山羊腺苷单磷酸脱氨酶1基因启动子区单核苷酸多态性研究

为筛选腺苷单磷酸脱氨酶1(adenosine monophosphate deaminase 1,AMPD1)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)及研究其对启动子功能元件的影响,试验选择小香羊、黔北麻羊、努比山羊构建不同DNA池,直接测序结合BLAST筛选SNP位点。结果表明,AMPD1基因启动子区存在5个SNPs位点,分别为:T-614A、G-326A、G-309A、T-287C和T-165C。生物信息学软件预测得到AMPD1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNPs位点导致9个转录因子结合位点消失,而产生7个新的转录因子结合位点。AMPD1基因RNA二级结构在突变后显著改变,但未检测到CpG岛区域。     

鹅IGF-Ⅰ基因5'调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5'端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是:A-26T、A-215G、A-314G、A-325T.     

鹅IGF-Ⅰ基因5′调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5′端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5′调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是：A-26T、A-215G、A-314G、A-325T。     

猪SHP基因外显子1单核苷酸多态性研究

微小异源二聚体伴侣基因(Small heterodimer partner gene, SHP) 主要在肝脏、心脏、胰脏和脂肪组织中表达,影响脂类在机体内的动态平衡.用PCR-SSCP 方法研究猪SHP基因外显子1在5个猪群(长白猪、大白猪、皮特兰猪、金华猪和野猪)中的DNA 多态性,结果检测到3 种基因型(GG、GA 和AA).χ2 独立性检验结果表明,3种基因型频率分布在各品种间差异显著(P＜0.05).对纯合子个体测序检测发现,在SHP基因第1 外显子内存在一个多态位点(G374A,DQ002896),且导致编码氨基酸由精氨酸(Arg)替换为组氨酸(His).对金华×皮特兰F2代资源家系猪进行了该多态片段的基因型鉴定,并分析了不同基因型对猪背膘厚和肌内脂肪含量的遗传效应,结果显示AA基因型猪肩背膘厚、胸背膘厚、臀背膘厚以及肌内脂肪含量分别比GG基因型猪的低27.0%,30.6%,19.5%和40.9% (P＜0.05);AA基因型猪6～7肋背膘厚比GA基因型猪的低23.0%(P＜0.05).     

猪PGRMC2基因启动子区多态性的生物信息学分析

本研究以大白猪的基因组DNA为模板,通过混池测序鉴定PGRMC2基因启动子区的多态位点(SNPs),以分析该基因启动子区突变前后转录因子结合位点和Cp G岛的变化。运用生物信息学软件预测其核心启动子区域、转录因子结合及Cp G岛。结果表明:在220头大白猪个体中,检测到PGRMC2基因启动子区存在2个SNP位点,分别为C-1283 T和T-372 C。且这2个SNP均导致PGRMC2基因的转录因子结合发生改变。C-1283 T突变导致1个转录因子结合位点消失(即ASP-CYP21);T-372C突变导致1个转录因子结合位点消失(AP-1-DNA_polyme),9个新的转录因子结合位点产生(E1A-BS5、Trex/MEF3compo、E-box CS、Myo D-MCK-right、NFkappa E1site、NF-mu-E1CS、kappa-E2CS1、lambda5-site F、m TDT-site F等)。由此,推测SNPs可能对PGRMC2基因表达调控发挥重要作用。     

不同猪种TGF-β1基因单核苷酸多态性分析

以二花脸猪、大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪共计861 头为研究材料,采用PCR-SSCP技术,对猪TGF β1基因6 7外显子区的1156 bp序列进行多态性分析,发现一个多态位点。经克隆测序分析,位于第6内含子区内存在C→T突变,该突变位点为第7外显子上游的第9位碱基(序列:AJ621785中的第1043位点)。对不同猪群的基因型和基因频率统计结果表明,二花脸猪以等位基因T为主,而大白猪、长白猪、皮特兰猪和圣特西猪则以等位基因C为主,且各猪群均处于Hardy Weinberg平衡。     

猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。     

大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析

为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制,试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测,同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示,MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域,且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内;AKT3基因共预测到6个核心启动子区,未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变,但在本试验群体中只发现1种基因型,同时该突变位点位于第1个核心启动子区内;AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变,包括TT、TC和CC 3种基因型,其中TT基因型为优势基因型,T为优势等位基因。遗传多态性分析提示,该突变位点多态信息含量（PIC）介于0.25~0.5之间,表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件,为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。     

大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析

为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制,试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测,同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示,MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域,且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内;AKT3基因共预测到6个核心启动子区,未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变,但在本试验群体中只发现1种基因型,同时该突变位点位于第1个核心启动子区内;AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变,包括TT、TC和CC 3种基因型,其中TT基因型为优势基因型,T为优势等位基因。遗传多态性分析提示,该突变位点多态信息含量(PIC)介于0.25～0.5之间,表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件,为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。     

猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析

干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。     

IGF-1和IGF-1R基因在辽宁绒山羊皮肤组织中的表达

为了研究类胰岛素生长因子1(IGF-1)和类胰岛素生长因子1受体(IGF-1R)基因在绒山羊绒毛生长不同阶段皮肤组织中的表达差异,试验采用实时荧光定量PCR技术对非产绒期和产绒期辽宁绒山羊皮肤中IGF-1和IGF-1R基因的表达进行了测定。结果表明:辽宁绒山羊皮肤中IGF-1和IGF-1R mRNA的表达量在产绒期均极显著高于非产绒期(P<0.01),产绒期IGF-1、IGF-1RmRNA的表达水平分别是非产绒期的8.30倍和7.49倍。说明IGF-1和IGF-1R基因可能与山羊绒周期性生长有关。     

子宫蓄脓对犬子宫内膜组织中IGF-2及IGF-1R蛋白表达的影响

探讨IGF-2及IGF-1R蛋白质在子宫蓄脓的表达及与子宫蓄脓发病的相关性。采用免疫组织化学PV法与Western blotting检测5例正常子宫内膜(对照组)、19例子宫蓄脓(试验组)子宫内膜组织中IGF-2及IGF-1R的表达情况。结果表明,免疫组化与Western blotting检测结果一致,IGF-2和IGF-1R在蓄脓子宫组中的表达量极显著高于正常子宫(P<0.01)。对子宫蓄脓组中IGF-1R与IGF-2进行相关性分析,免疫组化结果表明IGF-1R与IGF-2之间低度相关(ｒ=0.423),Western blotting结果显示IGF-1R与IGF-2之间高度相关(ｒ=0.927)。结果提示,IGF-2阳性表达上调及IGF-1R的异常高表达,在子宫蓄脓的发生和发展过程中可能具有重要作用。     

Effect of Canine Pyometra on IGF-2, IGF-1R Proteins Expressions of Endometria

To investigate the expression of IGF-2 and IGF-1R protein in endometria of canine pyometra and analyze the possible correlation with the incidence of canine pyometra.Immunohistochemistry PV method and Western blotting were used to measure the IGF-2 and IGF-1R expression characteristic of 5 normal endometria and 19 endometria of canine pyometra.The results showed that the IGF-2 level of endometria from pyometra group was extremely significant higher than that of control group by immunohistochemistry and Western blotting (P<0.01).The positive expression rate of IGF-1R in endometria of canine pyometra compared with that in the normal endometria was extremely significant higher by immunohistochemistry and Western blotting (P<0.01).The correlation analysis of IGF-2 and IGF-1R in canine pyometra showed that the result of immunohistochemistry was low correlation (ｒ=0.423), the result of Western blotting was high correlation (ｒ=0.927).The data suggested that increased expression of IGF-2 and IGF-1R played an important role in occurrence of canine pyometra.     

军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪KIT毛色基因的基因型分析

毛色是猪的一个重要形态特征,KIT基因是控制猪毛色的主效基因。本研究利用PCR和PCR-SSCP方法,分析了军牧1号白猪、杜洛克猪、西藏小型猪和大白猪的KIT基因拷贝数和第17、18内含子突变位点的基因型,结果显示:军牧1号白猪和大白猪均为多拷贝,而西藏小型猪和杜洛克猪的KIT基因则为单拷贝;军牧1号白猪和大白猪的第17、18内含子突变位点上均检测到突变,而杜洛克猪和西藏小型猪均没有检测到突变。     

四种黄羽肉鸡IGF-1多态性与生产性能相关分析

采用PCR-SSCP技术测定了4个黄羽肉鸡品种IGF-1基因2个SNP位点,并分析了它们对不同周龄体重及产蛋性状的遗传效应.结果显示,2个SNP位点分别发生了T→A、G→A的单碱基突变,各有3种基因型,京海黄鸡P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01).最小二乘方差分析表明,京海黄鸡、江村黄鸡从型个体具有较高的300日龄产蛋量,与AB、BB型间差异显著(P<0.05),江村黄鸡从型具有较高的12周龄和300日龄体重,石岐杂鸡AA型300日龄体重显著高于BB型(P<0.05),表明A为产蛋及体重增效基因;不同黄鸡品种均表现出CC型个体具有较高的300日龄体重和产蛋数(P>0.05).     

部分小型猪与大型猪IGF-1基因的SNP分析

利用PCR-SSCP技术对版纳微型猪、西藏小型猪、军牧猪和大白猪4个品种的IGF-1基因进行了多态性分析.结果表明,在外显子3上存在1个SNP(G201A),在外显子4上存在2个SNPs(A440G和T455C).各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示,在G201A位点,A为大型猪的优势等位基因;在A440G和T455C位点,AT为大型猪的优势等位基因,小型猪的上述2个位点均没有共同的总体特征;2个等位基因型分布差异极为显著(P＜0.01),西藏小型猪的多态信息含量最低,而军牧猪的杂合程度最高.     

蓝塘仔猪IGF-1水平与组织IGF-1、GHR基因的表达

32头不同日龄(出生、3、21、35d)蓝塘仔猪,由前腔静脉采血后剖杀,取肝脏、背最长肌样品。用RIA法测血液、组织中IGF 1浓度,用放射受体法(RBA)检测肝脏、肌肉组织中GHR结合活性,用实时荧光定量PCR法检测IGF 1、GHRmRNA的表达水平。结果表明:(1)血液中IGF 1在出生日显著高于其它时期(P<0 05)。肌肉组织中IGF 1含量高于肝脏组织,肌肉组织IGF 1含量在3、21、35日龄时都显著高于出生日(P<0 05)。(2)肝脏细胞膜GHR结合活性在出生日显著高于3、21日龄(P<0 05),肝脏细胞膜GHR结合活性高于肌肉组织。(3)肝脏组织IGF 1、GHRmRNA的表达量均显著高于肌肉组织(P<0 05)。肝脏IGF 1mRNA的表达在出生日、21日龄时显著高于3、35日龄(P<0 05),GHRmRNA的表达在出生日显著高于其它日龄(P<0 05)。肌肉IGF 1、GHRmRNA的表达在出生日均显著高于其它日龄(P<0 05)。     

乌骨绵羊MC1R基因多态性研究

酪氨酸酶(TYR)、酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)和酪氨酸酶相关蛋白2(TYRP2)是动物黑色素生物合成过程的重要酶,黑素皮质素1受体(MC1R)一旦与配体α-促黑素细胞激素(α-MSH)结合,对TYR、TYRP1和TYRP2酶活性的表达水平均有重要影响,因此认为MC1R是黑素合成模式的控制点。本研究以MC1R基因为候选基因,对乌骨绵羊MC1R基因多态性进行了研究,希望揭示MC1R基因与乌骨绵羊乌质性状之间的关系。结果表明,乌骨绵羊MC1R基因存在2个多态位点,分别为A12G和G144C。翻译表明这2处突变都为同义突变,对应的氨基酸分别是丝氨酸(Ser)和亮氨酸(Leu)。PCR-RFLP分析发现绵羊MC1R存在2个等位基因,即MC1R*1和MC1R*2,对应11型、22型和12型3种基因型。乌骨绵羊和兰坪本地绵羊MC1R等位基因的频率差异不显著,而与罗姆尼羊差异显著,推测MC1R基因可能不是控制乌骨绵羊乌质性状的主效基因。     

GNRHR、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性状的遗传效应分析

以控制文昌鸡繁殖性状的促性腺激素释放激素受体基因（GNRHR）和胰岛素样生长因子-1基因（IGF-1）为候选基因，采用PCR—RFLP技术检测GNRHR基因和IGF-1基因在文昌鸡中的单核苷酸多态性（SNP），同时对这2个基因与文昌鸡繁殖性状的相关性进行了研究。结果表明，GNRHR基因内含子1的537bp位置有C→T碱基的变异，在文昌鸡中检测到AA、Aa、aa3种基因型，A等位基因的频率为0．69，a等位基因的频率为0．31；在IGF-1基因5′非翻译区（5′UTR）发现C→T碱基的变异，改变了限制性内切酶PstⅠ识别位点，经PCR-RFLP分析，在文昌鸡中检测到BB、Bb、bb3种基因型，B等位基因的频率为0．53，b等位基因的频率为0．47。对其基因型与所检测个体相应的繁殖性状采用GLM分析进行遗传效应研究，结果表明，GNRHR基因对300日龄产蛋数、400日龄产蛋数有显著影响（显性作用），IGF-1基因对300日龄产蛋数有显著影响（加性作用）。因此，推测GNRHR基因和IGF-1基因可能是影响鸡繁殖性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因，并且能够在分子标记辅助选择中用于对鸡繁殖性状的遗传改良和固定。     

牛肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性分析

应用PCR-SSCP分析方法,对94头肉牛(公牛45头:西门塔尔34头,夏洛来11头;母牛49头:西门塔尔24头,夏洛来25头)的肌肉生长抑制素(MSTN)3个外显子进行了多态性分析.结果显示,第1外显子存在2种基因型,分别为AA型和AB型.经测序发现,第1外显子4 bp处存在C→G的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酰胺(Gln)→谷氨酸(Glu).统计结果表明,等位基因B的含量低,而且只在西门塔尔品种内含0.026 6.利用SPSS软件作最小二乘分析,结果表明,B等位基因与西门塔尔牛的成年体质量和犊牛出生体质量呈显著正相关.