绵羊痘病毒ORF121基因的序列分析及其B细胞表位预测

选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORF121蛋白B细胞表位.结果表明:4株不同绵羊痘毒株OBF121基因核苷酸序列的同源性为99%;在ORF121蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象.结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区,具有潜在的疫苗或/和诊断价值.     

绵羊痘病毒ORF121基因的序列分析及其B细胞表位预测

选取GenBank上4株不同绵羊痘毒株ORF121基因序列,采用DNASTAR软件对该基因序列进行同源性分析,并以B细胞表位分析参数及蛋白质二级结构分析数据,综合预测ORF121蛋白B细胞表位。结果表明：4株不同绵羊痘毒株ORF121基因核苷酸序列的同源性为99％;在ORF121蛋白的肽链中,35～46、76～82、160～167区段亲水性强,35～45、54～83、90～124、130～139、144～158和160～167区段柔韧性好,37～45、112～116、129～137和143～167区段抗原指数高,33～45、78～83和159～167区段表面可及性高,30～57和151～170区段可形成一定的空间构象。结果说明ORF121基因在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,ORF121蛋白35～45、160～167区段可能是B细胞表位优势区,具有潜在的疫苗或／和诊断价值。     

绵羊痘病毒甘肃流行株ORF121基因的克隆及序列分析

从甘肃景泰疑似羊痘绵羊的皮肤组织中提取基因组DNA,PCR扩增糖蛋白ORF121基因。序列分析表明,该基因由519个核苷酸组成,编码172个氨基酸,分子量为19.9 kua,序列中A+T含量占74.95%,G+C含量仅占25.05%。甘肃景泰株ORF121基因同绵羊痘病毒参考株之间的核苷酸同源性高达99%;与疙瘩皮肤病病毒和山羊痘病毒参考株之间的同源性分别为97%和95.6%。结构预测结果显示,ORF121蛋白具有两个N-糖基化位点和一个跨膜区,且具有极强的亲水性。以上结果表明,ORF121蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗或/和诊断价值。     

B细胞抗原表位预测方法的研究进展

抗原表位是抗原分子的主要功能单位。B细胞抗原表位的准确定位对疫苗设计、诊断试剂的研发及高通量抗体的制备均具有重要意义。作者对目前常用的B细胞线性表位预测方法和B细胞构象表位预测方法进行概述,并对不同预测方法进行比较,旨在为病原微生物抗原表位研究提供一定的理论参考。     

新型鸭肝炎病毒GD1株VP1结构蛋白的基因分析及B细胞抗原表位预测

对新型鸭肝炎病毒(DHV)GD1株VP1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。采用DNAStar Protean软件对VP1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可能性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布。结果表明,VP1基因长720 bp,编码240个氨基酸。与国内和韩国分离的新型毒株的氨基酸序列相似性最高,分别为99.6%,92.9%和92.5%。与台湾新型DHV的序列相似性均较低,分别为80.6%,80.2%,与传统的Ⅰ型DHV毒株的序列相似性最低,相似度仅为25.5%。较1型DHV存在多个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～220位。VP1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,有多个区域为B细胞优势表位。该方法预测的B细胞表位结果有较高的准确度,为试验确定新型DHV毒株的VP1结构蛋白的B细胞表位和新的多表位疫苗设计提供了理论基础。     

绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

利用生物信息学预测绵羊肺腺瘤病毒(OPAV)NM株囊膜蛋白优势抗原表位,为寻找用于绵羊肺腺瘤病诊断和预防的候选抗原表位提供参考。参照OPAV-NM株env基因序列(登录号:JQ837489),应用Gamier-Robson方法、SOPMA方法和网络服务器PSIPRED、Predictprotein预测OPAV-NM株囊膜蛋白的二级结构。用Kyte-Doolittle方法预测蛋白质的疏水区和亲水区,用Emini方法预测蛋白质表面可能性,以Jamson-Wolf方法预测蛋白的抗原指数,利用Bcepred、IEDB、ABCpred网络服务器预测囊膜蛋白的抗原性,然后综合评价囊膜蛋白的B细胞抗原表位。结果表明,囊膜蛋白(ENV)二级结构丰富,α螺旋和β折叠所占比例相对较多,也具有多处转角及无规则卷曲区域,提示OPAV-NM囊膜蛋白具有较多的优势抗原表位区段。这些优势抗原表位分别为第52～76,101～110,118～165,182～196,201～215,281～305,309～332,335～356,461～476,530～574位氨基酸,其中第461～476位和第530～574位的部分氨基酸序列位于胞外区,且第530～574区段位于en-OPAV和ex-OPAV的囊膜氨基酸序列的差异区,该段氨基酸序列对绵羊肺腺瘤病毒疫苗和诊断方法的研究有重要意义。     

Ⅰ型与Ⅱ型IBDV前体多聚蛋白B细胞抗原表位的预测与比较

用生物信息学方法比较了GenBank中9株Ⅰ型IBDV与2株Ⅱ型IBDV基因片段A前体多聚蛋白的推导氨基酸(aa)序列,预测并分析了上述两型IBDV毒株前体多聚蛋白的线性B细胞抗原表位.结果表明,两型IBDV毒株的前体多聚蛋白有75个aa残基的差异,其上大多数预测B细胞抗原表位的位置及其指数值均无明显差异;但两型IBDV在第3～10位中的aa残基差异影响了该序列肽的预测指数和结构,以及与Ⅰ型IBDV多抗的反应性.     

绵羊痘病毒HB株的分离鉴定

从华东感染的绵羊中分离到一株病毒,命名为HB株。根据已发表的绵羊痘病毒的基因序列设计了一对引物,采用PCR方法从病毒HB株总DNA中扩增出与预期大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入pMD-18T载体中,经Amp和蓝白斑筛选和PCR鉴定后,对阳性克隆株进行了序列测定和序列分析。扩增所得的HB株的基因片段与已发表的绵羊痘病毒毒株的相应基因片段具有高度同源性,同源性在99.5%~100%。研究结果证实分离毒株为绵羊痘病毒。     

鸡肠炎沙门氏菌ompA基因的克隆与B细胞表位预测

根据Gen Bank中的鸡肠炎沙门氏菌ompA基因序列,设计了1对引物,成功克隆出鸡肠炎沙门氏菌ompA基因,扩增产物大小为1053bp。采用DNA Star Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸡肠炎沙门氏菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸡肠炎沙门氏菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。     

1型鸭疫里氏杆菌的分离鉴定及其ompA基因B细胞表位预测

本研究从贵州发病鸭中分离到1株致病菌,经生化试验、16S rRNA序列分析、血清学试验和动物回归试验,鉴定为1型鸭疫里氏杆菌(RA),药敏试验结果表明,其对头孢拉定、头孢曲松钠、头孢噻肟和氟苯尼考高度敏感;同时根据GenBank中鸭疫里氏杆菌ompA基因序列,设计1对引物,成功克隆出鸭疫里氏杆菌ompA基因,扩增产物大小为1149 bp。采用DNAStar Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸭疫里氏杆菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸭疫里氏杆菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。     

马立克氏病毒pp38基因的克隆测序和B细胞抗原表位预测

对Ⅰ型马立克氏病毒的pp38基N进行了扩增、克隆及序列测定。采用DNAStar Protean软件对pp38蛋白的二级结构、亲水性和抗原性指数等参数进行分析，并预测其B细胞表位分布。结果表明，pp38基N长873bp，包含完整的开放阅读框架，编码290个氨基酸。蛋白的B细胞表位可能位于第1～11，18～162，180-217和274-290位等氨基酸区域内或附近。本试验为pp38蛋白的表达和抗体制备奠定了理论基础。     

山羊痘病毒疫苗株和野毒株ORF121基因比较分析

山羊痘(goat pox,GP)是由山羊痘病毒(goat poxvirus,GPV)感染引起山羊的一种烈性传染病,弱毒疫苗接种是预防和控制GP的重要手段之一。ORF121是GPV编码和GPV转录、复制及细胞内包装相关的基因之一,在GPV突破宿主细胞免疫系统过程中扮演重要角色。为比较分析GPV疫苗弱毒株和野毒株编码的ORF121基因特征,本研究扩增并测定了GPV疫苗株和野毒株的ORF121基因序列,比较分析了二者核酸水平和氨基酸水平的变异及其蛋白质二、三级结构差异。结果表明,GPV疫苗弱毒株和野毒株编码的ORF121基因核苷酸序列相似性为97.9%,氨基酸序列相似性为98.2%。本研究结果为揭示GPV异原宿主致弱的机制积累了资料。     

鸡传染性法氏囊病毒VP2蛋白B细胞抗原表位预测

以鸡传染性法氏囊病毒VP2蛋白的基因组序列为基础,采用Garnier-Robson方法、Chou-Fasman方法和Karplus-Schultz方法预测VP2蛋白质的二级结构;用Kyte-Doolittle方案预测蛋白质的亲水性;用Emini方案预测蛋白质的表面可能性;用Jameson-Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合分析,预测VP2蛋白的抗原表位。通过以上几种方法预测IBDV病毒VP2蛋白的B细胞表位位于VP2蛋白N端3-10、30-45、77-84、150-157、197-206、211-222、278-288、298-303、315-325、376-381、386-394、403-411、415-425区段。     

鸡传染性支气管炎病毒陕西分离株M蛋白基因的变异及其B细胞表位稳定性

以陕西8株鸡传染性支气管炎病毒（AIBV）分离株M蛋白的基因序列为基础，应用DNAStar软件中的MegAlign模块对其进行了同源性分析；用Kyte-Doolittle方法、Jameson—Wolf方法、Karplus—Schulz方法、Plot—Emini方法和Garnier-Robson方法综合预测了其中4株代表毒株的M蛋白B细胞抗原表位和二级结构。结果，8株AIBV的M蛋白主要在10～40aa和90～175aa处存在无规律的点突变，与参考毒株H52、M41、SAIB20、LX和Gray的M蛋白的核苷酸序列和预测的氨基酸序列的同源性分别介于87．4％～99．5％和96．3％～99．5％；分离株间的核苷酸序列和预测的氨基酸序列同源性分别介于91．8％～99．8％和95．4％～100％。4株代表株的M蛋白B细胞优势抗原表位都在159～164aa和181～193aa肽段区（这2个区域都包含了无规则卷曲和β-转角结构）或其附近。结果表明，AIBV分离株的M蛋白基因相对保守，只存在无规律的点突变，该变异对AIBVM蛋白B细胞表位的稳定性无影响。     

PRRSV-GP5基因的克隆及其蛋白结构和B细胞表位预测

应用RT-PCR扩增PRRSV-GP5目的基因,将纯化DNA与pMD18-T载体连接并转化入DH5α菌株,将阳性重组质粒进行测序和同源性对比。以此基因为材料,应用同源模型化的方法建立其3D结构和DNAStar软件预测其二级结构、亲水性、抗原指数、表面可及性及柔韧性,并综合分析了其B细胞抗原表位。结果表明,该基因高度保守,同时PRRSV-GP5蛋白呈现较规则的空间结构,其肽段32～36、51～53、140～142、146～151和196～197可能是其优势B细胞抗原表位区域,该结果将为PRRSV-GP5基因工程疫苗的研究和体外表达产物的应用提供理论依据。     

猪流行性乙型脑炎病毒B细胞多表位抗原的表达及免疫原性分析

流行性乙型脑炎病毒(JEV)可引起猪的繁殖障碍性疾病。本文利用基因重组技术,选取JEV prM/M、E、NS1蛋白的6个B细胞抗原表位,设计B细胞多表位基因,构建原核表达质粒,在大肠杆菌BL21中表达融合重组蛋白rMEP。纯化的rMEP免疫小鼠,通过抗体、中和抗体及亚型检测研究其免疫原性。结果表明,rMEP在上清中高效表达,Western blot结果证实rMEP具有较好的抗原性。在小鼠免疫模型中,rMEP免疫组小鼠血清中产生较高水平的针对rMEP的抗体和特异性中和抗体,且rMEP可诱导产生IgG1和IgG2a抗体,但以IgG1为主。这些结果表明,构建的JEV B细胞多表位蛋白能够刺激小鼠产生较强的体液免疫应答,为研究JEV的多表位疫苗提供新的思路和参考。     

Analysis of protein expression by mammalian cell lines stably expressing lactate dehydrogenase-elevating virus ORF 5 and ORF 6 proteins

Lactate dehydrogenase-elevating virus (LDV) has a strict species-specificity. Because only a subset of mouse primary macrophages have been identified that can support LDV replication in vitro, the precise molecular mechanism of viral entry and replication remains unclear. To analyze the LDV envelope proteins, which probably mediate viral attachment to the host cell, we developed a mammalian system for stable co-expression of LDV open reading frame (ORF) 5- and ORF 6-encoded proteins (ORF 5 and ORF 6 proteins), which correspond to envelope VP-3 and M/VP-2, respectively, and compared these expressed proteins to the native ones. Western blotting analysis combined with N-glycanase digestion revealed that ORF 5 and ORF 6 proteins were similar in size to native VP-3 and M/VP-2, and that ORF 5 protein was N-glycosylated, like the native VP-3. Immunofluorescence microscopy revealed that both ORF 5 and ORF 6 proteins were distributed throughout the cytoplasm and were colocalized in most cells. Moreover, ORF 5 protein was localized both in the perinuclear region and the Golgi complex and transported to the cell surface. This mammalian expression system in which the exogenously expressed proteins closely resemble the native proteins will provide the experimental basis for further studies of the interactions between LDV envelope proteins and host cells.     

Identification of two novel B cell epitopes on porcine epidemic diarrhea virus spike protein

S1D (residues 636-789) is a neutralizing epitope region on the spike protein (S) of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV). To accurately identify epitopes on S1D, the S1-phage library containing the gene encoding the S1D region of PEDV S protein was micropanned by six specific monoclonal antibodies (McAbs) against the S1D region. These micropanned epitope regions (MER) were focused on 696-779 amino acids of the S protein. To further map epitopes of the MER, seven overlapping mini-fragments covering MER nucleotides were separately synthesized and expressed in Escherichia coli BL21 with a GST tag. These mini-GST fusion proteins were scanned by ELISA and Western blotting with the six McAbs, and the result showed that S1D5 (residues 744-759) and S1D6 (residues 756-771) are two linear epitopes of the PEDV S protein. The antisera of the epitopes S1D5 and S1D6 could react with the native S protein of PEDV. Furthermore, Pepscan of the two linear epitopes demonstrated that SS2 ((748)YSNIGVCK(755)) and SS6 ((764)LQDGQVKI(771)) are two core epitopes on S1D5 and S1D6, respectively, located on the S protein of PEDV.     

1株鸽新城疫病毒F和HN蛋白的潜在抗原表位分析

从亲水性、抗原性、可塑性、表面可能性、二级结构等5项参数指标来综合预测1株鸽新城疫病毒（Newcastledisease virus,NDV）JN08株F和HN蛋白的潜在B细胞抗原表位,并比较其与疫苗株La Sota抗原表位的差异,同时对F和HN基因序列进行分析。综合预测显示：JN08株F和HN蛋白预测抗原表位分别有21,26处;La Sota F和HN蛋白预测抗原表位分别有19,25处。就F蛋白而言,与La Sota相比JN08毒株在82～87、99～102、411～412aa多出3处抗原表位,而在450～455aa缺失1处抗原表位。其中82～87、99～102aa这2处抗原表位位于裂解位点之前,是否对病毒的抗原性、蛋白水解酶的敏感性、毒力等造成影响还有待于进一步研究。就HN蛋白而言,JN08毒株与La Sota相比在128～132aa多出1处抗原表位,此表位位于HN蛋白的柄状部,该部分存在促进F蛋白融合活性的区域,JN08毒株在此区域多出1处抗原表位可能会对F蛋白的融合活性有一定的影响。