鸽新城疫病毒北京分离株F基因的遗传进化分析

对一株分离自北京市的鸽源新城疫病毒BJP13株的F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示,F基因核苷酸序列长为1 662bp,编码553个氨基酸,蛋白裂解位点的序列为112RRQKRF117,具备强毒株的序列特征;同源性比较显示,BJP13与国内外不同基因型毒株的同源性在87.9%~99.1%;与新城疫基因Ⅵ型的同源性较高,为93.7%~99.1%,其中与基因Ⅵb亚型中的毒株11和毒株LLN713同源性最高为99.1%,与1996年北京分离株STP96的同源性最低为93.7%;与基因Ⅰ型疫苗株V4株和基因Ⅱ型疫苗株La Sota株的同源性分别为90.3%和88.6%;遗传进化分析显示,北京分离株BJP13与比利时毒株11、4940和中国毒株SDS、LLN713最为接近,位于同一进化分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

西北地区新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析

从西北地区（陕西、甘肃、青海和新疆）1979～1999年发生新城疫鸡群中共分离和收集了15个毒株,经蚀斑纯化、SPF鸡胚增殖得到9株NDV分离株。致病力测定结果表明,除2株为中强毒外,其余均为强毒株。以异硫氰酸胍法提取病毒基因组RNA,RT－PCR扩增基融合蛋白（F）基因N端908bp的片段,经回收、鉴定后,克隆到pGEM-T载体上进行核苷酸序列测定。对各毒株核苷酸及推导的氨基酸进行序列和同源性的比较,结果表明所有毒株在该区段没有缺失和插入,但有多处碱基置换。各分离毒株之间同源性很高（平均96．8％）,与疫苗毒株同源性较低（82．5～85．8％）,而分离自青海省的3个毒株与其他毒株的同源性均较低（平均88．0％）。以389bp核苷酸绘制系统发育树,证实西北地区的新城疫是由基因型Ⅶc和一个新发现的基因型Ⅸ引起的。     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)和1株鸽源NDV.经血凝HA试验鉴定,NDv分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均口J被NDV阳性血清所抑制.而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制.本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定.序列分析表明,5株NDV的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分别编码553、528、553、520和553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明.鸡源XJ/10/08株属于强毒株.XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5个NDV新疆分离株与La Sota疫苗株的核苷酸同源性在83.7%～99.8%之间,与TaiWan95株核苷酸同源性在84.7%～93.3%之间;遗传发育进化树分析表明,分离到的4个弱毒株与La-Sota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型.     

新城疫病毒西藏分离株的生物学特性鉴定及遗传进化分析

从西藏病死藏鸡中分离到具有血凝活性的病毒、经血凝抑制试验、电镜观察、PCR扩增和测序鉴定为新城疫病病毒(NDV),通过动物致病性试验证明该病毒对鸡具有致病性;分离毒株毒力测定结果显示,MDT为120h,EID50为10-8.44、IVPI为0.5、ICPI为0.6,均符合NDV弱毒株特征。血凝解脱及血凝素热稳定性试验显示:各分离株的血凝解脱时间短,血凝素热稳定性较差,符合NDV弱毒株的特征。F基因的序列测定遗传进化分析表明,西藏分离毒株之间的核苷酸序列具有99%的同源性,与疫苗株LaSota的同源性为90%;与国内标准强毒株F48E8同源性为81%。推导其氨基酸序列分析表明,各分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸112 G-K-Q-G-R-L117,具有NDV弱毒株特征,与毒力测定结果相符。本研究首次报道了NDV西藏分离毒株遗传进化情况和生物学特性情况,为进一步研究高海拔、缺氧环境下NDV生物学特性变化研究奠定了基础。     

山东新城疫病毒分离株F基因的遗传进化分析

应用特异性引物从山东某发病鸡场病鸡体内分离到的命名为JN09的新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)中扩增其F基因,预计扩增片段大小为1 700 bp. RT-PCR扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与新城疫病毒F基因序列相符.对其F基因进行遗传进化分析,并结合山东地区近几年来的分离毒株的相关信息,着重分析该地区近年来新城疫病毒 F基因的变异情况.     

山东新城疫病毒分离株F基因的遗传进化分析

应用特异性引物从山东某发病鸡场病鸡体内分离到的命名为JN09的新城疫病毒（Newcastle Disease Virus,NDV）中扩增其F基因,预计扩增片段大小为1 700 bp。RT-PCR扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与新城疫病毒F基因序列相符。对其F基因进行遗传进化分析,并结合山东地区近几年来的分离毒株的相关信息,着重分析该地区近年来新城疫病毒F基因的变异情况。     

鹌鹑新城疫病毒分离株F基因的克隆和序列分析

研究以新城疫鹌鹑分离株(LA005)的基因组RNA为模板，应用RT-PCR技术扩增出其F基因的主要功能区片段，并进行了克隆和序列分析。结果表明：所扩增的目的片段长度为813bp，裂解位点氨基酸序列为112R-T-Q-R-R-Fll7，和F48E9标准强毒株的核苷酸和氨基酸的同源率分别为98．9％和98．5％，Cys残基位点和糖基化位点的数目和位置完全一致，说明该分离毒是一株和F48E9标准强毒株亲缘关系很近的强毒株。     

鸡新城疫病毒河北分离株F基因的分子特性分析

通过毒力测定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005-2008年从河北省部分地区的发病鸡群中分离到的10株新城疫病毒（NDV）进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示：MDT在37.6～54.4h之间,ICPI在1.71～2.0之间,IVPI值在2.16～2.8之间,均为新城疫病毒强毒株特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有77.4%～98.0%的同源性,与疫苗株Lasota的同源性为87.0%～98.9%,与国内标准强毒株F48E9同源性为89.7%～98.9%。推导其氨基酸序列分析表明,8个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 R-R-Q-K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符,2个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株特征相符。F基因分型和同源性比较显示：目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主（占70%）,同时兼有基因Ⅱ型（占20%）和基因Ⅸ型（占10%）。     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）和1株鸽源 NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5 株 NDV 的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分別编码 553、528、553、520 和 553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株, XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5 个 NDV新疆分离株与 La Sota 疫苗株的核苷酸同源性在 83.7%～99.8% 之间,与 TaiWan95 株核苷酸同源性在 84.7%～93.3% 之间;遗传发育进化树分析表明, 分离到的4个弱毒株与LaSota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。     

鸡新城疫病毒分离株F基因的序列分析与基因分型研究

采用RT-PCR技术对2008～2009年间从我国部分省市分离的9株新城疫病毒的F基因进行扩增和测序,并进行了遗传进化和基因分型研究。结果表明,9株分离株的F基因的开放性阅读框架(ORF)长度均为1662bp,其中8株的F基因裂解位点属于强毒株模式,1株为弱毒株模式;分子进化和基因分型研究表明,8株强毒株均属于基因Ⅶ型d亚型,1株弱毒株为基因Ⅱ型。提示近年来流行的ND疫情主要是由基因Ⅶ型强毒株引起的,从而为强毒力新城疫的防控提供科学依据。     

1株乌鸡新城疫病毒强毒株的分离鉴定与F基因的遗传进化分析

从山西省吕梁市郊区某养禽场送检的病死乌鸡中分离到1株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)。经血凝(HA)和血凝抑制(HI)试验鉴定,该分离株具有血凝性,血凝效价为2~9,且可被NDV阳性血清抑制,而不能被禽流感(H5、H9亚型)阳性血清所抑制。试验通过RT-PCR扩增了分离毒株F基因高度变异区362 bp的核苷酸序列。序列分析表明,该毒株含有1个开放阅读框(ORF),编码88个氨基酸;F蛋白裂解位点的氨基酸序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),符合强毒株裂解位点特征;同源性分析表明,分离毒株与典型毒株—LaSota、Clone30、F_(48)E_9、V_4及云南分离株KMLY-YM的核苷酸同源性为83.7%~86.5%,与山东分离株P914039S101同源性最高,达96.8%;遗传进化分析表明:分离毒株与山东分离株P914039S101处于同一进化分支内,属基因Ⅶd亚型。     

新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2对引物，对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定，其基因序列全长均为1662bp，编码553个氨基酸，均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV参考株的F基因序列进行了比较。结果表明，核苷酸序列的同源性为82．6％～98．1％，氨基酸的同源性为87．7％～98．7％。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(^112R—R—Q—K／R—R—F^117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明，10株NDV广西分离株中GX1／00、GX2／00、GX4／00、GX6／02、GX7／02、GX9／03、GX10／03和GX11／03为基因Ⅶd亚型，GX3／00和GX5／00为基因Ⅲ型。     

三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨

用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。     

新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型.     

一株新城疫病毒广东分离株的遗传关系分析

根据新城疫病毒已报道的基因序列设计了一对引物,扩增F基因3 ′端374 bp片段,包括F基因信号肽序列和裂解位点.经过RT-PCR、PCR产物测序和序列分析,表明该毒株为基因Ⅶ型强毒株,和中国动物卫生与流行病学中心2009年分离到的毒株NDV09-038相似性最高,可达98％.基因进化树分析表明该毒株与常用疫苗株亲源关系较远,与I系疫苗株Mukteswar相似性为81.4％,与Herts' 33的相似性为84.5％.氨基酸序列分析表明该毒株为典型的强毒株.     

鸡新城疫病毒内蒙古地方株F基因遗传变异分析

将3株新城疫病毒(NDV)内蒙分离株纯化培养后,提取病毒RNA,经RT-PCR扩增F基因,并测定出F基因的全部核苷酸序列为1662bp,编码有554个氨基酸残基。与国内外发表的部分NDV的F基因核苷酸序列进行比较,结果表明这3株分离株核苷酸同源性分别为97.5%,97.9%和98.0%,与标准毒株F48E9的同源性分别为85.8%,86.4%和86.8%,与长春、河北、山东、广东、广西、浙江、韩国等地的NDV的同源性在96.3%~98.8%之间。并且这3株分离株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,具有典型的强毒株裂解位点的特点。     

新城疫病毒云南分离株F基因变异特性分析

采用RT-PCR技术对云南2007年-2009年采集的948份喉气管拭子或组织样品中新城疫病毒F基因进行检测,获得阳性样品65份,选择30份代表性阳性样品采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因,纯化后克隆至pMD18-T载体,并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,新城疫病毒云南分离株F基因核苷酸与疫苗LaSota株之间的同源性为70.5%～99.8%,与F48E9株之间的同源性为70.7%～90.8%。系统发育分析表明,30株病毒中21株属于基因型Ⅶ,裂解位点氨基酸为R-R-Q-K-R-F,与传统认为强毒裂解位点氨基酸序列相同;7株属于基因型Ⅱ,5株裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R-L,属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征,2株裂解位点氨基酸为R-R-Q-K-R-F属于强毒裂解位点氨基酸序列;2株病毒与9个基因型的同源性差异较远。     

新城疫病毒贵州分离株F基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的新城疫病毒（NDV）F基因序列设计了一对引物,用RT-PCR方法扩增了8个NDV贵州分离株的F基因片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1662bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.0%～99.7%和87.5%～99.3%,但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的氨基酸同源性为87.2%～97.7%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列分别为112R-R-Q-R/K-R-F^117（其中P1、H2、N98、DQ、FW、BY、GZ7株为强毒）和112G-R-Q-G-R-L^117（TN1株为弱毒）。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,4个分离株（P1、H2、、N98、DQ）为基因Ⅶ型,2株（GZ、TN）为基因Ⅱ型,2株（FW、BY）为基因Ⅸ型。     

新城疫病毒广东分离株F基因的克隆与序列分析

为研究新城疫病毒(NDV)基因变异情况,用RT-PCR扩增了9个广东分离株的F基因cDNA片段,并将其分别克隆到pGEM-Teasy载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1 662 bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.1%~99.2%和96.0%~99.8%;但与LaSota、Roakin、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为87.6%~92.2%。9个NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q/R-K-R-F-I-G119,与平均致死鸡胚时间(MDT)、脑内接种指数(ICPI)等病毒致病力测定结果相符,均属于基因Ⅶ型NDV。     

两株新城疫病毒山东分离株的克隆及遗传变异分析

本试验根据已发表的新城疫病毒（NDV）的F基因序列设计特异性引物，对山东地区两株NDV流行株的F基因进行了克隆与序列分析，分别扩增到了A株和B株F蛋白编码区全基因，ORF全长均为1662bp。应用分子生物学软件对A株和B株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了分析。两毒株核苷酸序列同源率为87％，都编码553个氨基酸，氨基酸同源率为91％。与部分已发表的毒株相比：A株与－株同源率最高，为98％，B株与JS鹅株同源率最高，为98％。分离株都具有3个强疏水区。A株、B株裂解区氨基酸序列符合强毒株特点，二者均为强毒株。从基因分型情况看，A株属于基因Ⅸ，B株属于基因Ⅶ。A株与F48E9株遗传距离最近，B株与JS鹅株遗传距离最近。