野鸡源H9N2亚型禽流感病毒NA基因的序列分析

通过病毒RNA抽提、RT-PCR、克隆，试验一次性获得野鸡源禽流感病毒A／Pheasant／Guangdong／GZI／2003（H9N2）NA全基因．序列分析及联机检索表明，该病毒的NA基因由1458bp组成，其中开放阅读框（ORF）l401bp编码466个氨基酸；ORF与A／Chicken／Guangdong／11／97同源性最高，达98％；与A／Chicken／Guangdong／11／97的NA亲缘性最近．     

鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因的克隆及序列分析

用TRIAZOL试剂盒提取鸽源禽流感病毒的RNA,应用自行设计的特异性引物对神经氨酸酶(NA)基因进行RT-PCR扩增,得到NA基因的全长DNA片段,克隆到PMD18-T载体上,并进行鉴定和序列测定。结果表明:鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因全长1 350 bp,编码449个氨基酸。通过序列比较,该毒株与国内同一亚型其他毒株神经氨酸酶的核苷酸同源性为77.6%~98.8%,氨基酸同源性为77.6%~99.1%。     

H5N1亚型禽流感病毒核蛋白基因的克隆及分子进化分析

用RT—PCR法,以1株H5N1。亚型禽流感病毒RNA为模板,扩增了NP全基因cDNA。将NP cDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行测序。测序结果表明：所克隆的NP基因全长1542bp,该核苷酸的片段包含了核蛋白完整阅读框架,其中编码区为1497个核苷酸,编码498个氨基酸。将其序列与6株A型流感病毒NP基因序列进行比较,各毒株之间NP基因核苷酸序列同源性为92．5％～95．9％,编码的氨基酸同源性为97．0％～98．4％。通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系。     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT—PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N禽流感病毒毒株（HB2002）中克隆到血凝素基因（HA）序列,该克隆基因全长1714hp,提交GenBank,获得登录号DQ285546。同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A／duck／Hainan／4／2004（H6N2）,A／duck／HongKong／3600／99（H6N2）毒株有99％的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近。由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB2002为低致病性禽流感病毒．     

H9N2亚型禽流感病毒M基因的克隆及序列分析

从鸡胚尿囊液中提取H9N2亚型禽流感病毒的RNA,根据已发表的A型流感病毒(AIV)的核苷酸序列,设计一对特异引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)成功地扩增了AIV的M基因。将M基因的cDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的1 192 nt片段包含了完整的M基因的两个开放阅读框。核苷酸序列比较分析结果表明:该毒株与A/Hong Kong/1073/99(H9N2)、A/Duck/Hong Kong/380.5/2001(H5N1)、A/Duck/NY/191255-79/02(H5N2)相比,核苷酸序列的同源性在92.2%~96.1%之间,其相对应的氨基酸序列的同源性在91.7%~96.3%之间。     

5株H9N2亚型禽流感病毒HA、NA基因的序列分析

为了从分子生物学角度了解H9N2亚型禽流感病毒（AIV）在广西的遗传变异情况,对5株不同年代的广西H9N2亚型AIV的HA和NA基因进行克隆测序及同源性、遗传进化分析。结果表明,5株分离株均为低致病性AIV（LPAIV）,HA、NA基因均属于欧亚谱系中的DK/HK/Y280/97（第I亚群）,与我国代表株CK/BJ/1/94HA基因核苷酸、氨基酸同源性为93.5%～95.9%,NA基因核苷酸、氨基酸同源性为93.8%～95.8%。分离株DK/GX/51/05、CK/GX/55/05HA基因第226位氨基酸由谷氨酰胺（Gln）突变为亮氨酸（Leu）,具备人类流感病毒的受体特征,而在糖基化位点方面,除了CK/GX/6/00HA基因的第218位发生变异以外,5株分离株HA基因上其余各糖基化位点均未发生变异;分离株DK/GX/51/05、CK/GX/55/05、QA/GX/B1/06NA基因均缺失第63、64、65位3个氨基酸,导致1个糖基化位点缺失,而CK/GX/6/00、WB/GX/A1/06NA基因则未发生缺失。     

禽流感病毒H9N2亚型HA基因的序列分析

试验对1株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增、克隆,然后对毒株的HA基因进行阳性克隆鉴定。测序结果表明:所扩增的HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;该毒株的裂解位点的氨基酸序列为R-S-S-R,属于低致病力毒株,该毒株有7个潜在糖基化位点,受体结合位点的氨基酸分别为YWT-NVLY,左侧壁氨基酸为NGQQG,右侧壁为GTSKA。将该毒株与国内一些参考毒株的HA基因序列进行比较分析,结果表明,核苷酸与氨基酸同源率较高,核苷酸同源率为93.0%~97.3%,氨基酸同源率为95.4%~96.6%,亲源关系比较近;与韩国毒株核苷酸和氨基酸同源率分别为83.3%和87.3%,亲源关系比较远。     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT-PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N2禽流感病毒毒株(HB 2002)中克隆到血凝素基因(HA)序列,该克隆基因全长1 714 bp,提交GenBank,获得登录号DQ 285546.同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A/duck/Hainan/4/2004(H6N2),A/duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)毒株有99%的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近.由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓ G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB 2002为低致病性禽流感病毒.     

5株野鸭源H6N1亚型禽流感病毒NA基因的克隆和进化分析

根据GenBank已知的H6N1亚型流感病毒的NA基因序列,设计扩增NA基因的特异性引物,通过RTPCR技术扩增5株H6N1亚型禽流感病毒NA基因序列,并将其克隆到pMD18-T载体后进行了测序分析.同时通过生物学软件对5株禽流感病毒NA基因进行了分析研究.结果表明:5株禽流感病毒NA基因全长1 410 bp,编码47...     

H9N2亚型禽流感病毒PA基因的克隆与序列分析

对甘肃H9N2亚型的A/Chicken/GanSu/2/99(A/CK/GS/2/99)株PA基因进行了克隆、测序及分子进化分析.结果表明:该病毒PA基因开放阅读框由2 151个碱基组成,编码716个氨基酸;其与A/Quail/HongKong/NT28/99(H9N2)株和A/Duck/HongKong/Y280/97(H9N2)株的核苷酸同源性分别为98.4%和98.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.7%;与A/HongKong/156/97(H5N1)和A/Goose/GuangDong/1/96(H5N1)的核苷酸同源性分别为89.0%和87.8%,氨基酸同源性分别为为93.9%和94.3%.     

H5N1亚型禽流感病HA1基因的克隆测序与表达

提取禽流感病毒液中RNA,根据GenBank中收录的禽流感病毒(AIV)H5N1亚型的血凝素(HA)基因序列设计并合成了1对引物。RT-PCR扩增出HA全基因,并克隆到pMD18-T载体,对重组质粒进行酶切鉴定及序列测定。与GenBank收录的其他AIV H5N1亚型的HA基因进行序列比较分析,同源性达96%~99%。从HA基因序列中截取HA1基因,亚克隆到表达质粒pET-28a中构建HA1基因原核表达质粒,转化E.coliBL21(DE3)细胞,在IPTG诱导下表达出HA1蛋白,所表达的蛋白质分子质量约为37~40ku。该研究为进一步开发用于禽流感抗体检测的抗原蛋白打下了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒H52毒株S基因的克隆及序列分析

将含有鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H52毒株的尿囊液浓缩,用TRIzol 试剂抽提病毒RNA作为反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)的模板,参照已发表的IBV-Beaudette 株S基因序列,设计并合成一对特异性引物,扩增得到长度约3.6 kb 的S基因片段,利用引物设计中EcoR I和BamH I 酶切位点插入到克隆载体pBlueScript SK 的多克隆位点中,转化感受态E.coli DH5α.经酶切分析和PCR等方法鉴定,筛选出阳性克隆,进行核苷酸序列测定,证实获得了S 基因的全长序列.利用DNAstar等分析软件与GenBank中其它IBV毒株的核苷酸及其推导的氨基酸进行序列同源性比较分析,结果表明,H52毒株与已报道的核苷酸的同源性在83.45%～99.71%之间,氨基酸的同源性在82.10%～99.26%之间.     

一株H9(N2)型禽流感病毒HA基因的克隆与序列分析

利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出禽流感病毒(H9亚型)血凝素的cDNA。通过T-A连接将已加A尾的PCR产物连接到线状克隆载体pGEM-Teasy vector,转化J M109感受态细胞,在含氨苄青霉素的LB平板上筛选阳性克隆。经PCR扩增,进一步确证为目的片段。对目的片段进行测序,结果获得该毒株的HA基因全长。与已知序列进行同源性比较,同源性最高的可达98%,表明这些分离株的亲缘关系较近;系统发育分析表明,该毒株属欧亚种系;通过血凝素裂解位点的氨基酸序列分析可知,该分离株的HA切割位点上未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸,其排列顺序为-PARSSRGLF-。所克隆的基因为禽流感病毒HA基因芯片的研究奠定了基础,同时为诊断和预防AI提供了理论依据。     

H5N1型禽流感模型侵染病毒的构建与鉴定

【目的】构建含有H5N1型禽流感病毒HA、NA的侵染模型病毒,并对构建的模型病毒进行侵染活性及特异性检测。【方法】采用PCR方法扩增出H5N1型AIVHA和NA基因,经纯化回收后将其分别克隆至真核表达载体pcDNA4.0中,构建pcDNA-HA、pcDNA-NA。然后采用磷酸钙共转染方法,将pcDNA-HA、pcDNA-NA和含有LUC报告系统的HIV骨架表达载体pNL4-3.Luc.R-E-,共同转染293T细胞,构建HIV/HA-NA模型病毒,对HIV/HA-NA模型病毒进行细胞侵染活性及特异性检测。【结果】HA、NA基因片段真核表达载体pcDNA-HA、pcDNA-NA与HIV骨架载体在293T细胞中成功表达组装,获得了HIV/HA-NA侵染模型病毒;敏感细胞特异性检测及侵染活性分析表明,HIV/HA-NA模型病毒与其野毒具有共同的敏感细胞。报告系统数据显示,模型病毒可以定量检测其对细胞的侵染程度。【结论】成功构建HIV/HA-NA模型侵染病毒,可以模拟H5N1病毒的侵染过程,定量报告病毒的侵染程度,并且该模型病毒不具有增殖能力,安全可靠,可以方便地用于普通实验室AIV抗体检测和特定药物的筛选。     

H9N2亚型禽流感病毒ns1基因的融合表达

禽流感病毒（AIV）非结构蛋白NS1在病毒粒子中不存在，因此，可以通过检测NS1抗体来鉴别禽流感病毒感染鸡群和免疫鸡群．将ns1基因和T4噬菌体soc基因在大肠埃希氏菌中融合表达，融合蛋白可以作为鉴别禽流感免疫鸡群和感染鸡群的检测抗原．采用RT-PCR方法扩增禽流感病毒H9N2的ns1基因（654bp）；将该片段克隆至pSOC质粒soc基因3’端，成功构建了重组质粒pSOC-NS1，用该重组质粒转化EcoliB121（DE3）感受态细胞，以终浓度1mmol／mL的IPTG诱导表达．SDS-PAGE结果表明pSOC-NS1融合蛋白相对分子质量约39000．Western-blot证实，表达产物与AIV H9N2病毒感染的小鼠血清具有良好的反应性．     

H5N1亚型禽流感病毒NS1基因的克隆及在E.coli中的表达

选择一株H5N1亚型高致病性禽流感病毒株A/Goose/Guangdong/1/96(简写为GD/1/96),根据测得的NS基因序列,设计一对特异性引物NS1U/NS1L,RT-PCR方法扩增该毒株的NS1基因。将酶切处理后的基因片段定向克隆到原核表达载体PET-32a( ),并进一步酶切分析和序列测定,鉴定出NS1基因的阳性重组子。阳性质粒转化E.coliBL 21(DE3)感受态细胞,在IPTG诱导下,经SDS-PAGE和Western-blotting分析鉴定,成功的在细菌包涵体中表达出45 kD的NS1融合蛋白。重组蛋白经Ni-NTA His.Bind Resins纯化。     

H9N2亚型禽流感病毒NS1A融合基因的克隆表达及抗体的制备

应用重叠PCR的方法获得NS1A融合基因片段,并将融合基因片段成功地插入pET-20b原核表达载体,将阳性重组质粒转化表达受体菌BL21(DE3)感受态细胞中,经IPTG诱导表达。进行表达产物的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和Western blotting检测,结果表明NS1A融合基因获得高效表达,薄层扫描分析表明表达蛋白占菌体蛋白的15%。大量培养NSIA工程菌,用侧带法纯化蛋白后对日本大耳白兔进行常规免疫,应用间接ELISA测定抗体的效价达1∶25 600,为下一步NS1A融合基因真核表达产物的检测奠定基础。