POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

中国荷斯坦奶牛IL-8基因SNP-180A/G显著影响体细胞评分

【目的】通过研究IL-8基因5′侧翼区多态性与体细胞评分（somatic cell score,SCS）的相关性,获得与低体细胞计数（somatic cell counts,SCC）性状相关的遗传标记,为低SCC性状的选育提供借鉴。【方法】采用PCR-SSCP技术检测来自30个公牛家系的610头中国荷斯坦奶牛的IL-8基因5′侧翼区的多态性,并采用混合动物模型分析多态位点与主要泌乳性状及SCS的相关性。【结果】IL-8基因5′侧翼区存在1个SNP位点,即-180 A/G;定义了3种基因型,即GG、GA和AA,频率分别为0.41、0.43和0.16。该SNP位点对SCS具有显著效应,对SCS指标来说,GG极显著低于GA或AA（P＜0.01）,而该SNP位点对测定日产奶量、测定日乳脂率、测定日乳蛋白率和305 d校正产奶量的影响不显著（P＞0.05）。【结论】IL-8基因5′侧翼区SNP-180 A/G显著影响体细胞评分。     

OC-116基因第1外显子多态性对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

为探讨OC-116基因第1外显子多态性对鸡蛋壳品质的影响,试验以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法对OC-116基因第1外显子区域进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,利用一般线性模型分析多态位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应。结果显示,在OC-116基因第1外显子共检测到2个中度多态且完全连锁的SNP位点,分别为g.45667632 TC和g.45667671 GA,均产生3种基因型。通过卡方(χ~2)检验发现,2个SNPs基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共存在2种单倍型和3种双倍型。基因型CC、AA和双倍型H2H2在蛋质量上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05),基因型TT、GG和双倍型H1H1在蛋形指数上显著高于基因型CT、AG和双倍型H1H2(P0.05),基因型CT、AG和双倍型H1H2在蛋壳强度上显著高于基因型TT、GG和双倍型H1H1(P0.05)。综上,基因型CC、AA和双倍型H2H2是改善蛋壳品质的有利基因型和双倍型,揭示g.45667632 TC位点和g.45667671 GA位点可作为蛋壳性状选择的标记性位点。     

草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析

根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。     

宣和猪PLIN2基因5′-UTR和3′-UTR多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】揭示PLIN2基因对宣和猪生长性状的影响。【方法】以357头宣和猪为试验材料,采用PCR产物直接测序法检测了PLIN2基因的5′-UTR和3′-UTR多态性,分析了各SNP位点不同基因型的生长性状差异。【结果】在5′-UTR检测到2个SNP位点(G158A、T491G)、3′-UTR检出1个SNP位点(G5689A),上述3个SNP位点分别以GG、TT和GG基因型频率最高,G、T和G为优势等位基因;除G158A位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)外,其余2个突变位点均处于平衡状态(P>0.05),且杂合度较高、遗传多样性较为丰富。在6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重上,G158A位点的GG型、T491G位点的TT型和G5689A位点的GG型均显著高于同位点其他基因型(P<0.01或P<0.05);且3个SNP位点不同单倍型组合对生长性状的影响呈现了明显的协同作用,即GTG/GTG组合的6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重最高(P<0.01或P<0.05)。【结论】研究结果从PLIN2...     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

中华鳖IGF2基因SNP标记与生长性状的关联分析

采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具有用作中华鳖生长性状分子标记辅助育种的潜力。     

努比亚山羊KISS1基因多态性与繁殖性状的关联分析

【目的】明确转移抑制素基因（KISS1）多态性与努比亚山羊繁殖性状（产羔数、初生重和断奶重）的关联,为进一步展开山羊分子标记辅助选择育种提供参考依据。【方法】利用DNA混合池结合Sanger测序筛选出努比亚山羊KISS1基因SNP位点,再通过MTA-Seq测序对355只努比亚山羊群体进行SNP位点的基因分型,并采用SAS 9.2的一般线性模型（GLM）对KISS1基因SNP位点与努比亚山羊的产羔表型性状进行关联分析。【结果】在努比亚山羊KISS1基因内含子1发现2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）。其中,g.1341600A>G位点处于中度多态（0.25P_HWE>0.05）;而g.1341674C>G位点处于低度多态（PIC<0.25）,已偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P_HWE<0.05）。g.1341600A>G位点GG和AG基因型个体的第一胎、第二胎及三胎联合产羔数均高于AA基因型个体,且在第一胎达显著水平（P<0.05,下同）;g.1341674C>G位点CC基因型个体则表现为第一胎、第三胎及三胎联合产羔数均高于GG基因型个体,同样在第一胎达显著水平。g.1341674C>G位点GG基因型个体的第一胎、第三胎及三胎联合羔羊初生重均高于CC基因型个体,且在第三胎达显著水平;g.1341600A>G位点不同基因型与努比亚山羊各胎次羔羊初生重无显著关联（P>0.05,下同）。在羔羊断奶重方面,2个SNP位点不同基因型与努比亚山羊各胎次断奶重也无显著关联。g.1341600A>G位点和g.1341674C>G位点可形成连锁不平衡单倍型模块,其中GC、AC、AG单倍型的频率分别为0.645、0.265和0.090;单倍型模块与第一胎产羔数显著关联,AACC组合型产羔数显著低于其他组合型。【结论】努比亚山羊KISS1基因内含子1存在2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）与其繁殖性状相关,其中g.1341600A>G位点的A等位基因和g.1341674C>G位点的C等位基因可作为努比亚山羊选育的潜在分子标记,且在今后的育种过程中应淘汰KISS1基因AACC组合型母羊。     

中国荷斯坦牛FADS2基因3′端SNP突变对乳中脂肪酸组成的影响

【目的】FADS2是多不饱和脂肪酸合成中关键的限速酶之一,可催化食物中亚油酸(LNA,C18:2n6)合成γ-亚麻酸(GLA,C18:3n6)、二十碳五烯酸(EPA,C20:5n3)、二十二碳六烯酸(DHA,C22:6n3)等长链脂肪酸。试验旨在探讨中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区SNP突变对乳中脂肪酸含量的影响。【方法】随机选择20头无亲缘关系的中国荷斯坦牛样本,用直接测序列法检测FADS2基因3′端非编码区SNP突变位点。再以江苏某大型奶牛场551头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对前期发现的2个SNP位点进行检测,同时利用最小二乘模型分析了SNP突变及其单倍型对乳中脂肪酸含量及其不饱和指数的影响。【结果】中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区存在3个SNP突变位点:c.1571 AG、c.2743 AG、c.2776 AG。c.1571 AG位点GG型为优势基因型,基因型频率为0.800,G为优势等位基因,基因频率为0.887。c.2776 AG位点AA为优势基因型,基因型频率为0.673,A为优势等位基因,基因频率为0.819。χ~2检验表明:c.2776 AG位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),而c.1571 AG位点基因型分布均偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。FADS2基因c.1571 AG位点与c.2776 AG位点间连锁不平衡系数r2为0.028,未达到显著水平(P0.05)。c.1571AG位点与c.2776 AG位点有3种单倍型,GA、GG和AA频率分别为0.705、0.181和0.114。多因素方差分析表明:FADS2-1571对C14:1含量、C14和C18不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C18:0、SFA和MUFA含量的影响达到显著水平(P0.05)。GG型个体乳中C14:1含量、C14和C18不饱和指数显著高于AG型(P0.05)。FADS2-2776位点对C16:1含量、C16和C20不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C14:1含量的影响达到显著水平(P0.05),GG型个体乳中C16:1含量、C16和C20不饱和指数显著高于AG型和AA型(P0.05)。同时,FDAS2-1571-2776单倍型对C16:1含量和C20不饱和指数的影响达到显著水平(P0.05),单倍型GG型个体乳中C16:1含量和C20不饱和指数显著高于GA型和AA型(P0.05)。【结论】FADS2基因3′端非编码区SNP突变对中国荷斯坦牛乳中脂肪酸组成有重要影响。在进一步验证其功能情况下,可作为影响中国荷斯坦奶牛乳脂肪酸组成的主效基因加以利用。     

欧拉型藏羊UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2（UCP2）和解偶联蛋白3（UCP3）基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。【方法】以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。【结果】在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414 C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G>A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验（P>0.05）。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05);g.52130584 G>A位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型（P<0.05）;UCP3基因g.52157335 C>T位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。【结论】UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。     

家兔PPARγ基因编码区多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究PPARγ基因编码区多态性与家兔生长性状的关联性。【方法】采用直接测序检测PPARγ基因编码区变异位点,利用PCR-RFLP技术对352只家兔(新西兰271只,艾格81只)PPARγ基因的候选SNP进行基因分型。【结果】在家兔PPARγ基因编码区只检测到一个同义突变位点c.207AC,CC基因型个体70日龄体重显著高于AC基因型个体(P0.05)。且CC基因型个体35到70日龄的平均日增重极显著高于AC、AA基因型个体(P0.01)。【结论】PPARγ可作为影响家兔生长性状的候选基因。     

猪IGF-I基因SNP位点与生长性能的相关分析

【目的】分析猪胰岛素样生长因子I（IGF-I）基因SNP位点与生长性能的相关性,为后期猪的品种选育提供理论依据。【方法】采用PCR-RFLP对长白猪、环江香猪、广西巴马小型猪及长×巴F1代、F2代杂交猪的IGF-I基因SNP位点（rs322131043）进行分型,统计不同猪种该位点的基因型频率和等位基因频率,并分析长×巴F2代杂交猪的基因型频率与其生长性能的相关性。【结果】IGF-I基因SNP位点在广西巴马小型猪中以AA型为优势基因型,长白猪中以GG为优势基因型,其中A基因频率在广西巴马小型猪、环江香猪、长白猪3个品种中依次降低。不同基因型的长×巴F2代杂交猪中,基因杂合（AG）型猪的体重、体长、胸围、体高平均值在各日龄基本上都比基因纯合（AA/GG）型的低。【结论】猪IGF-I基因SNP位点与其生长性能密切相关,但该位点是否可应用于品种选育仍需进一步验证。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

大白母猪PTGS2基因内含子3的SNP检测及其与繁殖性状的关联分析

【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9～0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P0.05或P0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。     

家兔ANGPTL4基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。     

Polymorphism amongst several CPA4 gene sequences and correlation analysis of growth traits in grass carp

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3％、AG型占23.8％、GG型占25.9％,G241T位点的GG型占48.6％、GT型占47.9％、TT型占3.5％.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P＞0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P＞0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P＞0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

草鱼羧肽酶A4基因部分序列多态性及生长性状关联分析

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

麦洼牦牛SMPX基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据。【方法】以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行关联分析。【结果】在麦洼牦牛SMPX基因的3个外显子区域未发现突变位点,在启动子区域共检测到2个SNPs,分别为G532A和C1481G,多态信息含量(PIC)均属中度多态(0.25PIC0.5),且符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。关联分析显示,除G532A位点在纯黑麦洼牦牛中GG型个体的体高显著高于AA型个体外(P0.05),其他位点的不同基因型在牦牛生长性状上均无显著性差异。【结论】SMPX基因与牦牛生长发育性状相关,G532A位点可作为影响牦牛生长发育性状的分子标记用于后续育种研究。     

早胜牛UCP3和FOXO1基因多态性与生长发育的聚合分析

【目的】本文旨在分析偶联蛋白3(uncoupling protein 3, UCP3)和叉头转录因子1(Forkhead box O 1, FOXO1)基因的多态性及其合并基因型与早胜牛生长发育的相关性。【方法】采用DNA测序技术,检测419头早胜牛UCP3和FOXO1基因的多态位点,同时分析了单个多态位点不同基因型及合并基因型与早胜牛生长发育性状的关联性。【结果】在UCP3上检测到3个多态位点,分别命名为g.4439GA,g.4899GA和g.5575GA,在FOXO1的3’侧翼区检测到1个突变,命名为g.92209CT。关联性分析表明,g.4899GA和g.92209CT能够显著影响早胜牛的体重和胸围(P0.01或P0.05),优势基因型分别为GG和CC。通过合并基因型发现,组合基因型GG-GG-GG-CT的体重和胸围表现最佳,显著高于组合基因型GG-GA-GA-CC(P0.01或P0.05)。【结论】UCP3和FOXO1可能直接或间接影响早胜牛的生长发育,可尝试作为早胜牛分子标记辅助选择的候选基因。     

鸡白细胞介素-1β基因内含子1、2多态与部分免疫性状的相关性分析

【目的】以白细胞介素-1β(Interleukin-1β,IL-1β)基因为候选基因,研究其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),及其与部分免疫性状的关系。【方法】根据红色原鸡IL-1β基因序列设计引物一对,利用PCR-SSCP方法检测了如皋鸡、文昌鸡以及安卡鸡IL-1β基因内含子1、2的SNP,同时检测了56日龄的血清IL-1浓度、异嗜性粒细胞/淋巴细胞(heterophil/lymphocyte,H/L)值、绵羊红细胞(sheep red blood cell,SRBC)抗体滴度、新城疫(newcastle disease,ND)抗体滴度、禽流感(avian influenza,AI)抗体滴度5个免疫性状,并进一步分析了SNP位点与免疫性状的关系。【结果】共检测出6个SNP位点,分别为T107G突变、T130A突变、C143T突变、A208C突变、T241G突变及T274C突变。经关联分析,发现107、208、241及274位点存在显著的基因型效应(P0.05或P0.01),基因型组合对H/L值及ND抗体滴度两个性状上存在显著效应(P0.05)。【结论】241位点突变型个体3个免疫性状均优于野生型,有望在鸡的抗病育种中筛选为新的标记位点。利用基因型组合选择效果优于对单个位点的选择。