鸡抗菌肽NK-lysin的生物信息学分析

为了解鸡内源性抗菌肽NK-lysin的基本信息,试验选择鸡NK-lysin的氨基酸序列通过软件对NK-lysin的生物信息学进行了分析。结果表明:NK-lysin的等电点为5.87,分子质量为15 231.3 u,为稳定蛋白和亲水蛋白,定位于细胞质内,有1个跨膜区和1个信号肽,没有糖基化位点,但有2个磷酸化位点,二级结构由α螺旋、延伸链、β折叠和无规则卷曲组成,存在多个抗原表位。说明鸡抗菌肽NK-lysin可作用于细胞膜或某些生物分子,使菌体死亡。     

大鲵皮肤和胃的营养成分分析

大鲵(Andris davianus)俗称娃娃鱼,隶属有尾目、隐鳃鲵科、大鲵属,是我国二级保护动物。分布于我国中南各省。大鲵不仅肉质鲜美,而且具有一定的药用价值。目前对大鲵的研究主要集中于生态调查,形态解剖,人工繁殖和养殖等方面;而有关大鲵皮肤和胃的生化研究报道甚少。     

牛源防御素类抗菌肽的生物信息学分析

为研究牛源防御素类抗菌肽的生物学功能,本研究利用Prot Param工具分析了抗菌肽的理化性质,利用SOPMA分析了抗菌肽的二级结构,利用NetOGlyc 4.0 Server分析了抗菌肽的糖基化,利用NetPhos 3.1 Server分析了抗菌肽的磷酸化,利用Target P 1.1 Server分析了抗菌肽的亚细胞内定位。结果表明,牛源防御素类抗菌肽为阳离子型抗菌肽,等电点在9.31~11.20之间;TAP、bBD-1、BNBD2、BNBD3、BNBD7、BNBD8和BNBD9为稳定性多肽,其他牛源防御素类抗菌肽为不稳定多肽;BNBD12和BNBD13为疏水性多肽,其他牛源防御素类抗菌肽为亲水性多肽;TAP、LAP、b BD-1、BNBD2、BNBD3、BNBD4、BNBD6、BNBD7、BNBD8和BNBD10由α螺旋、β折叠、β转角和无规则卷曲构成,EBD、BNBD1、BNBD5、BNBD11、BNBD12和BNBD13由β折叠、β转角和无规则卷曲构成;没有糖基化位点,除了BNBD7不存在磷酸化位点外,其他16种防御素类抗菌肽存在丝氨酸和苏氨酸的磷酸化位点,但不存在酪氨酸的磷酸化位点。根据分析结果推测牛源防御素类抗菌肽可作用于细胞壁或细胞膜,从而导致细菌死亡。     

花臭蛙皮肤分泌物中抗菌肽Odorranin的分离纯化与表征

从花臭蛙(Odorrana schmackeri)皮肤分泌液中分离得到一类(包含三种)新型的抗菌肽.经过一级结构解析和抗菌活性表征后,命名为Odorranin(1,2,3).该类抗菌肽由21个氨基酸组成.Odorranin对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌具有明显的抑制活性,其中Odorranin 3对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的最小抑菌浓度分别为4.2 、6.06 μg/mL.     

Lfcin B-Cecropin A杂合抗菌肽的生物信息学分析

为提高牛乳铁蛋白肽（Lfcin B）和天蚕素（Cecropin A）的抗菌活性和稳定性,降低其对动物机体的毒副作用,将2种肽的活性区域杂合,利用在线生物信息学软件对Lfcin B、Cecropin A和杂合肽进行理化性质、二级结构和两亲性分析。结果表明：杂合抗菌肽由23个氨基酸组成,为阳离子型多肽,二级结构中主要包含α-螺旋、β-折叠结构、无规则卷曲和延长肽链,具有不完全两亲性,呈亲水性。综上所述,对Lfcin B、Cecropin A和杂合肽进行生物信息学预测分析,可为开发高效、稳定的新型替抗产品提供信息学基础。     

牛血红蛋白源抗菌肽BHP的生物信息学分析

为了解牛血红蛋白源抗菌肽BHP的基本信息,试验通过软件对BHP的生物信息学进行了分析。结果表明:BHP的等电点为9.53,分子质量为3 206.61 u,静电荷为2;为稳定的亲水多肽,定位于细胞外;没有跨膜区和信号肽,没有糖基化位点,有5个磷酸化位点和1个泛素化位点;二级结构主要由无规则卷曲组成,存在多个酶切位点。说明牛血红蛋白源抗菌肽BHP可与细菌细胞膜作用,从而致菌体死亡。     

大鲵皮肤水溶性蛋白质成分分析及活性鉴定

该试验旨在研究大鲵(Andrias davidianus)皮肤水溶性蛋白成分及其活性,揭示大鲵皮肤黏液的蛋白组分,鉴定具有潜在功能活性的蛋白质。通过物理和化学刺激的方法收集大鲵皮肤黏液,制备大鲵皮肤黏液水溶性蛋白样品,并通过SDS-PAGE垂直电泳、细菌凝集试验、氧化物清除效率试验以及蛋白质谱Label-free分析大鲵皮肤黏液水溶性蛋白的成分以及活性。结果表明:大鲵皮肤黏液中含有多种水溶性蛋白,分子量介于10～300 kDa之间,其中50 kDa分子量以上蛋白条带较为丰富,在100 kDa分子量以上含有较多蛋白,14 kDa以下蛋白含量较少。大鲵皮肤黏液水溶性蛋白对1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)和2,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABST)2种自由基具有清除能力,说明其具有一定的抗氧化活性。大鲵皮肤黏液水溶性蛋白对大肠杆菌和嗜水气单胞菌2种细菌具有较强的凝集作用,暗示大鲵皮肤水溶性蛋白具有一定的抗菌活性。蛋白质谱Label-free分析表明这些蛋白是由66种蛋白质组成;通过分子注释有20种蛋白与免疫抗病功能相关,2种蛋白与抗氧化活性相关。研究揭示大鲵皮肤黏液水溶性蛋白含有66种蛋白,分子量介于10～300 kDa,活性鉴定结果显示大鲵黏液水溶性蛋白具有抗氧化活性和抗菌活性。     

大鲵致病性嗜水气单胞菌主要毒力基因的生物信息学分析

根据嗜水气单胞菌的溶血素(Hly A)、外膜蛋白(Omps)及丝氨酸蛋白酶(Ahp A)基因,分别设计3对特异性引物。通过3重PCR法对三对基因进行克隆与生物信息学分析。溶血素、外膜蛋白及丝氨酸蛋白酶基因的开放阅读框分别为1 863 bp、1 071 bp及894 bp,分别编码621、357及298个氨基酸。同时,对其氨基酸序列进行系统进化树构建、蛋白理化性质分析、蛋白信号区域和结构区域分析、蛋白二级结构预测、蛋白三级结构预测及蛋白免疫原性分析。本研究对大鲵源致病性嗜水气单胞菌主要毒力基因进行生物信息学分析,为进一步研究嗜水气单胞菌保护性抗原多样性而提供理论基础。     

抗菌肽JH-3的抗菌谱、溶血性及生物信息学分析

为了解抗菌肽JH-3的抗菌谱、溶血性和生物信息,试验利用琼脂糖扩散法测定抗菌肽JH-3对不同细菌和真菌的抗菌活性,利用分光光度法检测抗菌肽JH-3对红细胞的溶解活性,用生物软件对抗菌肽JH-3进行生物信息学分析。结果表明:抗菌肽JH-3对大肠杆菌、鼠伤寒沙门菌、多杀性巴氏杆菌、副猪嗜血杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、金黄色葡萄球菌、猪链球菌2型、白色念珠菌、青霉有抗菌活性,浓度小于4μg/m L时没有溶血性;二级结构为α螺旋,有3个磷酸化位点,没有糖基化和泛素化位点,有10种酶的酶切位点,为阳离子性疏水多肽。说明抗菌肽JH-3为无溶血性的螺旋型阳离子抗菌肽,抗菌谱广。     

鸡皮肤毛囊生长差异基因的生物信息学分析

【目的】 筛选鸡胚胎早期发育期间背部皮肤上皮和间充质中调控毛囊生长的关键基因、生物过程和信号通路,为了解鸡胚胎早期发育期间毛囊生长的分子机制提供参考。【方法】 从GEO数据库中下载基因芯片GSE62882数据集,采用R语言limma包对数据集进行差异分析,分别筛选出胚胎期第7和9天皮肤上皮和间充质差异基因以及皮肤上皮和间充质共同上下调基因,通过STRING在线数据库对差异基因和共同上下调基因进行蛋白互作网络分析,用Cytoscape 3.8.2软件进行可视化,运用R语言中的clusterProfiler程序包对差异基因和共同上下调基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 皮肤上皮在胚胎期第7和9天共筛选出626个差异基因,获得189条相互作用关系、10个生物过程和4条信号通路;皮肤间充质在胚胎期第7和9天共筛选出690个差异基因,获得326条相互作用关系、10个生物过程和3条信号通路;皮肤上皮和间充质在胚胎期第7和9天共同上调基因26个,共同下调基因48个,共同上下调基因存在34条相互作用关系,主要富集在Wnt信号通路上。【结论】 本研究从鸡胚胎期第7和9天皮肤上皮和间充质中筛选到共同上调基因26个,共同下调基因48个,这些基因主要富集在Wnt信号通路上,为探究上皮和间充质在毛囊生长发育中的作用机制提供理论参考。     

大鲵α1-血红蛋白基因的生物信息学分析及组织表达研究

 从大鲵皮肤cDNA文库中分离获得大鲵α1 血红蛋白基因全长cDNA序列,生物信息学分析表明,大鲵α 血红蛋白基因全长cDNA序列为594 bp,开放阅读框共432 bp,编码144个氨基酸,编码的大鲵α1 血红蛋白推测的理论分子量为16048.3 u,等电点为6.44。氨基酸组成中酸性氨基酸11.9%,中性氨基酸69.9%,碱性氨基酸18.2%。结构分析表明,该蛋白没有信号肽,但在100~122个氨基酸处以及98~122个氨基酸处分别有由里向外、由外向里的跨膜螺旋区,二级结构以α 螺旋为主。氨基酸序进行同源性列比对表明与人、猕猴的亲缘关系最近,和牛蛙的亲缘关系最低只有35%。荧光定量PCR结果表明,α1 血红蛋白基因在肌肉中表达量最高,在胃中最低。     

牛血红蛋白源抗菌肽P3及其类似肽的生物信息学分析

为研究牛血红蛋白源抗菌肽P3及其类似肽（JH-0、JH-1、JH-2、JH-3）的生物学功能,本研究利用在线软件分析了抗菌肽P3及其类似肽的生物信息学特性,发现这5个抗菌肽均带正电荷,等电点均大于8.00,均为疏水蛋白,定位于细胞外,不含有跨膜区、信号肽序列和糖基化位点,P3和JH-2的二级结构为α-螺旋+β-折叠,JH-3为100%的α-螺旋,JH-0和JH-1为无规则卷曲结构,P3、JH-2和JH-3在第13位氨基酸即苏氨酸（Thr,T）有一个糖基化位点。根据分析结果推测抗菌肽P3及其类似肽可作用于细胞壁或细胞膜,从而使菌体死亡。     

两栖类动物皮肤分泌物的相关研究

本研究主要探索两栖类动物皮肤分泌物不同的活体提取方法,从而进行优化。用乙醚和肾上腺素对非洲爪蟾、兰州地区的中国林蛙、中华大蟾蜍和花背蟾蜍进行刺激,收集其皮肤表面分泌物,分别对培养的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、沙门氏菌及红色毛廯菌进行抑菌性观察。结果显示:用乙醚方法刺激两栖类动物获得的分泌物量较多,同时非洲爪蟾皮肤分泌物产量较其他物种多。非洲爪蟾及中国林蛙对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和红色毛廯菌抑菌效果较好。     

中国林蛙皮肤抗菌肽的分离、纯化及序列分析

正两栖类动物的生活环境温暖潮湿,且含有复杂的微生物,由于其皮肤湿润、裸露,比较适合微生物生长,因此两栖类动物的皮肤成为微生物生存的极好环境。赖仞等[1]研究表明,两栖类动物皮肤的分泌液中含有大量的抵御天敌、灭杀微生物的生物胺和活性多肽,含量要比其在哺乳动物体内的含量高,因此两栖类动物被人们称为是生物胺和活性多肽的巨大储     

中国林蛙皮肤抗菌肽基因的cDNA克隆

抗菌蛋白蛙皮抗菌肽，是两栖类动物中存在的天然免疫物质，在蛙类中仍然保持着一定的活性。我们用提取中国林蛙皮肤总RNA，逆转录合成cDNA，PCR扩增得到DNA片段，并与GenBank上登陆的其他蛙类的皮肤抗菌肽序列进行比较，发现此序列是一个新的蛙皮肤抗菌肽序列。PCR产物与pMD18-T连接，得到阳性重组体pMD18-RTCD。将阳性重组体进行测序，分析蛙皮素的氨基酸序列，显示它属于蛙皮抗菌肽家族。此外，中国林蛙抗菌肽氨基酸序列包含C-末端残基，同时具有两栖类动物抗菌肽的特征。这些信息对将来研究两栖类动物的天然免疫的分子机制具有重要作用。为应用基因工程技术对我国林蛙抗菌肽基因进行克隆表达奠定了基础。     

蛙皮肤抗菌肽Dermadistinctin-L原核表达载体的构建

根据GenBank中公布的猴蛙皮肤抗菌肽Dermadistinctin-L(DDL)成熟肽氨基酸序列,选择大肠杆菌偏爱密码子,设计合成了3条互补引物,通过PCR扩增得到完整的Dermadistinctin-L基因序列。将获得的基因序列克隆到原核表达载体pET-32a(+),经酶切鉴定和序列分析证明成功构建了pET32a-DDL表达载体,表达载体的正确构建为Dermadistinctin-L的高效表达和生物学活性研究奠定了基础。     

四种两栖类动物皮肤分泌物的生物活性比较

抗菌肽是生物界中广泛存在的一类具有生物活性的小肽,是带正电荷的两性分子[1]。许多科学家曾认为宿主天然防御系统的主要参与者是白细胞(如肥大细胞)、血清蛋白(如补体)、吞噬细胞(如巨     

牛蛙（Rana catesbeiana）皮肤抗菌肽的cDNA克隆及序列分析

为了解牛蛙皮肤抗菌肽的多样性及结构特点,根据GenBank数据库中蛙属抗菌肽基因信号肽序列设计简并引物,以RT-PCR技术扩增牛蛙皮肤抗菌肽基因,克隆得到cDNA全长序列并进行测序和序列分析。用生物信息学软件分析其cDNA序列特点,预测成熟肽的理化性质。结果得到48个完整的cDNA序列,分别编码24种抗菌肽前体,它们均由信号肽、前导肽和成熟肽3部分组成。对序列测定结果的预测分析表明,牛蛙皮肤抗菌肽前体核苷酸序列与已报道的其他蛙类抗菌肽具有较高的同源性,同源性达到80%以上,但成熟肽的序列变异很大,具有物种特异性,其中6个为新的抗菌肽序列。牛蛙皮肤抗菌肽成熟肽的二级结构主要以α-螺旋和β-折叠为主,均为疏水性短肽。     

大肠杆菌胁迫下东北林蛙皮肤抗菌肽分泌特性研究

以东北林蛙(Rana dybowskii)为试验对象,采用大肠杆菌(Escherichia coli)作为环境胁迫因子,通过RP-HPLC分析、抑菌活性和蛋白浓度比较,观察其皮肤分泌物的特异性分泌,以期揭示两栖类动物抵御环境微生物时皮肤分泌抗菌肽的变化规律。研究发现,用E.coli胁迫1~18d后皮肤分泌物粗提物洗脱峰数量明显减少了61.54%~84.62%,对4个持续出现的8、9、11和14号洗脱峰的抑菌活性试验显示,8、9号峰对G-和G+菌均表现较强的活性抑制,而11、14号峰仅对G+菌有较强的抑菌活性。此外,E.coli胁迫后第7天组皮肤分泌物的洗脱峰数量、持续出现峰的峰面积值及蛋白浓度与对照组比均明显增加,第23天组均恢复至较高水平。研究结果表明:两栖类皮肤抗菌肽可能在参与机体先天免疫系统防御和启动后天免疫应答的关键环节中发挥重要的桥梁作用。