甘肃合作猪白细胞抗原经典Ⅱ类分子DR基因克隆及生物信息学分析

为了克隆甘肃合作猪白细胞抗原(SLA)DRA和DRB基因,分析SLA-DR基因特性和抗原多态性,首次研究了甘肃合作猪在异种移植等研究领域中的应用前景.应用RT-PCR分别扩增合作猪SLA-DRA和SLA-DRB基因并进行测序,将所获得基因序列登录GenBank(登录号分别为FJ905823和FJ9058258),再用NCBI中的BLAST和ExPASy等相关软件进行生物信息学分析.发现在猪-人异种移植中,近亲繁殖的合作猪种在与人类主要组织相容性复合体遗传基因水平相似性方面有一定优势,也可作为备选猪种对相关基因进行必要的修饰和改造.     

广西巴马小型猪BMP2基因克隆、生物信息学及组织表达分析

本研究旨在对广西巴马小型猪骨形态发生蛋白2（bone morphogenetic proteins 2,BMP2）基因进行克隆及其结构和功能的预测,并检测其在广西巴马小型猪和长白猪中的表达差异。以广西巴马小型猪基因组DNA为模板,通过测序鉴定BMP2基因外显子区的单核苷酸多态性（SNPs）,利用多种生物信息学软件对广西巴马小型猪BMP2基因启动子区、编码区（CDS）、3'UTR区进行了分析,预测分析广西巴马小型猪BMP2基因编码蛋白的基本理化性质、磷酸化位点、O-糖基化位点、跨膜区域、亲疏水性、蛋白质修饰结构、二级结构和三级结构等,并对miRNA结合位点及其相关通路进行分析,绘制了广西巴马小型猪和长白猪的组织表达谱。结果显示,试验成功克隆了广西巴马小型猪BMP2基因CDS区,总共1 188 bp,编码395个氨基酸;与猪参考基因组相比,广西巴马小型猪BMP2基因在G1663A、G1897C发生了同义突变,在C1896T（Pro→Leu）、T1971C（Gly→Ser）、G2000A（Leu→Ser）发生了3处错义突变;在3'UTR区域存在miR-142-5p、miR-129-5p等共13个miRNA结合区域;相似性比对结果显示,广西巴马小型猪与野猪、黄牛、水牛、山羊、绵羊、马、澳洲野犬、家犬、猕猴对应区段的相似性依次为99.92%、91.75%、91.84%、91.92%、91.92%、90.50%、89.43%、90.91%和90.91%;系统进化树结果表明,广西巴马小型猪与野猪的亲缘关系最近,与黄牛的亲缘关系相对较近,与猕猴亲缘关系较远;BMP2蛋白分子质量为44.55 ku,理论等电点为8.37,预测其有12个O-糖基化位点,42个磷酸化位点;预测分析发现该蛋白为亲水性蛋白,且是膜外蛋白。组织表达谱发现,广西巴马小型猪生长板软骨中BMP2基因表达量显著低于长白猪（P<0.05）。该研究为进一步探索广西巴马小型猪中BMP2基因的功能提供了理论基础,也为广西巴马小型猪品种资源的利用提供了重要参考。     

广西巴马小型猪MyoG基因克隆及外显子3多态性分析

为了解RT-PCR扩增广西巴马小型猪肌细胞生成素(MyoG)cDNA序列,并分析与其他物种间的聚类关系,试验采用PCR-SSCP技术分析广西巴马小型猪、长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因外显子3多态性,根据GenBank中已发表的猪MyoG基因序列设计PCR引物,以广西巴马小型猪肌肉组织总RNA为模板进行RT-PCR,所得目的片段经纯化、克隆、鉴定和测序;从4个猪种的耳组织中分别提取30个个体的基因组DNA,采用PCR的方法扩增出外显子3并进行SSCP分析。结果表明:克隆得到广西巴马小型猪MyoG基因编码区长675 bp,与四川野猪、人、奶牛、小鼠同源序列相似性分别为99.7%、93.8%、91.7%、90.5%,且不同物种间保守性较强;与四川野猪相比,克隆得到的广西巴马小型猪MyoG cDNA序列在第233位点及第642位点上发生基因突变;广西巴马小型猪MyoG基因的基因型只有AA型,而长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因的基因型只有AB型,各群体内无多态性。     

五指山猪白细胞抗原血清学研究

用２４支标准血清对２５头五指山猪进行白细胞抗原的血清学分型，根据标准微量淋巴细胞毒试验结果，按国际ＳＬＡ－Ａ、Ｃ、Ｂ抗原血清学分型标准、共检出２１种单倍型，另有８条、占１６％的单倍型不能确定。在所检出的单倍型中，Ｈ４、Ｈ３２含量较高，频率分别达０．１２和０．１０；Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１７、Ｈ２３、Ｈ３５、Ｈ４２、Ｈ５３等单倍型为中等频率分布，频率从０．０４￣０．０８；Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ６、Ｈ８、Ｈ２     

猪白细胞抗原与产仔性能的关系

采用微量淋巴细胞毒试验对９０头经产母猪（二花脸６５头，大约克猪２５头）进行了血清学分型，计算了单倍型在两品种中的分布频率，运用单因子和双因子最小二乘分析法分析了ＳＬＡ单倍型与产活仔数之间的相关性。结果发现：（１）不同单倍型对猪产活仔数影响有明显的差异，Ｈ６、Ｈ１０有明显的正效应，Ｈ２、Ｈ１２、Ｈ３１有负效应。（２）单倍型对产活仔数影响在品种间有差异，在太湖猪中Ｈ６、Ｈ７、Ｈ１０和Ｈ２３几种单倍型频     

广西巴马小型猪Oct4基因克隆及其在成纤维细胞中的表达

根据GenBank中公布的猪Oct4核苷酸序列设计合成1对引物,采用RT-PCR方法从巴马小型猪睾丸组织扩增Oct4基因编码全序列。然后将该基因重组于含有绿色荧光报告基因的真核表达载体pEGFP-N1中,构建成pEGFP-Oct4重组质粒,通过酶切电泳鉴定和DNA测序证明重组质粒构建成功。使用脂质体2000将pEGFP-Oct4转染巴马小型猪肾脏成纤维细胞,荧光显微镜下可观察到绿色荧光,转染细胞株中可检测到Oct4的转录。结果表明,成功构建了真核表达载体pEGFP-Oct4,并可在巴马小型猪肾脏成纤维细胞中表达,为进一步研究Oct4基因生物学功能奠定了基础。     

广西巴马小型猪MyoD1基因克隆及其真核表达载体的构建

本研究旨在对广西巴马小型猪成肌细胞决定基因1(myoblast-determining 1,MyoD1)进行克隆分析,并构建MyoD1基因真核表达载体pEGFP-N1-MyoD1,为进一步研究该基因在广西巴马小型猪骨骼肌发育中的调控作用奠定基础。以广西巴马小型猪的肝脏组织为材料,应用RT-PCR技术克隆得到广西巴马小型猪MyoD1基因编码序列,对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析,并构建该基因的真核表达载体,经过PCR和双酶切验证,通过脂质体转染,将重组质粒转染C2C12细胞,在细胞水平验证了该载体的正确性。结果显示,广西巴马小型猪MyoD1基因编码区序列长960 bp,编码319个氨基酸,核苷酸序列与猪、牛、水牛、绵羊、马、人、小家鼠、褐家鼠、家犬的同源性依次为99.7%、92.8%、92.9%、92.6%、91.5%、82.9%、82.9%、82.0%和90.9%;系统进化树分析表明,广西巴马小型猪MyoD1基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性;蛋白质结构分析表明,MyoD1蛋白为膜外蛋白,在第4-116位氨基酸处存在1个MyoD家族标志性的MyoD结构域,对广西巴马小型猪、猪和人的MyoD1蛋白高级结构比较发现其具有极高的相似性。本研究构建的广西巴马小型猪MyoD1基因表达载体pEGFP-N1-MyoD1,转染C2C12细胞后产生绿色荧光信号,表明MyoD1基因在C2C12细胞中成功表达。     

广西巴马小型猪动脉粥样硬化模型的制作

本试验旨在制作广西巴马小型猪动脉粥样硬化模型,初步判断猪发生动脉粥样硬化时的指数值,以期为今后建立相关模型提供依据。试验选取广西巴马小型猪试验组和对照组各10头,通过饲喂高脂高胆固醇饲料建立动脉粥样硬化模型,检测建模过程中血液生化指标,将动脉粥样硬化指数与血管切片作关联分析,初步拟定发生动脉粥样硬化时的指数值。屠宰后血管切片结果显示,试验组有2头广西巴马小型猪发生动脉粥样硬化,对照组均正常。2头广西巴马小型猪的血管切片结果与动脉粥样硬化指数进行关联分析后,初步拟定的动脉粥样硬化指数值在3.8以上,并持续3个月以上。     

广西巴马小型猪IL-4和IL-10基因的克隆和序列分析

为研究猪白细胞介素4（IL-4）和白细胞介素10（IL-10）在机体免疫应答中的作用,从ConA刺激的巴马小型猪的外周血淋巴细胞提取总RNA,用RT-PCR方法扩增出IL-4和IL-10基因,将其分别克隆到PMD18-T 载体上,进行序列分析.结果表明,克隆的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列与GenBank上登录的其它猪种的IL-4和IL-10基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.8%～100%、97.0%～99.3%和99.2%、97.7%.     

广西巴马小型猪IFN-Y基因的克隆和序列分析

将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增广西巴马小型猪Y-干扰素(IFN-Y)基因,并克隆到PMD18-T载体上,进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长558个碱基,包含501个碱基开放阅读框架,编码166个氨基酸,分子量为19．42ku。此cDNA与人、牛、山羊、马、狗和鼠的IFN-Y基因核苷酸比较,同源性分别为74．9％,86．5％,86．9％,81％,58．7％和63．3％,与其它猪种的IFN-Y基因核苷酸比较同源性为100％。     

巴马小型猪和贵州小型猪封闭群的遗传结构分析

巴马小型猪(Bama,BM)和贵州小型猪(Guizhou,GZ)是我国自行培育的2个重要的小型猪封闭群,但长期以来对其群体遗传结构状况并不十分清楚。本试验应用本实验室筛选的32个微卫星位点组合对这2个小型猪封闭群进行了遗传结构分析。结果显示:BM封闭群的平均观察等位基因数和有效等位基因数分别是5.750 0和2.572 7,GZ封闭群的相应参数为6.187 5和3.783 7;2个猪群的平均杂合度分别是0.542 8(BM)和0.697 8(GZ),多态信息含量分别是0.546 9(BM)和0.729 6(GZ)。结果表明:GZ猪群的遗传变异程度略高于BM猪群,但它们都是比较好的封闭群群体,符合封闭群小型猪的遗传要求。     

广西巴马小型猪近交群体的遗传结构分析

本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象,利用19个微卫星标记,通过估算其等位基因数(N)、多态信息含量(PIC )和近交系数(F)等参数,对广西巴马小型猪近交群F10~F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示,19个微卫星座位上共检测到31个等位基因,其中F10~F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因,平均每个位点分别仅有1.42、1.53、1.47、1.42、1.37和1.32个等位基因;6个世代群体平均多态信息含量为0.1044。广西巴马小型猪F10~F15世代的平均近交系数分别为0.8070、0.8263、0.8491、0.8710、0.8904、0.9118。结果表明,广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高,是一个遗传性稳定的群体。     

广西巴马小型猪21个微卫星座位的DNA多态性分析

利用21个微卫星座位统计了广西巴马小型猪品系内的等位基因组成，计算了各位点的基因纯合率和多态性信息含量（PIC）及平均杂合度。结果，21个位点的平均基因纯合率为55．5％，平均PIC为0．3501，平均杂合度为0．3881。结果提示，广西巴马小型猪具有一定的遗传稳定性，已成为一个稳定的遗传群体，符合封闭群动物的遗传特征。     

广西巴马小型猪卵泡抑素的克隆及原核表达

从广西大学巴马小型猪卵巢中提取总RNA，并以其为模板，应用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR），在合成的特异性引物引导下，扩增获得广西巴马小型猪卵泡抑素（follistatin）cDNA的全序列，长度为1035 bp。将PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行序列测定及分析，结果表明：广西巴马小型猪卵泡抑素cDNA序列与GenBank中已报道的家猪卵泡抑素同源性高达99.4%。同时，将目的基因插入到原核表达载体pET 32a+多克隆位点中，构建了follistatin的原核表达载体，并转化于大肠杆菌BL21。转化菌经异丙基硫代半乳糖苷（IPTG）诱导，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）和蛋白质免疫印迹（Western blotting）分析，结果表明：试验已成功表达了follistatin的融合蛋白(约58.4 ku)。     

小型猪克隆胚胎体外培养阶段的优化

本试验从卵母细胞卵丘多少和初次卵裂时间早晚2个方面进行研究,旨在改善小型猪克隆方案的体外培养环节,提高克隆效率。将卵母细胞按卵丘多少分成3组,比较卵母细胞的成熟效果,取成熟效果好的卵母细胞进行后续试验;PA和SCNT试验均按初次卵裂时间早晚分成3组,在体外培养条件下,比较胚胎的卵裂率和囊胚率。结果表明,卵丘多的卵母细胞体外成熟39～40 h和卵丘少的卵母细胞体外成熟41～42 h,比不区分卵丘多少的卵母细胞体外成熟39～42 h的成熟效果要好;初次卵裂时间发生在26 h以前的胚胎比26 h之后的胚胎在数量和质量上都明显优越,前者胚胎的卵裂率和囊胚率显著高于后者,此结果在孤雌激活(parthenogenetic,PA)胚胎和体细胞核移植(somatic cell nucleartransfer,SCNT)胚胎的体外试验中均得到验证。本研究完善了小型猪克隆方案的体外培养环节,为器官异种移植提供相关技术参考。     

巴马小型猪主要细胞因子的克隆及序列分析

为了丰富广西巴马小型猪细胞因子生物学数据,本试验采取广西巴马小型猪的外周血,分离淋巴细胞,提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR扩增,将克隆出的与目的基因大小相符的片段回收,再与T载体连接,转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后提交NCBI,比较克隆序列与已知序列的同源性,并利用软件对克隆序列进行分析。结果表明,已克隆出的巴马小型猪细胞因子IL-2、IL-12、IFN-γ、TNF-α基因序列长度分别为338、377、380、402 bp,测序结果均与目的基因预期估计值吻合。序列分析结果发现与已知的家猪或野猪的相应基因同源性较高,IL-2、IL-12、IFN-γ、TNF-α序列同源性分别为98.9%、99.5%、99.2%、100%。研究巴马小型猪细胞因子基因序列不仅丰富了生物学数据,而且为细胞因子的功能研究提供了依据,也为细胞因子的定量检测奠定了基础。     

中国小型猪内源性反转录病毒研究进展与对策

作者介绍了国内外猪内源性反转录病毒（PERV）研究进展,简述了中国不同品种小型猪PERV存在情况、PERV前病毒全基因克隆与序列分析、细胞水平鉴定方法、感染HEK293细胞研究平台的创建、猪A3F对PERV的抑制作用研究,以及从分子遗传学上揭示不同品系PERV特异性等创新性研究成果,分析了五指山小型猪近交系具有PERV基因拷贝少且没有PERV-C等特异性,以及展望培育中国PERV阴性猪新品系方法等研究,以期为人类异种器官移植和生物医用材料产品安全性研发,解决小型猪PERV疾病传播危险性提供科学对策和新的方向。     

滇南小耳猪与巴马小型猪SLA-DQA基因多态分析

对滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA基因的部分内含子1、完整的外显子2和部分内含子2共341bp片段进行了PCR-RFLP酶切分型,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后BB基因型频率（0.468 8）高于AB型（0.375 0）,AA型最低（0.156 3）,B为优势基因（0.656 3）,A为劣势基因（0.343 7）.经AluⅠ酶切后,滇南小耳猪MM基因型频率（0.500 0）高于MN型（0.321 4）和NN型（0.178 6）;而巴马猪则以MN基因型频率（0.485 3）高于MM型（0.338 2）和NN型（0.176 5）;2个品种中M等位基因（0.604 2）频率高于N等位基因（0.395 8）.经分析表明,2猪种在两酶切位点上各分型已达Hardy-Weinberg平衡.巴马小型猪和滇南小耳猪中分别存在9种和7种PCR-RFLP组合基因型,其中BBMN为优势组合基因型,AAMN为劣势组合基因型;AAMM组合基因型在2品种间差异显著（P＜0.05）.遗传多态参数分析表明：SLA-DQA基因外显子2的两酶切位点在2猪种间均表现为中度多态,AluⅠ的基因多样性略高于EcoRⅠ,巴马小型猪杂合性略高于滇南小耳猪,2品种间遗传距离为0.000 4.     

版纳微型猪近交系白细胞介素6基因克隆、生物信息学及组织表达分析

白细胞介素6(IL-6)是机体重要的免疫调节因子,在佐剂的应用方面具有很好的发展前景。本研究以版纳微型猪近交系(BMI)为实验动物,通过PCR法获得IL-6基因编码区序列,提交GenBank数据库,登录号为JQ839263。对BMI IL-6基因和相应的蛋白序列进行了生物信息学分析,结果显示该基因编码212个氨基酸,分子质量为23.88 ku,等电点(pI)为6.66,存在一个保守结构域,一个跨膜结构,N端和C端均疏水,且在N端存在信号肽,有89%的可能性定位于细胞核。将BMI的IL-6基因编码区序列与NCBI下载到的4条猪IL-6基因序列进行比对,结果显示BMI IL-6与GenBank登录号为NM_214399和DQ832259的核苷酸序列完全相同,与GenBank登录号为AF309651和AF518322的核苷酸序列各存在1处碱基差异;多物种氨基酸序列比对及系统进化分析结果表明,BMI与骆驼亲缘关系最近。同时利用半定量PCR法确定了IL-6基因mRNA在BMI 12个组织中的表达量,结果发现在肺脏、皮肤、肌肉中表达量较高。本研究为进一步研究猪IL-6基因的表达调控奠定了理论基础。     

巴马小型香猪皮肤比较生物学研究

目的:分析巴马小型香猪皮肤解剖结构,为巴马香猪用于人类创伤修复和药物渗透可行性提供相应参考;方法:运用切片、染色、解剖以及免疫组分以及分子生物学技术对巴马香猪皮肤进行分析,并与人类皮肤研究结果相比较;结果:巴马香猪皮肤的厚度、分层、光镜结构、超微结构以及皮肤胞外基质免疫学反应特效与人类皮肤相似,其真皮的主要胞外基质-I型胶原的高效液相色谱与人类皮肤极为相似;结论:巴马小型香猪的皮肤与人类皮肤组织十分接近,是人类皮肤研究理想的动物模型,同时也可作为人类皮肤良好的创伤修复材料应用于临床治疗中.