新吉细毛羊KAP24.1基因多态性及羊毛性状的相关性分析

为了解角蛋白关联蛋白(KAP)24.1基因在新吉细毛羊群体中的多态性与其毛用性状的关联性,试验采用DNA测序法对新吉细毛羊基因组编码区进行测序,找出基因突变位点,然后采用PCRSSCP技术对497只新吉细毛羊KAP24.1基因编码区序列进行多态性分析,并利用最小二乘模型对其多态性与产毛量、纤维直径、拉伸长度进行关联性分析。结果表明:在编码区有两处突变点,一处在348 bp处发生C→T的突变,脯氨酸突变为亮氨酸;另一处在414 bp处发生T→C的突变,丝氨酸突变为脯氨酸,均属于错义突变,KAP24.1基因的AA、AB、BB和CC基因型与纤维直径不相关(P0.05),BB基因型的产毛量和拉伸长度显著大于AB基因型、CC基因型(P0.05)。说明KAP24.1基因可以作为新吉细毛羊产毛量和拉伸长度主要候选基因之一,BB基因型可以作为分子标记用于预测绵羊产毛量和拉伸长度。     

藏系绵羊KAP3.2基因多态性及其对部分经济性状的影响

采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对高原型、欧拉型和乔科型3个类型共254只藏绵羊KAP3.2基因的部分序列进行多态性分析,并利用最小二乘线性模型研究了其多态性与体质量、毛长和产毛量性状的关联性。结果,3个群体藏绵羊在KAP3.2基因座上均检测到AA、AB和BB 3种基因型,高原型以A等位基因为主,欧拉型和乔科型以B等位基因为主。3个群体基因型频率均处于Hardy-Weinberg非平衡状态,高原型和欧拉型达中度多态,乔科型为低度多态。测序表明KAP3.2基因271 bp处存在1个C→T的突变,属同义突变。体质量性状上,3类藏绵羊各基因型间均差异不显著;毛长性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB型(P<0.05或P<0.01),而与AB型间无显著差异;产毛量性状上,3类藏绵羊AA基因型均显著高于BB和AB型(P<0.05)。结果表明,KAP3.2基因可作为影响藏系绵羊毛长和产毛量性状的分子标记。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

高原型藏绵羊KAP 基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP 3.2、KAP 7基因部分序列和KAP 8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP 3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP 7和KAP 8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP 3.2和KAP 8基因座达中度多态,而在KAP 7基因座为低度多态,在KAP 3.2和KAP 8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP 3.2和KAP 8基因上分别存在1个C→T（271 bp）和1个T→C(1122 bp）的突变,均属于同义突变,KAP 7基因5′调控区存在1个T→C（102 bp）的突变。     

不同绵羊群体KAP2基因多态性分析

为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。     

新吉细毛羊5个生殖激素受体基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊促性腺激素释放激素(GnRHR)、促黄体素(LHR)、促卵泡素(FSHR)、催乳素受体(PRLR)、雌激素(ESR)5个生殖激素受体基因多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以119只新吉细毛羊个体为研究对象,利用ABI测序仪检测基因多态性;用DNASTAR软件与I-TASSER软件预测蛋白质三级结构;用Excel计算基因型频率;用GraphPad prism 6软件进行新吉细毛羊群体5个生殖激素受体基因多态性与产羔数的相关性分析。经测序分析发现,FSHR基因不存在突变位点,其余4个基因存在13个突变位点。GnRHR基因存在A505G、G720C突变,LHR基因存在T1262G、A1991G、C2012T、A2032T、T2041A的突变,PRLR基因存在A1263G、C1544G突变,ESR基因存在A106T、C181T、G612A、C735T突变。在新吉细毛羊群体4个基因多态性与产羔数相关性分析结果中,只有ESR基因A106T突变对新吉细毛羊产羔数影响显著。其中AA、AT、TT 3种基因型个体的平均产羔数分别为1.391、1.101、1.417。AA基因型、TT基因型平均产羔数比AT基因型分别多0.290、0.316个(P<0.05)。AA基因型、TT基因型平均产羔数之间差异不显著(P>0.05)。     

草原红牛IGFBP3基因多态性及与部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测IGFBP3基因的多态性,并将不同基因型与部分屠宰性状进行相关分析.结果表明在第2内含子发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在8 069 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的眼肌面积有显著影响(P<0.05),AA型显著高于BB型(P<0.05),但与AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著.由此可以初步推断IGFBP3基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

草原红牛肌生成抑制素基因内含子1多态性及部分屠宰性状的相关性分析

以草原红牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测肌生成抑制素(MSTN)基因内含子1基因的多态性.结果表明:在内含子1发现多态性位点,有AA、AB和BB 3种基因型;测序结果显示在1 452 bp处存在C→T的碱基突变;该位点的多态性对草原红牛的净内率有显著影响(P<0.05),BB型和AB型显著高于AA型(P<0.05),BB型和AB型之间差异不显著(P>0.05);其他屠宰性状在不同基因型间差异不显著(P>0.05).由此可以初步推断MSTN基因可能是影响草原红牛肉质性状的一个主效基因或是一个影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

甘肃高山细毛羊KRT-IF35基因的多态性及其与羊毛性状的关系

以370只甘肃高山细毛羊为研究对象,利用PCR-SSCP技术,选取KRT-IF35基因作为候选基因,分析遗传多态性,并利用SPSS软件下的GLM程序分析KRT-IF35基因与产毛量性状的关系.结果表明:在甘肃高山细毛羊个体中,KRT-IF35基因存在3种基因型AA、AB、BB.进一步测序结果表明,甘肃高山细毛羊KRT-IF35基因在CDS区第154碱基处发生C→T的突变,导致了氨基酸从脯氨酸变为亮氨酸.χ2检验表明甘肃高山群体在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),多态信息含量(PIC)为0.306 4,属于中度多态(0.5>PIC>0.25).关联分析表明:甘肃高山细毛羊KRT35基因AA基因型标记的羊毛细度为19.89μm±0.13μm,AB基因型标记的羊毛细度为20.56μ±0.25 μm,AA基因型与AB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);AA基因型标记的羊毛纤维直径变异系数为(21.48±0.16)%,AB基因型标记的羊毛纤维直径变异系数为(22.27±0.34)%,AA基因型与AB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);AA基因型标记的羊毛纤维伸长率为(53.74±0.37)%,BB基因型标记的羊毛为(51.73±0.98)%,AA基因型与BB基因型间差异达到了显著水平(P<0.05);因此KRT-IF35 C154→T SNP位点可能作为一个羊毛细度、羊毛纤维直径变异系数、伸长率选择的DNA标记.     

6个绵羊群体BMP15、GDF9基因多态性分析

本研究旨在检测新吉细毛羊、中国美利奴羊(无角型)、东北细毛羊、杜×寒杂交羊(F1)、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊6个绵羊群体骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)、生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。以6个绵羊群体共378只个体为研究对象,利用PCR-SSCP技术检测BMP15、GDF9基因多态性;用DNAStar软件与I-TASSER软件预测蛋白质二级结构和三级结构;计算基因频率、基因型频率、Hardy-Weinberg平衡、杂合度(He)、纯合度(Ho)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)。运用GraphPad Prism 6软件对新吉细毛羊群体BMP15基因多态性与产羔数进行相关性分析。结果显示,BMP15基因P1引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:AA、AC、CC,该突变为BMP15基因外显子1上58-60bp 3个碱基(CTT)缺失,新吉细毛羊、杜×寒杂交羊(F3)、白头杜泊羊的χ~2值均达到显著水平,处于Hardy-Weinberg不平衡状态,不同基因型间新吉细毛羊平均产羔数差异均不显著(P0.05);GDF9基因P2引物扩增片段存在多态性,6个群体共呈现3种基因型:DD、DE、EE,其中新吉细毛羊仅有1种基因型:DD,该突变为GDF9基因外显子2上477bp处T→C的转换,该突变未导致氨基酸的改变,除新吉细毛羊外其余5个群体χ~2值均未达到显著水平,处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明GDF9基因T477C突变不能作为新吉细毛羊多胎性状遗传标记位点。