基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48～0.66之间,均值为0.59。46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大。     

基于InDel 标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19 对InDel 标记对来自国内外的46 份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：19 对InDel 标记的多态性 信息含量（PIC）范围在0.48～0.66 之间，均值为0.59。46 份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00 之间，均值为0.70， 说明46 份茄子种质资源之间的遗传差异不大，遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似系数为0.66 处， 将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性，而与来源地的关联性并不大。     

苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选

以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因R_(gls)位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_(gls)基因位点共分离,将基因R_(gls)精细定位于标记InDel4199和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1~4.3Mb距离内的基因进行统计分析,表明在该区段内存在40个有功能注释的基因,涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。     

基于核心InDel标记樱桃番茄种质资源的遗传多样性分析与应用

在樱桃番茄育种进程中,遗传多样性丰富的材料有利于进一步培育重要目标性状的品种。利用从鲜食番茄和加工番茄重测序中挖掘和筛选出的48对核心In Del标记对110份樱桃番茄自交系和12个樱桃番茄商业种进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果表明,122份樱桃番茄材料田间表型呈现明显的遗传多样性;48对核心In Del标记在参试樱桃番茄材料中也表现良好的多态性,122份材料的遗传距离为0～0.886 cM,平均遗传距离为0.473 cM;聚类分析结果将122份材料划分为3个主要类群,其中110份自交系分散在不同类群中,且在粉贝贝、粉贝妮所属类群中分布最多。对利用自交系配制的420个F₁组合进行综合评价,发现10个入选组合中6个表现产量较好组合的遗传距离接近或大于平均值,表现一定的杂种优势。利用48对核心InDel标记构建了10个组合的亲本和12个商业种的清晰指纹图谱,可将上述材料完全区分。     

基于重测序的长豇豆基因组InDel标记开发及应用

选取3份长豇豆种质资源进行全基因组重测序,利用重测序数据挖掘InDel位点,根据这些位点开发分子标记,并验证这些标记的有效性和应用价值.经过严格筛选,获得981个易于凝胶电泳检测的长度大于30 bp且多态性高的InDel位点,挑选其中在基因组上均匀分布的165个设计引物并进行验证.用6份长豇豆材料对165对引物进行初筛...     

大白菜自交系背景选择InDel标记与重要农艺性状的关联分析

InDel背景选择标记有利于大白菜育种亲本的高效选配。以31份不同类型大白菜自交系为材料进行农艺性状变异分析、InDel标记遗传背景和群体结构分析,并将多态性标记与农艺性状相关联。结果显示,31个农艺性状的变异系数变幅为15.97%～47.63%,平均为32.58%,表明供试群体表型变异丰富;从177对InDel引物中筛选出158对多态性引物,在31份材料中共检测出701个多态性等位变异位点,平均每对引物检测到等位变异位点4.418个,变幅为1～11个;标记位点的多态性信息含量(PIC)变幅为0.612～0.963,平均为0.843;有效等位基因变异数(Ne)变幅为1.656～3.985,平均为2.640;供试材料遗传相似系数(GS)在0.575～0.910之间,变化幅度较大,说明群体的遗传背景具有较大差异。群体结构分析将供试材料划分为3个亚群;关联分析发现分布于8个连锁群的22个InDel标记与供试材料的12个农艺性状(开展度、全株质量、球叶数、外叶数、叶片宽、叶片长、叶球高、叶球宽、叶球质量、中肋长、中心柱长和株高)相关。     

茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(H_s)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F₁代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。     

余甘子多酚提取条件优化研究

以水及不同浓度的丙酮、甲醇、乙醇为提取溶剂,提取余甘子的多酚,用Folin-Ciocalteu法测定多酚含量。结果表明,水提取5次、70%丙酮提取3次、80%乙醇提取3次和70%甲醇提取4次的多酚提取率都达到本法的96%以上。其中,70%丙酮提取3次为最佳工艺,所得多酚含量最高,方法简便,容易操作。     

基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究

【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q₃₀值94.99%,包含172 513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4 133 595个,均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品...     

余甘子的药理研究和利用综述

1　民族药学研究　在传统的药物体系中 ,余甘子有十分悠久的使用历史。据研究 ,在印度古老的寿命吠陀 (主要指印度有关长寿的学说 )传统药物体系和我国的中草药、藏药、蒙药、傣药、维吾尔民族药等17个国家及民族传统药物体系中 ,余甘子与 35种治疗功效有关 ,包括便秘 ,止血 ,消化不良 ,肠胃炎 ,止泻 ,健胃 ,眼科疾病 ,镇咳 ,保肝 ,利尿 ,癌症 ,肿瘤 ,哮喘 ,解热 ,皮肤病 ,高血压 ,贫血 ,疟疾 ,外伤 ,胆囊疾病 ,黄疸 ,生殖系统疾病 ,妇科疾病 ,杀寄生虫 ,退烧 ,养发 ,镇静 ,麻风病 ,补心 ,发汗 ,头痛 ,痔疮 ,坏血病 ,鼻炎和感冒等[1] 。在我…     

沙田柚×枳杂交群体创建与InDel标记鉴定

【目的】以沙田柚为母本,枳为父本杂交,以期获得具有枳优良特性并与柚嫁接亲和性强的砧木品种。【方法】2018—2021年在广西阳朔进行常规有性杂交,共采集274个果实,已播种70个果实的种子获得1830株F1代植株,结合形态学与InDel分子标记对F1代进行鉴定。【结果】授粉果实种子数量及形态与母本沙田柚相似,数量多,平均达123粒,但较母本大并稍圆;含饱满种子与败育种子,饱满种子∶败育种子≈1∶2.64;其中28个杂交果实繁育群体的叶片均为三出复叶,计551株;42个杂交果实繁育群体的叶片均为单身复叶,计1279株,通过InDel标记鉴定出杂种苗698株。【结论】沙田柚×枳的杂交后代叶型差异较大,需结合InDel标记进行精准鉴定。     

基于表型性状及SNP标记的豆瓣菜种质资源遗传多样性分析

对保存在国家种质武汉水生蔬菜资源圃内来自国内外不同地区的19份豆瓣菜种质资源的8个农艺性状进行调查分析,并利用SLAF-seq技术对豆瓣菜种质资源进行简化基因组测序,研究其遗传多样性.结果 表明:质量性状(叶色、茎色、顶端小叶形状)变异不明显;数量性状(顶端小叶长、顶端小叶宽、株高、茎粗、叶柄长)变异系数较低(7.69...     

“热农1号”余甘子品种特性和栽培技术要点

“热农1号”余甘子是云南省农科院热区所在国内各个热区及各个干热河谷区域经过多年的种质资源调查收集、保存和评价后选育出的优良品种。本文主要对“热农1号”余甘子的品种特性和栽培技术要点进行介绍。“热农1号”余甘子1年生结果枝壮实,叶片宽大、浓绿且反卷;果实近圆形,外果皮淡黄绿色;果实大小均匀,最大单果质量14.07g,平均单果质量12.3g;果实酸涩味不明显,肉脆,适宜鲜食;在不同生态环境条件下,均表现为耐干旱、抗病、耐贫瘠的特性;树势强,树冠圆球形,丰产性好,产量稳定;与对照品种相比,成熟期早,属早熟品种。     

基于SSR标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术,进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明,筛选获得19对多态性较高的SSR引物,通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为6.158个,平均有效等位基因数为3.398个,香农指数平均值为1.372,观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689,多态信息指数平均值为0.643,表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析,在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群,第一类群共45份种质资源,包括引种于不同国家的不同榴莲品种;第二类群共8份种质资源,均为引种于不同国家的猫山王榴莲;第三类群共1份种质资源,是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值,第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析,明确了部分未知种质资源的品种所属,对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现,个体的变异是总变异的主要来源,亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大,不同亚群整体基因流较大,遗传分化...     

余甘子盆景的制作

余甘子,别名油甘子、牛甘果,大戟禾斗叶下珠属。分布于厂东、厂西、海南、福建等省区。     

我国余甘子种质资源与开发利用研究的进展

余甘子 (ＰｈｙｌｌａｎｔｈｕｓｅｍｂｌｉｃａＬ .)系大戟科(Ｅｕｐｈｏｒｂｉａｃｅａｅ)叶下珠属 (Ｐｈｙｌｌａｎｔｈｕｓ)落叶小乔木或灌木 ,其果实自古以来即被我国人民视为具有保健作用而加以利用。果实生食 ,酸甜酥脆 ,初食时味酸涩 ,食用后回味甘甜爽口 ,故名余甘。余甘子在我国主要分布在福建、广东、云南、贵州、四川、海南、广西等省区 ,资源丰富 ,国内部分省市早已开始了对余甘子资源的开发利用 ,福建、广东已有大面积经济栽培 ,2 0世纪 80年代以来 ,不少省区对余甘子进行了较系统的资源调查、选育种、药效学研究及加工利用研…     

基于SCoT标记的独叶草天然群体遗传多样性分析

以独叶草天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究独叶草天然群体种质资源的遗传多样性,旨在为独叶草种质资源的评价和保护提供分子生物学参考依据。结果表明:从30条引物中筛选出20条重复性好、条带清晰度高、丰富性好的引物进行PCR扩增;20条引物共扩增出99条DNA谱带,其中多态性谱带为72条,多态性比率为72.73%。36份材料的观察等位基因数介于1.333 3～2.000 0,平均为1.724 5;有效等位基因数介于1.219 8～1.806 3,平均为1.533 1;Nei′s基因多样性介于0.132 5～0.439 0,平均为0.297 7;Shannon′s信息指数介于0.195 6～0.628 9,平均为0.432 4。聚类分析表明,36份独叶草种质资源的遗传相似系数在0.650 0～0.949 0,平均遗传相似性系数为0.757 7;而编号相邻或相近的独叶草种质资源均聚类在一个大类或亚类。这说明SCoT标记可适用于独叶草的遗传多样性分析。     

不同品种余甘子果实营养成分分析与评价

【目的】系统分析评价余甘子果实营养品质,为余甘子的有效开发和综合加工利用提供科学依据。【方法】以9个不同品种余甘子果实为试材,测定16项营养成分含量,运用主成分分析和聚类分析方法对余甘子营养品质进行分析评价。【结果】余甘子果实普遍表现为高钾,高镁,高维生素C含量;通过主成分分析提取5个主成分,得出综合得分排在前5位的品种为‘青皮’‘兰丰1号’‘甜种’‘玻璃甘’‘榕甜’;系统聚类分析将9个品种样品分为4类,第1类:‘特甜’‘BLG1’‘TZ1’;第2类:‘兰丰1号’‘青皮’;第3类:‘榕甜’‘饼甘’;第4类:‘甜种’‘玻璃甘’。【结论】找出了余甘子果实品质综合评价的5个主成分,并建立评价函数模型:F=0.322Z1+0.237Z2+0.157Z3+0.126Z4+0.074Z5,揭示了不同品种余甘子果实品质的差异;筛选出‘青皮’和‘兰丰1号’2个品种的综合品质较好,适宜作为功能性产品原材料开发利用。     

余甘子新品种‘白玉油甘’的选育

‘白玉油甘’是从本地油甘根蘖苗芽变单株选育出的新品种。果实扁圆形,果棱明显;成熟时果皮为浅绿色,果肉黄绿色,果腹线6条;果核呈卵圆形,内分三室,含种子6粒;平均单果质量10.49 g,最大单果质量16.67 g;果形指数0.77,可食率91%。果实维生素C含量(w,后同)282 mg·100 g~(-1),可溶性固形物含量为8.65%,可滴定酸10.62%,总糖5.8 g·100 g~(-1),粗纤维0.9%,单宁1.2 mg·g~(-1);甘甜爽口,涩味轻、回甘浓郁。该品种分枝能力较强,在广东潮汕地区当年嫁接,次年可开花结果。成年结果树每年3月至11月份抽梢4～6次,2月下旬开始萌芽,3月上旬可抽出新稍。开花期较长,花期主要集中在每年的4月份。果实生育期160～170 d,果实成熟期为10月上、中旬,比‘软枝青皮油甘’迟15～20 d。在广东潮汕地区种植,成年结果树每666.7 m2产量达909 kg,表现丰产、稳产。     

蜡梅天然群体遗传多样性的SRAP标记分析

 在蜡梅[Chim onanthus praecox (L.) Link ] 分布区内选取5个天然群体, 采用筛选出的7对SRAP (sequence-related amplified polymorphism) 引物进行遗传多样性分析。结果显示: 多态性条带百分率为23.4% , 多态位点比率( PPL ) 为83.41% , Nei's基因多样性指数(h) 为0121～0125 (均值为0.22) ,Shannonps信息指数( I) 为0.34, 群体分化系数(Gst) 为0.17, 群体间总的基因流的估算值Nm为2.40。AMOVA分析显示群体内方差分量的贡献率占79.89% , 而群体间方差分量的贡献率占20.11% , 区域间占32.39% , 区域内67.61%。Nei's (72) 群体遗传距离的UPGMA聚类分析显示群体间的遗传距离与群体的地理距离关系一致, Mantel分析相关系数为0.89。基于试验分析结果, 蜡梅种质资源保护和利用策略为在优先保护现有群体的基础上, 加强筛选和保存群体内的变异样本。