苏淮猪BMP4基因3'-UTR区克隆和多态性分析

[目的]本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪BMP4(bone morphogenetic protein 4)基因3'-UTR区序列特征,分析苏淮猪BMP4基因3'-UTR区SNP位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪BMP4基因3'-UTR SNP位点多态性。[方法]采用克隆测序技术获得苏淮猪BMP4基因3'-UTR区序列;利用生物信息学方法分析其序列特征;利用池DNA测序技术筛选SNPs,采用AS-PCR技术分析苏淮猪和梅山猪SNPs位点多态性。[结果]苏淮猪BMP4基因3'-UTR区序列长度为267 bp,含有一个(AC)9微卫星位点和Poly A结构;在苏淮猪BMP4基因3'-UTR区20 nt处发现一个SNP,AS-PCR检测到3种基因型(GG、GC和CC);在苏淮猪中,GG型和G等位基因为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.815和0.887,而在高繁殖力猪种梅山猪中CC型和C等位基因为优势基因型和优势等位基因,频率分别为为0.667和0.770。[结论]获得了BMP4基因3'-UTR区序列,鉴定了一个新的SNP位点,发现BMP4基因3'-UTR区20GC位点多态性可能与猪繁殖性能有关。     

抑制素α亚基基因5'UTR区在苏淮猪中的多态性分析

[目的]探究抑制素α亚基基因(INHA)5'UTR区多态性与苏淮猪产仔数相关性,为苏淮猪的分子选育工作提供理论依据。[方法]选取189头健康苏淮母猪,通过PCR扩增和测序对INHA基因5'UTR区基因多态性进行了检测,同时利用生物信息学方法分析该序列特征,最后通过群体遗传学和生物信息学分析了不同基因型对苏淮猪产仔数的影响。[结果]在苏淮猪INHA基因5'UTR调控区-42GA处发现一个SNP位点,对其进行多态性分析,存在3种基因型,分别为GG、GA、AA,且基因型分布不符合哈代温伯格定律(P0.01)。G等位基因为优势等位基因,GG型为优势基因型,GG型苏淮猪的平均总产仔数比AA型多0.63头(P0.05)。[结论]INHA基因5'UTR区多态性可用于苏淮猪繁殖性状的分子标记辅助选择,加速育种进程。     

苏淮猪BMP7基因3′-UTR多态性分析

[目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考.[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;池DNA测序筛选苏淮猪B...     

泾县市场猪肉品质调查研究

[目的]了解泾县农贸市场猪肉品质状况。[方法]从安徽省泾县农贸市场共选取8头土种猪和杂交猪,分析其肉质性状。[结果]肌肉成熟后,杂交猪的肉色为2.9左右,低于土种猪。杂交猪和土种猪的pH值和滴水损失都在正常范围内。杂交猪的水分含量为71.62%,高于土种猪。杂交猪和土种猪的肌内kg脂肪含量均高于3.0%,达到理想值。肌内脂肪含量与大理石纹评分呈极显著正相关,相关系数为0.99。杂交猪的肌肉剪切力为3.80 kg,大于土种猪,说明我国地方猪肉嫩度小于外来猪,且含有我国地方猪基因频率越低的猪肉嫩度越大。[结论]滴水损失小、肌内脂肪适宜和水分含量低是地方猪种肉质的内在特性。     

CAPN1基因4685位点与肉质嫩度相关性研究

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I(CAPN1)基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR-RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPN1基因第14内含子区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标(蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等)密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状(净肉重、胴体重、净肉率等)无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPN1基因4685位点与肉质嫩度存在密切相关。     

CAPN1基因4685位点与肉质嫩度相关(英文)

[目的]探索延边黄牛与草原红牛钙蛋白酶I(CAPN1)基因4685位点对肉质嫩度的影响。[方法]采用PCR-RFLP技术对草原红牛、延边黄牛CAPN1基因第14内含子区4685位点进行基因多态性与肉质嫩度进行分析,验证该位点在吉林省地方品种牛中的作用。[结果]该位点与肉质嫩度相关检测指标(蒸煮损失、肌纤维直径、剪切力、滴水损失等)密切相关,均表现为T等位基因的存在能够显著提高个体的嫩度水平,但该位点与pH无关。4685位点与屠宰性状(净肉重、胴体重、净肉率等)无关,仅与眼肌面积存在一定的相关性。[结论]延边黄牛与草原红牛CAPN1基因4685位点与肉质嫩度存在密切相关。     

肌肉苹果酸酶活性与猪肉品质关系的研究

[目的]探讨肌肉苹果酸酶活性与猪肌肉品质的关系,为提高猪肌肉品质提供理论依据。[方法]选取3个不同品种的猪（鄂西黑猪、长野鄂杂交猪和长大二元杂交猪）,比较了肌肉苹果酸酶活性以及肉质性状之间的差异。[结果]结果表明,鄂西黑猪的肌肉苹果酸酶活性和肌内脂肪显著高于长野鄂（三元）杂交猪和长大二元杂交猪（P〈0.05）;长大二元杂交猪的肌肉pH2值、滴水损失和剪切力显著高于鄂西黑猪（P〈0.05）。[结论]猪肌肉苹果酸酶活性对猪肉品质存在一定的影响。其中,肌肉苹果酸酶活性与肌内脂肪含量呈显著正相关,与肉色呈正相关,而与滴水损失和剪切力呈显著负相关。     

猪整联蛋白α9基因c.158+1731C>T突变与猪肉滴水损失性状相关性分析

以猪整联蛋白α9(Integrin alpha 9,ITGA-9)基因为候选基因,通过相关分析发掘该基因与三元杂种猪滴水损失性状关联的分子遗传标记。采用PCR-SSCP和RT-PCR方法对98头洋三元杂种猪ITGA-9基因第3内含子进行多态性检测,分析其与滴水损失性状和ITGA-9基因表达水平的关系。结果表明:在ITGA-9基因第3内含子1791碱基处发现c.158+1731CT突变,C和T等位基因频率分别为0.469和0.531。统计分析表明,CC型个体的滴水损失显著低于TT型个体(P0.05),且CC型个体mRNA表达水平显著低于TT型个体。ITGA-9基因mRNA表达水平与相应的滴水损失性状之间存在正相关关系(r=0.459,P0.05),且在滴水损失高低组间存在显著差异。ITGA-9基因c.158+1731CT突变与猪肉滴水损失性状及ITGA-9基因表达水平相关。     

苏淮猪抗腹泻MUC13基因rs319699771位点多态性 及其与经济性状的关联

【背景】MUC13基因是调控致使仔猪断奶前腹泻的产肠毒素大肠杆菌F4ac感染的主效基因,该基因上rs319699771位点（G/A突变）能准确鉴别易感和抗性个体,其中GG型是抗腹泻基因型,苏淮猪抗腹泻性能分子选育是通过选留GG型个体来实现。但在选留抗腹泻GG型个体时是否会对苏淮猪其它重要经济性状如生长、胴体、肉质产生不利影响尚未明晰。【目的】旨在分析该位点是否与其它性状关联,以确定基于MUC13基因rs319699771位点抗腹泻性能的分子选育是否会对苏淮猪其它经济性状产生不利影响。【方法】以313头体重为87.61±0.54 kg的苏淮育肥猪为试验动物,屠宰测定其胴体和肉质性状,以261头日龄为161.1±0.5 d苏淮后备猪为试验动物,测定其生长、体尺性状,同时采集相应苏淮育肥猪和后备猪群耳组织样提取组织DNA,经过多重PCR反应进行MUC13基因rs319699771位点多态性检测,采用SAS软件中一般线性模型分析MUC13基因rs319699771位点多态性基因型和苏淮猪肉质、胴体和生长性状的关联性。【结果】MUC13基因rs319699771位点多态性检测结果显示,苏淮猪育肥群公、母猪群体MUC13基因rs319699771位点的抗腹泻G等位基因频率分别为0.695和0.634,抗腹泻优势GG型频率在苏淮猪育肥群公、母群体中分别为0.467和0.373;该位点抗腹泻G等位基因频率在苏淮后备群公、母猪群体分别为0.690和0.705,抗腹泻优势GG型频率在后备群公、母猪群体中分别为0.508和0.480,说明苏淮猪抗腹泻等位基因频率较高,通过分子选育提升苏淮猪抗腹泻GG型频率的可行性强。MUC13基因rs319699771位点多态性与苏淮猪经济性状关联分析结果显示：育肥猪群体该位点多态性与胴体、肉质性状均无显著关联（P>0.05）,可见在苏淮猪育肥猪群体内加大对抗腹泻MUC13基因rs319699771位点的选育不会影响到苏淮育肥猪的胴体和肉质性状;苏淮后备猪群体该位点多态性与腿臀围指标存在极显著关联（P<0.01）,该位点GG型个体腿臀围平均比比AG型个体腿臀围长1.46 cm,比AA型个体腿臀围长3 cm;与日增重和结测体重的关联性分析有关联趋势（P<0.10）,GG型个体相较于AA、AG型个体有提升趋势,对于这三个性状来说,有利基因型都是GG型,说明选留该位点GG型进行苏淮后备猪抗腹泻选育的同时还可以提升苏淮后备猪生长相关性状。【结论】据此,苏淮猪群体MUC13基因rs319699771位点抗腹泻等位基因频率较高,进行抗腹泻选育的可行性强,同时对于苏淮猪群体,不仅可通过选留提升MUC13基因rs319699771位点GG型频率来提高抗腹泻能力,还能同时实现对苏淮猪群腿臀围、日增重的选育提升。     

磷酸盐对PSE猪肉食用品质和微观结构的影响

为改善PSE猪肉的加工特性,研究焦磷酸钠(Na4P2O7)、三聚磷酸钠(Na5P3O10)、六偏磷酸钠[(NaPO3)6]对PSE猪肉保水性的影响.在单因素试验基础上,通过正交试验,以蒸煮损失、离心损失、滴水损失为参考指标,确定最适添加量,研究磷酸盐对PSE猪肉食用品质和微观结构的影响.结果表明:单独添加焦磷酸钠、三聚...     

苏淮猪VRTN基因克隆、组织表达特征与多态性分析

【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织cDNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用BioEdit 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用Clustal W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用UCSC基因组浏览器与NCBI基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用SMART软件预测蛋白质功能域,CPHmodels软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取组织总RNA,采用RT-PCR技术分析苏淮猪VRTN基因的组织表达谱。采集106头成年苏淮猪繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用 PCR-凝胶电泳分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【结果】苏淮猪VRTN基因编码区序列全长为2 097bp,与其它哺乳动物如人、小鼠、牛和羊的一致性分别为84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而与鸡的一致性只有54.42%。基因组结构分析发现猪VRTN基因由2个外显子和1个内含子构成,定位在猪7号染色体上。苏淮猪VRTN基因编码蛋白含有698个氨基酸残基,与人、小鼠、牛和羊等的一致性分别为85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但与鸡的一致性只有51.17%,可见哺乳动物VRTN基因在进化过程中比较保守。氨基酸组分分析显示苏淮猪VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20种氨基酸,其中Leu（亮氨酸）含量最高,达到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白结构分析发现苏淮猪VRTN蛋白含有 HTH结构域等典型结构域,由6个α螺旋、5个β折叠以及若干无规则卷曲组成。RT-PCR分析表明VRTN基因在苏淮猪心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、卵巢和肌肉组织等组织中均有表达,说明VRTN基因是一个广泛表达的基因。在苏淮猪群体中检测到VRTN基因ins291位点的3种基因型,其中仅有93bp条带的为野生纯合型（wt/wt）,仅有384bp条带的为突变纯合型（Q/Q）,含有384和93bp条带的为杂合型（wt/Q）。在苏淮猪群体中wt/wt型为优势基因型,基因型频率为0.717;wt为优势等位基因,基因频率是0.816;高脊椎数等位基因Q的频率为0.184。遗传多态性分析发现苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态信息含量为0.331,为中度多态位点,杂合度为0.40,变异程度相对较低。【结论】 获得了苏淮猪VRTN基因序列,其表达无组织特异性;苏淮猪群体中存在高脊椎数等位基因Q。     

从江香猪CYP2A19基因单核苷酸多态性的群体遗传学分析

[目的]评估从江香猪CYP2A 19基因的纯合度及遗传变异,为开发从江香猪药物代谢模型积累基础资料.[方法]应用SNaPshot检测方法对141份从江香猪样本CYP2A 19基因编码区rs323914689、rs81217981、rs333289891、rs343272409位点及3’端非翻译区rs338584662和rs321736682位点进行分型分析,并计算从江香猪种群的基因型频率、等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、杂合度(He)、多态位点数及多态位点百分比.[结果]除rs333289891位点表现为单态外,其余5个位点均检测到2种或3种基因型,多态位点百分比为83.33%.X2检验结果显示,5个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).5个多态位点的Ne介于1.0071~1.3129,He介于0.0071~0.2057.[结论]不同品系猪种由于遗传背景差异而具有不同的单核苷酸变异,其药物代谢特性也因此存在差异.从江香猪群体纯合度高、遗传稳定性好、变异程度低,是其作为药物代谢动物模型的关键基础.     

家兔肌肉生长抑制素基因多态性及其遗传效应分析

以9个肉兔纯系及其37个杂交组合为实验材料,采用测序和单链构象多态(SSCP)的分析方法探讨了肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因的全部3个外显子区及部分5’调控区的遗传多态性,结果发现该基因5’调控区476位点存在1处T→C的单碱基突变,外显子区域没有发现突变位点。关联分析表明,该突变有增加活体重,提高胴体重、前腿重、背腰重、后腿重和皮重,同时降低肌肉滴水损失和熟肉率等有利遗传效应(P<0.05),结果提示位于MSTN基因上游调控区的该处突变有利于家兔的体躯发育,可资开发为用于家兔肉用性能选育的分子标记。     

绵羊GRM1基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探究绵羊代谢型谷氨酸受体1基因(GRM1)多态性及其对绵羊肉质性状的影响，以期为绵羊肉质性状选育提供有效的遗传分子标记。采用液相捕获测序技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)3个绵羊群体共91只绵羊的GRM1基因进行测序，筛选出2个多态位点rs403075278和rs415006419。利用飞行质谱检测技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型，对筛选出的位点与肉质性状进行关联分析。结果显示：不同基因型绵羊的肉质性状存在显著差异，GRM1基因rs415006419位点的CT基因型绵羊肾的质量显著(P<0.05)大于TT基因型，TT基因型绵羊肌肉的酪氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型。rs403075278位点TT基因型绵羊的宰前活重、胴体重、净肉重、十二指肠长度，以及心、肺和肾的质量均极显著(P<0.01)大于CT基因型；TT基因型绵羊的背膘厚、净肉重、脾的质量、肌肉的脂肪、钙含量、苯丙氨酸和组氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型；CT基因型绵羊的pH值、剪切力和失水率极显著(P...     

中药负离子制剂对猪肉品质和贮藏期新鲜度的影响

[目的]研究中药负离子制剂对猪肉品质的影响。[方法]将60头45日龄左右、健康、体重相近的杜长大三元杂交仔猪随机分为对照组A和试验组B,A组饲喂基础日粮相同,B组饲喂添加0.25%中药负离子制剂的日粮。[结果]试验组前腿、里脊和后腿猪肉持水力较对照组显著提高(P0.05);与对照组相比,试验组在贮藏的第4天和第8天后腿的TBARS值显著降低(P0.05),第6天前腿的TBARS值极显著降低(P0.01);试验组第2天后腿的L*值较对照组极显著提高(P0.01);与对照组相比,试验组第6天和第8天前腿、后腿和里脊的滴水损失显著降低(P0.05),第10天前腿和里脊的滴水损失极显著降低(P0.01),后腿的滴水损失显著降低(P0.05)。[结论]在日粮中添加中药负离子制剂,能够改善猪肉的品质,延长猪肉的贮藏期,增加经济效益。     

在白色杜洛克×二花脸资源家系中定位影响猪肉滴水损失的QTL

 【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点（QTL）。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性（r = 0.50—0.58,P＜0.01）,而在两个连续测定时间点间相关性更高（r = 0.72,P＜0.01）。滴水损失与24 h的pH、肉的亮度（Minolta L）,肉色评分、大理石纹、水分含量及肌内脂肪含量呈中等或较低的显著相关（r = 0.09—0.35,P＜0.05）。QTL分析共检测到9个影响滴水损失相关性状的QTL,6个背最长肌滴水损失QTL,分别位于SSC1、SSC10和SSC12,其中SSC10上的QTL达到5%基因组显著水平;影响半膜肌滴水损失的3个QTL分别位于SSC2、SSC6和SSC17上。【结论】在SSC6、SSC10、SSC12及SSC17上首次检测到滴水损失QTL。多个滴水损失QTL与早先定位的pH QTL或肌内脂肪含量QTL的置信区间重叠。检测到的QTL无一个既影响背最长肌滴水损失,又影响半膜肌滴水损失。大部分QTL有利等位基因（减少滴水损失）源自二花脸猪。     

山羊MC1R基因克隆、表达及其多态性研究

为研究黑色素皮质素受体1(MC1R)基因与山羊毛色形成的相关性,以苏淮山羊和波尔山羊为研究对象,克隆测序获得了山羊MC1R基因编码区全序列,实时定量荧光PCR(Real-Time PCR)检测其在苏淮山羊和波尔山羊耳组织中的表达水平,DNA池方法筛选其在山羊群体中的SNPs位点。结果发现,MC1R基因在苏淮山羊中全长954 bp,编码317个氨基酸残基。波尔山羊和苏淮山羊MC1R基因核苷酸和氨基酸序列一致性为99.79%和98.77%;系统进化分析发现,波尔山羊与苏淮山羊聚在一起后再与绵羊聚在一起。在苏淮山羊群体中发现183C/T和748T/G 2个突变位点,在波尔山羊群体中检测到701G/A突变。MC1R基因在波尔山羊耳组织中的表达水平高于苏淮山羊,但差异不显著。该研究显示MC1R基因可能在调控山羊毛色形成中发挥一定的作用。     

GARNL1基因多态位点与鸡冠高度的相关性分析

鸡冠高度是早熟性性状选育的重要间接指标,鉴定与鸡冠高度相关的候选基因对优质鸡生产具有重要的意义.采用PCR-RFLP方法对宁都三黄鸡母系1 301个个体进行基因型检测,分析家鸡繁殖性状侯选基因GARNL1多态位点与母鸡鸡冠高度的相关性,结果表明GARNL1基因上多个位点与鸡的冠高性状显著相关,是影响母鸡鸡冠高度选育的候选基因;位点rs14532831和rs15701119与鸡77日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关;位点rs14532831, rs14532824和rs15701119与鸡84日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.基因上的4个位点rs14532831,rs14532779,rs14532824及rs15701119与鸡91日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.GARNL1基因的变异对鸡冠高度性状具有遗传效应.     

三个品种马MSTN基因PCR-SSCP多态性分析

[目的]肌肉生成抑制素(Myostatin,MSTN)基因对肌肉起负调控作用.以MSTN基因作为候选基因,寻找影响马生长及运动性能等相关的单核苷酸多态性(SNP)位点,为马的分子育种提供一定的理论依据.[方法]以焉耆马、伊犁马、蒙古马3个品种采取的196个个体为材料,利用PCR-SSCP、DNA测序等技术,对马MSTN基因进行多态性分析.[结果]伊犁马、焉耆马MSTN基因检测到1个单核苷酸多态性位点(g.2115A→G),位于马MSTN基因的第一内含子区.通过PCR-SSCP分析检测到AA、AG和GG三种基因型,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态.蒙古马中未检测到SNP位点.[结论]除蒙古马外,焉耆马与伊犁马MSTN基因检测到一个多态性位点.该基因可能对马运动性能具有重要影响作用.     

陇东地方牛和西杂肉牛M-calpain和H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

【目的】研究陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛2个基因的多态性及与肉质性状的相关性。【方法】采用PCR-RFLP方法对陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛的M-calpain基因和H-FABP基因进行多态性分析,并利用最小二乘法拟合线性模型分析了基因型与肉质性状之间的相关性。【结果】发现M-calpain基因突变位点C1795T和H-FABP基因序列中的突变位点C1006G,分别检测到3种基因型AA/AB/BB和GG/GC/CC。相关分析表明M-cal-pain基因中AB基因型在剪切力上差异显著高于AA基因型(P?0.05);BB基因型的滴水损失显著高于AB基因型(P?0.05);H-FABP基因中GC和CC基因型对牛肉滴水损失有显著的影响(P?0.05)。【结论】推测M-cal-pain基因C1795T和H-FABP基因C1006G的突变位点可以作为陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛牛肉嫩度和大理石花纹的遗传标记。