鸡肉嫩度候选基因CAPN1多态性的检测研究

建立基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡肉嫩度候选基因钙蛋白酶I (CAPN1)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种-清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异.用PCR-LDR方法检测CAPN1 2546、CAPN1 3535和CAPN1 9950的基因型作单倍型分析,进行各组间基因型分布和等位基因频率x2检验.结果CAPN1 2546位点未检测到多态,其他两个位点的结果同直接测序分型结果一致,其基因型分布在不同品种中均存在差异,并且在CAPN1 3535位点上达到显著水平,两个位点的单倍型分布在不同品种间也存在较大差异.     

鸡肉嫩度候选基因CAPN1多态性的检测研究

建立基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡肉嫩度候选基因钙蛋白酶I（CAPN1）基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种-清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。用PCR-LDR方法检测CAPN1 2546、CAPN1 3535和CAPN19950的基因型作单倍型分析,进行各组间基因型分布和等位基因频率x2检验。结果CAPN12546位点未检测到多态,其他两个位点的结果同直接测序分型结果一致,其基因型分布在不同品种中均存在差异,并且在CAPN1 3535位点上达到显著水平,两个位点的单倍型分布在不同品种间也存在较大差异。     

文昌鸡肉质相关基因多态性分析

为了探究与肉质风味相关基因A -FA BP和ADSL基因在文昌鸡群体中的遗传变异情况,本研究运用连接酶检测反应的方法(PCR-LDR)对文昌鸡A-FA BP基因C51T变异位点和ADSL基因C3484T变异位点进行基因分型,并分析了这两个位点在文昌鸡群体中的基因型、基因频率和哈-温平衡情况.结果显示,A -FABP基因C51T和ADSL基因C3484T位点均检测到CC、TT和CT 3种基因型,A-FABP基因C51T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.11、0.37、0.52和0.37、0.63;ADSL基因C3484T基因型频率(CC、TT和CT)和等位基因频率(C、T)分别为0.40、0.45、0.15和0.63、0.37;文昌鸡在这两个变异位点均处于哈-温平衡状态(P＞0.05).     

基于连接酶检测反应的PRL基因多态与清远麻鸡繁殖性能的相关性研究

旨在建立一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡催乳素(PRL)基因的多态性,并分析其对优良地方鸡种——清远麻鸡繁殖性能的遗传效应。本研究应用PCR-LDR方法检测PRL8052T/C和PRL8113G/C基因型,并使用SAS软件进行最小二乘分析。结果,在8052T/C位点上,CT基因型个体的52周产蛋数显著高于TT型个体;在8113G/C位点上,CG基因型个体的开产日龄显著低于GG型个体,而其52周龄产蛋数却显著高于GG型个体。2个位点的单倍型对开产日龄和52周产蛋数也存在显著的效应,CTCG型个体具有较早的开产日龄和最高的52周龄产蛋数。结果表明,PRL基因多态性与清远麻鸡繁殖性状有相关关系,PRL 8052T/C和PRL 8113G/C杂合基因型可能是提高鸡繁殖性能的分子标记,利用单倍型进行标记辅助选择可能会获得更大的遗传进展。     

A-FABP 在不同鸡种中遗传多态性分析

利用PCR—RFLP技术和DNA测序检测了尤溪麻鸡、鹿苑鸡、隐性白羽鸡3个鸡种共计96只鸡的脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白（A—FABP）第85位点和第1805位点的遗传变异。结果表明：1）在这2个位点上，3个鸡种均存在变异，外来品种隐性白羽鸡以杂合子Cc居多；地方鸡种以cc居多，3个鸡种均含有较高频率的等位基因c，其中以尤溪麻鸡最高，而以隐性白羽鸡最低。2）A—FABP第85位点不影响A—FABP的氨基酸序列；而第1805位点的遗传多态性影响氨基酸序列的变化：由脯氨酸变为丝氨酸，说明该多态性可能通过A-FABP基因的表达水平从而影响鸡的肉质。本试验为进一步分析A-FABP基因的遗传变异与肌内脂肪含量的关系及该分子标记在育种计划中的应用奠定基础。     

脂肪型脂肪酸结合蛋白基因多态性与鸡肉品质性状的关系研究

采用PCR-SSCP技术分析了A-FABP基因在北京油鸡、矮脚鸡、泰和乌骨鸡、崇仁麻鸡、鹿苑鸡、霞烟鸡等6个地方品种鸡和AA肉鸡中的多态性,发现的3个多态位点的基因型频率和等位基因频率在不同品种之间存在显著差异。测序分析表明：多态位点的产生分别是由碱基C→T、G→A以及C→T的变异引起的。在北京油鸡、矮脚鸡群体中对各多态位点不同基因型与体重、肌内脂肪、腹脂率等脂肪相关性状进行关联分析,结果显示不同基因型间在部分肉品质相关性状上差异显著。     

鸡Hsc70基因5′侧翼区SNP与耐热性状的相关分析

为研究Hsc70基因作为鸡抗病育种中一种分子标记的可能性,本试验利用克隆测序技术对清远麻鸡、广东温氏矮脚黄鸡、灵山鸡和隐性白羽洛克鸡4个品种共20个个体Hsc70基因的5′侧翼区进行多态性筛查,发现10处变异,包括8个SNPs和2个插入/缺失突变。通过分析,选取C.-521A〉C位点,利用PCR-RFLP方法分析了此位点在灵山鸡和隐性白羽洛克鸡群体中的基因型分布,所得分型结果与测定的耐热性状（T3、皮质酮、CD3＋、CD4＋和CD8＋）进行关联分析,结果表明：常温状态下（15℃）,在隐性白羽洛克鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD3＋、CD4＋和CD8＋显著相关（P〈0.05）,其中AA基因型个体CD3＋值显著低于AC基因型个体,而CD4＋与CD8＋值显著高于AC基因型个体;热应激状态下（35℃）,在灵山鸡群体中,位点C.-521A〉C与CD8＋极显著相关（P〈0.01）,CC基因型个体CD8＋值极显著高于AA和AC基因型。     

FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究

为系统筛查贵州地方鸡FABP4基因多态性。该试验以3个贵州地方鸡种（高脚鸡、百宜黑鸡和乌蒙凤鸡）为研究对象,构建品种DNA池,PCR扩增FABP4基因所有外显子及部分内显子区域,采用直接测序结合生物信息技术检测FABP4基因多态性。结果显示,在3个贵州地方鸡资源群体中共发现C51T和T1751C 2个SNPs位点,其中C51T位于第一外显子区,属于同义突变位点;等位基因频率估算发现,C51T位点在3个地方鸡种中多态丰度较高,T1751C位点在群体中多态丰度低;生物信息学得出,C51T位点突变后,鸡FABP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能提升,稳定性降低。该试验成功挖掘出贵州地方鸡FABP4基因外显子及部分内含子区域变异位点,以期为贵州地方鸡分子标记开发利用提供参考。     

清远麻鸡和白耳鸡TLR15基因多态与鸡白痢沙门菌天然感染率的相关性

以中国地方三黄鸡(清远麻鸡和白耳鸡)的种母鸡为研究对象,通过血清平板凝集反应对鸡白痢沙门菌(Salmonella Pullorum,SP)天然感染情况进行评估,通过PCR-SSCP的方法筛查Toll样受体15(Toll-like receptor15,TLR15)基因在2个鸡种中的多态性,并对TLR15基因单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与鸡SP天然感染率进行相关性分析。结果显示:清远麻鸡和白耳鸡的鸡SP感染率分别为37.50%和53.50%,清远麻鸡的SP感染率显著低于白耳鸡的SP感染率(P0.05);Ch TLR15基因的外显子区域检测到3个SNPs(G168A、C726T、A1166G),其中G168A和C726T为沉默突变,A1166G能引起编码氨基酸由赖氨酸(Lys)突变为精氨酸(Arg);C726T(P0.05)和A1166G(P0.01)在品种间基因型分布差异显著,C726T在白耳鸡的阴阳性感染鸡之间(P0.05)和两品种的阴性感染鸡之间(P0.01)的基因型分布差异显著;A1166G则在两品种的阴性或阳性感染鸡之间的基因型分布均差异极显著(P0.01)。C736T多态位点基因型和品种分布在鸡白痢沙门菌自然感染率性状上存在着显著的互作效应(P0.01)。结果表明:肉用型的中国地方鸡种对SP的抗性较强于蛋用型鸡种,TLR15的C726T多态位点可能与鸡的SP抗性具有相关性。     

4个品种鸡Toll样受体4基因第2内含子的多态性分析

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了4个品种鸡(仙居鸡、白耳鸡、清远麻鸡和安卡鸡)Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因第2内含子的单核苷酸多态性。结果表明,4个品种鸡TLR4基因的第2内含子上均发现了G1894C的突变,共产生了AA、AB和BB 3种基因型,4个品种鸡该位点的多态信息含量(PIC)分别为0.570、0.597、0.583和0.588,均属于高度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);4个品种鸡G1894C多态位点的基因型在感染鸡白痢沙门氏菌阳性组和阴性组间的分布差异均不显著(P>0.05);G1894C多态位点在仙居鸡与白耳鸡2个品种间基因型分布差异极显著(P<0.01)。     

鸡NFATc3基因在不同表型肌肉中表达差异的研究

为探讨NFATc3在生长速度差异较大的2个品种鸡生长发育早期不同表型肌肉中的表达规律,利用实时荧光定量PCR技术检测清远麻鸡(慢生型)和隐性白羽鸡(速生型)三种表型肌肉(腓肠肌外侧头、比目鱼肌和趾长伸肌)NFATc3 mRNA在0、1、3、5、7、9周龄时的表达情况。结果发现:2个鸡品种中三种表型肌肉均呈现先下降后上升再下降的趋势,除隐性白羽鸡的腓肠肌外侧头、比目鱼肌外,2个鸡品种中其他表型肌肉的表达量均在2周龄最低;趾长伸肌和比目鱼肌NFATc3 mRNA的表达峰值在清远麻鸡中出现在3周龄,而在隐性白羽鸡中三种表型肌肉的表达峰值均出现在0周龄;总体而言,NFATc3 mRNA在比目鱼肌中的表达量要低于其在趾长伸肌和腓肠肌外侧头中的表达量;品种间比较发现,NFATc3 mRNA在清远麻鸡三种表型肌肉的表达量在3周龄时高于隐性白羽鸡。研究结果提示,鸡肌肉NFATc3表达发育模式具有品种、年龄和表型特异性,并可能与鸡肉品质存在关联。     

鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因适用性进化分析

采用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）方法，以肝脏总RNA为模板，对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因（ADSL）编码区序列进行克隆和测序；并结合Gen—Bank中已提交的家鸡、鱼类、哺乳动物和人类等ADSL基因序列，采用基于最大似然法的密码子置换模型分析ADSL基因编码区序列在进化过程中承受的选择压力。结果RT—PCR方法准确获得了泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡ADSL基因编码区序列，全长为1380bp。“分支特异模型”检验结果表明，ADSL基因在不同物种进化过程中较为保守，未受到正选择作用。鸡ADSL基因序列的“位点特异模型”检验未发现正选择位点。研究结果有助于了解鸡ADSL基因的结构及进化历程。     

巨型玫瑰冠鸡H-FABP、A-FABP基因表达的发育性变化及其肌内脂肪含量研究

为探讨心脏型脂肪酸结合蛋白（heart-type fatty acid-binding protein，H-FABP）和脂肪型脂肪酸结合蛋白（adipocyte fatty acid-binding protein，A-FABP）基因与巨型玫瑰冠鸡生长发育及肌内脂肪含量（IMF）的关系，研究H-FABP、A-FABP基因对巨型玫瑰冠鸡IMF含量和腹脂沉积的作用机制，本试验采集了巨型玫瑰冠鸡与良凤花鸡在不同周龄（2、4、6、8、10、12周龄）的腹脂、心肌、胸肌、腿肌组织样品共480份，采用实时荧光定量PCR对巨型玫瑰冠鸡与良凤花鸡不同生长阶段组织中H-FABP、A-FABP基因mRNA表达量进行了检测，并采用索氏浸提法测定了两种鸡12周龄的胸肌与腿肌的IMF含量。结果表明，巨型玫瑰冠鸡与良凤花鸡的H-FABP、A-FABP基因mRNA在腹脂、心肌、胸肌和腿肌组织中均有不同程度的表达，且两种鸡H-FABP基因mRNA在心肌组织中高度表达，在脂肪组织中表达量较低，在胸肌、腿肌组织中中度表达，而A-FABP基因相反，推测H-FABP基因主要在肌肉组织中表达，而A-FABP基因主要在脂肪组织中表达。良凤花鸡生长速度高于巨型玫瑰冠鸡；巨型玫瑰冠鸡的腹脂率均低于同性别的良凤花鸡，但胸肌、腿肌的IMF均高于同性别的良凤花鸡，表明巨型玫瑰冠鸡的肉品质优于良凤花鸡。本试验结果为巨型玫瑰冠鸡H-FABP、A-FABP基因分子选育奠定了基础。     

鸡H-FABP和A-FABP基因表达与肌内脂肪含量相关研究

选用H-FABP和A-FABP基因作为影响鸡肌内脂肪沉积的候选基因,以北京油鸡、矮脚鸡、白莱航鸡和AA肉鸡为研究群体,利用RT-PCR和实时荧光定量PCR技术,分别对56、90、120日龄H-FABP和A-FABP基因mRNA进行定量分析,结合IMF含量及屠体性状测定,分析H-FABP及A-FABP基因表达水平对IMF含量等的影响.结果表明：H-FABP基因mRNA随日龄的增长表达量显著降低,而A-FABP基因mRNA随日龄的增长表达量显著升高,并表现出显著的品种效应（P＜0.01）,性别因素对A-FABP基因表达影响显著.北京油鸡、白莱航鸡和AA鸡群体的H-FABP基因mRNA表达水平与IMF含量及屠体重呈现显著的负相关,而A-FABP基因mRNA表达水平与屠体重显著相关,与IMF含量没有显著的相关性.矮脚鸡A-FABP基因mRNA水平与IMF含量呈现显著的负相关,其H-FABP基因mRNA水平对屠体重影响显著,表现出显著的品种差异.     

IGFBP-3基因在两个品种鸡组织中的表达及其与生长性状的相关性分析

为研究IGFBP-3基因表达与鸡生长性状的相关性,以生长速度差异较大的花山麻鸡和清远麻鸡两个黄羽肉鸡品种为研究素材,用实时荧光定量PCR法检测胚胎期和出雏后两个品种鸡胸肌和肝脏中IGFBP-3基因的表达规律,并将其与体重、胸肌重和肝脏重进行相关性分析。结果表明,在9胚龄时两个品种鸡胸肌和肝脏中均可检测到IGFBP-3基因表达,同一胚龄或日龄品种内组织间比较,胚胎期两个品种鸡胸肌IGFBP-3 mRNA表达量均高于肝脏,出雏后肝脏IGFBP-3 mRNA表达量迅速上升,胸肌IGFBP-3 mRNA表达量下降,两个品种鸡肝脏IGFBP-3 mRNA表达量均极显著高于胸肌（P<0.01）;组织中IGFBP-3 mRNA表达量与组织重量和体重相关研究表明,两个品种鸡肝脏IGFBP-3 mRNA表达量与其胸肌重、肝脏重和体重呈显著或极显著正相关（P<0.05;P<0.01）,胸肌IGFBP-3 mRNA表达量与其胸肌重、肝脏重和体重均呈极显著负相关（P<0.01）。研究结果揭示,IGFBP-3 mRNA在鸡中的表达具有品种、年龄和组织特异性,出雏前肝脏并不是鸡产生IGFBP-3的主要器官,出雏后鸡IGFBP-3可能主要由肝脏合成,肝脏中IGFBP-3 mRNA水平差异是导致两个品种鸡出雏后体重和胸肌重差异的重要因素。     

柔嫩艾美耳球虫对藏鸡和隐性白羽鸡致病性差异分析

为进一步明确柔嫩艾美耳球虫对球虫易感性差异鸡种的致病性,本研究以1×10⁵个柔嫩艾美耳球虫孢子化卵囊的剂量分别感染对球虫具有抗性的藏鸡和易感的隐性白羽鸡,接种后观察记录各组鸡的临床表征、血便记分、死亡率、增重、盲肠病变记分、卵囊产量,并于感染前和感染后3、6和8 d每个品种分别随机选择5只鸡采集抗凝血,应用流式细胞仪（FCAS）检测外周血CD4⁺T和CD8⁺T淋巴细胞亚群数量。结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后藏鸡相对增重率高于隐性白羽鸡,死亡率、血便记分和盲肠病变记分均低于隐性白羽鸡,但卵囊产量高于隐性白羽鸡。外周血T淋巴细胞亚群变化方面,感染前,藏鸡CD4⁺T淋巴细胞数及CD4⁺/CD8⁺比值均高于隐性白羽鸡。感染后第3天,藏鸡CD4⁺、CD8⁺ T淋巴细胞数及CD4⁺/CD8⁺比值下降,隐性白羽鸡CD8⁺ T淋巴细胞数略有下降,CD4⁺T淋巴细胞数及CD4⁺/CD8⁺比值上升,但CD4⁺/CD8⁺比值仍显著低于藏鸡（P<0.05）。感染后第6天,2个品种鸡CD4⁺ T淋巴细胞数及CD4⁺/CD8⁺比值均下降,其中藏鸡表现为显著下降（P<0.05）,而隐性白羽鸡仅CD4⁺/CD8⁺比值显著降低（P<0.05）,隐性白羽鸡CD8⁺ T淋巴细胞数显著升高（P<0.05）。感染后第8天,2个品种鸡CD4⁺/CD8⁺比值显著下降（P<0.05）,藏鸡CD8⁺ T淋巴细胞数显著高于隐性白羽鸡（P<0.05）,但CD4⁺/CD8⁺比值显著低于隐性白羽鸡（P<0.05）。结果表明,球虫对藏鸡和隐性白羽鸡的致病性存在差异,这种差异与T淋巴细胞介导的免疫应答反应密切相关。     

Polymorphism of A-FABP Gene and Its Association Analysis with the Productive Performance in Male Baicheng Fatty Chicken

In order to search the molecular genetic markers for breeding of Baicheng fatty chicken, the relationship between the polymorphism of adipocyte fatty acid binding protein (A-FABP) gene and the productive performance of the male chickens at different ages was studied. Ninety two chickens with age of 6 weeks were randomly selected. The polymorphism of A-FABP gene was detected by PCR-RFLP method. In each genotype group, fifteen chickens with similar body weight were categorized, each group was randomly divided into three sub-groups with equal numbers. The productive performance of the chickens was measured at their age of 12, 18 and 24 weeks. The results showed that there were three genotypes of A-FABP gene:AA,AB and BB, BB genotype was the dominant genotype,allele B was the advantageous allele,and it was not in Hardy-Weinberg equilibrium (P<0.01). At the age of 12 weeks,no significant difference was found among the measured productive performance (P>0.05). At the age of 18 weeks, it was found that the intramuscular fat width of BB genotype was significantly higher than AA genotype (P<0.05), the abdominal fat weight of BB and AB genotypes were extremely significantly higher than AA genotype (P<0.01),and the abdominal fat weight percentage of BB and AB genotypes were significantly higher than AA genotype (P<0.05). At the age of 24 weeks, it was found that the body weight, intramuscular fat width and abdominal fat weight of BB genotype were significantly higher than that of AA genotype (P<0.05). Therefore, this results suggested that A-FABP gene could be used as a potential candidate marker for the association of fatty traits in male Baicheng fatty chicken.