我国犬钩虫ITS及5．8SrDNA的克隆与序列分析

以从我国广东湛江犬小肠中采集的2条犬钩虫作为研究对象，用保守引物NC5及NC2扩增犬钩虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段，将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体，重组质粒通过菌落PCR和酶切鉴定后，对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示，来自湛江的2条犬钩虫ITS及5．8SrDNA序列总长均为738bp，其中ITS-1序列长为364bp，5．8S序列长为153bp，ITS-2序列长为221bp；2个不同样品之间ITS序列存在多态性，ITS-1序列存在5个碱基的差异，ITS-2序列存在1个碱基的差异，5．8SrDNA序列无差异。研究结果为犬钩虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

湖南省猬迭宫绦虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28S及全部的ITS-1(662~687 bp)5、.8S(138 bp)及ITS-2(457~475 bp)序列。由于猬迭宫绦虫ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。     

华南虎蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增及分析

以从我国广州动物园华南虎肠道中采集的2条蛔虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)中转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物NC5和NC2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-TEasy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落。对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关蛔虫ITS序列进行比对分析。结果显示,来自广州动物园的2条蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为858 bp,序列相似性为100%,与狮弓蛔虫(Toxascaris leonina)、猫弓首蛔虫(Toxocara cati)、犬弓蛔虫(T.canis)的ITS-1序列相似性分别为97%、81%、82%;5.8S序列的相似性分别为100%、98%、99%;ITS-2序列与GenBank上公布的狮弓蛔虫序列相似性94.6%,与猫弓首蛔虫、犬弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫(T.malaysiensis)序列相似性均小于60%。研究结果证明此次分离的华南虎蛔虫属于狮弓蛔虫。     

锡兰钩虫SLP-1基因的克隆表达与免疫学特性分析

为了研究锡兰钩虫鞘脂激活蛋白样蛋白(Ace-SLP-1)的免疫学特性,本研究以锡兰钩虫成虫cDNA为模板,根据GenBank中Ace-SLP-1基因序列(DQ855414.1)设计特异性引物,采用RT-PCR扩增Ace-SLP-1基因,结果显示,PCR扩增了Ace-SLP-1基因,其ORF全长315bp,编码104个氨...     

ITS1 rDNA序列用于瘤胃原虫研究可行性的探讨

文章主要探讨瘤胃原虫rDNA序列的ITS1区段用于其群体研究的可行性和有效性。试验1由3只瘘管山羊提供瘤胃液、以不同结构碳水化合物底物(可溶性淀粉/滤纸纤维:A,100:0、B,70:30、C,50:50、D,30:70、E,0:100)进行体外培养;试验2以4只瘘管山羊为试验动物,以A(鱼粉)、B(羽毛粉)、C(玉米蛋白粉)和D(豆粕)等蛋白质饲料配制的4种等氮日粮进行4×4拉丁方试验,采用ITS1rDNA序列的遗传指纹检测及细胞计数技术研究原虫群体组成的变化。遗传指纹检测结果表明,在试验1不同碳水化合物结构底物培养条件下或在试验2不同蛋白日粮条件下,原虫群体组成都发生了变化。细胞计数的研究结果与之一致。依据本研究结果可见,ITS1rDNA序列是原虫研究的良好素材。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

10株桑黄菌基于rDNA ITS序列的分子鉴定

建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组DNA模板PCR扩增出目的片段,将扩增产物割胶纯化、克隆并测序,获得10个菌株的rDNAITS序列,并结合GenBank中已登录桑黄菌的rDNAITS同源序列,应用MEGA4.1软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明10株桑黄菌均为针层孔菌属(Phellinus),其中:S1、S4、S6、Rh、Sc菌株初步鉴定为鲍氏针层孔菌(Phellinus baumii);S2、S3、S5、S7、Gy菌株初步鉴定为裂蹄木层孔菌(Phellinus linteus)。     

鸡蛔虫ITS rDNA的PCR扩增克隆及序列分析

鸡蛔虫(Ascaridia galli)寄生于鸡、火鸡、鸭、鹅、鹌鹑、雉鸡等鸟禽类的小肠,偶见于嗉囊、胃和食道.鸡蛔虫病分布于全世界和全国各地,在我国具有分布广、感染率高、感染强度较高的特点[1].     

小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^TM公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫（Baylisascaris transfuga注册号AB571304）相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫（Baylisascaris schroederi注册号JN210912）相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫（Ascaris suum注册号AB571302）相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫（Ascaris lumbricoides注册号AB571296）相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫（Baylisascaris procyonis注册号AB053230）相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

斯氏艾美耳球虫ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列的克隆及PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18SrRNA和28SrRNA进行序列比对分析,在18SrRNA 3′端和28SrRNA 5′端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,其大小为1 178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8SrRNA为155bp,ITS2为600bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列相似性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。     

Differential diagnosis of dog hookworms based on PCR-RFLP from the ITS region of their rDNA

Species of Ancylostoma infecting dogs and sometimes humans are sympatric in many parts of the world. The establishment of a specific molecular diagnostic tool is important, not only to refine information for epidemiological studies, but also to evaluate the efficacy of vaccine programmes and assist in the development of specific drug treatments. The ITS region from 20 specimens of A. braziliense, collected from three separate geographical areas of Brazil, and from 10 specimens of A. caninum, collected from the same area in Brazil were sequenced and analyzed. Alignment of sequences showed that this gene is highly conserved. The intraspecific polymorphism for both species was less then 1%, whereas the interspecific polymorphism was 6.2, 7.3 and 9.4% between A. ceylanicum and A. braziliense; A. caninum and A. ceylanicum and A. ceylanicum and A. braziliense, respectively. Among the three species it was 12.3%. This revealed the ITS region as highly conserved and consequently a good molecular marker for diagnostic studies. In this work, four restriction enzymes were used in a PCR-RFLP using the ITS region of rDNA, to establish a differential diagnosis which discriminates between three Ancylostoma species, A. braziliense, A. caninum and A. ceylanicum. The best pattern was given by the HinfI enzyme, which produced different fragment sizes for each of the three species. Furthermore, the diagnostic tool differentiates DNA extracted directly from faeces of Ancylostoma-infected dogs.     

大熊猫蛔虫ITS及5.8SrDNA序列的克隆与分析

基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定及分析,鉴定大熊猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段总长为910 bp,2个不同样品之间的ITS及5.8S序列没有差异,与GenBank~（TM）中的拜林蛔线虫（Baylisascaris transfuga）、猪蛔虫（Ascaris suum）和人蛔虫（Ascaris lumbricoides）的ITS序列相似性分别为96.6%、82.9%和82.7%。结果表明,此次分离的大熊猫蛔线虫可能为拜林蛔线虫。     

1株犬类志贺邻单胞菌的分离鉴定及序列分析

从病死犬病料中分离到1株类志贺邻单胞菌,并对该菌做了生理生化鉴定、药敏试验,致病性试验。结果表明,本菌对多种抗生素耐药,其庆大霉素耐药机制与所携带的质粒相关;本菌对小白鼠有强致病性,其LD50为1．6×10^7.4CFU。用PCR方法扩增分离菌株16SrDNA基因并测序,并将其与GenBank上其他细菌16SrDNA核苷酸序列进行同源性分析。结果表明,分离株的16SrDNA核苷酸序列与类志贺邻单胞菌（GQ359962．1）的同源性为98％,因此将该分离菌株鉴定为致病性肠球菌,命名为YN-1株（云南-1株）。     

斑点叉尾(鮰)嗜麦芽寡养单胞菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生在四川、重庆等省市的斑点叉尾(鮰)急性流行性传染病病鱼的肝脏、肾脏内分离到1株高致病性菌株(CCF00024),人工感染健康鱼表现出与自然病鱼相同的症状,并从中分离获得同种细菌,证实其为斑点叉尾(鮰)急性流行性传染病的病原菌.形态、生理生化检测表明,该菌为非发酵型直杆菌,严格需氧,革兰氏阴性,极生多鞭毛,对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不利用产酸,氧化酶阴性,DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR、VP阴性.在以该菌16S rDNA序列(GenBank登录号AY970826)和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)聚在一簇,特别是与S.maltophilia M5-1的同源性最高,序列相似性达99.6%,结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia).药敏试验结果表明,对磺胺甲(口恶)唑、磺胺异(口恶)唑、阿齐霉素、洛美沙星高度敏感,而对新霉素、卡那霉素、氨苄青霉素,头孢唑啉、先锋霉素V和链霉素不敏感.     

基于ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列兔肝球虫PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18S rRNA和28S rRNA进行序列比对分析,在18S rRNA 3’端和28S rRNA 5’端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列,其大小为1178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8S rRNA为155 bp,ITS2为600 bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列同源性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。     

一株益生芽孢杆菌Pab02的16S rDNA测序鉴定

利用16S rDNA分析对Pab02芽孢杆菌型益生菌进行系统进化鉴定.首先提取菌株Pab02的基因组DNA,根据不同种属细茵的16S rDNA序列两端的保守性设计通用引物,对茵株Pab02的16S rDNA的进行PCR扩增,并对扩增到的目标片段进行测序.将测序结果与NCBI上已知茵种的16S rDNA序列进行BLAST对比,初步构建系统进化树进行分析,再结合传统的形态观察及生理生化特性综合鉴定.最终确定为枯草芽孢杆菌.