南瓜叶黄素基因紧密连锁的InDel分子标记开发及应用

本研究旨在开发与中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)叶黄素含量的数量性状基因座(Quantitative trait locus, QTL)紧密连锁且实用性强的分子标记,以加速南瓜的育种进程。前期在F₂代群体中定位到与叶黄素含量紧密连锁的主效QTL位点qlut11-a,在其两侧翼分子标记R1＿38695和R2＿55819之间开发了8对InDel分子标记。通过对F₂代群体及部分高代(F₈代)重组自交系株系进行基因型和叶黄素表型分析,明确了InDel分子标记G005310和G005670可有效筛选高叶黄素含量和低叶黄素含量材料,并在近等基因系构建中证实了其能用于创制高叶黄素含量的南瓜种质,BC₅F₁果实中的最高叶黄素含量约是低叶黄素含量亲本果实含量的2.8倍,且占高叶黄素含量亲本果实的96%。本研究结果为加速南瓜高叶黄素含量种质育种进程提供了更实用的分子标记。     

InDel标记及其在食用菌研究中的应用与展望

InDel分子标记是指同一物种不同个体或亲缘关系较近物种的同源序列或基因组相同位点的序列中存在不同数量碱基的插入(insertion)或缺失(deletion)。InDel具有数量多、扩增产物稳定、多态性高、易于检测等优点,目前在农作物分子标记辅助育种研究中已取得了重要进展,但在食用菌研究中报道较少。综述InDel标记的产生机制和特点,及其在食用菌中构建遗传图谱的应用,对性状和基因进行标记、定位以及遗传多样性研究,并展望其发展和应用前景。     

杂交玉米品种家佳荣2号种子纯度的InDel分子标记鉴定

为建立一个简捷、经济、准确可靠的室内杂交玉米种子纯度鉴定方法,以玉米杂交种家佳荣2号及其父母本、JR02杂交组合为材料,用InDel(插入-缺失)分子标记技术和田间小区种植鉴定2种方法对家佳荣2号杂交种子进行纯度鉴定。结果显示,InDel分子标记鉴定的纯度为95.6%,田间小区种植鉴定的纯度为97.8%,InDel的结果略低于田间小区种植鉴定的结果。18对InDel引物中能与家佳荣2号双亲基因组稳定结合且具有多态性的引物共有11对,多态性检测率为61%,其中有1对引物带型偏父本,其余10对InDel引物都能与家佳荣2号稳定结合,可用于鉴定家佳荣2号的种子纯度。在10对引物中随机选取2对引物,有1对引物能从家佳荣2号中区分出其相似品种JR02。2种方法鉴定结果高度一致,表明InDel分子标记可作为玉米杂交种室内纯度鉴定的方法。     

利用InDel标记构建番茄新品种指纹图谱

利用优化的InDel技术体系对19份上海地区主栽番茄新品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果表明,19份番茄品种在遗传相似性系数为0.38时被分为2个主簇,供试品种遗传相似性系数在0.38到0.86之间,说明这些品种具有丰富的遗传多样性,聚类分析结果为番茄亲本选择选配提供了理论依据。利用5对InDel引物组合构建的指纹图谱将19份供试品种区分开,其中引物sli555可直接鉴定出品种‘浦珍’,引物sli608可直接鉴定出品种‘宇宙3号’和‘浦粉1号’,引物Indel F331可直接鉴定出品种‘凯旋’和‘改良粉妃’,表明InDel标记是一种构建番茄品种指纹图谱的理想标记,研究结果为番茄新品种的审认定、新品种保护权申请等工作提供了参考。     

唐山市菜豆种子质量标准编制说明

本文介绍了唐山市地方标准《瓜菜作物种子菜豆》(DB1302/T332-2012)的项目背景、任务来源、编制过程和技术内容,通过执行此项标准,将使唐山市菜豆种子的质量得到有效控制,为唐山市蔬菜产业健康有序发展提供技术支持。     

利用籼粳稻特异InDel标记分析云南糯稻品种的籼粳特性

利用籼粳杂种优势是实现水稻超高产育种目标的重要途径之一。利用根据粳稻日本晴和籼稻93-11基因组序列设计的34对特异性插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)引物,对采自云南省7个地州17个县的181份糯稻品种进行籼粳性分析。通过对这些糯稻品种DNA样品在这34个InDel位点上的籼型或粳型基因频率,确定各个糯稻品种的籼、粳性。结果表明:141份测试品种被鉴定为典型籼稻,18份为籼稻,8份为典型粳稻,13份为粳稻,1份为偏粳稻。主成分分析表明,云南糯稻籼粳分化明显。     

基于BSA-Seq技术的甜瓜抗霜霉病InDel标记开发

目的 获得与甜瓜抗霜霉病基因连锁的分子标记或功能标记,用于甜瓜分子标记辅助选择育种。为进一步克隆甜瓜抗霜霉病主效基因奠定基础。方法 以野生高抗霜霉病资源DM-4和感病自交系DM-2为亲本,构建F₂代分离群体,利用BSA-seq对甜瓜抗霜霉基因进行QTL定位,开发InDel分子标记,并在双亲及其F₂群体单株进行筛选验证。结果 甜瓜抗霜霉病主效QTL位于第9号染色体。在候选区间开发了37个InDel分子标记,有9个PCR产物大小在抗、感双亲表现出差异,用F₂单株验证,结合田间表型鉴定结果,引物InDel 15和InDel 20准确率分别为95 %和98 %,引物InDel 15和InDel 20在抗病亲本中扩增产物大小分别为251和349 bp,在感病亲本中分别为231和324 bp。结论 引物InDel 15和InDel 20可以作为分子标记进行抗霜霉病辅助选育,加快了甜瓜抗霜霉病育种速度。     

作物种子DNA的提取及分子标记分析

为寻找适用于分子标记快速检测作物种子DNA的方法.本研究采用改良CTAB法、SDS法和碱提法分别提取4种农作物(玉米、水稻、大豆和高粱)种子DNA,用于RAPD、SSR标记检测.结果表明CTAB法较SDS法更适合于提取玉米胚和高粱种子DNA用于RAPD检测;碱提法提取大豆和水稻种子DNA纯化后,用于RAPD检测得到清晰扩增条带.三种DNA提取方法对作物种子提取的DNA均适用于SSR标记检测.根据分子标记方法选择不同DNA的提取方法提取作物种子DNA,才能快速获得准确有效的分子标记检测结果.     

菜豆种子质量标准

1范围本标准规定了菜豆种子的质量要求、检验方法和检验规则。本标准适用于天津市生产和销售的菜豆种子。2规范性引用文件下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件,其随后所有的修改单(不包括勘误的内容)或修订版均不适用于本标准,然而,鼓励     

菜豆种质资源形态标记的研究

收集了黑龙江省 4 3个栽培品种 ,国际热带农业中心 13个半野生品种 ,波兰 4个矮生品种共 60个菜豆品种资源 ,测定其植物学、生物学性状 ,通过编制的计算机软件程序 ,采用标准差标准化方法 ,计算各材料间的欧氏距离 ,其范围为 0 .11～ 0 .985。同时根据计算所得 60份材料间的遗传相似度 ,对其开展亲缘关系系统聚类图 ,将其分为两大类 ,即矮生种为一类 ,蔓生种及半野生种合为一类。     

基于InDel标记的黄瓜种质资源遗传多样性分析

为明确黄瓜(Cucumis sativus L.)自交系间的亲缘关系,筛选适宜作为杂交亲本的种质资源,利用InDel标记对48份黄瓜自交系进行遗传多样性分析.结果表明,68对InDel标记中39对标记具有强多态性,在48份材料中共检测出79个等位基因,平均每对标记检测到2.025 6个等位基因,遗传距离在0～0.955...     

水稻基因组任意区间InDel标记开发方法

基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法.继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事.为提高特定区间分子标记开发的效率,本研究建立了基于高通量测序数据基础的特定脚本程序,可简单快速地...     

芒属植物叶绿体InDel标记的开发与应用

研究利用芒属植物(芒02381和荻04005)叶绿体全基因组测序的结果,开发12对InDel标记。采用正交设计法优化cpInDelPCR体系,得到模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物、TaqDNA聚合酶5个关键因素在体系中的最佳组合。12对InDel标记对43份芒属和2份甘蔗材料进行扩增,共扩增出538条条带,其中3对引物扩增出13条多态性条带,占总数的2.4%。将所有位点读带转化为数值矩阵并用UPGMA法聚类,在遗传相似系数1.4的水平上,和南荻聚为一类,而芒和与五节芒、双药芒、红山茅、尼泊尔芒、甘蔗聚为一类,4个具有杂交种特征的材料单独聚为一类。试验开发的芒属植物cpInDel标记可用于芒与荻的区分,指导芒属植物的杂交育种。     

采用InDel和SSR标记分析番茄品种基因组DNA多态性

番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组序列的出现为开发InDel标记提供了基础。本研究选用18个InDel和22个SSR标记对我国的59个和美国的23个鲜食番茄品种的基因组DNA多态性进行比较分析,以探讨InDel标记在分子育种中应用的可行性。结果表明:在82个品种中InDel标记比SSR标记的多态性低;InDel与SSR标记扩增到的条带数在我国的品种中差异显著,但在美国的品种中差异不显著;InDel标记扩增到的条带数在我国的品种和美国的品种间差异极显著。聚类分析发现我国育成的番茄品种间遗传差异非常小,而我国品种与国外品种间遗传差异较大。     

基于 RAD-seq 的菜心 InDel 标记开发及应用

【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84 510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3 609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个（72.5%）在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量（PIC）为0.263～0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366～0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有...     

菜豆种质资源等位酶标记的研究

收集了黑龙江省 4 3个栽培品种 ,国际热带农业中心 13个半野生品种 ,波兰 4个矮生品种共 6 0个菜豆品种资源 ,应用等位酶标记进行了 10个酶系统检测 ,共获得 2 5个位点 ,多态位点比率为 0 .16 ,其平均遗传距离为 0 .0 5 6 8。采用平均距离法 ,将该品种资源聚成 8大类 ,其中蔓生种占 5类 ,矮生种 2类 ,半野生种 2类。说明蔓生种遗传距离较远 ,可作为育种材料储备种质资源     

11个鸭种(群)遗传变异的微卫星标记分析

利用9个微卫星标记对高邮鸭、金定鸭、荆江麻鸭、山麻鸭、白羽番鸭、黑羽番鸭（纯黑）、黑羽番鸭（白头）、苏牧麻鸭、苏牧白羽鸭、苏牧黑鸭及龙白鸭11个鸭种（群）的平均基因杂合度、平均多态信息含量进行了分析。结果表明：11个鸭种（群）在9个微卫星座位上的基因频率存在一定差异．其平均基因杂合度为0．6599.平均多态信息含量为0．5966。其中．黑羽番鸭（白头）平均基因杂合度最高．为0．6948．遗传多样性最丰富;荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0．5757。     

基于InDel分子标记的云南地方稻籼粳属性与表型性状相关分析

[目的]明确云南地方稻资源的籼粳属性及籼粳基因频率与表型性状间的相关性,为有效利用云南地方稻资源改良水稻品种提供理论依据.[方法]利用39对InDel籼粳特异性标记对来自云南12个地州69个县区的406份云南地方稻资源进行籼粳属性分析,通过计算云南地方稻资源在39个InDel位点上的籼粳基因频率,确定其籼粳类型;并对倒伏性、芒长、颖尖色、谷粒形状、株高、穗颈长、穗长、有效穗数、剑叶长、剑叶宽、每穗总粒数、每穗实粒数、一次枝梗数、二次枝梗数、千粒重、结实率、谷粒长和谷粒宽等18个表型性状进行调查,分析籼粳基因频率与表型性状的相关性.[结果]406份云南地方稻资源中有303份籼型稻(典型籼稻、籼稻和偏籼),占74.63%,其中典型籼稻77份、籼稻214份、偏籼12份;中间型资源11份,占2.71%;粳型稻(典型粳稻、粳稻和偏粳)有92份,占22.66%,其中典型粳稻36份、粳稻54份、偏粳2份.籼粳基因频率与表型性状的相关分析结果表明,粳型基因频率与穗颈长、谷粒宽、芒长、穎尖色、穗长、剑叶长、每穗总粒数、一次枝梗数、二次枝梗数、谷粒长和谷粒形状等11个表型性状呈极显著相关(P<0.01,下同),其中与谷粒宽(r=0.374)的正相关性最高,与谷粒形状(r=-0.429)的负相关性最高.[结论]云南地方稻资源存在明显的籼粳分化,InDel分子指数法所划分的7种籼粳类型在406份资源中均有出现,且其籼粳属性的分化与多个表型性状存在极显著相关性,尤其与谷粒宽(极显著正相关)和谷粒形状(极显著负相关)的相关性最高.因此,利用云南地方稻资源进行籼、粳稻定向改良及选育时应综合考虑谷粒宽和谷粒形状2个表型性状.