应用SRAP标记分析黑芝麻核心种质遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对中国芝麻资源核心收集品中的黑芝麻种质进行遗传多样性分析。结果表明,13对引物组合对100份黑芝麻核心种质共扩增出稳定清晰的条带182条,其中多态性条带126条,占69.2%,每对引物组合的条带数和多态性带数分别为14.0个和9.7个;供试材料间成对遗传相似系数介于0.469~0.986,平均为0.726,通过UPGMA法,在遗传相似系数为0.68处可将供试材料聚为5个类群,表明黑芝麻核心种质具有较丰富的遗传多样性,聚类结果与地理分布没有明显的关系;遗传多样性指数是南方黑芝麻核心种质(0.3557)＞中部种质(0.3415)＞北方种质(0.2986)。本研究结果较全面反映了中国保存的黑芝麻种质资源遗传多样性特点,为我国黑芝麻资源进一步考察收集和引进,以及优异黑芝麻基因资源挖掘和育种利用提供了理论依据。     

青蒿种质资源遗传多样性的SRAP分析

以45份青蒿种质为试材,将分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)应用于青蒿种质资源的遗传多样性研究.利用TREECONW软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果表明:30对引物组合共得到382条扩增条带,其中有312条呈现多态性,占81.7%,从DNA分子水平显示出供试种质遗传多样性较为丰富.遗传相似系数变化范围0.683 6～0.857 1.聚类分析表明,青蒿种质亲缘关系与来源地无明显相关性,仅在小分支中表现出一定的地域相关性.     

中原牡丹品种初级核心种质构建与代表性检验

以400个中原牡丹品种的形态学和农艺学性状为基本数据,采用花型分组,组内按平方根比例策略确定取样量,并使用类平均聚类法取样,获得了中原牡丹品种初级核心种质,其取样比例占总体样本的30%.经检测,初级核心种质与总体种质的31个性状中仅花期1个性状的多样性指数达到了显著差异水平,初级核心种质多样性指数对总体种质的代表性达99.20%,表型保留比例达到了100%.表明,这个包含120个样本的初级核心种质能在表型性状上很好地代表总体种质的遗传多样性.     

荔枝种质遗传多样性的SRAP分析

为评价荔枝种质的遗传多样性,从88对SRAP引物中筛选出22对多态性高、稳定性好的引物,用于研究46个荔枝品种.每对引物组合产生6～19条谱带,其中多态性条带284条,占总带数的97.93%.46个种质的相似系数在0.469～0.838之间,平均相似系数为0.644.其中,秤砣与红荔的相似性系数最大,亲缘关系最近;小丁香与三月红、三月红与A13两对相似系数最小,亲缘关系最远.UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.644处46份荔枝供试品种被划分为4个类群,并且来源地相同的品种间亲缘关系较密切.22对多态性引物中,引物me7-em2在海垦18中扩增出1条特征谱带,引物me3-em7在水东中也扩增出1条特征谱带,而仅凭这1条特征带就可以将荔枝品种海垦18或水东与其它材料区别开来.这说明SRAP标记可用于荔枝的品种鉴定和群体遗传结构的研究.     

基于SRAP标记的大蒜种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对18个大蒜群体的遗传多样性进行分析,用Popgene 32软件计算遗传多样性参数,并采用NTSYS pc21-2软件进行种质间的UPGMA聚类分析和基于遗传一致度的群体间聚类分析.结果表明,22对引物扩增出161条多态性条带,引物的多态性信息指数(PIC)在0.6357～0.8897之间.种质...     

基于SRAP的藜麦种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记分析了60份藜麦种质的遗传多样性。结果表明,筛选出的11对SRAP引物共扩增出60条特异性带,引物多态信息含量(PIC)均值为0.3199;等位基因数(N_a)均值为1.9375;有效等位基因数(N_e)均值为1.5384;Nei’s基因多样性指数(H′)均值为0.3135;香农信息指数(I)均值为0.4711。60份藜麦种质材料的遗传相似系数平均值为0.6748,在遗传相似系数0.69和0.72处,可将60份藜麦材料分为4大类和9个亚类。     

黄瓜种质资源形态学标记和SRAP标记的遗传多样性分析

旨在探索黄瓜种质资源的遗传多样性,为今后黄瓜选育优良品种提供可靠依据。以48份黄瓜种质资源为材料,用DPS软件对各品种的13个表型性状进行聚类分析,同时利用SRAP分子标记对其进行遗传多样性研究。结果表明:根据果实性状等形态学标记聚类分析得出,在阈值75.0处,可以将48份黄瓜种质资源分成5大类群。利用UPGMA法对SRAP分子标记结果聚类分析发现,黄瓜种质间的遗传相似系数在0.52~0.93之间,在遗传相似系数为0.64处,可以将其分成5大类群,形态学标记和SRAP分子标记的聚类结果存在较大差异。由此可见,SRAP分子标记较形态学标记能更好地分析品种间亲缘关系的远近,对黄瓜遗传多样性研究更具指导意义。     

中原牡丹品种资源的核心种质构建研究

根据已经获得的中原牡丹品种资源的初级核心种质120个品种的表型性状信息和ISSR、AFLP分子标记遗传信息,采用单一表型性状、分子、表型结合分子信息聚类压缩取样及随机取样的方法,进行了构建中原牡丹品种核心种质的研究.结果表明:采用表型信息结合两种分子标记信息聚类压缩的方法构建核心种质的方法最好.经检验,各种检验指数及品...     

贵州核桃农家品种种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术对采自贵州省盘州市、普安县、贵阳市、兴义市、毕节市、威宁县、沿河县种源地的168份核桃农家种样品进行遗传多样性分析.结果表明,从132对引物组合中筛选出了19对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合;168份样品用这些引物组合共扩增出309条清晰可重复的条带,其中多态性条带281条,多态性比率为...     

海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析

利用SRAP标记, 选用132对带型清晰的多态性引物, 对我国引入海岛棉以来培育的36个国内品种及20个国外品种进行遗传多样性分析。共检测到419个多态性位点, 每组合的多态性条带数从2~9不等, 平均为3.17。利用NTSYS-pc 2.10e 软件采用Jaccard’s相似系数和UPGMA方法进行聚类分析。结果表明, 大部分具有亲缘关系的品种聚在同类中, 说明其结果与系谱具有一定的相符性; 56个品种的平均遗传相似系数为0.497, 变化范围在0.312~0.876之间, 说明我国海岛棉品种在分子水平上存在较大差异; 我国3个育种时期育成品种的平均相似系数依次为0.501、0.507和0.548, 表明我国现在育成的品种相对于早期品种遗传多样性在逐渐降低。这些结果为我国海岛棉育种提供了有益的参考。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

基于果实品质与EST-SSR标记的刺梨居群遗传多样性分析及核心种质构建

通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。     

基于SRAP分子标记的11份柑橘种质材料遗传多样性分析

为分析11份柑橘种质材料的遗传多样性,本研究以7份沙糖橘种质以及4份其他柑橘种质为试验材料,利用SRAP分子标记进行分析,并用UPGMA法进行聚类.结果表明:160对引物组合筛选出20对引物组合扩增条带清晰,11份种质材料两两之间遗传相似系数在0.322 1～0.931 6之间.沙糖橘和金葵蜜橘间的遗传相似系数最大,为...     

花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析

为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。     

利用SRAP标记分析我国甜菜三大产区骨干材料的遗传多样性

利用SRAP分子标记, 选用甜菜中SRAP的88对引物组合分别对4个经济性状差异较大的代表性品系(高产型、高产低糖抗丛根病型、标准型、中产高糖抗褐斑病型)进行扩增,筛选出有效引物组合33对。采用筛选的33对引物检测全国三大产区的241份甜菜材料及9份外国材料,扩增到719条带,其中多态性条带459条,多态性条带的比率平均为63.8%。利用MEGA3.1软件中的Compute over-all mean计算,组内品种间平均遗传距离为0.4165,平均遗传相似系数为0.6593。遗传相似系数平均值为外国品种(0.7528)>单胚品系(0.6945)>多胚四倍体品系(0.6816)>多胚二倍体品系(0.6612)。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,将供试材料分为4大类群。结果表明,我国三大产区供试材料遗传多样性丰富,其中东北产区优于华北与西北产区。利用POPGEN32软件将供试材料与外国品种分为两类,表明我国材料与外国品种的遗传基础存在较大差异。     

基于SSR分子标记的刺槐遗传多样性分析及核心种质的构建

刺槐(Robinia pseudoacacia)是一种极具发展利用潜能的林业生物质能源树种。为了解决刺槐林业生物质能源面临的原料短缺问题,本研究选取了中国北方7个地区的96个刺槐种质资源,运用筛选出的14对SSR引物进行标记,分析了其遗传多样性并构建核心种质。结果表明:刺槐种质资源的平均等位基因数(Na)为3.2143;平均有效等位基因数(Ne)为2.1840;平均Shannon’s信息指数(I)为0.8831;平均观测杂合度(Ho)为0.4055;平均预期杂合度(He)为0.5149,收集的刺槐种质存在丰富的遗传多样性。采用逐步聚类法进行核心种质构建,最终确定的核心种质共包含23份种质。通过t检测,核心种质遗传多样性与原始种质无显著差异,可以充分地代表原始种质资源。核心种质纤维素含量提高了2.17%,平均达到33.42%,适宜作为纤维素生物质能源原料。研究结果为刺槐种质资源的保护,管理和纤维素生物质能源化利用提供了丰富的理论依据和优良的种质材料。     

基于SRAP分子标记的银胶菊遗传多样性分析

银胶菊(Parthenium hysterophor L.)是热带地区入侵植物,主要分布在路边、荒地和农田,生长繁殖迅速,危害作物产量和人畜健康,植株具有较强的化感作用抑制农作物的生长。本研究探究银胶菊的入侵特性与遗传变异之间的相关关系,为预测其入侵趋势提供依据。对48对引物用优化的SRAP反应体系进行筛选,最终得到17对多态性较好的引物组合,对海南、云南、广西等15个居群共计300份样品进行遗传多样性分析。结果表明,三省分布的银胶菊与中国其它地区银胶菊居群都具有较高的遗传多样性;其中63.67%的遗传多样性来自居群间,而居群内部遗传多样性并不高;居群间基因流较低,聚类分析中遗传距离与地理距离不一致。由此推测银胶菊多以人为因素扩散。