H5、H9亚型禽流感分子鉴别诊断方法的建立

为了快速、敏感、特异地鉴别诊断禽流感,根据H5、H9亚型禽流感病毒HA基因序列的保守区域设计出并合成2对特异性引物,利用这2对引物对H5、H9亚型禽流感病毒的HA基因片段进行二联RT-PCR扩增,并对二联RT-PCR检测方法进行敏感性及特异性试验。结果表明:这2对引物能特异性地扩增出H5、H9亚型禽流感病毒HA基因片段,大小分别为490bp和686bp;该检测方法敏感性高,特异性强;初步建立了快速、敏感、特异地鉴别检测H5、H9亚型禽流感病毒的分子诊断方法。     

H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种简便、快速检测H3N2亚型禽流感病毒的方法,试验根据Gen Bank中H3、N2亚型禽流感病毒HA和NA基因保守序列,设计并筛选出2对特异性引物,通过优化反应条件建立H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法。结果表明:该方法既能同时特异性扩增出H3N2亚型禽流感病毒,也可扩增出H3、N2亚型禽流感病毒,而对其他亚型和常见禽病病原体均不扩增;该方法对H3N2亚型禽流感病毒的检测下限为10 pg;用该方法对96份临床样品进行检测,结果与病毒分离鉴定结果一致。说明试验所建立的H3N2亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高的特点。     

H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒二重RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H9亚型禽流感病毒HA基因和禽肺病毒F基因的保守序列,通过Blast进行比对,在各自保守的基因序列中分别设计了两对特异性扩增引物,引物扩增的片段大小分别为569bp和424bp,应用这两对引物建立了H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒的二重RT-PCR检测方法,对建立的方法进行了特异性试验、敏感性试验和临床样品验证。对检测为阳性的样品进行克隆和序列分析,以验证本方法的准确性。特异性试验结果表明,所有参试的H9亚型禽流感病毒都能扩增出大小为569bp的片段,参试的禽肺病毒毒株扩增出424bp的片段,没有其他条带出现,而对照的参试毒株在569bp和424bp处没有任何条带;敏感性试验结果表明,本试验建立的方法能检测到10pg的H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒RNA模板。应用本试验建立的方法对广西采集的病鸡样品132份进行检测,H9亚型禽流感病毒阳性的样品有6份,禽肺病毒阳性的样品2份;随机各挑取2份H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒阳性PCR产物进行克隆和序列分析,经比对分析,2份H9亚型禽流感病毒阳性PCR产物与H9亚型禽流感病毒(No.JF715045.1)100%同源,2份禽肺病毒阳性PCR产物与禽肺病毒株(No.AF187154)100%同源。本试验建立的H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒二重RT-PCR检测方法具有特异、敏感、快速的特点,可以用于临床快速准确检测H9亚型禽流感病毒和禽肺病毒。     

H5、H9亚型禽流感病毒快速鉴别诊断方法的建立

为了快速、敏感、特异地鉴别诊断我国目前流行的禽流感，根据H5、H9亚型禽流感病毒HA基因序列的保守区域设计并合成2对特异性引物，利用这2对引物对H5、H9亚型禽流感病毒的HA基因片段进行二联RT—PCR扩增，并对二联RT—PCR检测方法进行了敏感性及特异性试验。结果表明，这2对引物能特异地扩增H5、H9亚型禽流感病毒HA基因片段，大小分别为490bp和686bp；该检测方法敏感性高，特异性强；初步建立起快速、敏感、特异地鉴别检测H5、H9亚型禽流感病毒的分子诊断方法。     

H7亚型禽流感病毒微滴式逆转录数字PCR检测方法的建立

本文建立了一种H7亚型禽流感病毒微滴式逆转录数字PCR方法,为H7亚型禽流感病毒核酸的定量检测和临床低浓度样品的诊断提供一种检测技术。根据H7亚型禽流感病毒的HA基因,设计了1对特异性的引物和探针,建立了H7亚型禽流感病毒的微滴式逆转录数字PCR方法,对该方法的特异性、敏感性和重复性进行了评价,并初步应用于临床样品的检测。结果为,该方法的最低检出限为3 copies/μL;与H1亚型、H3亚型、H6亚型禽流感病毒、新城疫病毒、鸡马立克氏病病毒、鸡传染性贫血病毒和鸡传染性法氏囊病病毒无交叉反应;检测12次200倍稀释的H7N9亚型禽流感病毒(Re-2株)的核酸,变异系数为3.38%;检测了30份临床样品,结果均为阴性。结果表明,该方法的敏感性高,特异性和重复性好,适用于H7亚型禽流感病毒的临床检测和标准物质的标定。     

H6亚型禽流感病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

为快速检测临床样品中的H6亚型禽流感病毒(AIV),本研究通过分析流感数据库中H6亚型的HA基因,在HA保守区设计一对引物,建立一种用于扩增H6亚型禽流感病毒HA基因的一步法RT-PCR检测方法,扩增片段为327bp.采用该方法对H6亚型AIV的尿囊液10倍倍比稀释样品进行检测,结果显示最低检出量为102.5 EID50/mL.用该方法检测其他亚型AIV和鸡新城疫病毒等病原均为阴性,具有良好的特异性.对H6AIV人工感染鸡的咽喉、泄殖腔棉拭子样品进行一步法RT-PCR检测,并与病毒分离进行比较,显示该方法对棉拭子的检测极限可达102.5 EID50/mL,同时利用该方法及病毒分离对临床样品进行检测,两者检测结果一致.实验结果表明该RT-PCR方法具有较好的特异性、敏感性,可以应用于临床样品的实验室检测.     

双重RT-PCR快速检测H7N9流感病毒方法的建立

为建立简便快速检测H7N9亚型流感病毒的方法,根椐GenBank中H7亚型流感病毒的HA基因序列和N9亚型流感病毒的NA基因序列,设计2对特异性引物,在建立H7亚型和N9亚型单项RT-PCR的基础上,优化双重RT-PCR反应条件,建立同时检测H7亚型和N9亚型的双重RT-PCR。对H7N9亚型流感病毒核酸模板进行双重RT-PCR扩增,结果可同时扩增HA基因263bp、NA基因520 bp的特异性片段,而对其他常见亚型的流感病毒的RT-PCR扩增结果均为阴性。敏感性试验结果表明,该双重RT-PCR方法的检测下限为3 pg的H7N9病毒模板。利用该双重RT-PCR方法对30份临床样品进行H7N9病毒进行检测,与病毒分离方法进行对比,结果显示,两者的符合率为100%。结果表明建立的双重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、敏感、准确的特点,可用于H7N9流感病毒的同时检测和鉴别诊断,为H7N9亚型流感的有效防控提供技术支撑。     

鸡传染性支气管炎病毒变异株ZZ2004 RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank已发表的鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV) ZZ2004 3a、3b及E基因序列,设计1对引物,扩增540 bp特异性核酸片段,建立了检测IBV ZZ2004的RT-PCR方法.特异性试验结果表明,IBV ZZ2004能扩增出540 bp的核酸片段,而IBV M41、H120、H52毒株以及新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、传染性腔上囊病病毒(IBDV)均无特异性条带出现.敏感性试验结果表明,该方法的最低检出量为1.525 pg的模板.上述结果表明,本试验所建立的RT-PCR方法敏感性高、特异性强.利用建立的RT-PCR方法对从河南省分离的6株疑似鸡IBVZZ2004进行检测,结果5株为阳性.该方法的建立为IBV ZZ2004的诊断及流行病学调查提供了可靠的方法.     

H3亚型禽流感病毒二温式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立快速、准确检测H3亚型禽流感病毒(AIV)的方法,根据GenBank中H3亚型AIV HA基因序列,设计出1对特异性引物,通过优化反应条件建立了H3亚型AIV二温式RT-PCR检测方法。对该法进行特异性、敏感性检测,并对256份临床样品进行检测。结果表明,该法只能扩增H3亚型AIV,对其他亚型AIV及常见禽病病原体不扩增;对H3亚型AIV检测下限为1×10~4拷贝/μL;256份临床样品检测结果与病毒分离鉴定结果一致。与普通RT-PCR相比该法节省了30min,表明所建立的H3亚型AIV二温式RT-PCR方法是一种快速、简便和特异的检测方法。     

H5亚型和N6亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、简便的H5亚型、N6亚型禽流感病毒(AIV)的检测方法,根据GenBank中H5亚型、N6亚型AIV的HA和NA基因保守序列,分别设计了2对特异性引物,通过优化条件,建立了H5亚型和N6亚型AIV二重RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法对H5N6亚型AIV特异性扩增出418bp和251bp目的片段,对H5Ny(y≠6)亚型AIV扩增出418bp目的片段,对HxN6(x≠5)亚型AIV扩增出251bp目的片段,对其他亚型和常见的禽病病原体均未扩增出目的片段;敏感性结果显示,该方法对H5亚型和N6亚型最低检测限为1.59×10-5ng/μL。本研究建立的H5亚型和N6亚型AIV检测方法,具有特异性强,灵敏度高的特点,为H5亚型和N6亚型AIV临床检测以及防控提供了有效方法。     

禽流感病毒N9亚型RT-PCR检测方法的建立

为建立一种简便、快速、灵敏、准确的禽流感病毒N9亚型检测方法,根据GenBank中收录的禽流感病毒N9亚型高度保守的基因序列设计引物,通过优化反应条件建立禽流感病毒N9亚型RT-PCR检测方法,并对该方法进行灵敏度、敏感性、特异性试验和临床样品检测。建立了禽流感病毒N9亚型RTPCR检测方法,用该方法检测时,H7N9、H10N9均呈阳性,而非N9亚型的禽流感病毒及新城疫病毒等其他禽传染病病毒均呈阴性,能检测到1/32血凝单位的H7N9禽流感病毒。建立了禽流感病毒N9亚型RTPCR检测方法,具有操作简便、灵敏度高、特异性强的特点,值得推广应用。     

应用三重荧光RT-PCR方法检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸

为了验证三重荧光RT-PCR方法检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸的可行性,应用建立的方法分别检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒和新城疫病毒抗原,验证该方法的特异性、敏感性和重复性,并用建立的方法检测临床样品。结果为,三重荧光RT-PCR方法能分别特异检出H5、H7和H9亚型禽流感病毒抗原。最低的检出限为H5亚型禽流感抗原(Re-11株)10-7的稀释度,变异系数(CV)为1.25%。检测100份鸡喉拭子,H5、H7亚型禽流感病毒核酸均为阴性,H9亚型禽流感病毒核酸13份阳性,阳性率为13.00%。结果表明,建立的三重荧光RT-PCR方法通过一个反应体系可以检测H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸、具有快速、灵敏、特异的特点,适合对禽类的大规模监测。     

禽流感病毒通用型及H5亚型套式荧光RT-PCR 检测方法研究

将套式PCR与荧光RT-PCR技术相结合,叠加这两种技术在敏感性和特异性方面的优势,建立敏感性高于常规荧光RT-PCR的套式荧光RT-PCR检测方法。从GenBank下载禽流感病毒NP基因和HA基因序列,通过比对选取较为保守的片段,设计AIV通用型及H5亚型套式荧光RT-PCR引物和TaqMan探针;利用体外转录技术制备阳性对照,构建目的片段重组质粒;经反应体系和反应条件的优化,建立套式荧光RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法可特异性地检测禽流感病毒及H5亚型AIV,在30份鱼类养殖水样中检测到19份阳性样品,具有较高的敏感性和良好的特异性;具有高通量、快速的特点,可对大批量样品同时进行检测,试验耗时仅需5 h,是自然环境样品中极微量禽流感病毒检测的好方法。     

H4亚型禽流感病毒套式RT-PCR检测方法的建立

旨在建立一种快速、准确检测H4亚型禽流感病毒(AIV)的方法,针对H4亚型AIV HA基因保守序列,设计并筛选出2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了H4亚型AIV套式RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该法可特异性检测出H4亚型AIV,对其他常见禽病病原体无交叉;敏感性试验结果显示,该法对H4亚型AIV检测下限为360fg/μL;用该法对106份临床样品进行检测,临床样品检测结果与病毒分离结果一致。本研究建立的套式RT-PCR方法为H4亚型AIV的早期诊断及有效防控提供了快速、特异和敏感的检测方法。     

H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

H7亚型禽流感病毒致病性强、危害性大,是进出口家禽及禽类产品的主要检疫对象。为了加强对H7亚型禽流感病毒的检测,建立新的快速检测方法。通过对GenBank已报道的H7亚型禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了两套分别针对H7N2亚型和H7Nx亚型的特异性引物和用FAM标记的Taq Man MGB核酸探针,建立了H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR方法(Real-time RT-PCR)。该方法特异性好,不存在假阴性和假阳性的现象;敏感性高,对禽流感病毒H7亚型标准HI抗原检测的敏感性达到10-5,能够满足口岸禽流感病毒快速、准确、有效的检疫需求。     

H5、H7和H9亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链式反应检测方法的建立

参考GenBank登录的H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的血凝素基因序列,利用DNAStar软件分析其同源性,利用Primer Premier5.0软件设计3对分别针对AIVH5、H7和H9亚型的特异性引物。3对引物所扩增的cDNA片段大小分别为427、228、830bp。结果显示,利用3对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。该方法对H5、H7和H9亚型AIV能同时扩增出3条大小分别为427、228、830bp的cDNA片段,与其他常见禽病病原不存在交叉反应。该方法对H5、H7和H9亚型AIVcDNA的最低检出量分别为10-4、10-2和10-4。结果表明,本试验建立了可同时检测鉴别H5、H7和H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。     

H7亚型禽流感病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

为了建立灵敏、特异的H7亚型禽流感病毒(AIV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法，本研究根据GenBank和GISAID中H7亚型AIV血凝素(HA)基因的核苷酸序列，设计合成H7亚型AIV的引物和探针，对反应条件进行优化，从而建立检测H7亚型AIV的ddPCR方法，并测定其特异性、敏感性和重复性。结果显示，最佳引物浓度和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃,最佳升降温速率为2.0℃/s,最佳反转录时间为20 min。特异性试验结果显示，该方法仅对H7亚型AIV进行特异性检测，对H5亚型AIV、H9亚型AIV、新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒均不能检出。敏感性试验结果显示，该方法对重组质粒标准品检测下限为0.8 copies/μL,比荧光定量PCR(qPCR)方法敏感性高10倍。组内和组间重复性试验结果显示，变异系数均小于3%。对60份临床样品检测显示，该方法与鸡胚分离方法的符合率为100%。结果表明，本研究建立的H7亚型AIV ddPCR检测方法具有较好的特异性、重复性和敏感性，可用于H7亚型AIV的早期诊断、流行病学...     

马流感病毒多重RT-PCR检测方法的建立

根据马流感病毒的M基因和HA基因的保守序列,设计了两对引物,MF和MR为通用引物,可以检测出H3N8和H7N7亚型EIV,目的片段227bp,HF和HR为H3N8亚型特异性引物,目的片段595bp。利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H3N8亚型EIV的多重RT-PCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术可以用于EIV的快速诊断和亚型鉴定。     

禽流感病毒H5、H9亚型的多重RT-PCR鉴别诊断

根据禽流感病毒H5、H9亚型的HA基因序列,设计了两对RT-PCR引物,同时对H5、H9亚型进行了多重RT-PCR扩增,得到了两条清晰的目的带.将目的带回收并进行测序,同源性比较结果证明其为禽流感H5、H9亚型的HA基因序列,作者对多重RT-PCR进行反应条件优化以及敏感性与特异性测定,证明该方法的敏感性和特异性都比较好.初步应用于30份临床病料,其检测结果与病毒的分离培养一致,比电镜和琼扩的检出率高,与其他NDV、IBV的病料无交叉反应,可用于禽流感病毒H5、H9亚型的鉴别诊断.     

H6N1亚型禽流感病毒二重荧光RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H6、N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因序列,设计2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针.经反应条件优化,本试验建立了检测H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法.该法特异性强,只对H6亚型和N1亚型AIV进行特异性扩增,对其他H亚型AIV、N亚型AIV及新城疫病毒、传染性支气管炎病毒等病原体的检测均为阴性;该法敏感性好,对H6N1亚型AIV的检测限为100拷贝/μL.本试验建立的H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异的优点,为H6N1亚型AIV的防控提供技术支撑.