苹果炭疽病病原菌ISSR-PCR反应体系的优化及遗传多样性分析

为了从分子水平探讨苹果炭疽病病原菌的群体遗传多样性,采用L16 (45)正交设计对ISSRPCR反应体系中的Mg2浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和DNA含量进行优化,并利用优化的体系进行引物筛选及苹果炭疽病菌遗传多样性分析.确立最优反应体系为2.0mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTP、2UTaqDNA聚合酶、1μmol/L引物和DNA 100 ng.筛选获得的10条引物对供试菌株共扩增出42条谱带,均为多态性条带.供试菌株在相似系数0.50处分为2个类群,分别与根据形态学鉴定的胶孢刺盘孢Colletotrichum gloeosporioides和尖孢刺盘孢C.acutatum 2个类群相一致,在相似系数0.74处,分为4个亚群,表明苹果炭疽病菌存在明显的种间及种内遗传分化.     

小菜蛾ISSR-PCR反应体系的建立与正交设计优化

以小菜蛾(Plutella xylostella)基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计方法,建立小菜蛾的ISSR最佳反应体系。通过梯度退火试验,确定不同引物的最适退火温度。优化得到的反应体系(20μL)为:Mg2+浓度1.5mmol/L、Taq DNA聚合酶2.5U、dNTPs浓度0.2mmol/L、引物浓度1.25μmol/L、模板DNA量20ng。反应程序为:94℃预变性5.0min;94℃变性45.0s,40～61℃(不同引物退火温度各异)退火1.0min,72℃延伸1.5min,40个循环;72℃延伸10.0min;10℃保存。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,获得了清晰、重复性好的DNA谱带。     

玉米大斑病菌ISSR反应体系的优化和遗传多样性分析

以玉米大斑病菌基因组DNA为模板,采用单因素水平优化的方法对DNA聚合酶的来源及浓度、引物浓度、dNTPs浓度、DNA模板浓度、Tm(退火温度)、PCR反应循环数等重要参数进行摸索和优化,建立了玉米大斑病菌ISSR-PCR优化反应体系,并从40条ISSR引物中筛选出9条多态性较好的ISSR引物。对来自河北、河南、辽宁等玉米主产区的44个菌株进行ISSR分析表明,ISSR标记在我国玉米大斑病菌中存在较高的多态性,多态性条带占40.3%。聚类分析显示,在阈值为0.8时菌株被分为7个类群。对ISSR揭示的玉米大斑病菌的遗传多样性与菌株交配型、地理来源之间的关系进行分析,结果显示菌株的遗传多样性与交配型间的关系密切,而与其地理来源无明显相关性。     

水稻茄丝核菌SRAP引物筛选与体系优化

为了应用新型的SRAP分子标记技术分析水稻茄丝核菌基因多态性和探究基因多态性与采集来源及水稻品种之间的关系,以吉林省不同地理位置的3株水稻丝核菌为材料,从100对SRAP引物中筛出较理想的引物16对,并对影响SRAP反应的Mg²⁺、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA浓度及两次退火温度等条件进行了优化,建立了适宜于该菌的SRAP反应体系,25 μL的反应体系包含2.5 mmol/L Mg²⁺、0.15 mmol/L dNTPs、0.8 μmol/L引物、1.5 U Taq DNA聚合酶和80 ng模板DNA。利用24株水稻丝核菌对优化后的SRAP反应体系进行了验证,结果表明该反应体系稳定可靠,能够有效地用于水稻茄丝核菌的遗传多样性分析。     

正交设计优化南方根结线虫RAPD-PCR体系

以南方根结线虫(Meloidogyne incognita)DNA为模板,对影响南方根结线虫RAPD-PCR扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立南方根结线虫RAPD-PCR反应最佳体系。应用L16(45)正交设计研究了Taq酶、10×PCR buffer、dNTP、primer、模板DNA对扩增反应的影响。结果表明,南方根结线虫RAPD-PCR优化体系为20μL体系中含模板3μL、10μmol/L引物1.5μL、10×反应缓冲液2.5μL、2.5 mmol dNTP mixture 2.4μL、Taq DNA聚合酶0.4μL。在此基础上筛选出扩增稳定、多态性丰富的RAPD引物,并通过梯度PCR试验,确定了引物最佳退火温度。该优化RAPD-PCR反应体系具有良好的稳定性和重现性,可应用于南方根结线虫不同居群间亲缘关系和遗传多样性的分析。     

三重PCR检测茄子青枯病菌、黄萎病菌和白绢病菌

为快速、准确对田间茄子发病植株和土壤中3种土传病害的病原菌青枯病菌Ralstonia solanacearum、黄萎病菌Verticillium dahliae和白绢病菌Sclerotium rolfsii进行检测,筛选这3种病菌的特异性引物,建立这3种病菌的三重PCR检测体系,对其退火温度、引物浓度、10×PCR Buffer(Mg2+plus)、dNTP和Taq DNA聚合酶进行优化,对优化后体系的特异性和灵敏度进行检测,并利用优化体系对田间采集的病害样品和土壤样品进行检测。结果表明,在优化后的50μL三重PCR检测体系中,RS-1-F/RS-3-R、dllz1/dllz2和SRITSF/SRITSR引物的最佳浓度分别为0.16、0.16和0.28μmol/L,10×PCR Buffer(Mg2+plus)、dNTP和Taq DNA聚合酶体积分别为6、5和1μL,检测体系的最佳退火温度为54℃。按照优化后的反应条件能分别扩增出青枯病菌、黄萎病菌和白绢病菌3种病菌的特异条带,分别为716、350和500 bp,其他对照病菌无条带。该体系对病菌DNA检测灵敏度达到0.1 ng/μL。该...     

小麦白粉病菌基因组DNA的微量提取及ISSR-PCR反应体系的优化

为了寻找适合小麦白粉菌基因组DNA微量提取的方法,本试验利用改进的CTAB法、电钻微量研磨一管法、FastPrep DNA试剂盒法和Chelex-100法分别提取小麦白粉菌基因组DNA。比较得出,在微量提取时,CTAB法的提取率较高;在分生孢子量较多时,FastPrep DNA试剂盒方法提取的DNA质量较高,这两种方法提取的DNA均适用于ISSR-PCR。采用正交设计L16(45)法优化了适合于小麦白粉病菌群体的ISSR体系,确定了25μL时优化的反应体系:1×buffer、模板DNA0.5ng、dNTP0.14mmol/L、TaqDNA聚合酶1U、引物1.4μmol/L、Mg2+1.8mmol/L。利用该体系筛选出了一批多态性较好的ISSR引物,为小麦白粉病菌遗传多样性研究奠定了基础。     

白背飞虱RAPD-PCR反应体系的正交设计优化

白背飞虱Sogatella furcifera(Horváth)是水稻重要害虫之一。研究采用L16(45)正交设计优化试验,构建了白背飞虱RAPD最优反应体系,并对引物退火温度和反应循环次数进行了优化。结果表明:白背飞虱RAPDPCR最优反应体系为2μL 10×PCR Buffer(10 mmol/L Tris-HCl;50 mmol/L KCl),2.4 mmol/L Mg2+,0.15 mmol/L dNTPs,0.7μmol/L引物,0.8U Taq DNA Polymerase和30 ng模板DNA,ddH2O补充至20μL。本研究采用的10条引物的最佳退火温度在35-39℃间,以引物相应最优退火温度和40次PCR反应循环可获得较好的白背飞虱RAPD-PCR结果。     

宁夏马铃薯镰刀菌根腐病病原菌的ISSR-PCR标记体系建立及其遗传多样性分析

为明确宁夏马铃薯镰刀菌根腐病病原菌种内的遗传差异与亲缘关系,利用ISSR-PCR技术对影响PCR扩增效果的因素和ISSR引物进行优化和筛选,建立适合马铃薯镰刀菌根腐病病原菌的ISSR-PCR反应体系,并通过ISSR分子标记技术对30株地理来源不同的镰刀菌进行遗传多样性分析。结果显示：马铃薯镰刀菌根腐病病原菌的ISSR-PCR扩增最适引物为807,20 μL反应体系中2×Easy Taq PCR Super Mix为8 μL、引物浓度为0.6 μmol/L、DNA模板浓度为56 ng/μL,循环次数为36次,退火温度为54℃。在选用的18条ISSR引物中有13条对30株镰刀菌扩增出84条条带,大小多分布在250~2 000 bp之间,其中多态性条带为82条,多态性比例平均为98.3%。30株镰刀菌的遗传相似系数在0.349~0.976之间,在0.478水平上可划分为2个类群,其中类群I包括尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum、木贼镰刀菌F.equiseti、茄病镰刀菌F.solani和锐顶镰刀菌F.acuminatum;类群II全部为接骨木镰刀菌F.sambucinum;在0.976水平上30株镰刀菌可被全部区分开。ISSR类群划分与菌种分类之间存在一定相关性,同一类群不同菌株之间的遗传相似性与菌株地理来源存在一定的相关性;分离自同一地区的同一菌种,其菌株间也存在一定的遗传差异性。     

腐食酪螨ISSR最佳反应体系的设计

本文以腐食酪螨基因组DNA为模板,采用逐个参数优化法,探讨腐食酪螨ISSR实验的最佳反应体系。实验结果表明,腐食酪螨ISSR-PCR最佳反应体系:总体积25μL,其中Mg2+1.5 mM;10×Buffer 2.5 mM;dNTPs 0.2 mM;ISSR引物0.2μM;模板DNA 50 ng;Taq DNA聚合酶0.75 U。扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1 min,(48℃、50℃、52℃)复性1 min,72℃延伸1.5 min,循环35次,结束后72℃延伸5 min,4℃保存。同时通过梯度退火实验,确定不同引物的最佳退火温度。