大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析

为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169AC位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998AG位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169AC位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P0.05);g.2998AG位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。     

贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余3个指标均差异不显著（p〉0.05）;贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余指标均差异不显著（p〉0.05）。研究结果提示：STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。     

西门塔尔杂种牛UCP3基因多态性与生长性状的关联性分析

宁夏作为全国重要的肉牛养殖地,肩负着向全国提供优质牛肉的责任。西门塔尔(Bos taurus)杂种牛作为主要养殖群体,更是研究的重点。检测西门塔尔杂种牛解偶联蛋白3(uncoupling protein3,UCP3)基因的遗传多态性,分析其与生长性状的相关性,旨在选择出具有生长速度快的基因类型个体,为下一步选育选配工作提供基础资料。本研究采用PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)方法结合DNA测序检测UCP3基因的多态性,利用DNAMAM、POPGENE1.31、PIC(Polymorphism information content)程序、SAS软件,计算等位基因频率、基因型频率、多态信息含量,对各个基因型与生长性状(体重、体高、体斜长、胸围)进行关联性分析。UCP3基因共检测到5处点突变,为G5465A、C7921G、T8018C、T8162C、A7953G,其中A7953G突变前后不引起氨基酸改变,其他位点突变后分别引起丙氨酸变成苏氨酸,脯氨酸变成精氨酸,半胱氨酸变成精氨酸,酪氨酸变成组氨酸;对其中两个多态位点进行适合性检验,多态位点Hardy-Weinberg不平衡;遗传多样性分析表明,两个位点的PIC值分别为0.372 7、0.370 4,均表现为中度多态;最小二乘均值分析表明,在第3外显子,GA基因型个体各月龄生长性状优于GG基因型,5 465 bp处发生G→A的突变会影响体重、体高和体斜长,尤其在生长后期,增重优势明显;在第6外显子CC基因型各月龄体尺性状优于TC基因型个体,8 162 bp处发生T→C的突变会影响从初生到18月龄的体高、体斜长的增长速度(P0.05);将2个突变位点合并进行分析,组合基因型个体(GACC)体重、体高、体斜长均高于其他基因型组合,且体重性状的组合效应值高于单个多态位点。UCP3基因单个或组合位点不同基因型与西门塔尔杂种牛生长性状之间有着显著、极显著的关联,组合GACC基因型不同月龄体重、体斜长优于单个位点。可以将G5465A、T8162C位点作为宁夏西门塔尔杂种牛生长性状分子辅助标记(marker assisted selection,MAS),同时,初步确定GACC基因型是影响宁夏西门塔尔杂种牛体重性状的最佳组合基因型,这对加快宁夏本地肉牛发展具有重要意义。     

南阳牛ATP5B基因启动子区域多态性与生长性状的关联性研究

ATP合成酶亚基β(ATP synthase subunit beta,ATP5B)作为ATP合成的重要关键蛋白之一,参与多种生物代谢活动。南阳牛(Bos taurus)是中国本土五大黄牛良种之一,以良好的抗逆性闻名于世,是重要的黄牛种质资源。本研究以南阳牛为研究对象,探究ATP5B基因启动子区域的多态性与南阳牛生长性状相关关系。利用生物信息学技术分析了不同物种ATP5B蛋白功能保守性,检测了南阳牛不同组织ATP5B基因m RNA表达量,并利用DNA测序方法检测南阳牛ATP5B基因启动子区域的多态性,分析了单个多态位点不同基因型与南阳牛生长性状的关联性,随后对具有多态性位点的不同基因型启动子活性做了双荧光素酶活性检测。结果发现牛的ATP5B和猪(Sus scrofa)等物种存在14个相似的motif结构和5个保守性功能域;南阳牛ATP5B基因在内脏组织和肌肉、脂肪组织中广泛表达,其中,在肌肉组织中表达量最高且显著高于其他组织(P0.05),脂肪中次之;在南阳牛ATP5B基因启动子区域检测到了3个SNP位点,分别为g.-428TA,g.-390TC和g.-322CG。将南阳牛生长性状与SNPs进行关联性分析,结果表明g.-428TA位点上TT基因型个体的体重、体高和胸围显著高于AA基因型个体(P0.01或P0.05);g.-390TC位点上TT基因型个体的体高和胸围与CC基因型个体存在极显著性差异(P0.01);g.-322CG位点CC基因型个体的体重和体长显著高于GG基因型个体(P0.01或P0.05)。双荧光素酶活性报告显示,各SNP位点的不同基因型启动子活性略有差别,但未达到显著水平(P0.05)。因此,南阳牛ATP5B基因启动子区域的这3个SNP可考虑作为南阳牛生长性状相关分子标记的候选基因位点,用于南阳牛的分子育种工作,为相关分子育种工作提供参考。     

郏县红牛跨膜蛋白18基因(TMEM18)SNPs检测及其与生长性状的关联分析

跨膜蛋白18基因(Transmembrane protein 18,TMEM18)在神经系统表达.全基因组关联分析(GWAS)表明,该基因的突变会影响人类肥胖和Body Mass Index(BMI)值变化.本研究采用DNA池测序技术检测了郏县红牛(Bos taurus) TMEM18基因5个外显子和部分内含子区单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,通过PCR-RFLP技术对所发现的SNP位点进行分型验证,然后分析不同基因型与郏县红牛生长性状的关联性.结果表明,在郏县红牛TMEM18基因上共发现了3处新的SNPs:NW_003099175.1∶g.2303G＞A、g.3835 G＞A和g.3865 A＞G(aa.Gly＞Ser).关联分析结果表明,郏县红牛TMEM18基因g.2303G＞A位点AA型个体体高、体长、胸围和体重显著大于GG型(P＜0.05),郏县红牛TMEM18基因g.3835 G＞A位点AG型个体胸围和体重显著大于AA型(P＜0.05).研究结果提示,这两个位点可作为郏县红牛品种体尺和体重生长性状选择的分子育种候选标记.     

生长分化因子-9(GDF9)基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关联性分析

为探讨生长分化因子-9基因(GDF9)的多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关系,本研究以中国农业科学院家禽研究所选育的216只邵伯鸡(Gallus domesticus)母系为材料,利用PCR-RFLP技术检测GDF9基因的SNPs,并分析基因多态性对邵伯鸡母系开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄总产蛋数以及300日龄平均蛋重之间的关系。结果显示,在外显子2发现3个突变位点,G2051A位点检测到3种基因型GG、GA和AA,相关分析显示,GG基因型个体的开产体重和开产蛋重显著低于AA型个体(P0.05),而300日龄产蛋数显著高于AA型个体(P0.05);T2273C位点检测到2种基因型TT和TC,TT基因型个体与CT基因型个体的各性状差异均不显著(P0.05),C2336T位点检测到3种基因型CC、CT和TT,CT基因型个体的开产日龄显著早于CC与TT型个体(P0.05),其300日龄产蛋数显著高于CC型与TT型个体(P0.05)。3个位点的联合基因型GGCTCT对开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄平均蛋重、300日龄产蛋数均有显著影响。研究结果提示,邵伯鸡母系GDF9基因的多态性与产蛋性状呈显著相关,可尝试用联合基因型GGCTCT为筛选邵伯鸡母系产蛋性状的分子标记辅助选择。     

UCP基因多态性及与黑安格斯牛生长性状的关联分析

解偶联蛋白(uncoupling protein,UCP)在动物机体能量代谢和脂类代谢方面发挥着重要作用。为探讨UCP2和UCP3基因作为黑安格斯牛生长性状候选基因的可能性,及寻找与黑安格斯牛生长性状相关的分子标记,本研究以宁夏地区739头黑安格斯牛(Bos taurus)为研究对象,利用Sequenom SNP分型技术,对UCP2和UCP3基因进行SNP分型,研究其多态性,并分析其多态位点不同基因型与黑安格斯牛生长性状的关联性。通过遗传多态性分析发现,4个SNPs(UCP2-655、UCP3-5465、UCP3-7921和UCP3-8018)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),除UCP2-655位点属于中度多态外(0.25PIC0.5),其余3个位点均属于低度多态(PIC0.25);利用Popgene32软件对4个位点的等位基因频率和基因型频率进行分析发现,UCP2-655位点优势等位基因A的频率为0.809;UCP3-5465位点优势等位基因G的频率为0.907;UCP3-7921位点优势等位基因G的频率为0.978;UCP3-8018位点优势等位基因C的频率为0.978;关联性分析结果表明,在本实验群体中,UCP3-5465位点对黑安格斯牛管围的效应达到显著水平(P0.05),GG型个体均值在管围方面显著高于AA型和AG型个体均值。UCP3-7921位点和UCP3-8018位点对黑安格斯牛体重的效应均达到显著水平(P0.05),UCP3-7921位点GG型个体均值在体重方面显著高于GC型个体均值,UCP3-8018位点CC型个体均值在体重方面显著高于CT型个体均值。综上,UCP3基因对黑安格斯牛部分体尺性状有显著影响,可以尝试将UCP3基因作为影响黑安格斯牛生长性状的主效基因,为黑安格斯牛选育工作提供理论依据。     

CAST基因5'调控区的多态性与鸡肉质性状的关联性分析

为探讨钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)基因5'调控区的多态性与鸡肉质性状的关系,本研究以中国农业科学院家禽研究所选育的F、D、Y、B和S3等5个优质肉鸡(Gallus gallus)品系为试验素材,利用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术检测CAST基因的SNPs,并分析其多态性与肌肉pH值、维生素B1、肉色、系水力、肌内脂肪和肌纤维密度之间的关系.结果显示,在距CDS-198位点发现1个突变位点(G→A),G-198A位点检测到3种基因型GG、GA和AA,相关分析显示,AA基因型个体的肌内脂肪和肌纤维密度显著高于GG型和GA型个体(P＜0.05),而其他肉质性状无显著差异(P＞0.05).由此可见,对于肉质性状而言,AA是最有利基因型,本研究结果初步表明CAST基因G-198A多态位点的A等位基因是提高鸡肉质性状的一个潜在的DNA标记.     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.     

抗粘液病毒基因（Mx）S631N多态位点与白耳鸡免疫性状和生产性能的关联分析

通过PCR-RFLP方法检测抗粘液病毒基因(Mx)S631N多态位点的等位基因A和G在白耳鸡群体中的分布;通过选配组建三种不同基因型群体(AA,AG,GG),免疫后分别于35日龄、42日龄、49日龄、70日龄和100日龄采用血凝和血凝抑制方法测定不同基因型个体的禽流感(AI)和新城疫(ND)抗体滴度,并测定不同基因型个体的90日龄体重、开产日龄和72周龄产蛋数;分析该多态位点与免疫性状和生长性状的关联.结果表明,在白耳鸡群体中Mx基因S631N多态位点的等位基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),3种不同基因型频率分别为0.233(AA),0.517(AG)和0.250(GG);在测定的日龄内不同基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平呈现出类似的增长和消减变化,在多个测定日龄内从基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平显著高于AG和GG基因型个体(P<0.05);关联分析结果表明,该多态位点与49日龄时的ND抗体滴度峰值和70日龄时的AI抗体滴度峰值间均存在显著关联(P<0.05),但不同基因型个体间的90日龄平均体重、开产日龄和72周龄产蛋数差异均不显著(P>0.05).研究结果证实Mx基因S631N多态位点可以作为提高抗病力的重要候选标记位点.     

兴义鸭LPL基因外显子8多态性与生长和肉质性状的关联性分析

脂蛋白脂酶（LPL）是动物脂质沉积和新陈代谢的关键酶,对生长和肉质发挥着重要作用。试验采用PCR-SSCP法和DNA直接测序技术相结合对兴义鸭LPL基因外显子8进行多态性检测,并分析其多态与生长和肉质性状的关联性。结果表明,在兴义鸭LPL基因外显子8首次检测到1个T1251C同义突变,产生三种基因型TT、TC和CC,2个等位基因T和C,基因型TT和等位基因T的频率分别为0．8077和0．8750,多态信息含量为0．1948,表现为低度多态,卡方（X2）检验表明T1251C位点的基因型分布在兴义鸭中未偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘分析显示,TT基因型个体的宰前体重显著低于CC基因型（p〈0．05）,胸宽显著低于TC基因型白〈0．05）,推测等位基因C可能是兴义鸭生长性状的有利等位基因,可作为生长性状的一个标记性辅助选择位点。     

鸡CEBPA和Six1基因的多态性及其与屠体和体尺性状的相关分析

CCAAT/增强子结合蛋白α基因(CCAAT/enhancer binding protein alpha gene,CEBPA)在脂肪生成、生长发育过程中发挥重要作用,同源异型基因Six1(sine oculis homeobox homolog 1 gene)在骨骼肌的发育和肌纤维类型的转化中起调控作用,且两者均与骨骼的发育密切相关。本研究以CEBPA和Six1基因为候选基因,采用直接测序法检测2个基因外显子的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并分析其对无量山乌骨鸡(Gallus gallus)屠体和体尺性状的影响。研究结果表明,在CEBPA基因外显子上共检测到74 CG、552 GA、936 CT 3个突变位点,在Six1基因外显子上共检测到375 GA和564 GA 2个突变位点,其中只有CEBPA基因74 CG位点的突变引起了氨基酸的变化,且为中性突变。连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析发现,CEBPA基因的各突变位点间、Six1基因的各突变位点间均不存在强连锁不平衡。在无量山乌骨鸡群体中,CEBPA基因的3个SNPs位点形成了5种单倍型和7种双倍型,Six1基因的2个SNPs位点形成了4种单倍型和5种双倍型。关联分析表明,CEBPA基因的74 CG突变位点对半净膛率、全净膛率、体斜长、胸宽、胸深和龙骨长有显著或极显著影响(P0.05或P0.01),936 CT突变位点对活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、体斜长、骨盆宽和胫长有显著或极显著影响(P0.05或P0.01)。双倍型H1H1、H4H4的半净膛率、全净膛率,H1H2的胸肌重、骨盆宽、胫长,H1H4和H4H4的体斜长,H4H4的胸宽、胸深、龙骨长分别显著高于其他部分双倍型(P0.05或P0.01);Six1基因的375 GA和564 GA突变位点对部分屠体和体尺性状有显著性影响(P0.05或P0.01),双倍型H6H6、H6H7、H6H8的胸肌重、胸肌率,H6H7的屠宰率,H6H8的全净膛重、胸深、骨盆宽,H7H7的胸角、胫长、胫围,分别显著高于其他部分双倍型(P0.05或P0.01)。本研究结果表明,CEBPA基因和Six1基因的多态性对无量山乌骨鸡的屠体和体尺性状有显著影响,可作为无量山乌骨鸡及其他鸡种屠体和体尺性状分子标记辅助性选择的候选基因。     

南阳牛Gli3基因多态性及其与生长性状的相关性

Gli3基因是Gli-Kruppel家族中的一员,其参与的Sonic hedgehog信号通路在动物生长发育,特别是早期生长发育过程中有重要作用.利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究了187头纯种南阳牛Gli3基因编码区4个位点(E4、E5、E6和E7)的多态性,发现E4和E5位点存在SSCP多态.对不同SSCP带型的对应片段进行了测序分析,共发现3个新的SNP多态位点(T123600C、T123696C和A128688G),其中第123600和第123696两个位点处于连锁状态.E5位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,E4位点处于非平衡状态.不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,E4位点上,CC基因型个体的六月龄体重、胸围、坐骨端宽、日增重指标显著大于TT基因型个体(P<0.05),该位点有可能作为南阳牛早期生长性状标记辅助选择的标记之一.     

基于DNA池重测序技术研究细毛羊LAMB1基因的SNPs分析

层粘连蛋白β1 (laminin-beta-1,LAMB1)作为层粘连蛋白家族成员之一,在生物过程中发挥极为重要的作用.为了分析细毛羊(Ovis aries)毛性状相关候选基因LAMB1的遗传效应,本研究通过DNA池重测序技术筛选了LAMB1基因外显子区的5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),对其使用聚合酶链反应-单链构象多态性(single strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products,PCR-SSCP)技术分型,在此基础上,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场418只细毛羊毛性状的遗传效应,利用HaploView 4.2软件进行连锁不平衡(linkagedisequilibrium,LD)分析.结果显示,该细毛羊群体遗传变异处于中等水平,LAMB1的5个SNPs发生错义突变.SNP2中AA和GA基因型个体鉴定时体重、剪毛后体重极显著高于GG基因型个体(P＜0.O1);SNP4中CC、TT和TC基因型个体间的自然长度差异极显著(P＜0.01),CC基因型个体的剪毛后体重极显著高于TT和TC基因型的个体(P＜0.01);而其他SNPs各基因型个体间的部分毛性状有显著差异(P＜0.05).SNP1和SNP3、SNP2和SNP3处于连锁不平衡状态,LAMB1基因可作为具有潜在应用价值的细毛羊毛性状分子标记之一.本研究揭示了L4MB1基因的分子遗传特征及其与细毛羊群体的遗传关系,为高效选育细毛羊经济性状及对其种质资源的保护与利用提供了分子学基础.     

西安地区荷斯坦奶牛群5个基因位点遗传多态性与泌乳性状的相关分析

首次以IGFBP-3基因作为中国荷斯坦牛泌乳性状的候选基因，对中国荷斯坦奶牛群5个基因位点中4个多态基因位点与泌乳性状进行了相关分析。κ-cn、β-lg、β-lg 5′侧翼区和IGFBP-3多态基因位点基因型与泌乳性状的最小二乘分析和多重比较表明，κ-cn基因位点基因型对所有的性状影响不显著；IGFBP-3 BB型的305 d泌乳量显著高出AA、AB型1054.17 kg和838.15 kg (P <0.05)， AB型的乳蛋白率显著高于BB型(P< 0.05)；β-lg AA型对乳脂率与乳蛋白率的比值有正效应，AB型对乳蛋白率具有负效应；β-lg 5′侧翼区AA型的305 d泌乳量显著高于AB型(P <0.05)，AA型的乳脂率显著高于BB型(P < 0.05)， BB型的乳蛋白率显著高于AB型(P <0.05)。     

脂滴包被蛋白基因(PLIN)多态性与鸡胴体及脂肪性状的相关性

脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)对脂质代谢和脂肪沉积具有重要调控作用。为揭示PLIN基因多态性对鸡(Gallus gallus)胴体及脂肪性状的遗传效应,本研究以384只鲁禽B3系为研究材料,采用DNA测序和PCR-RFLP技术对PLIN进行多态性检测,在供试群体中检测到3个SNPs位点g.2272CT、g.2319CT和g.2467GA。基于这3个SNPs位点,采用PHASE2.0软件构建了7个单倍型,其中C-C-G为最主要单倍型,频率高达71.94%;C-C-A和C-T-A单倍型频率最低,不足1%。基于7个单倍型构建了11个双倍型,H1H1频率最高,为52.60%;关联分析结果表明,双倍型对活体重、屠体重和腿肌重影响极显著(P0.01),对腹脂重和腹脂率影响显著(P0.05),对胸肌肌内脂肪含量有一定影响(P=0.094 9)。最小二乘分析结果表明,H1H3组合的活体重、屠体重、腿肌重、腹脂重和腹脂率最高,H4H6组次之,H6H6组合最低;H4H6组合胸肌肌内脂肪含量最高,H1H3组合最低。表明双倍型H6H6为劣势组合,在实际生产中应该去除,H4H6可以作为提高鲁禽鸡胴体性能和肉质风味的分子标记,在选育过程中应加强选择。本研究结果为PLIN基因应用于鸡分子育种提供了理论基础。     

清远麻鸡生长激素基因(GH)的SNPs检测及其对生长及繁殖性状的遗传效应

为了研究生长激素基因(GH)对清远麻鸡部分生长及繁殖性状的遗传效应,基于聚合酶链反应-连接酶检测反应(PCR-LDR)基因多态性并行检测系统,对清远麻鸡(Gallus gallus)生长激素(CH)基因内含子1的G662A位点和内含子4的T3094C,C3199T位点进行检测,并分析其对部分生长及繁殖性状的遗传效应.检测结果显示,清远麻鸡在3个位点上均产生了3种基因型,LDR分型结果同直接测序结果一致.G662A位点对生长及繁殖性状均不存在显着的效应;T3094C位点上,TT型个体的开产日龄显着晚于CC和CT型个体,其18周龄体重又显著高于CC和CT型个体;C3199T位点上,不同基因型个体仅在50周平均蛋重上存在显着差异,TT型个体的50周平均蛋重显着高于CC和CT型个体.3个位点的合并基因型对开产蛋重、50周平均蛋重以及生长性状均有显着的影响,且对生长性能的遗传效应更加明显,合并基因型AACTCC可以作为筛选清远麻鸡高的体重的分子标记.     

表皮生长因子受体基因(EGFR)多态性及其与山羊产羔数的相关分析

表皮生长因子受体是雌性生殖功能的关键因子,本研究旨在分析表皮生长因子受体基因(epidermal growth factor receptor,EGFR)的多态性与山羊繁殖性能之间的关系.参考牛的EGFR基因序列设计14对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测在西南地区具有代表性的10个山羊(Cap ra hircus)品种(马头山羊、波尔山羊、古蔺马羊、川东白山羊、大足黑山羊、贵州白山羊、金堂黑山羊、板角山羊、成都麻羊和南江黄羊)中EGFR基因的单核苷酸多态性,并且在贵州白山羊、古蔺马羊和川东白山羊中分析EG FR基因多态性与山羊繁殖力之间的相关性.结果显示,14对引物中有2对引物(P3和P13)的扩增片段出现多态性.对于P3的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到AA、AB和BB三种基因型,测序分析表明BB基因型与AA基因型相比有一处单碱基突变(115837C→T).在3个品种中,AA基因型和AB基因型的产羔数最小二乘均值差异不显著(P＞0.05),BB基因型的样本非常有限,没有统计意义;对于P13的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到GG、HH和GH型三种基因型,测序分析表明HH基因型与GG基因型相比有一处单碱基突变( 173015 G→A).GG基因型在贵州白山羊和川东白山羊中产羔数最小二乘均值显著高于GH基因型(P＜0.05),而在古蔺马羊样本中只存在GG基因型,HH基因型的样本在三个品种中都很少存在.本研究初步表明,EGFR基因可能是影响山羊产仔数性状的一个主效基因或是与该性状紧密遗传连锁的一个分子遗传标记.     

猪MC4R基因Asp298Asn位点的多态性及其与商品猪背膘厚的关系

黑素皮质素受体4 ( melanocortin 4 receptor, MC4R) 是G 蛋白耦联受体( G protein coupled receptors,GPCRs) 超家族的一个成员, 在人和小鼠的体重、能量稳态和采食量的调控中发挥重要作用。本研究采用PCR-RFLP技术对MC4R的298位点错义突变（Asp298Asn）在莱芜猪、大莱二元杂交猪和商品猪中的多态性进行了检测,对该突变与商品猪背膘厚的关系进行了关联分析。结果表明,在33头莱芜猪中只检测到11基因型,而在大莱二元杂交猪和商品猪中11、12和22基因型均有分布,且等位基因1的频率均高于等位基因2;在该突变位点三个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。商品猪不同基因型个体背膘厚差异显著,22基因型个体的背膘厚显著高于12基因型（P <0.01）和11基因型（P <0.05）个体。因此,MC4R基因298位点的Asp298Asn错义突变与商品猪的背膘厚有关,可以作为以西方猪种为杂交亲本的商品猪背膘厚的分子标记。     

大口黑鲈高密度脂蛋白结合蛋白基因(HBP)SNPs的筛选及与生长性状关联性分析

高密度脂蛋白结合蛋白(high density lipoprotein binding protein,HBP)在动物的脂肪代谢中发挥重要的作用。脂类是鱼类的重要能源物质,尤其是那些对糖类利用率很低的肉食性鱼类。HBP基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)可能会影响脂肪代谢,而对大口黑鲈的生长性状产生影响,研究其SNP与生长性状的相关性可为其分子标记辅助选择提供候选标记。本研究根据大口黑鲈(Micropterus salmoides)EST-SNP库中HBP基因的序列(GenBank accession No.KF652241),用直接测序法在HBP基因3'非编码区获得了3个SNPs位点:H1(G+2782T),H2(T+2817C)和H3(G+2857A);随机选择同批繁殖、同塘养殖的165尾大口黑鲈样本,对3个SNPs位点用SnaPshot方法进行检测和分型,分型结果用软件Popgene32进行遗传结构分析;运用软件spss17.0的一般线性模型(general linear model,GLM)对获得的不同基因型与生长性状进行关联分析。结果表明,3个位点均处于哈温平衡,其中H1和H2位点组成了两种单倍型(A和B),观测到3种基因型(AA、AB和BB);H1、H2和H3共组成6种双倍型(D1、D2、D3、D4、D5和D6)。不同基因型与生长性状的相关性分析显示,基因型BB在体质量和全长形态指标显著高于基因型AB(P0.05),双倍型D6在体质量和全长形态指标显著高于双倍型D4(P0.05)。本研究在大口黑鲈HBP基因3'非编码区获得了与生长性状相关的SNPs标记,可应用于大口黑鲈分子标记辅助选择育种。