DNA提取前处理方法对太岁里层样品中 细菌种群结构的影响

为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3) 3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1 095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%～56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。     

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。     

群体感应淬灭酶YtnP对草鱼肠道菌群结构的影响

[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度.     

利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。     

林麝粪便细菌多样性研究

为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。     

室内培育不同产地卤虫的成虫肠道菌群结构分析

[目的]探究室内培育卤虫的成虫肠道菌群组成及结构特征,为开展人工健康养殖卤虫提供参考依据.[方法]选取俄罗斯鄂木斯克地区及我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫卵进行孵化,人工养殖至成虫期后采用16S rDNA高通量测序技术分析不同产地卤虫肠道内的菌群组成及结构特征.[结果]Illumina MiSeq测序共得到481096条有效序列,平均每个样品有53455条有效序列.变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为不同产地卤虫肠道内的优势菌群,其在肠道菌群内的相对丰度均在97.0%以上.不同产地卤虫肠道菌群的共有OTU为291个,共有OTU对应序列数占不同产地卤虫总序列数的95.04%.其中,假单胞杆菌属(Pseudomonas)有29个OTUs,其对应序列数占总序列数的31.25%;盐单胞杆菌属(Halomonas)有15个OTUs,其对应序列数占总序列数的16.44%;交替赤杆菌属(Altererythrobacter)有9个OTUs,其对应序列数占总序列数的12.00%.不同产地的卤虫肠道菌群也存在一定差异,交替赤杆菌属和列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)在俄罗斯鄂木斯克卤虫肠道内的相对丰度显著高于我国巴里坤和渤海湾产地的卤虫(P<0.05,下同),微小杆菌属(Exiguobacterium)在我国巴里坤卤虫肠道内的相对丰度显著高于俄罗斯鄂木斯克地区和我国渤海湾产地的卤虫,而Idiomarina属仅在我国渤海湾卤虫肠道菌群中出现.[结论]卤虫肠道菌群构成与其生存的水体环境和摄食的饵料相关,因此可通过调整养殖水体环境和投喂饵料的一致性以提高肠道共有菌群的比例.卤虫肠道中参与食物消化吸收的有益菌群可作为今后研究卤虫生长机制的靶菌群.     

16S rRNA高通量测序技术筛选牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及菌群结构

【目的】确定理想的牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及初步分析牦牛瘤胃细菌的群体结构。【方法】采用物理法(珠磨法、反复冻融法)、化学法(CTAB、SDS)及酶解法(溶菌酶、蛋白酶K)三者与瘤胃细菌特点相结合的方法,组合生成9种不同方法,即方法 1(CTAB+SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 2(CTAB+SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 3(CTAB+SDS+Lysozyme+珠磨法)、方法 4(CTAB+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 5(CTAB+Lysozyme+反复冻融法)、方法 6(CTAB+Lysozyme+珠磨法)、方法 7(SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 8(SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 9(SDS+Lysozyme+珠磨法),同时以QIA amp DNA Stool Mini Kit(方法 10)为对照,以这10种方法来提取瘤胃微生物基因组DNA,并通过DNA浓度、纯度、DNA电泳图等基本性质及16S r RNA高通量测序结果对其进行分析比较,同时通过测序结果初步分析牦牛瘤胃细菌群体结构。【结果】不同DNA提取方法效率比对结果显示,同样的化学及生物酶裂解条件下,结合珠磨法及反复冻融法能够显著地增强细胞裂解效率,提高DNA产量。其中方法 3及方法 6提取的DNA具有较高的浓度及纯度,方法 7—10缺乏CTAB阳离子去污剂,提取的DNA量显著低于其他方法(P0.05),除方法 2和8所提取的样品经多次试验,PCR产物目的条带太弱或未检测到外,其余8种方法提取的样品PCR产物目的条带大小正确,浓度合适,符合高通量测序的要求。16S r RNA高通量测序共生成了191 349条原始数据,质控后得到有效序列171 231条。稀释性曲线分析表明,数据量合理并达到饱和,能够完整反映样品的菌群种类。OTU聚类数据统计、分类学和多样性指数分析显示方法 6和10包含的细菌较丰富。不同提取方法对革兰氏阳性菌提取效果比对结果表明方法 6裂解革兰氏阳性菌细胞壁的能力比其他方法相对较高。综上,方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨)提取的DNA产量、样品多样性指数及革兰氏阳性菌破壁能力均优于其他方法。菌群结构分析表明牦牛瘤胃细菌菌群结构包括21门、35纲、75科、112属,丰度较高的菌群依次是拟杆菌Bacteroidtes(64%)、厚壁菌Firmicutes(20%)、螺旋体Spirochaetae(2.3%)和变形菌Proteobacteri(1.8%),纤维杆菌Fibrobacter(1.7%)。牦牛瘤胃细菌群体结构与黄牛相比存在着一定的差异,这可能归因于饮食及环境的不同。【结论】利用16S r RNA高通量测序筛选出了牦牛瘤胃细菌基因组DNA理想提取方法,即方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨),并初步分析了牦牛瘤胃细菌群体结构,为研究牦牛瘤胃微生物群体特殊性及挖掘牦牛体内的基因资源奠定了基础。     

采用16S rRNA高通量测序技术分析鲜奶中微生物的多样性

[目的]本研究以16S rRNA为分子标记,采用高通量测序技术分析探讨3种水平体细胞鲜奶样品中细菌种类、菌群多样性和菌群结构。[方法]选取江苏某牧场45头奶牛鲜奶样品,分为健康、亚临床乳腺炎型和临床乳腺炎型3组,并对临床型奶样进行细菌培养鉴定,同时分别提取各组鲜奶样品中细菌总DNA,根据16S rRNA V4—V5区设计引物进行扩增测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。[结果]对体细胞数1×10~6 mL~(-1)的奶样进行细菌培养,鉴定出奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌。对序列进行相似性聚类分析,得到394个可操作分类单位(OTU)。通过对OTU的聚类分析发现3组样品之间部分OUT水平存在明显差异。物种及丰度分析显示,门水平上的优势门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobactice);属分类水平上的优势属为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、海洋杆菌属(Oceanobacillus)、沙雷菌属(Serratia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和vadinBC27 wastewater-sludge group。其中临床组沙雷菌属和鞘氨醇单胞菌属显著高于其他2组,而海洋杆菌属的相对丰度降低。[结论]该牧场奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌,为乳腺炎临床的抗生素选择和治疗提供了依据和借鉴。     

不同种植年限及覆膜栽培防风根际土壤微生物多样性研究

为探究防风生长发育及栽培方式对其根际微生物群落结构的影响，采用Illumina高通量测序技术对非根际土壤(CK)、1年生(F1)、2年生(F2)和覆膜栽培1年(FM)的防风根际土壤中细菌16SrRNA和真菌18S序列进行测序分析。研究发现各处理的微生物总数、菌群丰富度和复杂程度表现为1年生组>非根际土壤组，1年生组>2年生组、覆膜组。覆膜栽培后微生物α多样性以及小囊菌科和丛赤壳科真菌丰度整体下降，假球壳科真菌丰度急剧增加。各处理土壤样品中微生物的群落组成虽存在差异，但其优势菌门相对稳定，细菌丰度最大的2个门始终是放线菌门和变形菌门，真菌丰度最大的门为子囊菌门和担子菌门。Venn分析和UPGMA聚类分析显示，F2处理中独有细菌的OTU数少于F1处理，独有真菌的OTU数则多于F1处理，F2和FM处理在菌落结构组成上较为相近。Spearman相关性分析发现，土壤全钾、硝态氮和铵态氮含量是驱动根际微生物群落的主要因子，但其与各优势菌群的相关性不显著。利用PICRUSt2进行菌群功能预测发现，2年生组较其余组菌群功能差异最大。综上可知，生长年限和覆膜均会影响防风土壤细菌群落结构和生态...     

金钱鱼循环水养殖系统水体细菌的多样性

以实验室循环水养殖系统养殖金钱鱼1周和1个月后的2组养殖水体样品(分别为A、B)作为研究对象,滤膜抽滤富集水样中的细菌,提取细菌基因组DNA,采用Mi Seq高通量测序方法测序16S r DNA的PCR扩增产物,进行细菌多样性比较分析、物种组成分析及聚类分析。结果表明:从2个样品测序中获得15 259条有效序列,其中A样品为9 092条,B样品为6 167条;在97%相似度下将其聚类,共产生90个OTUs(operational taxonomic units);多样性指数分析表明,A样品细菌群落多样性明显大于B样品的;样本中的细菌种类包含8个门、16个纲、28个目、38个科、48个属,其中A样品以变形菌门(Proteobacteria)的海单胞菌属(Thalassospira)和弧菌属(Vibrio)占优势,相对丰度分别为14.51%和13.29%,B样品以拟杆菌门(Bacteroidetes)的Aureispira和Dyadobacter占优势,相对丰度分别为44.67%和17.63%。表明随着时间的推移,鱼体生长产生的可溶性代谢产物和溶解性有机物逐渐积累以及水体p H的变化,改变了细菌生长的微环境,出现了细菌种群演替和适应的现象。     

猪场空气细菌数量与猪高热综合征的相关性研究

自2001年入夏以来,浙江、上海等许多地区的猪群中流行以持续高热、气喘、皮肤发红为主要特征的猪"高热综合征",给养猪业带来了巨大的损失.但到目前为止,其主要病原依然未被确定.为了研究空气中细菌含量与该病的发生和严重程度之间的关系,我们对浙江省几个不同规模、不同发病情况的猪场的空气细菌含量进行了测试.结果发现:该病的发生及严重程度与猪舍内空气的细菌含量存在着明显的正相关性.     

树冠圆满度对树木生长的影响及作用研究

树冠是树木的重要组成部分,其数量指标———树冠圆满度不仅客观地反映了树木占有生长空间的状况及竞争能力,而且对树木的生长过程和树木的形状都有着非常重要的影响。研究结果表明:在树木直径、树高较小(或年龄小)时,其树干材积也较小,而树冠圆满度较大,随着直径、树高的增加,其树干材积随之增加,但树冠圆满度逐渐变小。所以,树冠圆满度与直径、树高及树干材积之间存在着紧密的相关关系,其相关指数(R)基本上在0 80以上,而形数与树冠圆满度之间呈正相关。     

加强向海水库的管理 大力发展向海旅游产业

吉林省通榆县向海水库为通榆县水利事业发展做出了突出贡献。分析向海水库发展的现状,认为要加强对向海水库的管理,因地制宜,通过向海这一品牌发展旅游经济。     

从经济学的视野看合同法的功能

从经济学角度而言,完备的合同必须具备四方面条件:完全竞争的市场;完全的理性;无外部负效应;零交易成本。但这些条件均不具有现实性。合同法的功能就是纠正合同的非完备性,使之趋于完备。在此分析基础上,对我国《合同法》的立法目的进行了审视。     

论从犯原因力的判断

从犯的原因力是指成立从犯所必需的因行为人的行为与其他人的犯罪行为之间产生的内在的必然联系。从犯是否成立,要经过一般性判断、具体性判断和排除性判断三个环节。一般性判断主要考虑是否具有成立从犯所要求的主观要件和客观要件,具体性判断涉及事前判断与事后判断、主观判断和客观判断、应然判断与实然判断,排除性判断主要考虑刑法分则的特殊规定和刑法总则中的但书。     

“营改增”对建筑施工企业经营管理的影响探析

"营改增"工作已于2016年5月1日起在全国范围内全面推行,对建筑施工企业带来深远的影响。分析了"营改增"对建筑施工企业的影响,并如何加强建筑施工企业的经营管理,应对"营改增"的变化提出了相关措施。     

党的领导是依法行政的保障

依法行政是依法治国的基础,党的领导是依法行政的保障。依法行政必须坚持党的领导,加强和改善党的领导必须依法行政。     

西藏青稞育种的成就与经验分析

本文主要回顾了西藏青稞育种的历程,育种研究的是基本成果以及品种性状演替过程,总结了青稞育种的成就和基本经验,提出青稞育种必须根据实际正确制定育种目标,合理选用亲本材料,改进育种方法等.另外,本文还展望了西藏青稞育种前景,提出今后西藏青稞育种应主要从三个方面考虑1.选育高产优质抗性强的品种2.选育和开发有特殊保健功能的专用品种3.选育和发展啤酒大麦新品种等.     

和谐社会构建中农民工弱势群体问题研究

我国农民工不仅数量巨大,而且处境尴尬,与和谐社会构建极不协调。农民工弱势群体的形成,既有自身原因,又有历史原因、制度原因。应健全法律法规,完善收入分配机制,创新就业制度,提高农民工自身素质。