生防菌株XF-1的鉴定和抑菌谱的测定

 依据传统形态学、生理生化特征及16S rRNA基因序列,将一株对十字花科根肿病有很好防治效果的菌株XF-1鉴定为枯草芽孢杆菌。采用细菌的通用引物P0, P6扩增16SrRNA基因片段,得到1513 bp的DNA片段,其序列与枯草芽孢杆菌的序列的同源性高达99%。与病原真菌对峙培养的结果表明,该菌株能对供试的卵菌、子囊菌、担子菌和半知菌的21个植物病原真菌均有很好的抑制作用。     

利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。     

生防菌株HJX1的鉴定和抑菌谱的测定

依据传统形态学、16S rRNA基因序列及脂肪酸图谱鉴定,将一株对香蕉镰刀枯萎病菌有很好抑制效果的菌株HJX1鉴定为枯草芽孢杆菌。采用细菌的通用引物P0和P6扩增16S rRNA基因片段,得到1521bp的DNA片段,其序列与枯草芽孢杆菌的序列的同源性高达99%;细胞组分脂肪酸的含量同枯草芽孢杆菌最近,其相似度为0.724。与病原真菌对峙培养的结果表明,该菌株能对供试的10个植物病原真菌均有很好的抑制作用。     

利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357.     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

黄河湿地降解菌的分离鉴定及系统发育树的构建

采用富集培养法分离提纯出了6株降解菌,通过研究其降解能力,筛选出降解效果较高的两株菌H3和H6,利用16S rRNA基因克隆法鉴定其基因序列,同时将基因序列与NCBI数据库中已有细菌的16S rRNA序列进行相似性比较分析后构建系统发育树,最后结合菌落的形态学特征和生理生化特征确定其生物学地位。结果表明,6株菌对污染物均有一定的降解能力,而且对CODcr的降解效果要优于对TP和NH3-N的;菌株H3和H6对CODcr、TP、NH3-N的去除率分别为50.2%、26.83%、44.89%及52.19%、25.16%、46.79%,降解能力较突出;菌株H3与荧光假单胞菌Pseudomonas fluorescens（NR₁13647.1）亲缘性最近,同源性达99%;菌株H6与解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens（NR₀75005.1）同源性达99%。分离所得到的荧光假单胞菌和解淀粉芽孢杆菌对生活污水具有一定的净化作用,且安全性有保障,可以应用于湖泊湿地水体的生态修复和生活污水处理中。     

一株有抑菌活性解淀粉芽孢杆菌的鉴定

为了研究环境中芽孢杆菌对常见细菌的抑菌能力,从池塘底泥中分离出6株芽孢杆菌进行了鉴定和抗菌能力研究。以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、藤黄微球菌和嗜水气单胞菌为研究对象,采用管碟法测定了细菌发酵上清液的抑菌活性,测定了发酵上清液和病原菌共培养的生长曲线,并采用生化和16S rRNA基因序列分析对细菌进行鉴定。结果发现其中1个菌株的发酵上清液对嗜水气单胞菌和藤黄微球菌的生长具有抑制作用,进一步通过生化和分子鉴定发现该菌株为解淀粉芽孢杆菌。结果表明:分离的解淀粉芽孢杆菌的发酵产物对嗜水气单胞菌和藤黄微球菌具有抑制作用,可以作为一种潜在的益生菌用于防治嗜水气单胞菌和藤黄微球菌感染。     

鸭疫里氏杆菌广西分离株16S rRNA基因序列的测定和系统进化分析

选取3株不同血清型的鸭疫里氏杆菌广西分离株GXRA 01、GXRA 07和GXRA 09,利用细菌通用引物,通过PCR方法成功扩增出16S rRNA的部分基因片段,通过克隆、序列测定获得3个分离株16S rRNA基因的核苷酸序列,并与G enB ank中注册的一些菌株的16S rRNA基因序列进行比较、系统进化关系分析发现:3株RA分属两个基因群,I群(GXRA 01)与AY 871818和AY 871819的16S rRNA序列的同源性达99.9%,Ⅱ群(GXRA 07、GXRA 09)与G enB ank中16S rRNA序列的同源性达99.3%-99.6%,GXRA 07与GXRA 09之间的同源性为100%,表明这3株菌株应为鸭疫里氏杆菌。     

基于16S rRNA基因序列分析的临床分离乳源菌鉴定和系统进化研究

利用16S rRNA基因序列分析方法对1株临床分离乳源菌进行鉴定并确定菌株的进化位置。抽提细菌DNA基因进行16S rRNAPCR扩增,并对扩增产物测序。成功扩增出长度为1 432 bp的核苷酸序列。该临床分离的乳源菌与GenBank上的已知序列进行了同源性比较,克隆到的序列与Y15856的同源性最低,为99.6%;与AB305019、D83353.1和FM875711.1的同源性最高,达99.9%。该试验菌为金黄色葡萄球菌且16S rRNA基因是高度保守的。利用16S rRNA基因序列分析鉴定细菌是一种快速、准确、方便的方法。     

小麦全蚀病生防芽孢杆菌的筛选与鉴定

利用菌饼对峙法从云南省的土样中分离出了234株对小麦全蚀病菌(Gaeumannomyces graminis var.tritici)有拮抗作用的细菌,其中Kc菌株使用浓度为3.3×107cfu/mL的发酵液浸泡小麦种子1 min后,盆栽试验的防效达到56.65%,略高于50%多菌灵WP(1∶100)拌种对照处理的效果。从形态和生理生化特征上可将Kc菌株鉴定为芽孢杆菌属,16S rDNA序列与菌株Bacillus amyloliquefaciens DSM7同源性达99.5%,被鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

生防细菌C 3的鉴定及对魔芋软腐病的防效研究

从魔芋根际土壤中分离得到一株具有强烈抑菌活性,并具有较广抑菌谱的革兰氏阳性生防细菌菌株C3.经形态特征、常规生理生化特征和Biolog鉴定,发现该菌株与解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens特征很相似.采用细菌通用引物27f和1 492r扩增16SrDNA基因片段,得到1 105bp DNA片段,其序列与已报道的解淀粉芽孢杆菌FZB42的同源性高达100%,故将生防细菌菌株C3鉴定为解淀粉芽孢杆菌B.amyloliquefaciens.田间防效测试结果显示,在对照病情指数为41.20的情况下,生防细菌C3对魔芋细菌性软腐病的控制效果达到了57.76%.     

山药内生菌的分离及菌种鉴定研究

[目的和方法]分别采用5种培养基对山药根根中的内生菌进行分离,得到了10株内生菌,通过形态学分析其为4种微生物,16S rRNA比对分析确定其分属为欧文氏菌属(Erwinia)和芽孢杆菌属(Bacillus),未发现放线菌和真菌.[结果]表明山药内生菌极为单调.其中,能在山药浸出液培养基中大量产生多糖的菌株SS2的16S rRNA与模式菌株Erwinia pyrifoliae Ep1/96~T 最大同源性为97.1;.[结论]极有可能为新种.     

辣椒果实胎座中生防细菌对白绢病的防效

从辣椒果实胎座中分离出60株内生细菌,平皿对峙培养发现13株细菌对辣椒白绢病菌(Sclerotium rolfsii Sacc.)有拮抗作用,其中6株对白绢病抑制率较高的生防菌对辣椒疫病(Phytophthora capsici)和辣椒炭疽病(Colletotrichum capsici)病原菌也有抑菌活性。16Sr RNA鉴定结果表明,菌株G242和T443为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),菌株YZ12、G241、T151、T442为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。以单一菌株或菌株复配进行盆栽试验,结果 G241和T443复配后对辣椒白绢病的防效达到88.41%,高于单一菌株G241(29.14%)和T443(38.16%)的防效。     

棉花黄萎病拮抗菌株DS45-2的分离鉴定

从土样中筛选对棉花黄萎病致病菌大丽轮枝菌(Verticillium dahliaeKleb)具有拮抗作用的芽孢杆菌菌株,初筛得到具有拮抗作用的菌株68株,复筛选出1株拮抗活性较高的菌株DS45-2,通过形态特征观察,生理生化试验及16S rDNA序列分析对此菌株进行鉴定,初步鉴定此菌株属于解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens),与相应标准菌株NBRC 15535的16S rDNA序列相似度达99.50%。     

产芽孢木质素降解菌MN-8的筛选及其对木质素的降解

【目的】分离、筛选产芽孢的高效木质素降解细菌,并进一步研究其对木质素的降解作用,为木质素微生物降解规模化应用提供理论依据。【方法】采用苯胺蓝（Azure-B）变色圈法,结合木质素降解酶活力测定从牛粪中分离筛选出产芽孢的木质素降解菌。通过形态特征观察、生理生化试验、16S rDNA以及gyrB序列分析对其中活性最强的菌株进行种属鉴定。利用菌株进行玉米秸秆堆积发酵,监测发酵过程中木质素过氧化物酶（LiP）酶活力、锰过氧化酶（MnP）酶活力以及玉米秸秆中木质素含量的变化,考察菌株对玉米秸秆木质素的降解作用。利用气相色谱-质谱联用（GC/MS）方法对菌株发酵后玉米秸秆中的木质素降解产物进行分析,推测菌株对木质素的降解机制。【结果】分离筛选到一株活性较高的产芽孢的木质素降解细菌MN-8,经形态特征观察、生理生化试验以及16S rDNA序列分析,鉴定菌株MN-8属于芽孢杆菌属（Bacillus）。利用16S rDNA序列分析发现MN-8菌株与地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）和解淀粉芽孢杆菌（B. amyloliquefaciens）同源性均高于99%。而基于gyrB序列构建的系统发育树显示,该菌株与解淀粉芽孢杆菌同源性最高,为99%。因此确定MN-8菌株为解淀粉芽孢杆菌。在玉米秸秆堆积发酵16 d后木质素降解率可达24%;发酵的6-8 d及10-12 d 两个阶段内,分别出现MnP酶活力及LiP的产酶高峰期,相对应两个阶段内秸秆木质素的降解最为显著;GC/MS分析显示菌株MN-8可将玉米秸秆中木质素降解成4-羟基-3,5二甲氧基苯乙酮等芳香族类化合物及短链脂肪酸类等小分子物质。【结论】高效木质素降解菌解淀粉芽孢杆菌MN-8可以通过断裂木质素单体之间的连接键β-O-4,高效降解秸秆木质素成为小分子芳香族化合物等物质,且其对秸秆木质素的降解依赖于LiP及MnP的产生。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

植物枯萎病拮抗细菌KL-1菌株的分离及鉴定

[目的]筛选、鉴定植物枯萎病菌拮抗细菌,为植物枯萎病生防制剂的研究奠定基础。[方法]采用对峙培养法筛选对植物枯萎病菌具有良好抑制作用的生防细菌,通过Biolog细菌自动鉴定系统和16SrDNA序列分析法鉴定其分类地位,并研究该菌株对棉花和小鼠的安全性。[结果]从棉花根际土壤中分离出的12株细菌中,有5株对多隔镰刀菌、香石竹尖孢镰刀菌、棉花枯萎病菌具有拮抗活性;其中,KL-1菌株对3株目标病原菌的抑菌活性分别达69.09%、80.78%、78.89%。Biolog细菌自动鉴定系统和16SrDNA序列分析法鉴定结果表明,KL-1菌株为解淀粉芽孢杆菌;生物安全性初步测定结果表明,KL-1菌株对棉花和小鼠安全无毒。[结论]解淀粉芽孢杆菌KL-1菌株具有对多种植物枯萎病菌的抑菌活性,且对棉花和小鼠安全无毒,是一株具有研究和开发潜能的生防菌株。