高效纤维素降解菌群的构建及其生物多样性分析

以红树林植物根际富含生物质的土壤为材料,经过多代淘汰,筛选构建了1组纤维素降解复合菌群SYF。30℃静置培养10 d后,复合菌群对木榄、滤纸、红海榄的分解率分别为83.6%、71.5%和67.3%,纤维素酶活分别为102.2、126.3和110.7 U/mL。利用平板法分离得到了8个属的好氧性细菌和3个属的真菌,利用16S rDNA文库共检测到6个已知属和2个未知种类细菌,同时通过ITS文库共发现5个属真菌。仅有3个属的微生物可通过平板法和克隆文库构建法共同检测。     

纤维素降解菌群筛选与降解活性分析

从富含腐殖质的土壤中筛选出9组纤维素分解能力强且性能稳定的纤维素复合菌群S1、S2、S3、S4、S5、S6、S7、S8、S9。复合菌群的培养最适初始条件为pH6～8,温度50～60℃,静置培养3d,分别于24、48、72h测定羧甲基纤维素(CMC)酶活性,测得最高的3个CMC酶活性分别出现在S1的72h、S2的48h和S6的48h,其值分别为33.1、37.7、34.1U·mL-1。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

高效纤维素降解细菌的分离鉴定及酶学特性

从板栗苞壳发酵堆积物中筛选分离得到1株产纤维素酶的菌株BL01,通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S rDNA序列同源性分析,鉴定该菌为霍氏肠杆菌(Enterobacter hormaechei).对该菌株产酶及活性特性进行初步研究,结果表明该菌株在反应温度为35℃、pH值为7.0、发酵时间为72 h时纤维素酶活性最大,达到74.9 U/mL.     

纤维素降解菌群构建及其降解能力的初步研究

通过对堆肥材料内微生物菌群的连续筛选与驯化,获得高效、稳定纤维素降解菌群,并对其生长特性和降解能力进行了研究,结果表明:降解菌群生长迅速,培养第7天即可达到生长平台期;菌群纤维素酶活性在1～7 d内逐步增加,第7天的酶活性最高;降解菌群对不同纤维素材料的纤维素酶活性差异较大,初始pH值低有利于降解菌群酶活性的提高,其中初始pH值为4.0时的纤维素酶活性最高,为86.54 U。     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

地沟油与食用油中微生物群落结构多样性的比较

为了研究地沟油与食用油中微生物群落结构多样性,采用NA培养基分离纯化菌株,16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用Hinf Ⅰ和TaqⅠ2种限制性内切酶对扩增产物进行ARDRA酶切,通过MVSP软件进行聚类分析(UPGMA),并对代表菌株进行测序.结果表明:从地沟油和食用油中分离出的18株细菌,其16S rDNA酶切聚类分析显示在84％的相似水平上分成5个类群,表现出了丰富的遗传多样性.16S rDNA序列测定及系统进化分析表明,这18株菌主要为解淀粉欧文氏菌(Erwinia amylovora)、嗜线虫沙雷氏菌(Serratia nematodiphila)、黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia).     

户用沼气池中低温兼性降解纤维素菌群特性的初步研究

文章通过对从内蒙古呼伦贝尔市隆冬季节户用沼气池中采集并经富集培养、液体发酵获得的低温降解纤维素复合菌群进行生长情况、生理特性、纤维素降解酶活性等方面的初步研究,了解了低温条件下生存的降解纤维素菌群的基本特性,为解决我国北方户用沼气池冬季不产或微产气而无法正常使用的问题提供参考。     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

454焦磷酸测序技术对不同猪种肠道菌群差异的分析（英文）

454焦磷酸测序用于分析比较巴马香猪(BAMA)、黑香猪(BLACK)与外三元猪(CROSS)的肠道菌群差异。结果表明:三个猪种的肠道细菌多样性与丰度各有不同,差异较大。威克氏菌属、丛毛单胞菌属与光岗菌属等病原菌在BAMA肠道内检测到,而在BLACK与CROSS肠道内未检测到。BAMA肠道中丝状杆菌属与瘤胃球菌属等纤维素分解菌的多样性与丰度远大于在BLACK与CROSS肠道中的分布量。BAMA肠道内高含量的潜在病原菌与纤维分解菌表明BAMA对恶劣环境的适应性与抗病力较强,以及耐粗饲性强,容易饲养管理。     

不同性别湖羊早期定植肠道菌群分析

【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...     

纤维素高效降解菌群构建及产酶底物优化

为促进堆肥腐熟、缩短堆肥周期,通过平板初筛及酶活测定,从腐烂竹子、玉米秸秆中获得4株酶活性较高纤维素降解菌并混合培养,得到理想组合Cro-2/Bam-Q/Bam-3/Bam-1,其内切葡聚糖酶(CX)、外切葡糖酶(C1)、β-外切葡萄糖苷酶(CB)及纤维素全酶(FPA)活性分别为12.54、14.65、7.71、11.98 U,均高于单一菌株酶活性。对混合菌群产酶底物优化结果表明,当沼渣与水稻秸秆11混合,麸皮为氮源时,可有效提高混合菌群产酶活性。     

菌渣纤维素降解菌的筛选与鉴定

为了寻找高效纤维素降解菌,提高菌渣堆肥微生物发酵效果,促进菌渣高效循环利用,从不同地点堆放的杏鲍菇菌渣中采集样品,利用羧甲基纤维素钠培养基分离纤维素降解菌,结合纤维素刚果红水解圈测定、滤纸条降解试验和纤维素酶(滤纸酶FPA、内切葡聚糖酶CMCase、外切葡聚糖酶C1、葡萄糖苷酶β-Gase)活性测定,筛选到4株(FB7、CB1、BC11、BC12)具有高效纤维素降解能力的细菌,经16S rDNA序列分析,鉴定FB7、CB1为枯草芽孢杆菌,BC11为链霉菌属Streptomyces albus,BC12是丛毛单胞菌属的Comamonas_jiangduensis,其中FB7降解能力强,可将滤纸条降解成糊状(10 d),纤维素酶活力很高,摇瓶发酵4 d后FPA、CMCase、C1酶、β-Gase的酶活分别为22.81、314.50、2.78、188.09 U·g^-1。复合菌剂CB1+BC11+FB7的FPA、CMCase、C1酶、β-Gase的酶活高于其他各组合,为31.56、133.63、2.31、217.21 U·g^-1,与FB7相比分别提高了38.4%、11.2%、178%、70.3%,将复合菌CB1+BC11+FB7接种到菌渣堆肥中,与对照相比,能快速提高堆体温度,且在翻堆后能更好地维持堆温。     

一株分离自太湖有机聚集体上的有机磷降解细菌的鉴定及其降解特性研究

水体中磷的循环与再生依赖于微生物的分解作用,因此对水体中有机磷分解细菌的研究是弄清水体磷循环的关键所在.本研究从太湖有机聚集体上分离纯化出一株能对有机磷(卵磷脂)进行降解的菌株,命名为pjj-1.从形态、生理生化、Biolog和16S rDNA序列等方面,对该有机磷降解细菌pjj-1进行了鉴定.结果显示,其为不动杆菌属中的琼氏不动杆菌(Acinetobacter junii),该菌株与已报道琼氏不动杆菌的16S rDNA核苷酸序列有99.5%的同源性.对其降解有机磷特性的研究结果表明,该菌株在pH=7.5、温度30℃、透气性好的条件下表现出对卵磷脂有较好的降解性能.在pH中性、30℃条件下该菌株对不同形态有机磷的降解速率分别为:甘油磷酸钠(0.045 mg·L-1·d-1)卵磷脂(0.019 mg·L-1·d-1)微囊藻残体(0.011 mg·L-1·d-1),表明该菌株对水体中的有机聚集体存在相当的分解能力,对小分子有机磷的降解性能更为明显.     

尖峰岭热带雨林土壤中可培养芽胞杆菌多样性分析

采用热处理法从海南省尖峰岭热带雨林土壤中分离出164株芽胞杆菌,运用16S rDNA PCR-RFLP与序列分析技术对所得菌株进行遗传多样性分析。根据16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱的UPGMA聚类分析,在相似性为100%的水平上,分离到的164株芽胞杆菌分属于23个酶切类型,显示出丰富的遗传多样性。16S rDNA序列分析结果表明,这些菌株主要分布于Bacillus(52%)、Paenibacillus(36%)、Lysinibacillus(4%)、Brevibacillus(4%)和Psychrobacillus(4%)5个属,其中优势属为Bacillus;有6株芽胞杆菌的16S rDNA序列与数据库中相应模式菌株的最大相似性为98.3%~99.0%,可能为潜在的芽胞杆菌新种资源。     

健康与腹泻仔猪肠道菌群多样性差异分析

探讨腹泻对仔猪肠道菌群变化的影响,以健康仔猪和腹泻仔猪新鲜粪便为研究对象,利用传统平板计数的方法和PCR-DGGE技术比较了不同日龄健康和腹泻仔猪肠道菌群数量差异和菌群结构变化。结果表明不同日龄的仔猪粪便样品中的细菌总数,乳酸杆菌数腹泻组较健康组均有下降,其中21日龄健康与腹泻仔猪的细菌总数差异极显著,乳酸杆菌数差异显著;DGGE指纹图谱聚类分析表明,与其它日龄组相比21日龄健康组与腹泻组样品肠道总细菌和乳酸杆菌菌群结构均相似度最低。说明仔猪发生腹泻引起的细菌数量变化与菌群结构复杂程度变化可能存在一定的相关性。     

植物纤维素微生物降解条件

采用微生物对植物纤维素进行降解,并对纤维素降解菌进行了比较、组合,以研究影响降解效率的主要因素。结果表明：单一菌种中,固氮菌对纤维素的降解效果相对较好;在组合菌种中,青霉、黑曲霉、立枯丝核菌和固氮菌组成的组合降解菌,对纤维素的降解率15d内可达到29．63％。接种量为0．5％,处理温度为35℃,纤维素含水量为60％,并有良好通气时,为最佳降解条件。     

瘤胃微生物降解纤维素的研究进展

综述了不同的瘤胃微生物降解纤维素的相对贡献和发酵特征,说明纤维素在瘤胃内的降解是在细菌、原虫和真菌的协同作用下完成的.     

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测生理生化和16S rDNA基因序列鉴定可知8,0株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacillus casei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillus rhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillus paracasei)、肠道球菌(Entercoccus faecium)、耐久肠球菌(Entercoccus durans)、植物乳杆菌(lactobacillus plantarum)、海氏肠球菌(Entercoccus hirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群,该试验结果为饲料乳酸菌资源开发及饲料乳酸菌应用提供了一定的理论基础。     

纤维素降解细菌对玉米秸秆的降解效果

为了寻找高效纤维素降解菌,提高秸秆降解效果并缩短秸秆腐解时间,从腐烂秸秆及附近土壤中,筛选获得高效秸秆纤维素降解细菌,并研究其对秸秆纤维素的降解能力。利用羧甲基纤维素钠培养基分离纤维素降解菌,结合纤维素刚果红测定、滤纸条降解试验和秸秆失重法筛选到2株具有纤维素降解能力的细菌(CMC-red、CMC-I),经16S r DNA序列分析,初步鉴定菌株CMC-red为Massilia arvi菌属,菌株CMC-I为黄杆菌属(Flavobacterium banpakuense)。菌株CMC-red的降解能力强,10 d可将滤纸降解成糊状,10 d内对秸秆的降解率可达24. 14%。通过分析红外光谱和扫描电镜图可以得出,经纤维素降解菌降解的秸秆纤维素、半纤维素的吸收峰减弱,纤维素的结构变得疏松。筛选获得的2株细菌中,菌株CMC-red对秸秆具有显著的降解效果。