系统发生分析程序MrBayes 3.1使用方法介绍

在介绍MrBayes3.1程序基本特点以及Nexus文件准备的基础上,选取普通DNA序列、普通蛋白质序列、含编码区域的DNA序列、mRNA序列以及混合型数据文件为例分别介绍了MrBayes3.1程序的基本使用方法,为初学者正确使用该程序提供了操作指南,同时为深入学习与掌握该程序的特殊用途打好基础。     

半胱氨酸蛋白酶抑制剂的系统发生分析

[目的]对已知半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因编码蛋白的分子量、等电点、信号肽、结构域等进行分析。[方法]在NCBI中检索半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因,下载相应的氨基酸序列。采用SMART软件预测结构域,用SingalP程序查找信号肽,用TMHMM程序搜寻预测跨膜区。多序列比对采用CLUSTALW程序。运用MEGA3.1软件,采用Neighbor-joining法构建进化树。[结果]多序列比对结果表明半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因存在高度保守的QxVxG基序,意味着该基序可能对半胱氨酸蛋白酶抑制剂的抑制活性具有重要意义。系统进化分析可预示半胱氨酸蛋白酶抑制半胱氨酸蛋白酶活性在进化过程中可能也是保守的。[结论]该研究可为半胱氨酸蛋白酶抑制剂抑制半胱氨酸蛋白酶的功能研究方面提供理论参考。     

基因组水平上拟南芥和水稻mrs2基因家族的比较系统发生分析

mrs2（mitochondrial RNA splicing2）基因是植物线粒体中Ⅱ类内含子自我剪接缺陷的抑制基因，同时参与了植物中镁离子的运输。本研究利用已经分离的植物的mrs2基因，鉴别出MRS2结构域，同时对拟南芥和水稻中的mrs2基因家族的成员进行了鉴定；利用这些基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树，并进行了序列保守性分析，最后查找了相关基因的EST表达信息。结果表明：①系统发生分析表明拟南芥和水稻的mrs2基因的结构在拟南芥和水稻分离之前已经形成，并在分离之后按照物种特异性的方式进行了扩张；②MEME分析表明植物的Mrs2蛋白质具有高度保守的基序，并且在蛋白质中的排列顺序也大致相似；③mrs2基因在拟南芥和水稻中的表达有差异，但在部分表达上仍保持了一致性。     

半胱氨酸蛋白酶抑制剂的系统发生分析(英文)

[目的]对已知半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因编码蛋白的分子量、等电点、信号肽、结构域等进行分析。[方法]在NCBI中检索半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因,下载相应的氨基酸序列。采用SMART软件预测结构域,用SingalP程序查找信号肽,用TMHMM程序搜寻预测跨膜区。多序列比对采用CLUSTALW程序。运用MEGA3.1软件,采用Neighbor-joining法构建进化树。[结果]半胱氨酸蛋白酶抑制A(Homo sapiens)、半胱氨酸蛋白酶抑制M(H.sapiens)、半胱氨酸蛋白酶抑制F(H.sapiens)、半胱氨酸蛋白酶抑制(Mus musculus)、半胱氨酸蛋白酶抑制C(M.musculus)、半胱氨酸蛋白酶抑制F(Rattus norvegicus)、半胱氨酸蛋白酶抑制C(R.norvegicus)、半胱氨酸蛋白酶抑制S(R.norvegicus)、半胱氨酸蛋白酶抑制I(Zea mays)、半胱氨酸蛋白酶抑制(Brugia malayi)、半胱氨酸蛋白酶抑制(On-chocerca volvulus)和半胱氨酸蛋白酶抑制(Acanthocheilonema viteae)有信号肽,其余的半胱氨酸蛋白酶抑制基因没有信号肽,TMHMM程序搜寻结果显示,这些半胱氨酸蛋白酶抑制都没有跨膜区,均为胞外蛋白。SMART软件分析结果表明它们均含有1个高度保守的半胱氨酸蛋白酶抑制剂结构域。多序列比对结果表明半胱氨酸蛋白酶抑制剂基因存在高度保守的QxVxG基序,意味着该基序可能对半胱氨酸蛋白酶抑制剂的抑制活性具有重要意义。系统进化分析可预示半胱氨酸蛋白酶抑制半胱氨酸蛋白酶活性在进化过程中可能也是保守的。[结论]该研究可为半胱氨酸蛋白酶抑制剂抑制半胱氨酸蛋白酶的功能研究方面提供理论参考。     

毒力回归计算方法及相应软件使用介绍

介绍了概率对数变换进行的毒力回归计算过程;应用Excel软件编写计算过程进行毒力回归分析,计算了半致死浓度（LC.）、a、b、相关系数（r）、标准误（SE）、LC50的95％置信区间;利用实例和SPSS10.0软件上的Probit过程,介绍了概率单位分析,并对主要输出结果进行了解释.     

Meta分析及RevMan软件介绍

Meta分析是获取和评 价大量文献的科学方法,是循证医学系统评价的重要方法。Review Manager是Meta分析/系统评价的工具软件。文章简要介绍了该软件及其使用方法。     

中国8个地方驴种遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析

 【目的】为分析我国驴品种的遗传多样性和系统发生关系。【方法】利用24对微卫星标记，采用PCR扩增，用非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳、银染法显色，对中国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测，统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数（E），利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）和群体间的遗传距离（DA）。利用DISPAN软件，采用邻接法构建系统发生树，并进行了系统发生分析。【结果】结果表明，24对微卫星座位在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外，其余23对微卫星均为高度多态；8个驴种的平均PIC（0.6940）、h(0.7119)和E（3.94），基因多态性和遗传多样性相对较高；大型品种关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和中型品种庆阳驴聚为一类，中型品种泌阳驴、淮阳驴和佳米驴聚为另一类，各驴种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。【结论】24对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于各个驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

基于mtDNA中国地方鸡种系统发生数据库建立

在.NET编程环境下,运用代理程序的方法从GenBank中获取中国地方鸡种数据,并将有关mtDNA的数据进行整理,引用Matlab生物信息学工具箱,以组件技术将其打包和发布,建成中国地方鸡种mtDNA数据库。实验人员可以应用系统发生分析组件、经过运算得到中国地方鸡种进化树图结果。说明通过Matlab、SQL和.NET混合编程构建中国地方鸡种mtDNA数据库系统,实现了基于mtDNA的中国地方鸡种生物进化关系分析功能。     

雷琼牛Cyt b基因序列分析及其分子系统发生探讨

通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。     

2014年广德县水稻二化螟发生情况和原因分析

介绍了2014年广德县水稻二化螟在一季中籼稻上的发生情况,分析了本年度二化螟轻发的原因。为防治水稻二化螟提供参考。     

胰蛋白酶基因的系统发育分析

下载NCBI数据库中的动物胰蛋白酶基因的氨基酸序列,用CLUSTAL X2程序进行序列比对,用MEGA3.1软件中的Neighbor-joining法构建系统发育树.序列分析表明,胰蛋白酶氨基酸有多处保守基序,且保守性较高,最典型的保守序列有催化三联体结构:His(组氨酸)-Asp(天冬氨酸)-Ser(丝氨酸)以及金有6个保守的半胱氨酸形成3对肽内二硫键.另外,此序列还具有特异性的底物结合位点,这就决定了胰蛋白酶的专一性.系统发育分析结果显示,脊椎动物与无脊椎动物被分成2个大的分支,而脊椎动物中trypsinX3物种被单独分为一支,这表明typsinX3物种与脊椎动物的同源性较低.     

一株高效秸秆纤维素降解真菌的分离、鉴定及系统发育分析

通过刚果红染色法初筛,结合产酶活性测定复筛,从奶牛、山羊瘤胃内容物中分离到一株纤维素高效降解菌NL-3,克隆了该菌的18SrDNA序列,并以其同源性为基础构建了相关属种的系统发育树。结果表明,18SrDNA序列全长504bp,Blast显示该菌株与青霉菌属同源;NL-3菌株在进化关系上也与青霉菌属（Penicillium）聚成一族。特别是与Penicillium decumbens strain JU - A10的同源性最高,序列相似性达99％。结合菌株形态学及18SrDNA基因序列分析结果对菌株进行鉴定,初步鉴定为青霉属的斜卧青霉（Penicillium decumbens）。     

洋葱atp6基因的克隆与系统进化分析

细胞质雄性不育(CMS)在作物遗传育种研究中占有重要地位,多种植物的细胞质雄性不育均与线粒体基因结构变异及新嵌合基因的产生有关。为探索线粒体atp6基因与洋葱CMS的关系,以13份不育系和11份保持系为材料克隆洋葱atp6基因编码序列,测序结果表明不同材料atp6基因间存在一个C/A多态性位点,该多态性位点在不育系和保持系间随机出现,而不是不育系与保持系的特征差异。蛋白质分析表明这一多态性位点的变异并未改变atp6蛋白跨膜结构。进一步的蛋白比对分析揭示了atp6蛋白在物种间有一定的保守性,特别是第IV跨膜结构域的Arg在所有物种中是高度保守的,也是H+转运所必需的。基于atp6蛋白序列的系统进化树显示细菌和病毒位于树的基部,其次是真菌、低等藻类以及原生生物,然后高等藻类、苔藓和蕨类,高等绿色开花植物处于树的顶端,单子叶植物处于树的最顶端。     

南大洋抗植物病原真菌活性菌株的筛选及系统发育分析(英文)

[目的]筛选南大洋抗植物病原真菌活性菌株并对其进行系统发育分析及抑菌谱研究。[方法]活性菌株筛选和抑菌谱研究采用平板扩散法,系统发育分析采用Mega4.0软件的邻接法。[结果]以尖刀镰孢菌为指示菌,从第27次南极科考采取的南大洋海水样品中筛选到20株活性菌株。分子鉴定与系统发育分析研究表明,2株活性菌株属于嗜冷杆菌(Psychrobacter),2株属于假单胞菌(Pseudomonas),16株属于假交替单胞菌(Pseudoalteromonas)。对4株具有较强抑菌活性的菌株的抑菌谱研究表明,菌株312-1、83-1、195对尖刀镰孢菌、辣椒疫霉、大丽轮枝菌、番茄早疫病菌、瓜亡革菌、水稻纹枯病菌、芦笋茎枯病菌均具有明显的抑菌效果;除水稻纹枯病菌外,312-2对其他6种植物病原真菌也均有明显的抑菌活性。[结论]4株具有较强抑菌活性的菌株具有较高的研究与开发价值。     

铁矿尾矿放线菌分离株的系统发育分析

[目的]通过确定12株典型分离株的系统发育地位,初步探讨铁矿尾矿中放线菌生物多样性。[方法]采用酚-氯仿法提取基因组DNA,PCR扩增16S rDNA并测序后进行系统发育分析。[结果]12株铁矿尾矿放线菌均属于链霉菌属,与进化关系最近的已知菌株同源性为98.7%～100%。[结论]铁矿尾矿中可培养放线菌类群以链霉菌为主,其中存在大量潜在的新种。     

25株植物内生放线菌的系统发育分析

[目的]初步确定25株植物内生放线菌的种属关系。[方法]采用改进的FRED法从小麦、大葱、油菜等植物中分离出的25株内生放线菌中提取基因组DNA,对其16S rDNA序列进行PCR扩增和测序,并对其进行系统发育分析。[结果]系统发育分析结果表明25株植物内生放线菌可分为5个属,其中1株糖霉菌属,2株拟诺卡氏菌属,7株诺卡氏菌属,10株小单孢菌属和5株链霉菌属。[结论]25株供试菌株中,小单孢菌属所占比例最高。供试内生放线菌与相应菌属中已知菌株之间的进化距离集中在97.39%~99.92%范围内。     

葫芦白粉病病原菌观察及系统进化分析

为确定侵染葫芦使其感染白粉病的病原菌,并鉴定其生理小种,通过种植葫芦材料,采集自然发病的葫芦病叶及分生孢子,显微观察感病叶片上白粉病菌的形态特征,克隆病原菌的ITS区并测序进行分析,在形态和分子水平证明单囊壳白粉菌(Podosphaera xanthii)是侵染葫芦使其感染白粉病的病原菌之一.通过进行与不同地区、不同寄...