The survey of porcine teschoviruses, porcine circovirus and porcine transmissible gastroenteritis virus infecting piglets in clinical specimens in China

A multiplex PCR assay was developed and evaluated for its ability to simultaneously detect three viral infections of swine. Specific primers were carefully selected from articles published for each of the following three viruses: porcine circovirus type II (PCV2), porcine teschovirus (PTV) and porcine transmissible gastroenteritis virus (TGEV). Each target produced a specific amplicon with a size of 353 bp (PCV2), 168 bp (PTV) and 499 bp (TGEV). The sensitivity of the multiplex PCR using purified plasmid constructs containing the specific viral target fragments was 6.60?×?10², 8.43?×?10² and 7.30?×?10² copies for PCV2, PTV and TGEV, respectively. Among 127 samples which were collected from Heilongjiang, Jilin, Henan and Guangxi provinces, the single infection of PCV2, PTV and TGEV was 99.21, 46.88 and 65.35 %, respectively, and co-infection of the three viruses was 26.77 %. In conclusion, the multiplex PCR has the potential to be useful for routine molecular diagnosis and epidemiology.     

猪捷申病毒TaqMan实时定量RT-PCR方法的建立

为建立猪捷申病毒(PTV)的早期检测及定量分析方法,本研究基于PTV 11个血清型基因组5′端非编码区保守序列,设计引物和TaqMan探针,建立了检测PTV的TaqMan实时定量RT-PCR方法.应用该方法对PTV、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒以及猪瘟病毒进行特异性试验,结果除PTV为阳性外其它均为阴性;针对PTV最低可检测到10个拷贝;批内、批间重复试验的变异系数均小于3％.应用建立的方法与病毒分离方法分别对91份临床样品进行检测,检出率分别为79.12％和57.14％,两者的符合率是78.02％.经临床应用表明,该实时定量RT-PCR方法可为PTV的早期诊断及定量分析提供技术手段.     

Taqman探针荧光定量PCR快速检测猪圆环病毒2型

猪圆环病毒(PCV)为圆环病毒科圆环病毒属成员,单股环状DNA病毒,为已知的最小动物病毒之一[1]。PCV存在两种血清型,即PCV1和PCV2,两者的细胞培养物均不产生细胞病变。PCV2首先由Allan等[2]从患断奶猪多系统衰竭综合征(PMWS)的猪群中分离到,被证明为PMWS的重要病原之一。此病主要     

猪繁殖与呼吸综合征病毒通用型实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank登录的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）北美型毒株和欧洲型毒株N蛋白基因保守序列,设计1对特异性引物和1条探针,以ABI公司PRRSV RNA为标准品,优化了PRRSV实时荧光定量RT-PCR检测方法,25μL反应体系引物prrsv-f/prrsv-r（20μmol/L）各0.5μL,探针prrsv-p（10μmol/L）0.5μL为反应最佳工作浓度,标准曲线Ct值和模板启始浓度的log值之间具有良好的线性相关性。特异性、敏感性和重复性检测结果显示,该方法能特异的检测PRRSV北美型毒株和欧洲型毒株,与其他主要猪病病原检测无交叉反应;针对PRRSV RNA标准品检测,灵敏度可以达到10拷贝;重复性检测Ct值变异系数为0.74%～1.52%。用建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法,对40份临床样品检测,与商品化试剂盒检测结果完全一致。     

鸡新城疫病毒荧光RT-PCR与病毒分离方法的比较

2006年冬春季,在广州附近地区的一些竹丝鸡场、三黄鸡场、珠珍鸡场的35~50日龄鸡群相继暴发了以高死亡率、伴有呼吸道和神经症状的疫情。病鸡张口伸颈呼吸,尖叫、咳嗽,脚软,剖检病变以支气管堵塞为特征,偶见肺充血、出血、盲肠栓子、腺胃出血,病程10 d左右,死亡率20%~40%,愈后鸡群出现较多有神经症状鸡及咳嗽的鸡。我们到6个发病鸡场(A、C、D、F、G、H),现场调查流行病学、临床症状,并收集待检样本材料,同时进行新城疫病毒荧光RT-PCR检测与常规病毒分离鉴定诊断,比较两1材料与方法1.1待检病例样本包括血清样本Aa(A场发病4日龄鸡群)、C…     

TaqMan荧光定量RT-PCR检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒

根据GenBank登录的高致病性PRRSV Nsp2基因序列利用Primer Express 3.0软件设计合成了引物和探针;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqMan 荧光定量RT-PCR检测方法.同时用建立的检测方法对以定量的10倍系列稀释质粒pMD- Nsp2为标准品进行了检测,并与常规RT-PCR做了对比.结果显示,所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法灵敏度可达3.15 拷贝,比常规RT-PCR灵敏度高100倍.用该方法对3份不同的标准品进行了重复检测,结果表明,该方法具有良好的重复性,可满足当前高致病性PRRSV的诊断需要.     

Real-time RT-PCR和RT-PCR方法快速检测犬瘟热病毒

由犬瘟热病毒(CDV)引起的犬瘟热(CD),是犬的一种高度接触性、急性传染病[1].CDV感染范围广泛,自然宿主包括犬科动物(犬、狼、豺、狐等),鼬科动物(貂、臭鼬、黄鼠狼等),浣熊科动物(浣熊、小熊猫、大熊猫等),还可感染灵长类动物(如日本猕猴等),甚至有CDV感染人的病例.除病毒分离、病理包涵体检查、血清学检测、核酸探针、原位杂交等方法外,RT-PCR方法是目前检测CDV最常用的方法[1-3].     

布鲁菌Cycling探针荧光定量PCR检测方法的建立

根据布鲁菌BCSP31基因序列设计布鲁菌通用检测引物和探针,建立了布鲁菌Cycling探针荧光定量PCR检测方法。以构建的含BCSP31基因的质粒标准品10倍递进稀释为模板检测其敏感性,结果显示,本方法能检测约10个拷贝的阳性质粒,且标准曲线的线性关系良好。用本方法检测5株不同种的布鲁菌以及猪大肠杆菌K99、巴氏杆菌C48-1、猪链球菌ST171、绿脓杆菌等4株对照菌。结果显示,5株不同种的布鲁菌均出现典型的"S"型扩增曲线,4株对照菌40个循环内均无CT值出现。用本方法和B4/B5-PCR方法对来自布鲁菌病流行地区3个不同牛场的40份血样、奶样和血清样进行平行检测。结果显示,本方法和B4/B5-PCR方法的结果符合率为80.0%。B4/B5-PCR检测为阳性的27份样品经本方法检测均为阳性;B4/B5-PCR检测为阴性的13份样本,经本方法检测,其中8份呈阳性,5份为阴性。本方法的敏感性明显高于B4/B5-PCR方法。试验表明,所建立的Cycling探针荧光定量PCR方法具有敏感、特异、稳定等特点,可用于布鲁菌感染的快速检测。     

猪IL-2、IL-4、IL-10和IFN-γ的TaqMan实时定量RT-PCR检测体系的建立

为了解猪体内细胞免疫应答机制,本研究建立猪细胞因子IL-2、IL-4、IL-10和IFN-γ的TaqMan实时定量RT-PCR检测体系.以五指山小型猪cDNA为模板,扩增IL-2、IL-4、IL-10和IFN-γ的基因保守区,构建相应的重组质粒,并将其作为标准品构建标准曲线.结果显示,各标准曲线的相关系数r值均大于0.990,扩增效率为90%～105%;该检测方法的敏感性较高,IL-4检测下限为1 copies/μL,IL-2、IL-10及IFN-γ检测下限达为102copies/μL;重复性较好,批内重复试验与批间重复试验变异系数均小于5%.本研究为病毒感染后猪体内免疫应答等研究提供方法.     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

实时荧光定量PCR检测猪细小病毒

根据已报道的猪细小病毒基因组序列,设计并合成了引物和探针,从猪细小病毒(PPV)感染的细胞中提取DNA,经PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌JM109,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行PCR和测序鉴定,表明目的片段已经成功克隆.将104～108拷贝反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系.动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度为102拷贝.本方法的建立为猪细小病毒感染的早期诊断奠定了基础.     

Establishment of a multiplex RT-PCR assay for the rapid detection of fish cytokines

To monitor the expression of cytokine genes in Japanese pufferfish, a novel platform for quantitative multiplexed analysis was developed. This custom-designed multiplex RT-PCR assay was used to analyze the expression profiles of 19 cytokine genes, including pro-inflammatory (IL-1β, IL-6, IL-17A/F3, IL-18, TNF-α, TNF-N), anti-inflammatory (IL-4/13A, IL-4/13B, IL-10), T-cell proliferation/differentiation (IL-2, IL-15, IL-21, TGF-β1), B-cell activation/differentiation (IL-7, IL-6, IL-4/13A, IL-4/13B), NK cell stimulation (IL-12p35 and IL-12p40), induction of anti-viral activity (I-IFN-1 and IFN-γ), and monocyte/macrophage progenitor cell proliferation (M-CSF1b) cytokines in head kidney cells under immune stimulatory conditions. The expression profiles were dissimilar in the unstimulated control and immune-stimulated cells. Moreover, increased expression profile was observed due to different stimulations for IL-1β, IL-6, IL-10, IL-12p35, IL-12p40, IL-21, TNF-α, TNF-N, I-IFN-1 and IFN-γ genes. These results suggest that cytokine genes could be used as biomarkers to know the immune status of fish. The constructed multiplex RT-PCR assay will enhance understanding on immune regulation by cytokines in fish.     

应用多重RT-PCR方法检测158例猪粪样中的两种冠状病毒

根据GenBank上发表的猪流行性腹泻（PEDV）和猪传染性胃肠炎（TGEV）基因序列，针对其PEDVM（膜蛋白）基因保守区及TGEV的S基因（纤突蛋白基因）5’端保守区，各设计一对引物，可特异扩增出目的条带大小分别为467bp和1062bp。用上述两对引物对同一样品中的PEDV和TGEV可进行鉴别检测，对猪的其它病毒和细菌的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明：该双重PCR方法能检出PEDV1pg、TGEV0．1pg的模板。同时采用建立的多重RT-PCR及韩国引进的PEDV和TGEV病毒抗原快速诊断试剂盒检测结果显示：此多重RT-PCR方法特异性强，且较快速试剂盒更加敏感。应用多重RT-PCR对158份临床猪粪样的检测结果表明：我国很多猪场普遍存在TGEV和PEDV，尤其以PEDV污染更为严重，感染率达53．2％，但双重感染率较低，仅为4，4％。     

检测猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR方法的建立与初步应用

据GenBank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因的保守区序列设计合成了引物和探针,对荧光定量RT-PCR的反应条件进行了优化,建立了一种特异、灵敏、快速的TaqMan荧光定量RT-PCR方法来检测TGEV。与国外进口的An imal Genetics公司生产TGEV抗原快速检测试剂盒进行比较,符合率达到100%;与常规RT-PCR检测方法相比,灵敏度高100倍。用该方法对辽宁、山东、福建等地的送检疑似病料进行了检测,结果阳性率为24%。试验证明,所建立方法适用于猪传染性胃肠炎病毒的分子诊断、流行病学调查等相关研究。     

猪瘟病毒荧光RT-PCR快速检测方法的建立

以猪瘟病毒5＇端非编码区为靶核酸序列设计引物和探针，建立了一步法荧光RT-PCR检测猪瘟病毒。荧光RT-PCR仅检测出猪瘟C株、T株，未能检测出牛病毒性腹泻病毒（BVDV）、猪呼吸系统冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪生殖与呼吸综合征病毒、PK-15细胞和牛睾丸原代细胞；对猪瘟病毒T株的扩增反应产物进行了测序分析，与预期序列相符。荧光RT-PCR的检测极限可达到1 TCID50／mL，整个试验流程只需2h。采用荧光RT-PCR和抗原捕获ELISA同时检测临床病料、猪副产品共207份样本，两种方法的检出率分别为17．4％和13．5％，两者符合率为95．7％（198／207）；荧光RT-PCR的检出率高于ELISA，两者差异显著。结果表明，建立的荧光RT-PCR可用于猪产品、临床病料中猪瘟病毒的快速检测。