西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。     

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析

大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡是近年在云南发现的地方鸡遗传资源,具有优良的种质特性,为了阐明其群体遗传背景,采用mtDNA D-loop区序列为遗传标记,对采自3个地方鸡的共257个样品进行了检测分析。结果表明:大围山微型鸡、云龙矮脚鸡和拉伯高脚鸡的单倍型多样度分别为0.083±0.018、0.851±0.029和0.784±0.039;核苷酸多样度分别为0.014 67±0.000 45、0.013 42±0.000 80、0.011 66±0.001 55;群体内遗传距离分别为0.014±0.003、0.014±0.003、0.012±0.003。中介网络分析显示:本研究检测的257个样品分布在A、B、C、D、E、F和G等7个世系中,其中大围山微型鸡包含A、B、C、D、E、F和G等7个世系,B、D世系为其主要世系;云龙矮脚鸡包含A、B、C、E、F和G等6个世系,E世系为其主要世系;拉伯高脚鸡包含A、B、E和G等4个世系,G世系为其主要世系。AMOVA分析表明:3个群体间遗传分化指数(Fst)分别为0.120 84、0.239 46、0.263 68(P0.01),群体内遗传变异占80.61%,群体间变异为19.39%(P0.01)。本研究结果揭示3个地方鸡群体遗传多样性较丰富,都含有多个母系血统,支持家鸡多个母系起源的观点,但它们之间存在较大的遗传分化。     

基于线粒体Cytb基因分析我国乌骨鸡遗传多样性

乌骨鸡(Gallus gallus domesticus)是我国优良的鸡遗传资源,通常被认为具有一定药用价值。为研究我国乌骨鸡品种的遗传多样性,对丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡等5个乌骨鸡品种的197个个体线粒体DNA的Cytb基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的Cytb基因序列全长为1 143 bp,共检测到15个核苷酸多态位点,界定出9个单倍型。总体单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.715±0.018、0.001 23±0.000 54和1.404。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布,不同群体包含的单倍型存在一定的差异,形态学和地理分布不明显。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系可能来自其他品种。这一研究为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定提供了遗传背景信息。     

腾冲雪鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.016 41±0.000 28,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

利用 ｍｔＤＮＡＤ-ｌｏｏｐ序列为遗传标记分析槟榔江水牛的群体遗传特征

槟榔江水牛是近年在云南西部发现的中国第一个本土河流型水牛群体,具有较高种用价值,但其重要遗传背景信息还不清楚。本文采用 ＰＣＲ产物直接测序法对 ８６头槟榔江水牛 ｍｔＤＮＡＤ-Ｌｏｏｐ序列进行了突变检测,并以 ＧｅｎＢａｎｋ上已发表的 ７０条河流型和 １１２条沼泽型水牛 ｍｔＤＮＡＤ Ｌｏｏｐ序列为对照,对所得数据进行群体遗传和系统发育分析。结果在槟榔江水牛中检测到 ３３种单倍型,１１２个多态位点。其中单一变异位点 １４个,简约信息位点 ９８个。槟榔江水牛 ｍｔＤＮＡＤ Ｌｏｏｐ序列 Ｔ,Ｃ,Ａ,Ｇ的平均含量分别为 ２８.４３％,２４.８２％,３１.９６％,１４.７９％,单倍型多样度为 （０.９４８±０.０１２）,核苷酸多样度为 （０.０３８１±０.００１６）,序列间平均核苷酸差异数为３３.２８８,群体内平均遗传距离为 （０.０４３±０.００５）。系统发育、中介网络图和群体遗传关系分析表明,槟榔江水牛含有两个差异显著的母系世系组分,其中一个为河流型世系,在群体中占 ６１.６３％;另一个为沼泽型世系,在群体中占３８３７％,而其沼泽型世系可进一步分为 Ａ,Ｂ,Ｃ３个支系,其中,Ｃ为在水牛中新发现的支系,其频率极低。结果揭示了槟榔江水牛群体遗传多样性丰富,但该群体存在一定的沼泽型水牛基因渗入。     

基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景

为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体...     

滇东南水牛线粒体DNA控制区遗传多样性分析

 为了从母系遗传角度阐明滇东南水牛的群体遗传特征,本文采用PCR产物直接测序的方法对随机采集的35头滇东南水牛样品的线粒体DNA控制区序列进行了检测,并结合已发表的数据对所得序列进行了群体遗传和系统发育分析。结果在滇东南水牛中共检测到47个核苷酸多态位点,其中单一变异位点8个,简约信息位点39个,共定义了17种单倍型。在所分析的滇东南水牛序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为28.00%,25.5%,31.7%,14.8%,单倍型多样度为0.815±0.066,核苷酸多样度为0.01134±0.00306,序列间平均核苷酸差异数是9.926,群体内遗传距离为0.011±0.002。系统发育和遗传差异分析显示：滇东南水牛与河流型水牛存在较大差异,检测的所有个体均属于沼泽型水牛mtDNA世系,但其由A和B两个支系组成,B支系又可进一步分为B1和B2两个亚支系。结果表明,滇东南水牛mtDNA遗传多样性较低,其存在两个母系血统来源,受河流型水牛基因渗入较小。     

福安水牛线粒体DNA Dloop区遗传多样性分析*

 采用PCR产物直接测序的方法对20头福安水牛的线粒体DNA（mtDNA）D LOOP区全序列进行了测定,并对所得数据进行了比对和分析。结果共检测到16种单倍型,48个核苷酸多态位点,其中单一变异位点9个,简约信息位点39个。在所分析的序列中,T,C,A和G的平均含量分别为27.9%,25.6%,31.9%和14.6%,核苷酸多样度为0.01946±0.00288,单倍型多样度为0.957±0.032,序列间平均核苷酸差异数是17.238,结果显示福安水牛线粒体DNA遗传多样性丰富。系统发育和遗传距离分析显示：福安水牛与河流型水牛存在较大差异,其自身聚为支持率极高的两大支,即世系A和世系B,揭示福安水牛存在两个母系血统来源。     

贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性

为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。     

云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列.结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富.聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统.     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

陕北地区秦川牛及其多个杂交后代群体的遗传多样性

为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。     

5个乌骨鸡品种线粒体 ND6基因遗传多样性及系统进化分析

采用PCR扩增与核酸测序技术相结合的方法对5个乌骨鸡品种(丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡)线粒体DNA的 ND6基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的 ND6基因序列全长为522 bp,共计检测到8个核苷酸多态位点,界定8个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.720±0.012、0.002 91±0.000 92和1.518。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布。系统发育分析发现,丝羽乌骨鸡单独聚为一支,其他品种乌骨鸡聚为一支。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系来源不同。该研究结果为中国乌骨鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供参考。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

黔东南小香鸡Cyt b基因遗传多态性及系统进化研究

采用PCR产物直接测序技术对30羽贵州省黔东南小香鸡线粒体Cyt b基因序列进行分析.结果表明,在所分析的序列(1 143 bp)中,A、C、G、T等4种核苷酸的平均含量分别为24％、36.4％、12.1％、27.5％;共检测到8个核苷酸多态位点,全部为转换位点,没有检测到插入/缺失位点;共存在4种单倍型,单倍型多样度为0.764±0.007,核苷酸多样度为0.002 33,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富;小香鸡单倍型与红原鸡聚在一支,说明小香鸡属于红原鸡种;在分支内部又分两大枝,揭示小香鸡在遗传组成上具有多个母系血统来源.     

基于ND4基因部分片段探讨中国4个家驴品种的母系构成

为了分析中国家驴的遗传多样性,对保种和开发利用这一固有遗传资源提供有益帮助,并对其母性起源提供一些基础资料,作者对我国4个家驴品种(德州、凉州、云南、蒙古)209个个体的mtDNAND4基因编码区409bp片段进行了扩增、单链构象多态(SSCP)检测与测序分析,共检测到5种单倍型8个多态位点,其单倍型多样度为0.4699,核苷酸多样度为0.00308,表明我国家驴的遗传多态性比较丰富。通过对各单倍型序列按照脊椎动物线粒体编码规则翻译成氨基酸序列进行比对发现,部分核苷酸变异引起了氨基酸的变异。构建的简化加权中值网络聚类图显示,4个家驴品种的样品来自两个母系源头,并且,4个中国家驴品种都是由这两个母性世系混杂而成的,即未发现由同一种世系构成的品种。这与以前基于D-loop区序列对于中国家驴的研究结果相似,即地理位置、世系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。     

云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。      

基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究

为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231~1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。