藏猪和大约克猪GHR、IGF-I基因表达模式分析

【目的】探究西藏高原环境下藏猪和大约克猪GHR、IGF-I基因多态性和表达模式。【方法】采用Sanger测序技术对藏猪(62头)和大约克猪(61头)GHR、IGF-I基因起始密码子上游3 kb区域进行多态性检测;利用RT-qPCR技术检测了30、90及180日龄藏猪和大约克猪(各8头)背最长肌组织GHR、IGF-I mRNA表达模式。【结果】藏猪与大约克猪GHR基因A-513G位点基因型频率呈显著差异(P0.05),T-2201C位点基因型频率呈极显著差异(P0.01);IGF-I基因G-2413A位点基因型频率呈极显著差异(P0.01)。在mRNA表达水平,GHR、IGF-I基因在品种内具有相同的表达模式;在品种间,表达模式具有明显差异。【结论】这3个SNPs位点可能是影响猪生长发育的重要调控位点,为进一步阐明GHR、IGF-I基因在猪生长发育过程中的分子机制奠定基础。     

不同品种猪PVALB基因多态性及其在肌肉组织的表达差异分析

为探究小白蛋白（PVALB）基因在藏猪和大约克猪上的单核苷酸多态性（SNP）位点及在不同品种猪腿肌、背最长肌中的表达规律，以30、90、180日龄的藏猪和大约克猪作为试验对象，对藏猪和大约克猪PVALB基因起始密码子上游2 000 bp区域DNA序列进行SNP筛选与基因分型，利用实时荧光定量PCR技术检测PVALB基因在腿肌和背最长肌中的差异表达情况。结果显示，PVALB基因起始密码子上游2 000 bp区域存在2个SNP位点G1659C和C1269T，且均符合哈迪-温伯格定律（P>0.05）；预测转录因子结果显示，G1659C和C1269T突变位点导致NRF2、NCOR1转录因子结合位点消失，新增与肌肉生长和细胞分化有关的NR1D1和OTX2转录因子结合位点；PVALB基因在藏猪及大约克猪腿肌和背最长肌中mRNA相对表达量趋势基本一致，在30日龄和90日龄，大约克猪背最长肌PVALB基因表达量极显著高于藏猪（P<0.01），在180日龄时显著高于藏猪（P<0.05）。综上，PVALB基因表达可能与肌肉的生长发育呈正相关，同时PVALB基因可作为骨骼肌早期发育和肉质性...     

藏猪和大约克猪FABP3基因多态性及差异表达分析

【目的】脂肪酸结合蛋白3(FABP3)参与长链脂肪酸的摄取及利用，在脂肪沉积中发挥重要作用。探究FABP3基因在藏猪和大约克猪间的基因多态性和表达差异可为藏猪品质改良提供分子机制参考。【方法】选取180日龄藏猪和大约克猪为研究对象，对两猪种FABP3基因5’侧翼区和CDS区进行单核苷酸多态性（SNPs）筛选，使用实时荧光定量检测FABP3基因在肝脏、背最长肌和背脂3个组织中的表达量。【结果】在FABP3基因5’侧翼区筛选到T-114C和C-635A等2个SNPs位点，且SNPs位点基因型频率在藏猪与大约克猪群体间均呈极显著差异（P <0.01）；经转录因子预测发现这2个SNPs位点与前脂肪细胞的更新、分化以及脂肪沉积相关，推测这两个多态性位点是参与调控FABP3基因表达的重要功能位点。FABP3基因在藏猪肝脏、背最长肌中的表达量极显著高于大约克猪（P<0.01），在背脂中的表达量显著高于大约克猪（P <0.05）。【结论】推测FABP3基因可能为调控藏猪脂肪代谢的重要候选基因，在藏猪脂肪沉积中呈正向调控作用。     

藏猪内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因的表达与低氧适应分析

为了解内皮型一氧化氮合酶(eNOS)在动物体内催化产生一氧化氮(NO),对动物低氧适应的重要作用,选取饲养在西藏林芝地区(海拔约3 000m)的藏猪、大约克猪(高原大约克猪)和饲养在北京(海拔约100m)的大约克猪(低地大约克猪),屠宰并采集心肌、肝脏和肺脏组织,采用荧光定量PCR技术测定eNOS基因的表达量。结果发现,高原藏猪、大约克猪和低地大约克猪在肝脏和肺脏中eNOS的总体表达量分别比心脏中要高1 000和400倍;在心脏中,高原藏猪和高原大约克猪eNOS基因的表达量均高于低地大约克猪的4.0和2.6倍(P<0.01),但是在肝脏和肺脏中的表达量却相反。大约克猪从低地移居高原,心肌组织eNOS表达量增加了2.6倍,但肝脏和肺脏组织中eNOS表达量分别下降了1.6和1.1倍。结果表明,藏猪eNOS基因表达量与低地大约克猪和移居高原的大约克猪存在差异,且在心肌、肝脏和肺脏组织表现不同,可能对其低氧适应起不同的调节作用。     

藏猪和大约克猪FABP1基因多态性及差异表达分析

本文旨在探究FABP1基因在猪脂肪沉积性状中所发挥的作用,试验选用180日龄藏猪与大约克猪,对藏猪和大约克猪FABP1基因5’侧翼区（起始密码子上游3 000 bp左右序列）进行了单核苷酸多态性（SNPs）位点筛选,并分析其对FABP1基因转录的影响。采用RT-qPCR检测两试验猪种在肝脏、背最长肌和背脂组织中的FABP1基因的mRNA相对表达量。结果显示,在FABP1基因5’侧翼区存在A-1 717G、G-1 701A、C-1547T、T-1 523C、C-1 484A、C-1 453A、G-1377A、T-1 331G共8个突变位点。在藏猪和大约克猪背最长肌、背脂和肝脏组织中FABP1基因的mRNA相对表达量趋势基本一致,FABP1基因在两品种肝脏组织中的表达量最高。FABP1基因在两品种间8个突变的位点的P值均为极显著差异,通过转录因子预测发现在A-1 717G、C-1 484A、C-1 453A以及G-1 377A四个位点中均存在与脂肪相关的转录因子出现或消失。综上,FABP1基因可能为调控脂肪沉积的关键基因。     

藏猪和杜藏猪生长、肉质性状及脂肪沉积相关基因的表达差异分析

【目的】明确藏猪和杜藏猪(杜洛克父本与藏猪母本杂交F₁代)的生长和胴体性状及肉质指标等表型差异,并分析背最长肌中脂肪沉积相关基因的表达差异,为藏猪种质资源利用及猪脂肪沉积规律研究提供参考依据。【方法】以藏猪和杜藏猪为研究对象,分别测定其体长、体高和胸围等生长性状,屠宰率、背膘厚及眼肌面积等胴体性状,以及pH、肉色、蒸煮损失及肌内脂肪含量等肉质指标;并通过荧光实时定量PCR检测脂肪沉积相关基因在2种猪背最长肌中的表达情况。【结果】杜藏猪的左胴体重、右胴体重、屠宰前重、胴体长、体长、体高、管围和胸围均高于藏猪,且差异显著(P<0.05,下同),眼肌面积(33.00±3.84 cm2)也显著大于藏猪(16.83±1.81 cm2),背膘厚(13.15±2.48 mm)则显著低于藏猪(22.83±2.80 mm),藏猪与杜藏猪的皮厚、腹围和屠宰率无显著差异(P>0.05,下同);杜藏猪肌肉的pH-24 h、熟肉率、剪切力和含水率显著高于藏猪肌肉,而杜藏猪肉色的a-24 h值(10.30±1.06)和肌内脂肪含量[(2.48±1.44)%]显著低于藏猪。除GHR基因外,其他脂肪沉积相关基因的相对表达量均表现为杜藏猪低于藏猪,其中,ADIPOQ基因和FASN基因的相对表达量显著低于藏猪,IGF1基因、TNFa基因和Leptin基因的相对表达量极显著低于藏猪(P<0.01)。相关分析结果显示,GHR基因相对表达量与杜藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,FASN基因相对表达量与藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,IGF1基因相对表达量与藏猪背膘呈显著负相关。【结论】杜藏猪的肉质性状与藏猪相似,但杜藏猪具有更佳的生长性能,说明以杜洛克为父本与藏猪母本杂交得到的杜藏猪具有更优的生产效率。藏猪和杜藏猪的肌内脂肪含量差异与脂肪沉积相关基因的表达差异有关,即猪的肌内脂肪含量受多种脂肪沉积相关基因调控。     

猪MYL2基因多态性及其在肌肉组织中的差异表达

肌球蛋白轻链-2(myosin light chain 2,MYL2)是哺乳动物横纹肌中的一种主要肌小节蛋白,对动物正常生长发育起重要调控作用,为探究猪MYL2基因的多态性及其在横纹肌中mRNA表达规律,以藏猪(TP)和大约克猪(YY)作为试验动物,采用Sanger测序法对MYL2基因5′非翻译区(5′UTR)进行单核苷酸多态性(SNP)的筛选与基因分型,并预测分析MYL2基因SNPs位点突变前后转录因子功能特性;同时,采用RT-qPCR技术检测MYL2基因在30、90、180日龄时TP和YY的心肌和背最长肌组织中的mRNA相对表达量。结果显示,MYL2基因启动子区域存在2个SNPs且2个品种间基因频率差异极显著(P<0.01),产生4个新增转录因子结合位点,这些位点调控横纹肌的收缩、肌纤维类型的维持、肌肉细胞的增殖分化等过程;MYL2基因的mRNA水平随日龄增长而升高,且3个日龄TP心肌和背最长肌组织中的表达量均极显著高于YY(P<0.01)。综上表明,猪MYL2基因SNPs位点与心肌和背最长肌mRNA的差异表达相关,研究结果可为研究藏猪生长发育的分子调控机制提供一定的理...     

藏猪和大约克猪CKM基因多态性及表达差异分析

[目的]本研究旨在探究猪CKM基因的多态性及其mRNA表达水平,通过对CKM基因起始密码子上游3 kb区域进行多态性检测,发现了单核苷酸多态性位点C-1185T和C-1324T,且该位点符合哈迪-温伯格定律(P＜0.05).[方法]利用实时荧光定量PCR技术对CKM基因在藏猪和大约克猪不同组织的mRNA表达量进行检测....     

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异，本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序，并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析，获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异；利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异，138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路；2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控，1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控；3)10个基因共包含936个SNP，其中655个SNP位于基因间区，255个是内含子变异，少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异，为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。     

猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性分析

为探究猪ARID5B基因多态性及其与脂肪沉积性状的相关性,在DNA水平上对藏猪、大白猪ARID5B(AT-rich interaction domain 5B)基因5′侧翼区进行了单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点筛选;在mRNA水平上对两猪种的肝脏、背脂和背最长肌组织中的ARID5B基因表达量进行了RT-qPCR检测;并对两猪种的背膘厚和背最长肌组织中IMF(Intramuscular fat)含量进行测定。结果表明:在ARID5B基因5’侧翼区,存在T-2 216C和In-2 029Del缺失2个连锁突变位点,藏猪与大白猪呈极显著差异(P0.01);在相同组织不同品种间,ARID5B基因在肝脏、背脂和背最长肌中mRNA相对表达量趋势完全一致,且藏猪ARID5B基因表达量均极显著低于大白猪(P0.01);藏猪背膘厚和IMF含量均极显著高于大白猪(P0.01);经DNA、mRNA水平、背膘厚和IMF含量相关性分析发现,ARID5B基因mRNA相对表达量与背膘厚和IMF含量呈显著负相关(P0.05)。     

基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。     

藏猪与雅南猪IGF-I基因的克隆与序列分析

为研究IGF-I基因对藏猪、雅南猪生长发育的影响,以Gen Bank中猪IGF-I基因序列(登录号:DQ121132.1)设计引物,提取藏猪、雅南猪肝脏组织总RNA,应用RT-PCR技术克隆出IGF-I基因,分别将藏猪、雅南猪IGF-I基因克隆到PMD19-T载体上,构建重组质粒p MD19-T-IGF-I,经PCR鉴定、测序分析得该基因大小为612 bp,包含一个完整的ORF,该ORF共有462个碱基,编码153个氨基酸;所测得的藏猪和雅南猪基因序列与Muller等报道的猪IGF-I基因编码序列高度同源,序列比对发现,藏猪的同源性为100%,雅南猪的为99.61%;藏猪IGF-I与雅南猪IGF-I基因序列的同源性为99.61%;雅南猪在258 bp处发生A→G突变,但其编码的氨基酸未发生改变。     

藏猪在亚热带条件下的生长特性及其杂交利用效果

为了探究藏猪在亚热带环境条件下的生长特性及其杂交利用效果,本研究根据藏猪、杜洛克猪和广东小耳花猪开展不同组合的杂交试验结果分析比较在广州亚热带环境条件下藏猪及杂交猪的繁殖性能、生长性能、胴体特性和肉质特性。结果表明,在亚热带环境下,藏猪、杜藏猪、藏杜花猪的窝均产仔数在各杂交实验组间无显著差异,杜藏二元杂仔猪初生体质量和35日龄断奶体质量显著高于纯种藏猪。在生长试验中,藏猪、杜藏猪、藏杜花猪的平均日增重分别为(201.43±25.41)、(469.67±41.13)和(425.54±58.37)g,杜藏二元杂交猪和杜藏花三元杂交猪生长速度显著高于纯种藏猪,生长速度的杂交优势明显。杜藏二元杂交猪和杜藏花三元杂交猪胴体质量显著高于藏猪,杜藏二元杂交猪皮率显著低于纯种藏猪。肉质分析结果显示,大理石纹评分和肌内脂肪含量以杜藏猪最高,嫩度以纯种藏猪最佳。综上所述,将高原藏猪迁至亚热带地区饲养后,其窝均产仔数和仔猪断奶成活率较原产地藏猪有所提高,表明藏猪适合在广州地区生长;在亚热带环境条件下,通过将藏猪与杜洛克、广东小耳花猪进行杂交可以显著提高后代生长速度同时提升了猪肉质品质、养殖效益,缩短了饲养周期,同时本研究也为藏猪的杂交利用提供了基础数据支持。     

藏猪生长激素基因(pGH)多态性研究

猪生长激素基因(pGH)是猪生长发育性状重要的候选基因之一。采用PCR-RFLP技术检测藏猪pGH基因+159~+734 bp片段的DraI、ApaI和MspI酶切多态性。结果显示,藏猪群体中DraI酶切全部切开,无多态;ApaI酶切具有4个等位基因,出现5种基因型,其中CC基因型(299A/432C)频率最高,为0.7857;藏猪群体MspI酶切出现3种基因型,杂合性CT基因型频率最高,为0.5089,等位基因C和T频率分别为0.5580和0.4420。经比较,藏猪pGH基因DraI酶切位点与其他猪种一样无多态性,而ApaI酶切出现了特异的432突变位点,MspI酶切等位基因分布相对均衡,表现出与其他猪种的差异。     

沙子岭猪血缘杂交猪的胴体性状及肌肉品质

以巴克夏和大约克猪为对照,比较沙子岭、1/2沙子岭(巴克夏×沙子岭)(巴沙)、1/4沙子岭(大约克×(巴克夏×沙子岭))(大巴沙)猪的胴体性状和肌肉品质,探讨氨基酸转运载体基因表达与氨基酸含量的相关性。结果表明:屠宰率、胴体长、眼肌面积、腿臀比例、瘦肉率等胴体性状指标随着沙子岭猪血缘含量的减少逐渐升高,而平均背膘厚、皮厚、肥肉率则表现出相反的变化趋势,其中大巴沙猪的主要胴体指标水平与瘦肉型巴克夏和大约克猪的接近;在肌肉品质方面,大理石纹评分、系水力、肌内脂肪含量以沙子岭或巴克夏猪的最高,大约克猪的最低,而滴水损失和水分含量则是大约克猪的最高;大巴沙、巴沙、沙子岭、巴克夏、大约克猪的饱和脂肪酸与单不饱和脂肪酸含量之和依次降低,多不饱和脂肪酸含量依次升高;沙子岭猪的必需氨基酸、风味氨基酸和总氨基酸含量均极显著高于其他猪的(P0.01);氨基酸转运载体基因(CAT1)表达水平与氨基酸含量呈极显著正相关(P0.01),说明氨基酸含量与CAT1基因有着密切的关系。沙子岭猪血缘猪具有良好的持水性能,大巴沙猪肌内脂肪含量适中,必需氨基酸、风味氨基酸、总氨基酸、饱和脂肪酸与单不饱和脂肪酸含量均很丰富,说明大巴沙猪的肉质风味和肌肉品质较好。综合考虑前期肥育性能和毛色一致性等因素,大巴沙猪是湘沙猪配套系较为理想的杂交组合。     

嘉兴主要外来猪种RN基因频率分析

[目的]系统准确地了解RN基因在外来猪种中分布,制定科学合理的嘉兴养猪业育种计划。[方法]通过PCR-RFLP技术对嘉兴地区主要外来猪种长白猪23头、杜洛克猪21头、大约克猪19头进行RN基因检测。[结果]结果表明:3个品种基因型均为rn/rn,未出现RN/rn和RN/RN型基因。[结论]该检测结果为嘉兴地区主要外来猪种资源合理开发利用提供了理论依据。     

IGFs和MSTN基因表达量与种猪生长性状的相关性研究

【目的】探寻简洁、高效的种猪分子育种方法,检测和分析胰岛素样生长因子基因(IGF-1、IGF-2)和肌生成抑制素基因(MSTN)在大约克公猪、杜洛克公猪和长白公猪耳组织中的相对表达量。【方法】采用荧光定量PCR技术对目的基因在种猪耳组织中的相对表达量进行检测,并运用SPSS软件进行表达量数据分析及其与种猪生长性状的相关性分析。【结果】大约克公猪中IGF-1基因与MSTN基因表达量均显著高于IGF-2基因表达量(P0.05),杜洛克公猪中IGF-1基因与IGF-2基因表达量存在显著相关(P0.05),长白公猪中目的基因表达量两两之间存在显著差异(P0.05);IGF-1基因和MSTN基因在长白猪中相对表达量显著高于大约克猪(P0.05);IGF-1基因在长白公猪耳组织表达量与生长性状(饲料利用率、总耗料、日耗料和生长指数)存在显著相关(P0.05),MSTN基因在耳组织表达量与大约克公猪(体长、胸围、胸深、日增重、总耗料、日耗料和生长指数)、杜洛克公猪(体长、半腿臀围)、长白公猪(生长指数)生长性状呈显著相关(P0.05),联合分析显示目的基因在不同猪种耳组织中表达量与其生长性状均显著相关(P0.05)。【结论】IGF-1、IGF-2和MSTN基因可能在猪生长性状的形成过程中具有协同调控作用,为种猪分子育种提供了理论基础。     

藏猪及不同杂交组合肥育与胴体性能研究

选用藏猪(Z)、成华猪(C)、杜洛克猪(D)、皮特兰猪(P)为杂交亲本,设置纯种ZZ及ZC、CZ、DZ、DCZ、DZC、PZC、PCZ等8个杂交组合,每组合选择8头,共测定64头试猪的肥育性能、胴体性能和肉质性能。结果表明:PCZ、PZC组合的日增重高、耗料指数低、达90 kg日龄短、瘦肉率高,而肉色和肌内脂肪含量较差;DZC、DCZ组合的肥育性能和胴体性能略低于PCZ、PZC组合,而肉色和肌内脂肪含量较高,肉质较好,是本次测定中较理想的组合。     

猪PGC1基因多态性与肉质性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经Alu I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7,而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与肉质性状相关发现,AA基因型猪的肉色L、失水率均极显著低于TT基因型(P<0.01);TT基因型猪的蒸煮损失、剪切力和肌纤维直径均极显著低于AA基因型(P<0.01)。     

猪PGC1基因与胴体性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪及培育品种苏钟猪共144头。结果表明,PGC1基因序列经AulI酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7,江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与胴体性状相关性发现,AA基因型猪的脂肪重高于TT基因型猪,差异达显著水平(P<0.05)。倒数第三四腰椎间背膘厚AA基因型猪高于TT基因型猪,差异达极显著水平(P<0.01),AT基因型与TT基因型差异达显著水平(P<0.05)。