甘薯病毒多重RT-PCR检测方法的建立

为了快速进行甘薯病毒田间检测和脱毒苗诊断,该研究建立了一个能够同时检测SPCSV、SPLV和SPFMV这3种病毒的多重RT-PCR检测方法。根据GenBank公示的甘薯病毒基因序列来设计3种甘薯病毒的引物,分别对模板浓度、退火温度、Mg2+浓度和循环次数进行优化,同时对模板浓度进行10倍梯度稀释,检测多重RT-PCR灵敏度。结果显示,模板浓度为19 ng/μL、退火温度为52℃、Mg2+浓度为0 mmol/L、循环次数为40次时,可以同时扩增出大小为276 bp、570 bp、425 bp三种病毒的基因片段,多重RT-PCR检测灵敏度为10-4,单一RT-PCR检测灵敏度为10-3,多重RT-PCR检测灵敏度是单一RT-PCR的10倍。该研究使用优化的多重RT-PCR检测技术可获得稳定、灵敏、准确、高效地和同时地检测田间复合侵染的3种甘薯病毒。     

辣椒三种病毒的多重RT-PCR同步检测

本研究根据辣椒轻斑驳病毒(PMMo V)、烟草花叶病毒(TMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)的外壳蛋白(CP)编码序列设计了3对PCR检测引物,并初步建立了同步检测以上3种辣椒病毒的多重RT-PCR方法。以被感染了3种病毒的叶片的总RNA作为模板,可同时扩增到324 bp(TMV)、220 bp(PMMo V)和112 bp(CMV)的3个目标条带,在电泳图上清晰可辨。测序结果表明所扩增产物确为待检病毒靶序列。除阳性对照外,该多重RT-PCR体系不对ORSV、PVX和PVY等同属或不同属的其它病毒发生反应;该体系可检测到104倍稀释的病毒c DNA模板。同时,以建立的三重RT-PCR法对10份田间辣椒病样进行检测,其结果与单重RT-PCR结果一致,说明该法检测结果可靠,可用于PMMo V、TMV和CMV 3种辣椒病毒的同步检测。     

鸡传染性支气管炎病毒Real-time RT-PCR检测方法的建立及应用

为定量检测鸡传染性支气管炎病毒(IBV)载量,建立IBV的Real-time RT-PCR方法.用RT-PCR方法扩增出IBV的N基因片段,并克隆到pEASY-T3载体中,构建成含有N基因片段的重组质粒.应用该重组质粒进行SYBR Green I Real-time PCR,建立了定量检测IBV核酸的标准曲线与直线回归方程,该方法显示:特异性强,检测下限至少达到5.58× 102拷贝/μL,其重复性试验的变异系数小于3.2％;用建立的方法对实验接种IBV M41株的雏鸡组织中的病毒核酸进行了定量检测,检测结果显示:攻毒后肾脏中IBV含量高于支气管和肺脏,支气管和肺脏中病毒含量在攻毒后第3天高于攻毒后第7、10天,并证实临床表现与病毒载量之间存在密切关系.研究结果表明,建立的Real-time RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高、可重复性好,可用于IBV的定量检测.     

应用免疫捕获RT-PCR检测槟榔APV1病毒

槟榔黄化病的蔓延已经严重威胁海南的槟榔种植业,其病原被鉴定为APV1 (Areca palm velarivirus1)病毒。为了提高APV1病毒检测的效率及灵敏度,本研究拟采用免疫捕获RT-PCR (IC-RT-PCR)对APV1病毒进行检测。首先制备APV1病毒外壳蛋白的单克隆抗体,然后将抗体包被PCR管,加入槟榔黄化叶片或者与APV1病毒虫媒粗提取液进行免疫捕获,最后进行RT-PCR检测。研究结果显示,IC-RT-PCR对槟榔黄化病叶片样品中APV1病毒的检测灵敏度比普通RT-PCR高2 500倍,对粉蚧样品中APV1病毒的检测灵敏度比普通RT-PCR高125倍。IC-RT-PCR避免了RNA提取的环节,检测效率提高,且检测灵敏度更高,对检测的浓度样品具有巨大技术优势。本研究结果为APV1病毒的检测提供技术支撑。     

菜豆荚斑驳病毒免疫捕获一步RT-PCR检测

【研究目的】建立快速、准确、简便的检测大豆种子上菜豆荚斑驳病毒的免疫捕获一步RT-PCR方法（一步IC-RT-PCR）。【方法】采用抗原捕获和一步RT-PCR相结合的方法,并通过反应条件优化,确定一步IC-RT-PCR的反应程序,同时对该方法的特异性及实际检测效果进行验证。【结果】成功建立了一步IC-RT-PCR检测菜豆荚斑驳病毒方法,能够从感染菜豆荚斑驳病毒的大豆种子上扩增出预期大小的特异性片段,而对其他病毒及健康大豆无特异性反应;应用该方法对不同产地大豆种子样品进行检测,结果从来自美国的大豆样品中检出菜豆荚斑驳病毒,检出率为50%。【结论】一步IC-RT-PCR方法可以快速、准确地检测大豆种子上的菜豆荚斑驳病毒,适用于口岸检验检疫。     

三种无花果病毒的多重RT-PCR检测

为了快速检测危害无花果的病毒种类,本研究建立了一种同时检测3种无花果病毒的多重RT-PCR检测体系,包括无花果斑点相关病毒(fig fleck-associated virus, FFkaV)、无花果叶斑相关病毒(fig leaf mottleassociated virus, FLMaV)和无花果花叶病毒(fig mosaic virus, FMV)。根据三种病毒基因保守区域设计特异性引物,分别对cDNA用量、dNTPs用量、EasyPfu DNA聚合酶用量、Mg SO4用量、退火温度和引物组合进行优化,并利用RT-PCR进行验证。结果显示,总体积为25μL的反应体系中EasyPfu DNA聚合酶(2.5 U/μL)用量0.7μL、cDNA用量1.0μL、dNTPs (2.5 mmol/L)用量2.5μL、Mg SO4(50 mmol/L)用量1.2μL、引物组合为1.5μL,1.0μL,0.3μL、ddH2O为14μL、退火温度56℃时能够扩增出清晰的目的条带,该检测体系的检测极限为6.8 ng/μL的cDNA。田间样品的检测结果表明,该方法能够快速、准确地检测这3种无花果病毒,可用于田间无花果样品的检测。本研究建立的多重RT-PCR检测体系为无花果病毒的检测与防控提供技术支持。     

基因芯片技术检测黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒和马铃薯Y病毒

黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒和马铃薯Y病毒是世界性分布的重要植物病毒,对农业生产危害较大.农作物感病多为复合侵染,症状表现较为复杂,急需建立快速、准确、能够一次检测多种病毒的检测方法.本研究根据3种病毒的外壳蛋白基因序列,设计引物和探针,制备基因芯片;用Cy3标记下游引物,RT-PCR扩增产物与芯片杂交,荧光扫描仪检测并...     

鸡传染性支气管炎病毒RT-PCR快速检测方法的建立

根据鸡传染性支气管炎病毒(IBV) N基因序列（FJ767920）,利用引物软件Premier5.0,设计并合成了1对特异引物,通过对RT-PCR扩增条件的优化,建立了一种快速检测IBV的RT-PCR方法。应用该方法成功地从IBV M41和河南株HN99中扩增出318 bp的目的片段,而传染性喉气管炎病毒、新城疫病毒及马立克病毒基因组均未扩增为出相应的片段。将回收的RT-PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体后测序,进一步证实RT-PCR检测方法的特异性。对IBV的最低检出量为0.6 pg的cDNA。经临床初步应用表明,本方法的建立对IBV的早期诊断和临床检测具有快速、灵敏、特异、经济的特点。     

大连齿兰环斑病毒RT-PCR检测体系的建立

齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)是严重危害兰科植物的主要病毒之一。本研究根据NCBI基因库中ORSV外壳蛋白基因设计特异性引物,应用RT-PCR方法对ORSV进行检测研究。本试验所使用的植物总RNA提取方法,可以提取出完整且纯度高的总RNA,能够满足RT-PCR的要求;本研究所建立起的ORSV RT-PCR检测体系,可以从感病的指示植物及染病蝴蝶兰中扩增出与预期的332 bp大小完全一致的扩增产物,而健康的指示植物无此扩增产物。对此片段的测序研究也证明了RT-PCR的检测。利用BLAST及DNAMAN 6.0.3.99软件将我们检测的蝴蝶兰齿兰环斑病毒与来自中国海南、台湾以及新加坡的病毒分离物进行同源性分析,其同源性均达98%以上。     

甘薯退绿矮化病毒的RT-PCR检测技术构建

随着现代分子生物学技术的发展,反转录聚合酶链式反应技术在甘薯病毒检测上的应用越来越广泛。采用该技术可检测出甘薯组织中含量极低的病毒RNA,具有灵敏度高、特异性强等优点。在本研究中根据NCBI Gen Bank中收录的SPCSV病毒外壳蛋白(CP)基因核苷酸序列的保守区域设计了3对特异性引物,使用天根生化科技(北京)有限公司生产的Quant One Step RT-PCR kit试剂盒,针对影响扩增产物的影响因素退火温度进行优化,建立了甘薯退绿矮化病毒的RT-PCR检测方法。该方法使RT-PCR在一管内完成,大大降低了外源物质的污染及RNA降解的几率,可作为甘薯SPCSV病毒的快速检测方法。     

郁金香主要病毒的分子检测研究

本研究以新疆郁金香种植区植株和进口种球为材料,利用特异性引物,对侵染郁金香的主要病毒黄瓜花叶病毒(CMV)、碎色病毒(TBV)的一步法RT-PCR分子检测技术进行了初步研究。根据两种病毒的基因序列,合成了两对特异性引物,并对RT-PCR中的引物浓度、退火温度和反应循环数等因素进行了筛选和优化。研究显示,阳性对照和带病毒植株均扩增出了与预期大小一致的特异性条带,而健康植株无任何扩增产物。一步RT-PCR的最佳反应体系为:模板RNA 1μL,2×1 Step Buffer 25μL,上、下游扩增引物各1μL,Prime Script 1 Step Enzyme Mix 2μL,加RNase Free dd H2O至50μL。黄瓜花叶病毒(CMV)和碎色病毒(TBV)特异性引物的最佳反应程序:c DNA合成50℃30 min;预变性94℃2 min,变性94℃30 s,退火(CMV)56℃/(TBV)52℃30 s,然后72℃延伸l min,30个循环,最后72℃延伸10 min。实验表明,种植区内栽培一年的郁金香植株部分已被CMV和TBV侵染,其中还有复合侵染的现象存在。本研究建立了基于核酸水平的高灵敏度的一步RT-PCR法郁金香病毒检测技术,能准确的检测出植株中的TBV和CMV,适用于郁金香黄瓜花叶病毒(CMV)、碎色病毒(TBV)的鉴定和检测,为脱毒组培苗的检测和脱毒体系的建立提供理论依据和技术支撑。     

水仙花叶病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

旨在建立水仙花叶病毒(Narcissus mosaic virus,NMV)的分子快速检测方法。根据已公布的NMV基因序列,设计一对特异性引物,以提取的水仙样品总RNA为模板进行RT-PCR,并对该方法的特异性、灵敏度、重复性及实际检测效果进行测定。从感染NMV的水仙样品中成功扩增出预期大小（约483 kb）的特异性目的片段,而健康水仙上未扩增到相应的片段。特异性、灵敏度及重复性测定结果表明,本研究建立的RT-PCR方法特异性强、灵敏高、重复性好。应用该方法成功检测了一批口岸送检的水仙样品。本研究建立的RT-PCR方法可为水仙上NMV的检测提供可靠的技术支持。     

变异猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-PCR检测方法的建立

摘要：根据GenBank已发表及本研究室分离鉴定的变异PRRSV的NSP2基因序列,设计并合成了一对引物,建立了一种鉴别PRRSV的RT-PCR检测方法。结果表明：该方法扩增变异PRRSV基因组时可获得217bp的片段,扩增普通PRRSV时则获得307bp的片段,同条件扩增猪瘟病毒(CSFV)、圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、伪狂犬病病毒(PRV)均为阴性;该体系可检测到2.6pg的PRRS病毒核酸,具有较高敏感性。对2007～2008年送检的40份临床样品进行检测,结果检出12份为变异PRRSV,其阳性率为30.0%。研究结果表明, 建立的RT-PCR鉴别变异PRRSV方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等特点,适用于对猪繁殖与呼吸综合征病毒的鉴别诊断。     

双重RT-PCR同步检测马铃薯A病毒和马铃薯卷叶病毒

根据马铃薯A病毒全基因序列和马铃薯卷叶病毒衣壳蛋白区序列分别设计PVA和PLRV的特异性引物,应用双重RT-PCR同步检测马铃薯A病毒和马铃薯卷叶病毒,分别得到300bp和222bp大小的扩增片段.试验从反转录、PCR等方面对双重RT-PCR同步检测2种病毒进行了探索和优化.结果表明反转录反应中dNTPs浓度、2种病毒下游引物浓度比例以及PCR反应中Mg2+浓度对双重RT-PCR同时检测PVA和PLRV有较大的影响.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒的鉴定及分子检测

【研究目的】黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）的快速鉴定检测是控制该潜在危险性有害生物蔓延的有效途径。【方法】通过汁液摩擦接种、透射电镜观察、双抗夹心酶联免疫吸附测定法（DAS-ELISA）和RT-PCR方法对该病毒进行鉴定;同时对RT-PCR反应体系及扩增程序进行优化,建立CGMMV免疫捕获RT-PCR（IC-RT-PCR）检测方法。【结果】血清学、生物学、电镜观察和分子生物学方法证明供试样本为黄瓜绿斑驳花叶病毒引致。IC-RT-PCR方法可以简化RNA的提取,降低对试验材料要求。【结论】IC-RT-PCR的建立为CGMMV的检测提供了操作更为简便、特异性更强的快速、准确的检测方法。     

猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒混合感染的PCR检测

笔者实验分别建立了用于检测猪传染性胃肠炎病毒及猪轮状病毒的RT-PCR方法,通过该方法对52份疑似病料进行了检测,以调查猪群中猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒混合感染情况。实验结果表明,17份样品表现为猪传染性胃肠炎病毒与猪轮状病毒混合感染,占样品总数的28.8%     

马铃薯A病毒RT-LAMP检测方法的建立

马铃薯A病毒(potatovirusA,PVA)是一种侵染马铃薯的病毒,严重影响马铃薯的经济价值和产量,为有效防止该有害生物的传入和扩散,建立马铃薯A病毒RT-LAMP检测方法,根据PVA的外壳蛋白基因序列设计RT-LAMP反应的特异引物,通过实验成功建立了PVA的RT-LAMP特异性检测方法。该方法检测快速,36min即可检测到扩增曲线;特异性强,可有效区分同样侵染马铃薯的马铃薯A病毒(PVA)、马铃薯V病毒(PVV)、马铃薯Y病毒(PVY)以及同属的百合斑驳病毒(LMoV);灵敏度高,比普通RT-PCR灵敏度高10倍;并可通过肉眼观察浊度或颜色反应直接进行结果判断。该方法适用于现场PVA的快速检测。     

猪传染性胃肠炎病毒和猪流行性腹泻病毒二联RT-PCR检测方法的建立

摘要：参照国内外已发表的猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪流行性腹泻病毒（PEDV）基因序列及其相关的RT-PCR检测方法,根据TGEV S蛋白基因和PEDV S基因各设计一套特异性通用引物,扩增目的带分别为426bp和584bp。通过对相关病毒检测,建立了TGEV和PEDV通用型二联RT-PCR检测方法。该方法具有快速、敏感、特异等优点,可为TGEV和PEDV的检测、流行病学调查及疫苗使用等奠定基础。     

鸡传染性支气管炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank上发表的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）基因序列,针对IBV M基因全序列设计合成了一对引物, 以IBV疫苗株为模板, 建立了检测IBV的RT-PCR方法。应用该方法对IBV疫苗株RNA进行扩增, 获得与预期大小相符, 长度为1105bp的特异性目的片段;敏感性测定该RT-PCR可扩增到18pg的IBV-M-cDNA。结果表明建立的RT-PCR方法对IBV的检测敏感性高、特异性强,可用于IBV感染的诊断和流行病学调查。     

兰花上凤仙花坏死斑病毒和建兰花叶病毒双重RT-PCR检测方法的建立

根据凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot vjrus,INSV)和建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)的保守序列设计特异性引物,建立了双重RT-PCR同时检测两种病毒的方法.用该方法对兰花基地的可疑发病兰株进行检测,结果从田间采取的12株可疑兰花中有6株检出INSV,1株检出CyMV,2株同时检出两种病毒.