火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数（Na）为5.8个,有效等位基因数（Ne）为2.0519,观测杂合度（Ho）为0.3318,期望杂合度（He）为0.4603,多态性信息含量指数（PIC）为0.417。基于遗传相似系数聚类结果,将火龙果主要商业品种分为3大类群。依据20对SSR引物在58个品种中扩增的特异带型组合,选取其中9对引物采用引物-带型组合法构建了58个火龙果品种的指纹图谱,品种鉴定的置信概率几乎为100%。研究结果可为火龙果种质分类、品种鉴定和品种权保护提供重要的理论依据与技术支撑。     

利用SSR标记构建湖南省审杂交水稻品种DNA指纹图谱

筛选出48对SSR引物对湖南省审定的77个杂交水稻品种进行了DNA分子指纹图谱构建和品种鉴定,成功建立了品种指纹图谱数据库,可有效进行杂交水稻品种鉴定.     

巴西橡胶树主栽品种指纹图谱构建

以24个橡胶树主栽品种为试材,从75对SSR引物中筛选到14对多态性引物,构建了24个品种的指纹图谱。结果每对引物可以检测到2～5个数目不等多态性等位基因,平均为4.00个等位基因,PIC 平均值为0.48。聚类分析可将24份主栽品种分为三大类,具有相同来源的多数品种聚为一类。24个橡胶品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱。     

基于SSR标记的橡胶树无性系鉴定方法的建立

从88对橡胶树SSR引物中筛选出5对产物清晰、扩增稳定的引物.采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合快速银染检测的方法,构建了87份橡胶树的DNA指纹图谱.5对引物共扩增出16条带,平均每对引物可扩增出3.2条带,多态性条带为15条,扩增条带分布在148～342 bp,无性系之间只存在1～2个片段差异,说明遗传差异小;根据建立的无性系数字指纹图谱,能逐一区分65个无性系,表明应用SSR分子标记技术进行橡胶树无性系的鉴定是可行的.     

花生SSR核心引物筛选及育成品种DNA指纹图谱构建

根据SSR引物在遗传连锁图上的位置,首先选择200对均匀分布在染色体上,且通过聚丙烯酰胺凝胶电泳银染技术筛选表现为条带清晰、可重复的单位点引物,再利用毛细管电泳技术筛选等位变异数≥4个、引物的PIC值≥0.4、杂合度≤0.1的引物,并参考其所在染色体位置,获得60对具有丰富的多态性、广泛的代表性、均匀分布的SSR引物,同时普通引物和荧光引物都具有较好的扩增效果,作为花生品种构建指纹图谱的核心引物。60对SSR引物在100份材料中共扩增出352个多态性等位位点,引物扩增的等位位点均值为5.87;每对引物可区分的基因型数目均值是6.35;引物的多态性信息指数(PIC值)均值是0.54。高多态性的SSR引物占66.67%,SSR引物杂合度都在0.06以下。品种间的遗传相似系数变幅为0.530~0.683。构建了100份花生的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可标识一个品种,为全国花生品种及资源的DNA指纹数据库的构建奠定基础。     

11个芒果品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴别

以11个有一定代表性的芒果品种为试材,从16对SSR引物中筛选14对多态性引物构建11个品种的指纹图谱.结果共检测出61个片段,其中多态性片段56个,每对引物可以检测到2～10个数目不等的片段,平均为4.4个,片段大小介于100～540 bp之间.11个芒果品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱,单一多态性引物能将11个芒果品种区分为2～5个类型.平均为3.3个类型.14对多态性引物中不同的4对核心引物指纹图谱可以将11个品种区分开.     

棉花品种指纹图谱构建及棉种鉴定技术研究

采用单粒棉种DNA快速提取方法,以18份陆地棉和3份海岛棉品种为材料,从78对棉花SSR引物中筛选出55对具有多态性的引物,并确定了33对棉种鉴定用的备选核心引物。通过构建棉花品种DNA指纹图谱,所选21份材料只需要6对引物就可以完全鉴别。该方法也可以用来鉴定棉花种子真实性和检测品种纯度。     

利用SSR标记构建水稻核心亲本指纹图谱

利用农业行业标准(NY/T 1433-2014)中公布的48对SSR引物构建27个水稻核心亲本指纹图谱,并获得所有亲本的SSR分子身份证号。48对SSR引物在27个亲本中共扩增到162个多态性片段,平均每对引物可检测到3.53个等位基因。能扩增到2个以上等位基因的SSR引物共45对,PIC值变化范围0.07~0.80,平均0.46。聚类分析结果表明,27个亲本的遗传相似性系数在0.593~0.944之间,基本上反映了不同材料间的亲缘关系。核心亲本SSR分子身份证的确定,不仅为品种鉴定提供了一个平台和标尺,便于建立品种的遗传指纹档案,还为保护品种知识产权,鉴定品种真伪及纯度提供了可靠依据。     

吉林省新育成大豆品种SSR指纹图谱身份证的构建

为快速鉴定和准确评价大豆新品种,以吉林省98个大豆品种为材料,从大豆20个连锁群上均匀分布的320对SSR标记引物中初筛出12对扩增稳定、条带清晰、多态性高的引物,为以最少引物组合有效区分品种,揭示参试材料间丰富的遗传多样性,又进一步依据每对引物多样性指数的高低,复筛出了由7个SSR标记构成的核心引物组合,并最终以此构建吉林省近年育成大豆品种的SSR指纹图谱身份证。结果表明:98个参试大豆品种都有唯一的指纹图谱身份证代码,说明所选用的7个SSR核心标记可靠且有效;此外,以SSR标记扩增的整体带型作为编码依据能够有效提高大豆品种指纹图谱身份证构建的准确性。本研究完善了大豆品种指纹图谱身份证技术体系,能够满足当前吉林省乃至全国大豆品种分子鉴定的需求。     

SRAP和SSR标记构建的甘蓝型油菜品种指纹图谱比较

利用SRAP ( sequence - related amp lified polymorphism)和SSR标记构建了甘蓝型油菜品种指纹图谱,并对 两种标记方法进行了比较。结果表明: (1)每对SRAP引物扩增出20. 36个条带,其中4. 44个是清晰、易于辩认的 多态性带;每对SSR引物扩增出3. 88个条带,均为多态性条带。(2)采用25对SRAP和SSR引物分别构建40个和 75个品种的特异指纹图谱, SRAP指纹中具有特异图谱的比例(82. 5%和50. 7% )高于SSR指纹图谱的结果( 60. 0%和44. 4% ) 。品种数越多具有特异指纹的品种越少。(3)运用引物组合法构建品种指纹图谱,大大地提高了指 纹图谱的特异性。25对SSR引物组合扩增97个多态性谱带,两个不同的品种具有相同谱带的概率只有6. 3108 × 10 - 30。组合指纹图谱比组合数码图谱更直观。与SRAP标记相比, SSR标记以其扩增谱带少、易于识别和统计而 更适合用于引物组合法构建品种指纹图谱。     

SSR分子标记鉴定橡胶树F1真伪杂种

早期快速鉴定橡胶树F₁杂交子代,获取真杂种对橡胶树优良品系的创育和遗传学研究具有重要的意义。以橡胶树优良品系‘PR107’和‘93-114’进行杂交,获得杂交组合子代,以亲本作为模板从104对SSR引物中筛选出3对多态性引物对35株杂交子代进行真实性鉴定,结果表明：35株杂交子代均鉴定为真杂种苗;筛选出的3对多态性引物都具有较高的杂种鉴定率,并验证了1对引物鉴定真伪杂种的可靠性,后续可作为橡胶树杂交子代真实性鉴定的理想SSR分子标记。     

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.393;对68份红毛丹种质做聚类分析,遗传相似系数为0.290～0.664;采用引物?带型组合法构建了68份红毛丹种质的指纹图谱。该结果为今后红毛丹种质鉴定和分子育种提供重要依据。     

基于NYT 1433-2014中48对SSR引物的94份杂交稻亲本DNA分子数字指纹库研究

建立方法简便、分辨率高的水稻品种遗传多态性和真实性鉴定的分子指纹技术对于指导水稻育种和规范种子市场都具有重要意义。农业部颁布的水稻品种鉴定技术规程行业新标准是基于35个不同遗传特点的代表性水稻品种建立的SSR分子标记技术规程。本研究根据该标准方法,对94份杂交水稻亲本材料的遗传多态性和特异性进行了比较分析,结果表明,供试品种间至少具有3对以上引物扩增的DNA片段差异,即利用该标准能很好地区分供试杂交水稻亲本的遗传差异。对新标准中48对推荐引物的比较与分析表明,46对引物扩增的DNA片段多态性较高,而RM176和RM551两对引物扩增带多态性较低,因此在其染色体的其他位点可进一步研究多态性更高的分子标记。与标准中35个水稻品种的指纹库进行比较,发现了16个新的等位变异,这些位点可作为标准指纹库的信息补充,丰富标准库中的遗传信息。对94个杂交水稻亲本的分子指纹比较分析,发现23个亲本材料具有特异性分子标记,这些特异分子标记可应用于杂交组合的真实性以及杂交种子纯度的分子鉴定。根据供试亲本的数字分子指纹,构建了87个不育系与7个父本杂交的虚拟组合数字分子指纹库以及虚拟组合的真实性和纯度快速鉴定的特异数字分子标记。     

玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建

研究了39个玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建方法。结果显示:①用改良CTAB法得到的玉米DNA的A260/A280为1.82,A260/A230为2.02,其条带清晰,降解少,质量明显优于SDS法;②从所用的国内外63对核心引物中筛选出PIC值高、条带清晰、稳定性好的20对玉米SSR核心引物;③用8%聚丙烯酰胺电泳在20对引物扩增产物中检测出了171个位点,PIC值为0.855 4,远远高于3%琼脂糖电泳,更适合DUS测试;④建立了DUS标准品种SSR分子指纹图谱,为DNA检测方法在玉米新品种DUS测试中的运用奠定了基础。     

SSR荧光标记毛细管电泳法与国家冬油菜区试指纹鉴定平台的构建

为了提高油菜品种指纹检测的精确性及未来构建大规模油菜新品种指纹数据库的需求,应用SSR荧光标记毛细管电泳检测法构建国家冬油菜区试指纹鉴定平台。以40对荧光引物对2012-2013年度163份国家冬油菜区试参试品种（系）进行分析。结果共检测到42个等位位点和131个等位变异。其中A基因组（n1～n10）检测位点25个,C基因组(n11～n19)检测位点17个。每个位点等位变异数从2到6不等,平均为3.02。42个检测位点的PIC值变化范围在0.10～0.69之间,平均值为0.36。其中引物BRGMS171的杂合度、PIC值分别高达0.67、0.70,可考虑作为以后区试杂交种纯度鉴定的核心标记。SSR位点的纯合度分析得出本年度18份常规种平均纯合度为81.9%,145份杂交种为57.9%。以131个等位变异计算品种（系）间DICE相似系数,163份品种（系）间平均遗传相似系数变幅为0.607～0.765,变幅最大的为品种（系）FC03（0.438～0.879）,变幅最小为品种（系）宜油21（0.611～0.806）。     

长江流域主要常规双季早籼稻的遗传相似性分析及指纹图谱构建

【目的】构建常规早稻品种的指纹图谱以及分析其遗传相似性,为早稻品种鉴定、育种者有效选配亲本提供参考依据。【方法】以2000年以来长江流域双季稻区通过省级以上审定的常规早稻品种为材料,利用50对多态性高,稳定性好,且均匀分布于水稻12条染色体的SSR引物,建立常规早稻的SSR指纹图谱。利用NTSYS PC Version 2.10e软件、UPGMA法进行聚类分析。【结果】50对引物共检测到多态性位点154个,每对引物检测到的等位基因数为2~6个,平均3.08个;引物多态信息含量(PIC)值为0.03~0.75,平均值为0.36。62份材料的遗传相似系数变化范围为0.66~1,并且在相似系数为0.73处可分为浙江省内品种及省外品种2组,各组间差异不大。【结论】结合系谱关系发现,本研究中所用早稻品种的遗传背景较为狭窄。     

基于全基因组SNP构建甘蓝型油菜指纹图谱

甘蓝型油菜是世界上重要的油料作物,可用作油料、饲料以及食品等,具有较高的经济价值。为了高效快速地鉴定并区分油菜品种,加强油菜品种管理,本试验利用505份油菜种质的重测序数据进行SNP鉴定,根据杂合率、位点缺失率以及多态性等指标对SNP集合进行筛选,得到了能够高效鉴定油菜种质的核心SNP位点组合,构建了DNA指纹图谱。该套核心位点组合包括897个位点,其MAF、PIC的平均值分别为0.41、0.474。使用该套SNP位点组合进行品种区分,每两个材料之间的差异位点数目90%为357～508。对核心SNP位点进行精简,最少用17个SNP标记可完全鉴定该套种质。本研究使用高质量的油菜重测序数据,筛选出了897个核心SNP位点,并利用该套核心SNP组合构建了油菜的特征指纹图谱,为油菜遗传多样性分析、品种鉴定以及种质管理提供数据参考。