Genetic Diversity and Population Structure of Arabian Horse Populations Using Microsatellite Markers

Understanding the genetic diversity and the relationships among the show Arabian horse populations is a current issue for breeders and professionals. This study aimed to define the relationship among the Desert breed, the Straight Egyptian, and the Polish Arabian populations by considering the historical background of their origin and to verify their genetic diversity. All selected samples were related to Arabian show activities. One hundred forty four hair samples were collected from horses at stud farms having notoriety in the breeding of Arabians from different geographic regions. A set of 17 microsatellites markers for parentage control were used for genotyping. Genetic diversity among and between these populations were evaluated using several statistical methods. All the microsatellites were informative and the marker set analyzed provided 145 alleles. The average number of alleles per locus was 6.52, 6.35, and 7 for the Desert breed, Straight Egyptian, and Polish Arabian, respectively. The high genetic diversity observed within the three populations (0.63-0.71) was associated with a high number of effective alleles. Desert breed and Polish Arabian populations appeared the closest, whereas the Egyptian population was more distant. The significant positive inbreeding coefficient F_IS found in Desert breed, Straight Egyptian, and Polish Arabian horses (0.09, 0.14, and 0.11, respectively) confirmed the deficit of heterozygosity observed in these populations. These results suggested that the three populations have high levels of gene flow or share the same origin and have a recent divergence. This study may highlight the risk of the loss of gene diversity in these populations and help to implement appropriate breeding programs to preserve genetic diversity.     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。     

长江三角洲白山羊群体遗传结构研究

应用结构基因座和微卫星DNA两种遗传标记探讨长江三角洲白山羊群体遗传结构。结果表明,检测的9个结构基因座位上7个存在多态性,座位的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0.1767、0.1457和1.2837;7个微卫星位点上共检测到110个等位基因,位点的基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数分别为0.8867、0.8774和11.2907。群体内的遗传变异程度相对较高,反映出丰富的遗传多样性,而且微卫星DNA标记揭示的遗传变异高于结构基因座。     

丝羽乌骨鸡群体遗传结构的微卫星标记分析

用 9对微卫星引物对 170只丝羽乌骨鸡的基因组DNA进行扩增 ,结果表明 ,9个微卫星标记在该品系中都表现出了丰富的多态性 ,所有扩增结果都能重复。微卫星标记平均每个座位检测到 4 .5 6个等位基因 (3～ 7个 )。 9对微卫星引物平均多态信息含量为 0 .6 0 72 ,标记平均杂合度为 0 .74 2 3。本研究的结果可以为进一步利用微卫星进行丝羽乌骨鸡种质特性等研究提供一定的参考     

三种微卫星DNA标记在奶牛中的应用

选择了分布在牛的3条染色体上的3个微卫星DNA标记UWCA9、BM3413、IDVGA-2,分析其在所供牛群体中的多态分布情况。结果表明,每个位点的等位基因个数及多态信息含量值分别为4/0.70、5/0.75和6/0.80。经分析各标记位点均符合孟德尔遗传规律。     

利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性

利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。     

应用微卫星DNA标记对BWEL-SPF鸡种群的群体遗传学分析

本研究利用14个鸡微卫星DNA标记位点,采用DNA测序仪和荧光素标记分子内标,建立了鸡分子遗传学的检测方法,对F15世代BWEL-SPF鸡种群8个家系群体内和群体间的遗传结构进行了分析。结果表明,被检位点35.7%(5/14)的基因型趋于纯合,家系内等位基因的变异程度显著降低。F-统计量检验结果表明,家系间的遗传分化均达到了极显著水平(P0.001),群体间的变异占到了总遗传变异的12.9%。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

家兔群体遗传变异的微卫星标记

选用欧洲野生穴兔的5个微卫星座位,分析了5个品种(系)家兔群体的遗传变异.结果表明:Vc-Ⅱ系獭兔的群体内平均多态信息含量和平均杂合度均最大,分别为0.552 6和0.620 2;新西兰兔群体内平均多态信息含量和平均杂合度都最小,分别为0.451 5和0.526 1,说明在5个品种(系)家兔中,新西兰兔群体内变异较小,相对较纯;Vc-Ⅱ系獭兔群体内变异较大,纯度相对较小.但总的来看,5个品种(系)家兔的平均多态信息含量和平均杂合度相差都不大,说明Vc獭兔在遗传性能上已接近其他优良品种兔.聚类结果表明:Vc-Ⅰ系獭兔与Vc-Ⅱ系獭兔亲缘关系最近,与日本大耳兔、青紫蓝兔亲缘关系较近,与新西兰兔亲缘关系最远,这与Vc獭兔育种事实相符.在Sat4和Sat8座位分别检测出了一条Vc獭兔所特有的条带,从而为进一步研究Vc獭兔的遗传特性打下良好的基础.     

甘肃地方绵羊品种微卫星遗传多样性与系统发育分析

通过对甘肃省6个地方绵羊品种(240只个体)15个微卫星座位的等位基因的研究,结果共发现了179个等位基因。其中在藏羊中发现的等位基因数最多(136个),兰州大尾羊最少(94个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据表明:在研究的6个绵羊品种中藏羊和甘肃高山细毛羊的遗传多样性较丰富,而兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊的遗传多样性较低。DA遗传距离和D s遗传距离构建的NJ系统发育树均表明:兰州大尾羊、蒙古羊和滩羊具有较近的亲缘关系,预示这3个品种可能具有相同的原始祖先。而甘肃高山细毛羊与其他5个甘肃地方品种的遗传距离较远,另为一类。     

草原红牛及其杂交群体中微卫星DNA多态性研究

选用草原红牛及其与利木赞牛的杂交后代66头作为试验牛群体,提取血液及肝脏基因组DNA,设计8对微卫星引物进行PCR扩增,从分子水平上对草原红牛及其杂交群体8个位点的遗传多态性进行微卫星分析。结果表明,在草原红牛中,ETH225、IDVGA2、IDVGA46和IDVGA44等位基因数分别为5、4、3和4,多态信息含量(PIC)分别为0．5420、0．6736、0．5218和0．5750,这4个位点均为高度多态。而另4个位点BM2113、BM1824、IDVGA55和TGLA44等位基因数分别,2、2、2和5,多态信息含量分别为0．3698、0．3604、0．3538和0．4708,属于中度多态性位点。在杂交牛群体中,BM2113、ETH225、IDVGA2、IDVGA46、ID- VGA44、BM1824、IDVGA55和TGLA44这8个位点的等位基因数分别为4、5、4、4、5、4、4和6,多态信息含量(PIC)分别为0．6432、0．5943、0．6593、0．5794、0．7259、0．6121、0．6120和0．6204,杂合度为0．7034,均属于高度多态性位点。这些微卫星位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究之中是可行的。     

微卫星标记分析5种鹿类动物群体遗传多样性

利用15个微卫星标记对麋鹿、黇鹿、梅花鹿、黄麂、马鹿5种鹿类动物群体DNA多态性进行测定,共检测到95个等位基因,平均等位基因数和群体有效等位基因数分别为6..3333±2.7946个和4.7089±1.8355个,平均期望杂合度为0.5790±0.1025,平均多态信息含量为0.4483±0.1050。群体间的平均遗传分化为29.4%（P〈0.001）,构建5种鹿类动物群体的系统聚类图,结果基本一致,黄麂、马鹿和梅花鹿聚为一大类,黇鹿和麋鹿为一类或各自成为一类。     

利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析

利用家禽基因组中的10个微卫星标记，对位于不同地区6个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析，并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离，UPGMA聚类分析表明，黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡最先被聚在一起，四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类，草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。     

Genetic Characterization of Mangalarga Marchador Breed Horses Based on Microsatellite Molecular Markers

The Mangalarga Marchador (MM) horse breed has expressive importance in the Brazilian economy. Thus, the aim of this study was to investigate diversity in the MM breed. A database with a total of 3,193 genotyped horses was used (MM, n = 2,829; Andalusian – AND, n = 67; Pure Blood Lusitano – LUS, n = 43; English Thoroughbred – THO, n = 54; Arabian – ARA, n = 99; Campolina – CAM, n = 61; and Mangalarga – MAN, n = 40) for 13 microsatellite. Diversity parameters were estimates, such as mean number of alleles (Nm_a) and the number of rare alleles (AR), expected heterozygosity (He), F statistics, genetic distances, Hardy-Weinberg equilibrium test (HWE), population structure, and others. The Nm_a was 10.85, the AR was prevalent in the MM, and the He was 0.7402. In MM, the values of Fis (−0.0195), Fit (0.0566), Fst (0.0748), and deviations of HWE were observed. The genetic distances of the ARA and THO breeds with the other breeds were greater than the distances between the Brazilian breeds and between these and the breeds in the Iberian Peninsula. The population structure indicated that MM was substructured, yet there were some more genetically defined breeding farms. The genetic diversity is satisfactory for MM conservation, but the population is substructure, and parameters indicate moderate gene flow and the existence, though few, of crosses with other horse breeds. Immediate implementation of a genetic breeding program is required, especially seeking to conserve the structure of the MM breed as a well-defined genetic entity.     

微卫星DNA分子标记及其在动物遗传育种中的应用

微卫星DNA以其独特的优点和特点而成为当前动物遗传育种研究中颇受欢迎的一种分子标记技术。本文主要介绍了微卫星DNA分子标记的研究简史、原理、流程及其分子标记的优点和在动物育种中的应用。     

利用微卫星标记对两个世代百宜黑鸡遗传多样性的研究

采用微卫星标记对百宜黑鸡第4、第5世代的遗传多样性进行研究，结果表明：10个微卫星座位在百宜黑鸡群体中的等位基因频率变化范围较大，为0．0124-0．4876。百宜黑鸡第4世代和第5世代的多态信息含量（PIC）分别为0．6649和0．6418，呈高度多态（PIC〉0．5），说明百宜黑鸡第4世代和第5世代均有丰富的遗传多样性。     

四川三个藏猪群体的微卫星遗传多样性分析

本研究利用已开发的18对微卫星引物,分析了四川境内阿坝、稻城和德格三个藏猪群体共143个个体18条常染色体上的微卫星遗传多样性。结果表明:阿坝藏猪群体多态信息含量和观测杂合度比其他两群低,群体遗传变异较小;三个群体Nei氏标准遗传距离均在0.6以上,平均基因流值大于1,表明三个群体各有特点,群内基因交流频繁。     

微卫星DNA在动物亲子鉴定中的应用及研究进展

本文概述了微卫星DNA进行亲子鉴定的基本原理与方法,将其用于亲子鉴定的优点以及研究进展,最后对未来的应用进行了展望。     

利用微卫星分析康西草原马匹种群的遗传多样性和群体结构

旨在揭示康西草原马匹的品种来源以及群体遗传结构。本研究采集了当地60匹健康状况良好、体重适中、3～6岁之间不区分公母马的血液样品,试验分为6个种群并以纯血马等4个国外马品种、1个我国地方马品种作为对照, 通过设计引物并提取基因组DNA结合微卫星扩增法对染色体上12个微卫星位点的等位基因进行检测,并对各种群遗传多样性参数、群体分化指数、瓶颈效应以及群体结构进行分析。试验按照群体个数为依据分为6组,每组1个重复,每个重复以该组样本量为标准。分析6个种群马的遗传参数结果表明,其中共检测到221个等位基因,平均Shannon指数为1.691;有效等位基因数(Ne)为3.649～5.397;期望杂合度(He)为0.681～0.798;观测杂合度(Ho)为0.632～0.780;平均多态信息含量(PIC)为0.643～0.772。这些结果表明,6个群体都具有很高的遗传多样性。通过微卫星DNA位点的连锁不平衡及哈迪-温伯格平衡分析发现, 大多数位点的P值都大于校正值(P=0.006 5),表示较多位点都处于哈迪-温伯格及连锁平衡状态。各群体间群体分化系数(Fst)表明,群体间分化程度较低(Fst<0.15)。基于Nei’s遗传距离与地理距离之间Mantel相关性检验显示二者之间呈现正相关性(R=0.502),但未达到显著水平(P=0.310);各马匹种群瓶颈效应分析表明,P值极显著(P_(IAM)<0.01)说明该地区的马群体受到过瓶颈效应的影响且该马群体历史上数量有大规模的减少。通过 FCA因子分析、基于Nei’s标准遗传距离UPGMA树状图以及Structure贝叶斯聚类分析发现,该地区马种群与纯血马和温血马聚为一类,说明该种群最有可能主要来源于温血马和纯血马。这些结果揭示,康西草原地区马匹具有较高的遗传多样性,该地马群体的血统与纯血马和温血马相近,这为当地马遗传资源评估以及开发利用打下了坚实的基础。