瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA, 以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增, 回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒, 提取含目的片段质粒DNA, 通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度, 将梯度稀释的质粒作为模板, 进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明: 所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992), 并获得了高扩增效率产物.     

瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA,以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增,回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒,提取含目的片段质粒DNA,通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度,将梯度稀释的质粒作为模板,进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明:所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992),并获得了高扩增效率产物.     

实时荧光定量PCR对瘤胃纤维分解菌定量方法的构建

试验构建了白色瘤胃球菌、黄色瘤胃球菌及产琥珀酸丝状杆菌等3种瘤胃纤维分解菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线,以用于纤维分解菌的定量测定。提取瘤胃微生物总DNA,以各菌特异性引物进行PCR扩增,回收纯化PCR产物,与pMD18-T Vector连接并转化到大肠杆菌。用氨苄青霉素培养基筛选阳性重组质粒,提取含目的片段质粒DNA,通过PCR及测序鉴定重组质粒。根据OD值确定浓度,将梯度稀释的质粒作为模板,进行荧光定量PCR反应做出标准曲线。结果表明:所构建的3条标准曲线具有很高的相关性(R2>0.999),并获得了高扩增效率产物(白色瘤胃球菌为101%、黄色瘤胃球菌为98.0%、产琥珀酸丝状杆菌为97.7%),说明成功构建了瘤胃纤维分解菌实时绝对定量PCR的标准品和标准曲线,为定量研究瘤胃纤维分解菌奠定基础。     

实时荧光定量PCR检测H1N1亚型猪流感病毒

根据GenBank中H1N1亚型猪流感病毒NP基因的序列（DQ889686）,利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪流感病毒HN407株接种的鸡胚尿囊液中提取总RNA,经RT-PCR扩增NP基因。将鉴定正确的NP基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线。对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序。经临床应用表明荧光定量PCR的建立为早期诊断猪流感病毒、定量分析猪流感病毒感染程度奠定了基础。     

鸡内参基因β-actin和GAPDH实时定量PCR重组质粒标准品的构建

本研究从SPF鸡皮肤中提取总RNA,并反转录为cDNA;以该cDNA为模板,通过聚合酶链式反应(PCR)分别扩增出看家基因β-actin和GAPDH,将PCR产物连入pGEM-T easy载体,转化DH5α菌,经蓝白斑筛选和质粒酶切鉴定和DNA含量测定,得到定量的β-actin和GAPDH基因融合的重组质粒(pGEM T-actin和pGEM T-GAPDH),即实时定量PCR内参标准品.构建成功的标准品经10倍梯度稀释,作为模板,获得扩增效率良好及可信度高的标准曲线.构建成功的标准品可大量制备,可用于鸡的靶基因定量PCR所需的内参标准品.     

内蒙古白绒山羊Hairless基因实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建

根据GenBank中绵羊、牛的Hairless和β-actin基因编码区保守序列,设计特异性引物,提取皮肤组织总RNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后与pGM-T载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞Top10,质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定,获得阳性Hairless、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒按103～107拷贝/反应梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示,产物熔解曲线峰值单一,说明引物特异性高,且无引物二聚体;Hairless和β-actin基因标准曲线相关系数分别为r2=0.998、r2=0.999,说明线性关系好。重复性试验结果显示,所构建的重组质粒9次同条件扩增Ct值具有良好的重现性,且变异率小于6%（107拷贝/反应除外）,说明标准曲线重复性好。试验成功构建了目的基因Hairless、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绒山羊Hairless基因的mRNA表达水平奠定基础。     

猪星状病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

本研究旨在建立一种能够快速、简便、灵敏地检测猪星状病毒的基于SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。根据已报道的猪星状病毒ORF2基因序列,设计并合成1对引物,通过PCR扩增ORF2基因片段,将测序正确的ORF2基因片段克隆入pMD18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,经测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线,并对其灵敏性、特异性和重复性进行验证。结果表明,猪星状病毒荧光定量PCR的标准曲线Ct值与模板浓度呈良好的线性关系,熔解曲线特异,灵敏度可达1×101拷贝,是普通PCR检测方法的100倍,特异性和重复性较好。本次建立的猪星状病毒荧光定量PCR检测方法具有快速、简便、敏感等优点,有重要的实用价值。     

实时荧光定量RT-PCR检测猪传染性胃肠炎病毒方法的建立及应用

本研究将猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因部分片段克隆并连接到pGEM-T Easy载体上,得到重组质粒,以此为标准模板进行SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR扩增并制作标准曲线,建立TGEV的荧光定量RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达10拷贝/μL,具有良好的特异性和重复性;对20份临床疑似病料进行检测,发现14份为荧光定量RT-PCR阳性,而常规RT-PCR只能检测出10份。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR方法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于临床TGEV感染的早期诊断以及分子流行病学调查。     

实时荧光定量PCR构建BIM基因表达标准品质粒和标准曲线

为了能够快速、准确定量BIM基因的mRNA,试验构建了小鼠BIM基因的标准品质粒和标准曲线,根据Gen Bank中鼠基因编码区保守序列,设计特异性引物,从N2a细胞中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增该基因122 bp的核苷酸片段,经纯化、连接和转化后,提取质粒并进行酶切、测序鉴定,然后将阳性重组质粒10倍递减稀释作为标准模板,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,建立了BIM标准曲线及直线回归方程。结果表明:产物熔解曲线峰值单一,引物特异性高;标准曲线相关系数r2=0.998,线性关系好。说明成功构建了目的基因BIM的标准品质粒和标准曲线。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型基因重组质粒实时荧光定量PCR标准曲线的构建

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7和猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1的核苷酸序列设计特异性引物,经RT-PCR/PCR扩增,分别扩增出大小为308 bp和417 bp的部分基因片段。用T4连接酶将目的片段与pGEM-Teasy载体系统连接,并转化到大肠杆菌DH-5α株感受态细胞。提取的质粒经PCR、酶切和测序鉴定,证实为PRRSV和PCV2的阳性重组质粒。将重组标准质粒10倍系列稀释后作为模板,通过实时荧光定量PCR方法(Real-time PCR),建立了PRRSV、PCV2的标准曲线及其直线回归方程,并确定其最佳读板温度。该方法具有线性关系好、特异性强、敏感性高、重复性好等特点,为分析PRRSV和PCV2共感染猪体内病毒的绝对含量提供了必要的技术平台。     

猪瘟病毒荧光定量RT—PCR检测方法的建立及其初步应用

针对CSFV基因组5＇端非编码区序列设计并合成了高度特异的一对引物和一条探针,用于猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立。将提取的病毒的总RNA做为模板进行反转录和PCR,将PCR产物克隆到pMDl8-T载体后进行大肠杆菌转化,提取阳性质粒做为标准品绘制标准曲线,成功地建立了特异性检测CSFV的荧光定量RT-PCR方...     

实时荧光定量PCR检测伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪伪狂犬病病毒(PRV)感染的细胞中提取DNA,进行PCR扩增.将鉴定正确的gE基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线.对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序.经临床应用表明,该荧光定量PCR方法的建立为猪伪狂犬病病毒的早期诊断并定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础.     

内蒙古白绒山羊Hairless基因实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建

根据GenBank中绵羊、牛的Hairless和β-actin基因编码区保守序列,设计特异性引物,提取皮肤组织总RNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后与pGM-T载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞Top10,质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定,获得阳性Hairless、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒按10³～10⁷拷贝/反应梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示,产物熔解曲线峰值单一,说明引物特异性高,且无引物二聚体;Hairless和β-actin基因标准曲线相关系数分别为r²=0.998、r²=0.999,说明线性关系好。重复性试验结果显示,所构建的重组质粒9次同条件扩增Ct值具有良好的重现性,且变异率小于6%(10⁷拷贝/反应除外),说明标准曲线重复性好。试验成功构建了目的基因Hairless、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绒山羊Hairless基因的mRNA表达水平奠定基础。     

B亚型禽偏肺病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的B亚型禽偏肺病毒(JN224985.1)F基因序列设计1对特异性引物,经RT-PCR扩增出214bp的目的片段。回收目的片段并与pMD18-T载体连接后转化到基因工程菌DH5α中,提取重组质粒,经PCR、酶切及测序鉴定后,筛选出阳性质粒作为模板,建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线,并做敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,产物T值在83.0⁸3.7℃之间,灵敏度为7.9×102拷贝/μL,特异性和重复性较好。本试验建立了检测B亚型禽偏肺病毒的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断以及感染程度的定量分析奠定了基础。     

实时荧光定量PCR构建朊病相关细胞因子标准品质粒和标准曲线

为能够用实时荧光定量PCR检测PrP106-126作用的鼠巨噬细胞细胞因子的表达水平,构建目的基因IL-1β、TNF-α、IL-6和内参基因β-actin的标准品质粒和标准曲线。根据GenBank中鼠基因编码区保守序列,设计特异性引物;细胞经PrP106-126作用后,提取总RNA。经反转录、PCR扩增、纯化、连接和转化后,提取质粒并测序鉴定,获得IL-1β、TNFα-、IL-6和β-actin质粒;将质粒梯度稀释,进行荧光定量PCR,获得标准曲线及回归方程。结果显示,产物溶解曲线峰值单一,引物特异性高;标准曲线相关系数r2=0.999,表明线性关系好,成功构建了目的基因和内参基因的标准品质粒和标准曲线。     

O型口蹄疫病毒3D基因荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立快速检测抗FMDV转基因猪中O型口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)的荧光定量PCR方法,本试验选择FMDV结构蛋白基因 3D的核苷酸序列设计特异性引物,经过RNA抽提、反转录成cDNA、PCR扩增,扩增出了大小为180 bp的基因片段.将回收的目的片段与pMD18-T克隆载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞.提取的质粒经PCR、酶切和测序鉴定,证实为FMDV的阳性重组质粒.将验证正确的重组质粒10倍梯度稀释后作模板,进行荧光定量PCR试验,建立FMDV 3D基因的标准曲线及其回归方程,并确定扩增的最佳退火温度.试验结果显示标准曲线的回归方程为Y=-3.727X+32.04,回归系数R²=0.980,熔解曲线为单一峰.建立的荧光定量PCR方法的灵敏度为1.2×10¹ 拷贝/μL,只与FMDV反应.结果表明,建立的荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏度高等特点,为检测FMDV在动物组织细胞中的含量提供了技术方法.     

3种瘤胃纤维分解菌实时定量PCR方法的建立

为探索以减毒胞内侵袭菌介导的黏膜免疫对宿主动物胃肠道微生态的影响,本试验以白色瘤胃球菌、黄化瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌3种主要瘤胃纤维分解菌16S rRNA分别设计引物,以山羊瘤胃液提取细菌总DNA,分别扩增3种纤维分解菌目的DNA片段,并连接至pMD-18 T Vector上,经PCR和测序鉴定后,以不同稀释度的重组质粒为模板进行荧光定量PCR反应。结果显示,扩增得到的3种瘤胃纤维分解菌目的片段与已知菌种相应片段的同源性大于99%;以不同稀释度重组pMD-18 T为模板建立的荧光定量PCR扩增曲线差异明显,绘制标准曲线的相关系数均接近1,熔解曲线均呈单一峰值。因此,本试验成功建立了3种瘤胃主要纤维分解菌的实时定量PCR方法,为减毒胞内侵袭菌介导的黏膜免疫研究奠定了基础。瘤胃纤维分解菌;Real-time PCR;标准曲线;     

Ⅰ群4型禽腺病毒特异性SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立Ⅰ群4型禽腺病毒特异性SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,参考Gen Bank中已发布的禽腺病毒的六邻体基因(Hexon)序列设计两对引物,通过PCR扩增出Hexon基因的954 bp目的片段,克隆至p MD-19T载体,提取阳性质粒测定浓度,10倍系列稀释作为荧光定量PCR的标准品模板,制备标准曲线。结果显示,荧光定量PCR熔解曲线峰值单一,产蛋下降综合症病毒(EDSV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、禽白血病病毒(ALV)等外源病毒均无扩增曲线出现,对标准品模板最低检出值为1.2×101拷贝/μL。对7份Ⅰ群4型禽腺病毒的细胞培养物的检出率为100%,表明建立的实时荧光定量PCR检测方法准确可行。     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

旋毛虫Ts43基因和内参基因标准品质粒及标准曲线的构建

为了构建旋毛虫Ts43基因和内参基因18S rRNA基因标准品和标准曲线,试验采用RT-PCR方法对目的基因进行扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy载体连接,转化到宿主菌DH5α中,筛选后得到重组质粒,对重组质粒进行酶切、质粒PCR和测序鉴定,经鉴定后的重组质粒作为标准品进行荧光定量PCR,以制定标准曲线。结果表明:成功克隆了旋毛虫Ts43和18S rRNA基因片段,应用重组质粒制定的定量曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线形关系,回归系数分别为0.999和0.992。说明试验成功构建了Ts43和18S rRNA标准品质粒和标准曲线。