PCR-DGGE技术及其在动物肠道微生态学研究中的应用

本文综述了PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析微生物多态性的原理,介绍其特点和技术步骤,并列举了DGGE技术在微生态学研究中的应用实例,说明PCR-DGGE方法作为研究动物肠道微生态系统的新方法,将会发挥更大的作用。     

ERIC-PCR及在肠道菌群分析中的应用

动物肠道中寄生着种类繁多、数量巨大的微生物,它可以帮助消化食物产生一些必需的氨基酸和维生素,对机体的生长有一定的促进作用.并且这些微生物主要是由大量细菌组成的.     

变性梯度凝胶电泳技术及其在动物肠道菌群研究中的应用

变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,主要根据突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异,从而利用变性梯度胶进行分离,可用于肠道菌群结构多样性和种群动态变化的研究。文章对DGGE技术的原理、在肠道菌群多样性和动态性的应用、局限性及发展前景及上综述。     

肠道菌群对动物免疫的影响

1肠道菌群及其分布 1．1肠道正常菌群的概念 在动物体内环境中通常有一层微生物或微生物层，在正常情况下即动物处于健康状态时，并未表现异常或致病现象，称这一层微生物为正常菌群或固有菌群和原籍菌群。这些菌群是动物机体内环境中不可缺少的组成部分，对动物宿主是有益无害的。     

变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术在分析动物肠道菌群多样性中的应用

变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术在16S rRNA分析技术的基础上进一步对微生物多样性进行分析,具有重复性好,快速高效检测突变DNA片段的优点。PCR-DGGE技术对于动物肠道菌群引导转化、细菌性疾病的防治和肠道菌群结构的研究等具有重要的意义。本文主要介绍了PCR-DGGE技术的基本分析方法与应用。     

肠道菌群与动物免疫的相互关系

肠道菌群形成了一个庞大而复杂的微生态系统,与动物免疫之间的关系极为密切.正常的肠道菌群具有屏障作用,与肠道黏膜的免疫作用、免疫器官的生长发育及免疫因子的激活都有关系.本文对肠道菌群的分布、肠道菌群对动物免疫的影响及抗生素、肠道菌群与动物免疫之间的相互作用等方面做了综述.     

PCR-DGGE技术在动物肠道微生物多样性分析中的应用

<正>动物肠道中存在丰富的微生物,在肠道中形成微生物区系。这些微生物与宿主之间形成复杂的相互依存关系,并对宿主的营养代谢和免疫等生理功能起到重要调节作用。因此,研究肠道微生物的结构,探索肠道微生物多样性与宿主之间的关系,对提高动物生产性能和开发治疗疾病的新型药物具有重要意义。用传统的培养计数方法研究菌群结构具有一定的局限性,分析出的种类很少。近年来,随着分子生物学技术的不断发展,利用菌群原位杂交、DNA序列测定     

肠道菌群的分析

可以通过测定猪肠道中乳酸茵和大肠杆菌的比率而评定猪的健康状态。     

散养雏鸡肠道菌群的PCR-DGGE分析

为了分析散养雏鸡肠道微生物组成,试验随机取5只8周龄散养鸡,剖杀取全部小肠,将5只鸡的十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物分别混匀,提取样品基因组DNA,以细菌通用引物扩增样品16S rDNA高变区序列,对PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。结果表明:散养雏鸡不同肠道中乳酸菌组成差别很大,十二指肠、空肠、回肠和盲肠分别分离出8,13,14,9株菌株,共23株菌株,其中乳酸菌属6株,包括2株Lactobacillus aviaries、1株Lactococcus raffinolactis、1株Lactobacillus agilis、1株Coprococcus comes和1株Lactobacillus equigenerosi;各肠道共同菌2株,分别为Paraprevotella clara和Lactobacillus equigenerosi。说明同周龄散养雏鸡肠道细菌种群结构与肠道的不同部位有关,不同肠道中细菌群落的组成差异很大。     

小檗碱调控动物肠道菌群稳态的研究进展

动物肠道健康和正常生长发育与维持肠道菌群的平衡息息相关。小檗碱具有较强的抗菌、抗炎和抗氧化等生理功能,可以通过调控肠道菌群的变化来改善肠道微生态环境。本文综述了小檗碱在动物肠道菌群调控方面的研究进展,主要总结了小檗碱对动物肠道微生物的组成结构、多样性及其代谢产物的产生等方面的影响,从而为其在动物生产上的合理应用提供理论依据。     

不同食性动物肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析

为了探讨不同食性动物肠道菌群的多样性与相似性。本试验采用ERIC-PCR方法对成年马、梅花鹿、老虎、豹、非洲狮、黑熊、小熊猫及成年大熊猫的新鲜粪便细菌总DNA进行了指纹图谱分析。结果显示,肠道菌群的多样性指数为草食动物（1.27）〉肉食动物（1.23）〉杂食动物（1.04）,而它们的优势度指数则相反,草食动物（0.32）﹤肉食动物（0.41）=杂食动物（0.41）。同一种动物的肠道菌群多样性指数差异不明显。结果表明,动物肠道菌群的多样性在一定程度上与食物有关。     

动物肠道菌群的多样性、稳定性和弹性

上万亿的微生物栖息在动物的肠道内,形成一个复杂的生态菌群结构,通过菌群代谢活动和宿主间的相互作用影响正常生理功能和对疾病的易感性。了解肠道菌群的组成和功能的变化,将有助于解决针对菌群疾病的治疗。从生态角度观看针对临床治疗中的微生物菌群,可以洞察其如何促进机体健康。     

PCR-DGGE分析白犀牛粪样菌群多样性

为研究不同食谱下白犀牛粪样菌群多样性变化,分别采集5头以青草为主食谱和以干草为主食谱的犀牛粪样,提取总细菌核酸,利用基于16S rRNA基因的变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行菌群分析。结果表明:在2种食谱条件下,5头犀牛粪样细菌DGGE图谱均出现较多条带;同一食谱时,5头犀牛样品存在较多共有条带。相似性分析显示,所有犀牛样品间的相似性较高,大于55%。各个体间,犀牛B、C和E样品归于同一簇,相似性大于70%;更换食谱后,未出现样品归于同一簇规律。与夏季青草为主食谱相比,冬季更换以干草为主食谱后,5头犀牛粪样细菌菌群的Shannon多样性指数显著升高(P<0.05)。结果提示,不同季节更换食谱在一定程度上会影响犀牛粪样菌群区系。     

肠道菌群调控动物肠道黏膜免疫和炎症的研究进展

肠道菌群的改变可能引起黏膜免疫应答失调,导致遗传易感宿主发生炎症性肠病(inflammation bowel disease, IBD)。目前治疗动物IBD的有效方法是通过微生物靶向疗法(包括抗生素、益生元、后生素和粪便微生物群移植)恢复肠道微生物群的正常免疫稳态。本文将讨论通过微生物靶向治疗促进肠道稳态免疫反应的基础,以及IBD发生发展过程中宿主-微生物相互作用的最新进展。考虑到肠道菌群失调是慢性炎症建立的一个关键特征,以期在不久的将来,微生物靶向疗法将适合设计新的具有成本效益的、生理学的、以动物为导向的IBD治疗策略,以个性化的方式应用。     

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性.选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kg BW喂服枯草芽孢杆菌悬液(10°CFU/mL).每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序.结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主.结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR.     

动物肠道菌群研究对养殖业的重要性

<正>动物肠道菌群在动物营养和健康方面具有极为重要的作用。动物出生之后,动物肠道可以在很短的时间内建立起一个相对稳定的菌群结构,这种相对稳定的平衡状态保证了其肠道的正常消化与吸收功能。更为重要的是,正常而稳定的菌群结构对肠道内壁黏膜提供了重要的保护屏障,有效地抑制了病原菌在消化道的定植,保证了动物的健康。外部条件发生变化时,如食料出现重大改变,或抗生素的不当使用等,肠道菌群的结构平衡就可能发生改变,某些有害菌株或类群的相对或绝对数     

动物肠道菌群与病原微生物感染关系的研究进展

动物肠道内寄居着大量微生物,通常被称为共生菌群。它们对动物的生长、代谢和免疫状态至关重要,还与许多疾病的发生密切相关。病毒、细菌和寄生虫感染都会使机体的肠道菌群发生紊乱,表现在益生菌丰度减少而有害菌丰度增加。其机制包括引发宿主的炎症反应和抑制机体的免疫细胞两方面。同样肠道菌群也会调控病原菌的感染,如肠道菌群对不同的病毒会产生颉颃或促进作用,对细菌和寄生虫分别产生抑制和促进作用。肠道菌群抑制病原菌的机制包括与病原菌竞争代谢产物和诱导宿主的免疫反应。肠道菌群促进病毒感染的机制包括3点,分别为提高病毒的稳定性及其与靶细胞的黏附作用、抑制机体免疫系统和刺激靶细胞的增殖。肠道菌群促进寄生虫感染的可能机制包括降低Th2细胞因子(如IL-4和IL-13)并提高调节性T细胞的表达频率。肠道菌群、病原微生物和宿主不断相互作用,形成一个动态的平衡关系,并在感染过程中不断进化。作者主要综述了病毒、细菌和寄生虫感染对动物肠道菌群的组成和丰度的影响,动物肠道菌群如何影响病毒、细菌和寄生虫的感染进程并分析相关机制,以期了解疾病的发病机理,为疫苗佐剂的研发及制定更有效的预防和治疗策略提供新视角和理论依据。     

水产动物益生菌及其对肠道菌群影响的研究进展

随着水产动物肠道微生态学的发展,人们已逐步意识到益生菌对水产动物肠道发挥的重要作用,益生菌可通过调节肠道菌群平衡、改善肠道菌群组成等提高水产动物的免疫功能。本文综述了水产动物益生菌及其对肠道菌群的影响。     

利用PCR-DGGE技术分析肉牛阴道菌群结构

利用PCR-DGGE技术明确肉牛阴道菌群结构并比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构差异。选择7头肉牛,分别采集黄体期和卵泡期阴道分泌物,提取细菌总DNA,采用巢式PCR分别对细菌16SrDNA的V3区进行扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)。对DNA指纹图谱特异性条带切胶回收并进行克隆测序,通过BLAST与已知序列对比,鉴定细菌菌种,分析比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构。结果显示:健康肉牛阴道内存在阴道气球菌(Aerococcus vaginalis str.)、绿色气球菌(Aerococcusviridans str.)、睡眠嗜血杆菌(Haemophilussomnus str.)、多动物链球菌(Streptococcus pluranimalium str.)、嗜冷杆菌(Psychrobactermarincolastr.)、大肠杆菌(Escherichia coli O157:H7str.)和鞘氨醇单胞菌(Sphingomonasroseiflavastr.)等。