基于宏病毒组测序技术的苹果病毒病鉴定与分析

采用宏病毒组测序技术（Virome Sequencing Technology）对河南地区染病苹果树进行病毒检测与分析,从建库测序的苹果叶片中共检测出13种病毒,其中有5种苹果病毒：苹果茎沟病毒（apple stem grooving virus,ASGV）、苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV）、苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leafspotvirus,ACLSV）、苹果坏死花叶病毒（applenecroticmosaicvirus,Ap NMV）和苹果绿皱缩相关病毒（apple green crinkle associated virus,AGCa V）。对病毒检测结果中的5种苹果病毒进行RT-PCR验证,扩增后均获得目的条带,与宏病毒组测序检测结果一致,表明宏病毒组测序检测结果精准可靠。根据测序结果设计特异性引物对ASPV全长进行扩增,得到1条长度为9 246 nt的ASPV-HN分离物基因组,与NCBI数据库中已报道的19个ASPV分离物的基因组核苷酸序列一致性为75.48%～79.85%;宏病毒组测序拼接所得的两条长度均...     

云南省苹果主要病毒与类病毒的调查与检测

系统调查了云南省昭通、马龙与丽江3个苹果产区主栽品种叶部病毒病与果实锈果病的发生情况。结果表明,苹果叶部病毒病与果实锈果病在云南省3个产区都有发生,不同产区与品种发生有明显差异。应用ELISA与RT-PCR方法检测来自以上3个产区苹果主栽品种的主要病毒与类病毒带毒率,结果显示:苹果花叶病毒(ApMV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)与苹果锈果类病毒(ASSVd)分布普遍,在昭通、马龙与丽江3个产区均检出,检出率最高的是苹果锈果类病毒(ASSVd),苹果茎沟病毒(ASGV)只在昭通、丽江产区检出;不同品种对不同病毒与类病毒具有不同的检出率,苹果锈果类病毒检出品种最多,检出率也最高,苹果花叶病毒次之,苹果茎沟病毒与苹果褪绿叶斑病毒分别只在少数品种检出,检出率不高。研究结果为云南省建立无病毒种苗检测体系、指导病毒病防控提供参考。     

苹果茎痘病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种检测苹果茎痘病毒（Apple stem pitting virus,ASPV）的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ASPV外壳蛋白基因（coat protein,cp）保守序列设计了特异性引物和TaqMan探针,以体外转录的RNA为标准品构建标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。建立的标准曲线决定系数达0.996,扩增效率为99%;该方法特异性好,与苹果茎沟病毒（ASGV）、苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果锈果类病毒（ASSVd）均无交叉反应;其最低检测限为1.31 × 102 copies ? μL-1,灵敏度比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于1.85%。该方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等优点,适用于田间样品中ASPV的快速定量检测。     

苹果花脸症状相关基因差异表达的分析

【目的】苹果花脸病主要由苹果锈果类病毒（apple scar skin viroid,ASSVd）引起，是一种严重危害苹果产量和果实品质的病害，通过分析苹果花脸症状相关基因表达，探索花脸症状形成的潜在机制。【方法】削取无症状且无ASSVd侵染的果皮和表现花脸症状的弘前富士苹果果皮，提取果皮总RNA，通过高通量测序并进行转录组数据分析。【结果】利用RT-PCR方法从表现花脸症状的苹果果皮中得到两条ASSVd序列，其基因组长度分别为331 nt和330 nt，与已公布的ASSVd山东烟台苹果分离物SDYT-1(MW302328.1)和SDYT-3(MW315909.1)完全一致。转录组测序结果表明，与无症状果皮相比，表现花脸症状的果皮中共有差异表达基因6938个，其中有3331个基因显著上调，3607个基因显著下调。通过差异表达基因功能注释分析，表明这些差异基因参与到植物激素（茉莉酸、水杨酸和生长素）合成和信号转导、苯丙烷生物合成等代谢途径。此外，转录组数据分析发现与植物防御反应相关转录因子的编码基因，如MdWRKY18-like、MdWRKY71、MdNAC29、MdWRKY70等在表现...     

苹果锈果类病毒RT-PCR检测体系的建立

为了开发苹果锈果类病毒(ASSVd)快速、准确的RT-PCR检测方法,以感染苹果锈果类病毒的田间苹果枝条为试材,对苹果锈果类病毒RT-PCR反应体系和程序进行选择和优化,利用优化的检测体系对保定市曲阳县苹果园苗木及3~5年生母本树苹果锈果病的发生情况进行检测,验证该体系的可靠性。结果表明:自行设计引物ASSVd QCxin3特异性最好,优化体系灵敏度达到能够检测3.75 ng新鲜样本中的病毒,可准确、灵敏检测苹果锈果类病毒田间样本;曲阳县苹果园48株苗木中携带苹果锈果类病毒13株,带毒率为27.1%;18株母本树中携带苹果锈果类病毒5株,带毒率为27.8%。     

苹果锈果类病毒山东文登峰山分离物的克隆

苹果锈果病又名花脸病或裂果病,是严重影响苹果生产的主要病毒病之一.广泛分布于东北、西北、华北各苹果产区,目前仍有扩大蔓延趋势.其病原物为苹果锈果类病毒（Apple scar skin viroid,ASSVd）,主要侵染苹果和梨,最新研究发现还可侵染桃、杏、樱桃核果类果树.感病苹果因品种和环境条件的变化果实表现为5种病状：锈果型、花脸型、锈果-花脸型、环斑型和绿点型,发病较重的果实发生畸形龟裂,大大降低果品的食用价值和经济价值.对文登峰山地区富士苹果进行ASSVd扩增和克隆,以期明确ASSVd在文登地区富士苹果上的变异情况.     

我国辣椒病毒病发生情况及发展趋势——基于2018年和2019年辣椒主产区的调查

为明确我国辣椒病毒病的种类和发展趋势，2018 年和2019 年在我国16 个省（市、自治区）辣椒主产区采集具有病毒病疑似症状的样品105 份，利用双抗体夹心酶联免疫吸附反应（DAS-ELISA）对12 种辣椒主要病毒进行检测。结果表明，有70 份样品为病毒病感染样品，病毒检出率为66.67%。检出病毒种类共10 种，其中辣椒轻斑驳病毒（Pepper mild mottle virus，PMMoV）检出率最高，为24.76%，其次为黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）、蚕豆萎蔫病毒（Broad bean wilt virus，BBWV）、烟草蚀纹病毒（Tobacco etch virus，TEV）和番茄斑萎病毒（Tomato spotted wilt virus，TSWV），检出率分别为19.05%、12.38%、12.38% 和10.48%。我国辣椒主产区多种病毒复合侵染发生较为普遍，病毒复合侵染率为40%，其中以2 种病毒复合侵染比例最高，为28.57%。通过对两年辣椒病毒病检测结果进行比较，12 种病毒中有7 种检出率有上升趋势。总体而言，PMMoV 和CMV 为近两年危害我国辣椒生产较为严重的病毒病；此外，PMMoV、BBWV_-1，2、TEV、TSWV 具有流行风险，需要严加防范。     

苹果病毒病的种类与日本的现状

苹果病毒病害到目前为止已报导的约有20余种。其中在栽培品种上表现出病征的约有17种,其余为潜在病毒病害。这些病害中病原病毒已经清楚的是少数的,病毒已经纯化的在栽培品种上表现病征的只有花叶病一种,苹果潜在病毒有苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leafsootvirus)和苹果茎沟病毒(apple stemgrooving virus)二种,由这些病毒引起的病毒病害只不过是部分的明确而已。其余均是从症状上作为病毒病害看待,因此多以病名作为病原病毒的名称。     

新疆杏树苹果锈果类病毒的检测与全序列分析

 在以往研究苹果锈果类病毒ASSVd的基础上,以通过斑点杂交检测ASSVd为阳性的杏树为试验材料,利用RT-PCR技术扩增出苹果锈果类病毒全长特异片段,通过回收克隆测序,发现杏树苹果锈果类病毒基因组长为330nt,将克隆测序结果在GenBank中登录,获得10条序列,登录号为：EU031487－EU031496。在此基础上,利用原位RT-PCR检测技术,进一步证明杏树叶片中有苹果锈果类病毒存在,主要分布在细胞核中。该研究证实苹果锈果类病毒也能侵染杏树,丰富了苹果锈果类病毒的寄主。     

云南苹果产区苹果茎沟病毒(ASGV)的发现及其分子变异

【目的】为了查明云南省苹果产区的苹果茎沟病毒病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的侵染情况和不同来源分离物间的分子变异情况,【方法】以云南昭通、丽江、昆明、曲靖等地采集的325份苹果病毒样品为试材,采用RT-PCR技术对其是否携带ASGV进行检测,运用DNAMAN6.0、MEGA5.0对实验获得的6个分离物和GenBank上已登录的34个分离物进行序列比对分析。【结果】ASGV在云南各大苹果产区的发病率高达48%。序列比对结果显示,这些分离物的核苷酸序列相似性为87.3%～93.8%,氨基酸序列相似性为90.7%～98.7%。系统发育树显示,云南的6个分离物聚为一簇,而陕西省苹果分离物YL06与云南省分离物ZT1、TJX1亲缘关系比较近,聚为一支;ASGV苹果分离物要明显区别于ASGV梨分离物和CTLV柑橘分离物。【结论】云南省苹果产区苹果树的ASGV带毒率高达48%,推测可能是一种发生率比较普遍的病毒病,这是云南省发现的首次报道。系统发育树显示:本研究获得的6个苹果分离物明显区别于其他寄主分离物,并且与其他地区的分离物具有一定差异,推测在我国,ASGV的分子变异与寄主/地域来源存在着一定的相关性。     

通辽市塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒的检测及变异分析

【目的】明确通辽地区塞外红苹果（Malus pumila ‘Saiwaihong’）中苹果褪绿叶斑病毒（ACLSV）、苹果茎痘病毒（ASPV）和苹果茎沟病毒（ASGV）3种苹果潜隐病毒的普遍率和遗传多样性。【方法】从通辽市开鲁县8个乡镇随机采集了96份塞外红苹果枝条，采用RT-PCR法对样品进行3种苹果潜隐病毒检测。对检测为阳性的样品进行病毒基因克隆、测序，并进行序列一致性分析和系统发育分析。【结果】检测结果表明，被检测的塞外红苹果中3种苹果潜隐病毒均有不同程度的发生，并且存在2种或3种病毒的复合侵染。基于CP基因对病毒一致性和变异情况进行分析，结果表明，来源于塞外红苹果的29个ACLSV分离物的核苷酸序列一致性为78.1%～99.9%，与其他15个已知的ACLSV分离物的一致性为69.1%～93.6%；来源于塞外红苹果的12个ASPV分离物的核苷酸序列一致性为83.6%～99.7%，与其他15个已知的ASPV分离物的一致性为75.4%～91.5%；来源于塞外红苹果的21个ASGV分离物的核苷酸序列一致性为96.4%～100.0%，与其他已知的40个ASGV分离物的一致性为89.9%～...     

海南地区冬春作甜瓜病毒病病原鉴定与分析

为探明海南地区冬春作甜瓜病毒病的主要病原种类和危害情况，2022—2023年冬春季从海南甜瓜主产区采集34份疑似感染病毒病的甜瓜样品，利用高通量测序（high-throughput sequencing）和聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）技术对甜瓜病毒病的病原种类进行鉴定和分析。结果表明：甜瓜黄斑病毒（melon yellow spot virus,MYSV）、西瓜银斑驳病毒（watermelon silver mottle virus,WSMo V）和中国南瓜曲叶病毒（squash leaf curl China virus,SLCCNV）引起的甜瓜病毒病在海南多个产区普遍发生。其中，MYSV检出率最高，为73.53%；其次为WSMo V，检出率61.76%；且呈现MYSV和WSMo V复合侵染现象，复合侵染率为47.06%。     

利用Y2H筛选西方烟中与苹果茎痘病毒CP互作的蛋白

苹果茎痘病毒（apple stem pitting virus,ASPV）是苹果和梨树上普遍发生的潜隐病毒之一，西方烟（Nicotianaoccidentalis）是其重要的草本寄主之一。在本研究中，构建了酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-CP(CP-BD)，并从西方烟cDNA文库中筛选与ASPV CP互作的蛋白。经通过酵母双杂交回转验证和NCBI BLAST比对，获得30种可能与ASPV CP互作的西方烟蛋白质，为研究ASPV侵染致病的分子机制及CP在侵染过程中的功能打下基础。     

四川省攀西地区南瓜、甜菜和辣椒部分病毒种类的ELISA检测

利用马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）和马铃薯X病毒（Potato virus X,PVX）的多克隆抗体,以及烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）及芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）的单克隆抗体,采用抗原直接包被ELISA法对四川省攀枝花、西昌和德昌地区的南瓜、甜菜和辣椒上采集的病毒病样品进行了检测。结果表明,在87份样品中PVY的侵染最普遍,总检出率达74.71 %|CMV、TMV、TuMV、BBWV-2和PVX的总检出率分别为12.64 %、13.79 %、22.99 %、10.34 %和14.94 %。在87份样品中,仅发现TuMV、PVX及PVY的单独侵染|其余25份样品均检测到2种以上病毒的复合侵染,总检出率为34.72 %。表明攀西地区蔬菜上病毒复合侵染现象普遍,PVY是该地区蔬菜上的优势毒原。     

苹果锈果类病毒新疆分离物的克隆和序列分析

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类病毒的全长序列,进一步证明该反应体系能很好地用于苹果锈果类病毒的RT-PCR检测,为快速鉴定类病毒奠定了良好基础。     

苹果病毒的研究现状

苹果病毒病在世界各地分布广泛,目前已报道的苹果病毒有39种,中国已鉴定明确的苹果病毒有17种。根据病毒危害特点,通常把苹果病毒分为潜隐性病毒和非潜隐性病毒,其中潜隐性病毒主要有苹果褪绿叶斑病毒(A C LSV)、苹果茎痘病毒(A SPV)、苹果茎沟病毒(A SG V),非潜隐性病毒主要有苹果锈果病毒(A SSV)、苹果花叶病毒(A PM V)。苹果病毒侵染果树,主要表现为叶片失绿、畸形、生长量减少、产量下降、品质变劣等现象,严重时树体死亡。1苹果主要病毒的特性1.1苹果褪绿叶斑病毒(A pple chlorotic leaf spotTrichovirus)曾被归为长线形病毒…     

用离体微嫁接法快速检测苹果潜隐病毒

用离体微嫁接法同时检测了苹果褪绿叶斑病毒、苹果茎沟病毒和苹果茎痘病毒。由于苹果褪绿叶斑病毒和苹果茎沟病毒，症状是在叶部表现黄斑，试管内不易观察，病毒检出率较低，检测带毒率分别为37.5%和61.1%，在检测苹果茎痘病毒上取得成功，检出率达81.3%以上。用木本指示植物跟踪检测了带毒品种，试验证明采用离体微嫁接法检测果树病毒比用木本指示植物检测所需时间短，病毒检出率基本一致。     

3种苹果潜隐病毒多重RT-PCR检测体系的建立

 研究建立了能同时检测苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus, ASGV) 、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus, ACLSV) 和苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus, ASPV) 的多重RT-PCR方法。以复合感染3种病毒的苹果‘望山红’组培苗为试材, 对影响多重PCR的反应条件进行了一系列的调整和优化。多重RT-PCR体系灵敏性测验显示, 最低能从RNA总量187.5 ng的样品中检测3种病毒的存在。多重RT-PCR产物的序列与报道的病毒序列有较高的同源性, 12个田间苹果样品的多重RT-PCR检测结果与单一PCR的结果一致, 初步证明了多重RT-PCR检测的准确性。     

重庆辣椒病毒病病原初步鉴定和分析

利用斑点免疫杂交法（Dot-ELISA）和RT-PCR法对重庆地区发生的辣椒病毒病的病原进行了鉴定和优势病毒分析。利用5种常见蔬菜病毒的血清对采自重庆8个区县的152份辣椒病毒病样品进行Dot-ELISA检测,结果表明,共有118份辣椒样品检测呈阳性,其中,黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）的侵染最普遍,总检出率高达57.89%;番茄花叶病毒（Tomato mosaic virus,ToMV）的总检出率最低,为22.52%;烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）、芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）和蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）的总检出率分别为30.26%、36.18%和24.34%。在118份阳性样品中,有66.10%的样品受两种及以上病毒复合侵染,其中33.33%的样品受到CMV和TuMV复合侵染,有26.27%的样品受3种病毒复合侵染。设计5种病毒的特异性引物,随机选取16份阳性样品进行RT-PCR扩增,克隆测序结果表明扩增片段确实是5种病毒的相应序列,且RT-PCR与ELISA检测结果基本吻合。检测结果表明CMV是重庆地区辣椒上的优势病毒种类,且该地区辣椒上病毒复合侵染现象普遍。本文首次报道了ToMV和TuMV侵染辣椒。     

苹果锈果病的发生途径与预防措施

苹果锈果病（Apple scar skin viroid ASSVd）又称“花脸病”,是苹果生产中毁灭性的类病毒病害之一。类病毒（Viroids）是一种具有传染性的单链RNA病原体,它比病毒要小,并且没有病毒所有的蛋白质外壳。类病毒为典型的寄生物,感染性很强,感染苹果植株后整合到植株的细胞核内进行复制,并能通过种子或花粉传播。该病属于苹果锈果类病毒属（Apscaviroid）,基因组大小为329或330bp,可引起果实变扁、花脸、畸形和裂果,枝干和叶片感病后一般不出现症状。幼树期不易出现病症,结果后出现病症,目前尚无有效的药物防止该病的发生。不同的品种感染该类病毒的程度不同,早生富士、富士王、红将军品种发病较重。近几年该病害有发生上升的趋势。