR引物共检测出470个位点,每个引物可检测出2~10个位点,平均每个引物4.4个位点,剔除部分等位性位点,共有319个多态性位点,占总检测位点的67.8%。引物的多态性信息含量PIC最高为0.75,最低为0.04,平均为0.42。聚类结果表明,参试品种的遗传相似系数（GS）分布在0.5480~0.9195之间。在GS值为0.674水平时,可将参试品种聚为4大类,其中42份来自我国不同地区及日本引进的冬大麦品种（系）和另外2份美国引进品种（系）被聚为同一亚类;45份美国引进品种（系）和2份国内品种（系）被聚为同一亚类,即本研究材料的SSR遗传差异主要与材料的来源有关,但也出现了少量材料的交叉分类,说明国内外大麦育种均存在遗传基础较狭窄的问题,需加强外来种质的引进与利用。     

大豆抗旱种质资源遗传多样性的SSR分析

以45份具有不同程度抗旱性的大豆为材料,利用SSR分子标记对这些材料进行分析,选取2个产地、农艺性状差异显著的大豆品种静乐黑滚豆和辽13,对SSR引物进行筛选,从中选择出多态性丰富,带型较好的引物11对.用筛选出的引物对45份大豆种质进行PCR扩增.聚类结果表明:GD=0.41处可将45个大豆品种分成两大类,大部分品种被归为第1类,有31个品种,占总品种数的69%,第2类包含14品种,占总品种数的31%.两个大类又各自细分成不同的亚类群,聚类结果反映出品种间关系与地理起源、表型形态等具有一定的相关性.     

辽宁省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性分析

以30份2007年辽宁省的野生大豆种质资源为材料,利用40对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:18对SSR引物扩增出129个等位变异,平均每个位点等位变异7.22个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.1753~2.1234,平均为1.7285。中部平原半湿润区内的种质数、平均等位变异数和遗传多样性指数最高,其次为东部山地湿润区,西部丘陵半干旱区内分布种质数最少,其平均等位变异数和遗传多样性指数均最低。中部平原半湿润区和东部山地湿润区之间的遗传相似性最高(0.6496),遗传距离最近(0.4314),而西北部平原低丘半湿润区和西部丘陵半干旱区之间的遗传相似性最低(0.4326),遗传距离最远(0.8379)。聚类结果看到SSR分子标记的结果与品种的地理来源没有明显的相关性。     

大麦亲本材料SSR标记遗传多样性及群体结构分析

为探明我国大麦亲本材料的遗传背景和群体结构特点,提高大麦种质材料的利用效率,选用50对多态性好的SSR引物对63份大麦亲本材料进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,50对引物共检测到119个等位变异,平均每个位点的等位变异数为2.38个,变异范围为2~5;平均有效等位变异数为1.75,有效等位变异所占比重为74.16%;Shannon’s信息指数和多态信息含量（PIC）的变幅分别为0.082~1.383和0.031~0.701,平均为0.59和0.308。遗传相似系数（GS）变异范围为0.652~0.990,聚类分析表明63个大麦亲本材料在GS值为0.694水平上聚为3个大类,基于数学模型的群体结构可分为4个亚群。本研究涉及的大部分材料亲缘关系较近,需要引入新种质来拓展亲本的遗传基础。     

青稞种质资源遗传多样性分析与核心种质群体的构建

为有针对性地利用青稞种质资源,收集世界各地青稞种质资源共1 220份,利用95对SSR引物评估其遗传多样性与亲缘关系。结果表明,利用95对SSR引物总共检测到451个等位变异,平均每对引物4.74个,变化范围为1~19。1 220份青稞种质可被划分为A1和A2两个亚群,A1亚群有192份材料,主要为国外青稞种质;A2亚群有1 028份材料,主要为青藏高原地区种质;与A2亚群相比,A1亚群具有较高的遗传多样性和等位变异丰度。分子方差分析和遗传分化分析显示,A1和A2亚群间具有显著的群体分化,群体间遗传差异能解释17.29% 群体方差。构建的青稞核心种质群体包括300个材料,代表了原始群体约98.4%的遗传变异和94.7%以上的表型变异。     

青稞种质资源的SSR标记遗传多样性分析

为了明确青藏高原青稞种质资源的遗传多样性,并为青稞育种提供依据,利用分布于青稞14条染色体长、短臂上的14对SSR引物对来自青藏高原区域内西藏、青海、四川和云南的55份青稞材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,每个位点检测出的等位基因数为2～10个,共检测出总位点数48个,平均3.7个,各多态位点检测出基因型为1～21种,Nei’s基因多样性指数为0～0.4998,平均为0.2921,Shannon信息指数为0～0.6930,平均为0.4461,表明青藏高原青稞种质资源具有丰富的遗传多样性。不同生态区青稞材料在遗传上存在较大的差异,云南参试材料的Nei’s基因多样性指数最高,Shannon信息指数最低,是四个区域中遗传多样性最丰富的地区。聚类分析将材料分为五组,部分材料的来源与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性。     

基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析

利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.105 6;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9。这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平。UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类。群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构。群体1的3个亚群分别是:亚群I由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群II 59份材料中含7份野生大豆资源;亚群III 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292。群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群II包含了6份审定大豆品种。供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流。从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性。     

基于SSR标记的山西野生大豆种质资源遗传多样性分析

分析山西野生大豆资源的遗传多样性和遗传结构有助于了解山西野生大豆起源与进化,为野生大豆优异种质挖掘及资源高效利用等提供理论基础。本研究采用52对SSR分子标记对来自于山西省9个地区32个县市的70份野生大豆资源进行了遗传多样性分析。结果表明:共扩增出450个等位基因,平均每对引物扩增出8.7个等位基因,变幅为3～19。等位基因频率为0.185 7～0.885 7,平均0.421 0;基因遗传多样性指数为0.210 2～0.871 8,平均0.710 0;多态性信息含量为0.201 9～0.858 4,平均0.679 7。将所有供试材料按地理来源分类,并进行遗传多样性分析。结果表明,中部野生大豆资源的平均等位基因数、平均基因多样性指数和平均多态信息含量最高,北部次之,南部最低。而各组的平均主要等位基因频率结果与之相反。基于遗传结构和基于遗传距离的聚类分析都可将试验材料分为3个类群,两种分类结果基本相同。第一类群主要包括山西中部部分资源,第二类群主要包括山西中部部分资源和山西北部资源,第三类群主要包括山西南部资源。聚类结果与地理来源较为一致。山西野生大豆资源遗传多样性较高。中部野生大豆资源的遗传多样性最高,北部资源次之,南部资源最低。推测山西中部和北部曾经发生过种质交流,导致中部资源遗传多样性最高,该区域可能为山西野生大豆的遗传多样性中心。     

32份茶树地方群体种资源的遗传多样性和群体结构分析

选取均匀分布于茶树15个连锁群上的30对SSR引物,对来自12个省份的32份茶树群体种资源进行遗传多样性和群体结构分析,以期为茶树杂交育种亲本选择和演化路线推断提供参考。研究共获得149个等位基因,平均每个SSR标记检测到5.96个等位基因,引物多态性信息含量均值为0.660。32个茶树群体Shannon’s多样性指数范围为0.691～1.089,平均数为0.954;观测杂合度的范围为0.253～0.633,平均数为0.510;期望杂合度范围为0.430～0.653,平均数为0.590。供试茶树群体遗传分化系数(Fst)均值为0.205,遗传分化水平较高。基于Nei’s遗传距离的聚类和群体结构分析结果一致,供试种质可划分为四大类型,具有明显的地域分布规律。     

我国部分蓖麻品种遗传资源SSR分析及DNA指纹图谱

为了解蓖麻品种间的遗传多样性、构建指纹图谱,利用171对SSR及EST-SSR引物对30份国内蓖麻品种和1份法国品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明蓖麻品种间呈中度多态性,平均每位点有2.267个等位基因数,香农指数、期望杂合度和多态性信息含量(PIC)分别为0.553、0.347和0.289。聚类分析显示在相似系数0.730处将31份蓖麻品种分为7个类群,来源于相同育种单位或相同省区的大部分品种聚在一起。另外,利用10对扩增清晰、多态性好的引物构建了31份蓖麻品种的指纹图谱,可用于品种鉴别。     

芸薹根肿菌SSR标记的开发及遗传多样性研究

芸薹根肿菌（Plasmodiophora brassicae）专性寄生于十字花科作物根部引起根肿病，且变异迅速。本研究利用Williams鉴别寄主系统鉴定出32株根肿菌，根据根肿菌基因组序列分析了根肿菌基因组中的简单重复序列（Simple sequence repeats，SSR）的分布特性，并结合SSR标记的开发研究了根肿菌遗传多样性。主要结果如下：从收集自8个省市31个地区的32株根肿菌中，鉴定出2、4、7和11号生理小种；根肿菌基因组存在3 164个SSR，即每7.6 kb存在1个SSR。核苷酸重复类型以2和3为主，分布频率分别为45.92％和53.04％。从62对SSR引物中，筛选出31个多态性标记，多态率50％，平均PIC值为0.407；聚类分析表明，同一地区的根肿菌大多聚类到一起，但同时存在变异。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

本研究从212对SSR标记引物中筛选出48对引物对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

甘蓝型黄籽油菜SSR标记遗传多样性

利用 42对SSR引物对19个甘蓝型黄籽油菜品种(系)进行遗传多样性分析,共检测出336个等位基因,每对引物在不同品系间的等位基因数在2～21之间,平均位点为8个.位点多态性信息含量为0.17～0.85,平均为0.73.对SSR扩增结果进行UPGMA分析,可将19个品种(系)分为4个群体,聚类结果与系谱来源比较一致.并且只需NAS99、NAS98、NAS91及NAS31 4对多态性高的引物即可将19个材料区分开来.     

24份水稻细胞质雄性不育系的SSR多态性分析

利用SSR标记技术对四川省及其它部分省区生产中主要使用的和新育成的24份水稻细胞质雄性不育系材料进行遗传多样性分析,从135对SSR引物中筛选出具有多态性的引物34对,共扩增出77个等位位点,平均每个引物的等位位点数为2.26个;多态信息含量（PIC）变化范围0.080～0.559,平均为0.254。根据24份细胞质雄性不育系的遗传相似系数矩阵做出树状图,聚类分析结果表明,目前在生产中应用的水稻细胞质雄性不育系遗传背景比较单一,不利于充分发挥水稻杂种优势利用潜力。     

基于CDDP与ITS的油茶遗传多样性分析

同时利用CDDP(conserved DNA-derived polymorphism)与ITS(internal transcribed spacer)两种分子标记方法,对江西省17个油茶品种进行遗传多样性分析,旨在为当地油茶品种鉴定和利用提供理论依据.筛选出的17条CDDP引物共扩增出条带204条,其中170条带呈...     

甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构

利用45对SSR(简单序列重复)和5对EST (表达序列标签)-STS（序列标签位点)标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态性比率为95.83％,PIC均值0.519。165份品种在遗传相似系数0.519 0～0.938 0范围内聚类,平均为0.721 4。全部品种多样性指数Shannon（H）0.314 4,Simpson（I）0.470 3。杂交种整体多样性水平要高于常规种,细胞质不育杂交种略高于细胞核不育杂交种。4个生态区域中华东地区所育品种的两种指数最高,分别为0.314 0（H）和0.466 3（I）,西北地区最低,为0.271 1（H）和0.405 9（I）。主成分（PCA）以及群体结构分析均显示细胞核不育杂交种与细胞质不育杂交种两种类型间以及中南与西北区域细胞质不育杂交种间存在遗传差异。165份材料群体结构分为8个组。组Ⅰ中质不育杂交种占50%,核不育杂交种和常规种各占近25%。组Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ基本为细胞质不育杂交种,Ⅲ、Ⅴ、Ⅷ三个组以细胞核不育杂交种为主。在细胞质不育杂交种为主的组中,西北区域与中南区域育成品种存在较明显的遗传差异。细胞核不育类型品种为主的3个组显示出更为复杂的遗传背景。     

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

菌核病是由核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary]侵染寄主植株所引起。对核盘菌分离物进行遗传多样性和进化关系进行分析,可为抗菌核病育种及制定防控策略提供依据。本研究利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行遗传多样性分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和 AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR 引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

芝麻产量相关性状与SSR标记的关联分析

为挖掘控制芝麻产量相关性状的基因位点,本研究利用多态性较高的７２个ＳＳＲ标记,对来自国内外９６ 份芝麻品种资源进行遗传多样性和群体遗传结构分析,在此基础上采用ＴＡＳＳＥＬ３．０软件的ＭＬＭ （ＭｉｘｅｄＬｉｎｅａｒ Ｍｏｄｅｌ）方法对株高、株蒴数、每蒴粒数、蒴长、蒴宽、千粒重、始蒴部位、空稍尖８个产量相关性状进行ＳＳＲ标记的关联分析。结果表明：７２个标记共检测出４４６个等位变异,变异范围为２～１４个,平均６．２个;引物的多态性信息含量（ＰＩＣ）变异范围为０．２４２１～０．８２１０,平均为０．５４０７;基因多样性指数的变异范围在０．５５０４～０．９８９７,平均值为 ０．７４７７。群体遗传结构分析将供试材料分为３个亚群。关联分析结果显示,５１个标记位点与株高、蒴长、每蒴粒数、始蒴部位、空稍尖显著关联,各标记对表型变异的解释率在１３．２９％ ～３２．０８％。有５个位点在多个环境或均值 下被重复检测到,是较为稳定等位变异,如与株高相关联的位点Ｈｓ１７７５－Ａ２、ＳＩＭ２０１－Ａ１;与每蒴粒数、始蒴部位和株蒴数分别关联的标记位点Ｈｓ１５１４－Ａ１、ＳＩＭ００４－Ａ３和ＳＩＭ００２－Ａ１。