猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR

根据GenBank公布的猪瘟病毒基因组5'非编码区基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列区作为扩增区域,设计1对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立了一个用于猪瘟病毒快速定量检测的SY13R GreenⅠ荧光定量RT-PC R方法.试验结果表明该方法重复性好,反应批内循环阈值差异不显著.与猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型等猪源病毒无交叉反应,具有高度的特异性,而且灵敏度高,最小检出量为2×10(2)病毒基因组拷贝数.利用此方法对15例临床样本进行检测,其结果与兔体交又免疫试验一致,表明此方法可作为猪瘟实验室快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具.     

鲤春病毒血症病毒SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立鲤春病毒血症病毒(SVCV)的荧光定量RT-PCR检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的SVCV N蛋白基因的保守性序列设计并合成特异性引物,建立了该病毒的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,以重组质粒标准品构建的标准曲线的相关系数为0.99,在102拷贝/μL~109拷贝/μL范围内具有良好的线性关系。该方法对传染性脾肾坏死病毒、草鱼呼肠孤病毒、传染性皮下及组织坏死病毒和白斑综合征病毒其他水生动物病毒核酸扩增结果均为阴性,特异性强;该方法对SVCV检测下限为100.76 TCID50/m L,比常规PCR灵敏100倍;批内和批间的变异系数均小于7.6%,重复性好。本研究建立的荧光定量RT-PCR方法灵敏度高、特异性强、重复性好,对SVCV的快速检测及定量检测具有重要意义。     

实时荧光定量PCR构建绵羊PrP基因标准品质粒和标准曲线

羊痒病是一种传染性的致死性神经退行性疾病,常引起绵羊和山羊发病,该病在欧洲流行了大约250年,但是它的流行病学和传播机制还不是很清楚.正常的朊蛋白（PrPc）不能引起神经退行性病变,虽然目前已经对许多组织的PrP mRNA进行了检测,但是对它的生物学功能还知之甚少,对PrP基因表达的机制尚不清楚.研究显示,不同组织来源的细胞中朊蛋白的表达程度差异很大,主要出现于神经细胞中.PrPc在细胞中的高水平表达可促使PrPc向PrPsc转变,目前的研究中,对绵羊PrP mRNA的转录机制尚未阐释清楚.因此,对绵羊外周和中枢系统PrP mRNA的表达进行定量,有助于探讨各组织器官中的PrP在羊痒病的发生过程中的作用.     

应用实时荧光定量TaqMan RT-PCR检测口蹄疫病毒

按照口蹄疫病毒(FMDV)聚合酶3D基因序列,设计合成了引物和探针,经各反应务件的优化,建立了实时荧光定量RT-PcR技术,对细胞培养物、水泡液、水泡皮及分泌物、血液中的FMDV进行了特异性检测和敏感性试验。结果,用300nmol／L的引物浓度和200nmol／L探针浓度,获得的CT值较小,而△Rn最大;可检测到相当于9．1TCID50的病毒RNA;与VSV和其他水泡性病毒不发生交叉反应;制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系,且线性范围宽,相关系数为0．984;组内和组间试验重复性的变异系数(CV)分别为5．4％和6．7％;与常规RT-PCR相比较,该方法具有快速、特异、敏感、可定量,并可同时检测大量样品等优点。     

实时荧光定量RT-PCR方法检测禽流感病毒

根据禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)M基因上的保守序列,合成引物和荧光标记探针,以阳性AIVM基因质粒为标准品做标准曲线,建立了荧光定量逆转录聚合酶链反应(RRT-PCR)检测方法。结果表明,本试验建立的标准曲线循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.999,灵敏度约为5拷贝/μL,相当于5个AIV颗粒,对新城疫病毒和其他禽病病毒无交叉反应,特异性好、重复性佳,为AIV检测提供了一种特异、敏感、快速的定量检测方法。对500份临床泄殖腔棉拭样品的检测,其结果阳性?阴性数与经典病毒分离方法符合率分别为91.2%?99.4%。在AIV临床样品筛检、流行病学监测等方面显示良好的应用前景。     

内蒙古白绒山羊Hairless基因实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建

根据GenBank中绵羊、牛的Hairless和β-actin基因编码区保守序列,设计特异性引物,提取皮肤组织总RNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后与pGM-T载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞Top10,质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定,获得阳性Hairless、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒按10³～10⁷拷贝/反应梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示,产物熔解曲线峰值单一,说明引物特异性高,且无引物二聚体;Hairless和β-actin基因标准曲线相关系数分别为r²=0.998、r²=0.999,说明线性关系好。重复性试验结果显示,所构建的重组质粒9次同条件扩增Ct值具有良好的重现性,且变异率小于6%(10⁷拷贝/反应除外),说明标准曲线重复性好。试验成功构建了目的基因Hairless、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绒山羊Hairless基因的mRNA表达水平奠定基础。     

内蒙古白绒山羊Hairless基因实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建

根据GenBank中绵羊、牛的Hairless和β-actin基因编码区保守序列,设计特异性引物,提取皮肤组织总RNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后与pGM-T载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞Top10,质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定,获得阳性Hairless、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒按103～107拷贝/反应梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示,产物熔解曲线峰值单一,说明引物特异性高,且无引物二聚体;Hairless和β-actin基因标准曲线相关系数分别为r2=0.998、r2=0.999,说明线性关系好。重复性试验结果显示,所构建的重组质粒9次同条件扩增Ct值具有良好的重现性,且变异率小于6%（107拷贝/反应除外）,说明标准曲线重复性好。试验成功构建了目的基因Hairless、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绒山羊Hairless基因的mRNA表达水平奠定基础。     

禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为满足禽流感病毒高通量快速检测的需要,建立了一种能够检测各亚型禽流感病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性和灵敏度进行评估,使用该方法与农业行业标准NY/T772—2013中的禽流感病毒RT-PCR方法同时进行临床样品检测。结果显示,该方法检测耗时短、特异性好,检测下限达10-4 ng/μL,与传统的RT-PCR方法阳性符合率为100%。结果表明,本方法能实现对禽流感病毒的安全、特异、快速、灵敏、简单、高通量检测,从而弥补了现有传统检测技术的不足。     

猪流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究选取猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的NP基因序列设计引物和探针,建立了检测SIV的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有SIV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。2.0×10⁸至2.0×10²拷贝/μL 7个数量级的范围内定量PCR有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为20个拷贝/μL。根据病毒拷贝数与Ct值的关系绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、口蹄疫病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒核酸都没有扩增反应。本研究建立的实时定量PCR方法,灵敏度高、特异性好,可以进行定量分析,在猪流感的快速检测上具有重要意义。     

实时荧光定量RT-PCR法比较猪瘟疫苗病毒含量

为有效检测福建省使用猪瘟兔化弱毒疫苗病毒含量,给养殖户选择高效疫苗提供科学指导。本研究收集福建省内使用的10个不同厂家生产的23个批次猪瘟疫苗,应用实时荧光定量RT-PCR方法检测疫苗中病毒核酸的含量,以其中的标准品对照,比较相应的兔体反应量。结果表明：抽检23个猪瘟疫苗样品合格率仅为69.56%,传代细胞苗的病毒含量相对较高,脾淋苗病毒含量优于细胞苗;不同厂家生产的同类型疫苗病毒含量差异大,同一厂家生产的同类疫苗存在批间差异。实时荧光定量RT-PCR检测猪瘟疫苗病毒含量是一种便捷、高效的方法,为今后临床猪瘟疫苗的使用提供有效指导依据。     

家兔GAPDH基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立

根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内(3.2×101~3.2×107拷贝/μL)有良好的线性关系(r=0.999);熔解曲线分析显示扩增产物的特异性单峰,其Tm为(87±0.2)℃;5个不同浓度标准品组内试验变异系数为1.67%~4.73%,组间试验变异系数为2.66%~8.74%。该方法具有快速、灵敏、高通量及可重复性强等优点,为GAPDH基因作为内参基因进行家兔功能基因与病原基因表达的定量分析提供了方法学基础。     

实时荧光定量PCR构建BIM基因表达标准品质粒和标准曲线

为了能够快速、准确定量BIM基因的mRNA,试验构建了小鼠BIM基因的标准品质粒和标准曲线,根据Gen Bank中鼠基因编码区保守序列,设计特异性引物,从N2a细胞中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增该基因122 bp的核苷酸片段,经纯化、连接和转化后,提取质粒并进行酶切、测序鉴定,然后将阳性重组质粒10倍递减稀释作为标准模板,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,建立了BIM标准曲线及直线回归方程。结果表明:产物熔解曲线峰值单一,引物特异性高;标准曲线相关系数r2=0.998,线性关系好。说明成功构建了目的基因BIM的标准品质粒和标准曲线。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型基因重组质粒实时荧光定量PCR标准曲线的构建

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7和猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1的核苷酸序列设计特异性引物,经RT-PCR/PCR扩增,分别扩增出大小为308 bp和417 bp的部分基因片段。用T4连接酶将目的片段与pGEM-Teasy载体系统连接,并转化到大肠杆菌DH-5α株感受态细胞。提取的质粒经PCR、酶切和测序鉴定,证实为PRRSV和PCV2的阳性重组质粒。将重组标准质粒10倍系列稀释后作为模板,通过实时荧光定量PCR方法(Real-time PCR),建立了PRRSV、PCV2的标准曲线及其直线回归方程,并确定其最佳读板温度。该方法具有线性关系好、特异性强、敏感性高、重复性好等特点,为分析PRRSV和PCV2共感染猪体内病毒的绝对含量提供了必要的技术平台。     

实时荧光定量RT-PCR检测猪水疱病病毒的研究

按照猪水疱病病毒结构蛋白VP1基因序列,设计合成引物和探针,经各反应条件的优化,建立了实时荧光定量RT-PCR技术,对猪水疱病病毒进行了特异性、敏感性和重复性试验。结果表明,实时荧光TaqManRT-PCR可检测到每个反应相当于1×102拷贝病毒RNA;与FMDV、VSV等其他水疱性病毒不发生交叉反应;制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系且线性范围宽,相关系数为0.993;与常规的RT-PCR比较,该方法具有快速、特异、敏感、重复性好、可同时检测大量样品等优点。     

实时荧光定量PCR构建朊病相关蛋白P38MAPK标准品质粒和标准曲线

为进一步揭示朊病的治病机理,根据GenBank中的小鼠p38MAPK的核苷酸序列设计特异性引物,经RT-PCR技术从N2a细胞中扩增和克隆了该蛋白的309 bp核苷酸片段。测序鉴定后,将重组质粒10倍系列稀释后作为标准模板,通过实时荧光定量PCR方法,建立了p38MAPK标准曲线及其直线回归方程。所构建的标准曲线的相关系数r2=0.999,说明成功构建小鼠N2a细胞p38MAPK基因的标准质粒和标准曲线,为研究朊病的发病机理奠定了分子生物学基础。     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒J亚群

将禽白血病病毒J亚群(ALV-J)NX0101毒株接种1日龄和7日龄SPF雏鸡并设阴性对照组,采用实时荧光定量RT-PCR方法,定期检测病毒在体内的复制情况。根据GenBank发表的ALV-Jenv基因保守序列(AY897227)设计1对特异性引物扩增目的基因;根据鸡的3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因序列(K01458),在保守区内设计1对引物扩增内参照基因,分别克隆入质粒作为标准品制作标准曲线,采用SYBR GreenⅠ染料建立荧光定量PCR法,并对方法的特异性、敏感性和重复性进行评价。结果显示,标准曲线的Ct值与标准品浓度的对数值之间存在线性关系;最低每个反应可检测到60个拷贝的病毒数,比常规PCR灵敏度高1 000倍。检测结果分别采用绝对定量法和相对定量法进行分析,都达到了良好的效果。通过对病毒含量变化的检测发现,在雏鸡4周龄时,2个接毒组ALV-J病毒突然呈对数式增长。据此分析ALV-J病毒在体内经过3~4周潜伏后,突然呈暴发式增长,这种情况可能和临床表现的免疫抑制直接相关。结果表明,本试验建立了一种特异性强、敏感性高、可定量分析ALV-J病毒增殖的方法,为进一步相关研究奠定了基础。     

猪瘟病毒的实时荧光RT-PCR检测

应用实时荧光RT-PCR方法对12份猪瘟可疑病料进行了检测,结果有9份为阳性,阳性率为75%（9/12）,并对这12份病料进行猪瘟直接免疫荧光抗体试验,结果与猪瘟实时荧光RT-PCR检测结果基本一致,结果证明,应用实时荧光RT-PCR方法诊断临床中的猪瘟病例可行,并具有快速、准确、敏感的特点。     

实时荧光定量PCR检测PrP基因表达标准品质粒和标准曲线的构建

对金黄地鼠P rP基因序列进行分析,选择其高度保守区域设计引物,对金黄地鼠各组织提取mRNA,经RT-PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌DH5α,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行酶切、PCR和测序鉴定,表明P rP基因保守区段已经成功克隆。将107~102拷贝/反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,10次重复C t值平均分别为17.50±0.5、21.38±0.2、25.29±0.7、29.12±0.7、31.34±0.4、33.89±0.1,系统自动分析软件显示C t值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系,回归系数为0.998。对动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,该标准曲线的灵敏度为102拷贝/反应。荧光PCR P rP基因表达检测标准品质粒和标准曲线的建立,为检测P rP基因的组织特异性表达和动物传染性海绵状脑病发生的分子机理奠定了基础。     

牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区核苷酸序列,设计引物和TaqMan荧光探针,建立了BVDV的实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法只能检测到BVDV,而与CSFV、BRV、MT及IBRV没有交叉反应,具有高度的特异性,在1010~102模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.991,最低可检测到100个拷贝的阳性质粒。所建立的BVDV实时荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、灵敏等特点。