梨栽培品种SSR鉴定及遗传多样性

应用SSR技术对梨41个栽培品种进行遗传多样性分析, 12对SSR引物扩增出114个等位基因, 平均每个位点915个。位点杂合度在0.1517～0.7079之间, 遗传多样性指数为0.4630。用两对引物(BGT23b和CHO2D11) 即可区分除芽变品种之外的全部供试品种。系统聚类分析将41个梨品种分为2大类, 即西洋梨和东方梨。原产中国的秋子梨、白梨和部分砂梨品种归类相互交错; 库尔勒香梨和其他新疆梨聚在一起; 我国砂梨品种宝珠梨、德胜香, 日本砂梨品种新世纪、丰水以及韩国砂梨品种黄金梨聚在一起。秋白与蜜梨, 南果梨与满园香、秋子、八里香相似系数高, 分别属于同一品种群。金花梨与金川雪、苍溪雪起源演化相关。     

基于SSR标记的芡实遗传多样性分析及指纹图谱构建

为进一步明确我国芡实种质资源的遗传背景,采用SSR标记扩增和籽粒品质性状测定,对10份芡实材料进行了遗传多样性分析。基于10对SSR引物对10份芡实材料的扩增及检测结果,共获得29个位点,其中28个具有多态性,多态百分率为96.6%,品系间Nei&Li相似系数平均值为0.580 3,以相异系数0.57为阈值可将所有材料分为4组;基于籽粒品质性状测定结果,品系间欧式遗传距离平均值为4.057 5,以欧氏遗传距离3.50为阈值可将所有材料分为3组。试验结果明确了现有芡实材料之间的遗传距离,构建了芡实种质资源DNA指纹图谱。     

SSR标记在果树遗传育种中的应用

每个SSR序列的基本重复单元次数在不同基因型间的差异,从而形成其座位的多态性.SSR技术在果树育种中,主要应用在构建遗传图谱、DNA指纹图谱的建立种质资源的遗传多样性等.本文主要简述了SSR标志的原理和特点,并从亲缘关系和遗传多样性、遗传连锁图谱构建及基因定位、DNA指纹和品种鉴定、分子标记辅助育种等方面介绍了近年来SSR技术作为一种新的DNA分子标记技术在果树上的应用现状及前景.     

黑龙江省马铃薯黑痣病菌遗传多样性分析

以黑龙江省7个马铃薯种植区采集并分离得到的204个马铃薯黑痣病菌菌株为试材,采用SSR分子标记技术方法,研究了菌株遗传差异性,分析了黑龙江省马铃薯黑痣病菌遗传多样性。结果表明:使用选取的10对SSR引物对204个供试菌株进行扩增,其中10对引物均可对供试菌株扩增出多态性好、清晰和稳定的条带。通过聚类分析可知,遗传距离为2.577 09时划分为4个类群,各类群菌株分布复杂,表明黑龙江省马铃薯黑痣病病菌遗传类型复杂多样,菌株的遗传多样性与样品采集地无明显相关性。     

基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。     

籽用美洲南瓜种质遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建

利用20对SSR引物分析48份籽用美洲南瓜种质的遗传多样性并建立指纹图谱,为籽用美洲南瓜种质的亲本选配、保护和鉴定提供依据。结果显示,这20对引物在48份籽用美洲南瓜种质中扩增出115条具有多态性的等位基因,位点的Shannon信息指数（I）均值为1.36、遗传多样性指数（H）均值为0.69、多态性信息指数（PIC）均值为0.63。聚类分析显示,20对SSR引物可将48份种质从0.659相似系数水平上分成两大类。其中,第Ⅰ类包含46份种质,在遗传相似系数为0.679处又将其分为3个亚类。第一亚类包含来自内蒙古巴彦淖尔市的15份种质和来自甘肃的18份种质,第二亚类包含来自新疆的10份种质,第三亚类包含来自山西的3份种质。第Ⅱ类包含了来自内蒙古呼伦贝尔市的2份种质。综合各项指标筛选出5对SSR核心引物将48份籽用美洲南瓜种质完全区分并构建了指纹图谱。     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

中国马铃薯部分栽培品种遗传多样性的AFLP分析

 采用AFLP方法分析中国各地79个马铃薯栽培品种, 获得了8对引物组合的扩增谱带, 为马铃薯品种的鉴定提供了分子依据。8对引物组合扩增结果共获得801条带, 平均每对引物组合产生100.13条带。其中493条为多态性条带, 平均多态性检出率为61.2% , 引物组合E11 /M51扩增的多态性比率最高。聚类分析将材料分成3类, 聚类结果与地域无明显相关。     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析.结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2?10个之间,平均为5.17个,多态...     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

应用SSR标记进行部分黄肉桃种质鉴定和亲缘关系分析

以116份黄肉桃种质和19份其它桃或桃近缘种种质为试材,利用定位于李属参考图谱上的SSR标记,进行遗传多样性评价及亲缘关系分析。SSR扩增结果表明,筛选出的28对SSR引物共扩增出206个等位基因,其中多态性等位基因159个（占76.56%）。聚类结果表明,在相似系数为0.82时,黄肉桃资源在聚类图上呈两组：美洲、欧洲和亚洲育成黄桃品种聚为一组（Ⅰ）,中国地方黄桃品种中唯‘西安杏瓤桃’和‘天津黄肉’出现在这一组;来源于云南、华北、西北地区的中国地方黄桃品种聚为另一组（Ⅱ）。在相似系数为0.87时,育成黄桃品种（Ⅰ）分为8个亚组,美洲育成品种分布在所有8个亚组中,欧洲育成品种分布在Ⅰ-2、Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组,而亚洲育成品种仅分布在Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组;亲本相同的育成品种在聚类图中临接或出现在较近的位置,育成品种的聚类结果与品种的系谱关系基本吻合。在相似系数为0.87时,中国地方黄桃品种分为7个亚组,西南黄桃和西北黄桃存在一定的组群界限,来自西南的黄桃地方资源主要分布在Ⅱ-1和Ⅱ-5亚组,而来自西北的黄桃地方品种主要出现在Ⅱ-2、Ⅱ-4和Ⅱ-7亚组。品种群的聚类结果表明,亚洲育成品种与美洲育成品种间亲缘关系最近,其次为欧洲育成品种;中国地方黄桃品种与育成品种间亲缘关系较远。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体,应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱,该图谱包含86个SSR标记,标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱,利用复合区间作图法,对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析,结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个,其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %,控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %,控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。