羊口疮病毒PMA-PCR检测方法的建立

【目的】 为快速有效评估宿主动物体内及周围环境中的羊口疮病毒(Orf virus,OrfV)是否失活,本研究应用核酸染料叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)联合PCR扩增技术,以F1L基因为靶向检测对象,旨在建立一种针对具有感染活性OrfV的PMA-PCR检测方法。【方法】 将病毒悬液经不同温度相同时间的水浴处理,通过PCR确定病毒样本最佳的热灭活温度;分别设置PMA曝光时间梯度及浓度梯度,进一步对PMA的曝光时间和工作浓度等因素进行优化,确定有效区分具有感染活性OrfV和失活OrfV的PMA最佳处理条件;对所建立PMA-PCR方法进行特异性试验验证,并通过对不同数量比例的热灭活OrfV、活OrfV混合病毒悬液样本进行检测来验证该方法的敏感性。【结果】 OrfV样本经60 ℃热水浴处理10 min即可被完全灭活;PMA与失活OrfV的DNA共价结合且溶液中游离PMA光解的最佳曝光时间为15 min;热灭活OrfV基因组扩增被完全抑制的最小PMA浓度为20 μmol/L,活OrfV基因组扩增不受抑制的最大PMA浓度为35 μmol/L;特异性试验结果表明,该方法检测活OrfV时出现阳性条带,而口蹄疫病毒(FMDV)、绵羊痘病毒(SPPV)、山羊痘病毒(GTPV)的扩增结果均呈阴性;经PMA处理后,在不同数量比例的活、热灭活OrfV病毒悬液中检测到活OrfV的灵敏度为10^-1.68 TCID₅₀/0.1 mL。【结论】 本试验成功建立了针对活OrfV的PMA-PCR检测技术,该方法特异性强、敏感度高,可为相关工作领域评估OrfV致病性提供技术参考。     

山羊伪结核棒状杆菌PMA-PCR检测方法的建立

本试验旨在建立伪结核棒状杆菌的活菌检测方法,为临床检测及疫病防控提供理论依据。利用PMA可选择性穿透死菌细胞膜,在强光作用下与死菌DNA共价交联,阻止以其DNA为模板的PCR扩增这一原理,将PMA与PCR鉴定相结合,并对PMA最佳曝光时间、最适工作浓度进行优化,建立伪结核棒状杆菌PMA-PCR活菌检测方法,并对其特异性进行分析。结果表明最佳曝光时间为15 min,PMA能够完全抑制死菌PCR扩增的最低浓度为20μmol/L,不抑制活菌PCR扩增的最大PMA浓度为30μmol/L。特异性试验结果显示,仅伪结核棒状杆菌可扩增出目的条带,而在链球菌、多杀性巴氏杆菌中未扩增出目的条带。对不同比例的死/活菌检测发现,该方法可以有效针对活菌进行检测,活菌的最低检测浓度为1×104 cfu/mL。本研究为伪结核棒状杆菌的活菌检测提供了一定的理论依据,也为由伪结核棒状杆菌诱发的山羊疫病防控奠定了基础。     

乳品中大肠杆菌PMA-qPCR活菌检测方法的建立

本试验旨在建立一种乳品中大肠杆菌PMA-qPCR活菌检测方法.优化qPCR检测方法,探究菌浓度为1×10⁸ CFU/mL的大肠杆菌活菌悬液、热致死菌悬液细胞数来确定不同的PMA剂量、暗孵育时间、曝光时间对死菌抑制效果的影响,确定最佳PMA处理方案.结果表明,qPCR检测可特异性扩增大肠杆菌,1×10⁸ CFU/mL的大肠杆菌经90 ℃水浴30 s全部致死后,采用10 μg/mL的 PMA暗孵育15 min后冰上曝光10 min为最佳处理方案,这种处理方案可最大程度抑制死细胞信号,而对活细胞几乎没有影响,样品中微生物初始浓度不低于1×10⁸ CFU/mL时较稳定,得到标准曲线回归方程y=-3.356x+47.413,R²=0.9989,最低检测限为10³ CFU/mL,加标样本检测结果与实际相符.该方法为利用PMA-qPCR检测食品中的活大肠杆菌杆菌奠定了基础.     

基于PMA-qPCR检测青枯菌5号生理小种活菌的方法

青枯菌5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)是引发桑青枯病的病原菌。为了改进常规PCR方法不能对活体病原菌进行准确鉴别和定量分析的不足,建立叠氮溴化丙锭(PMA)预处理结合荧光定量PCR(q PCR)检测青枯菌5号生理小种活菌的方法。该方法首先将待检测样品的病原菌细胞用质量浓度为15 ng/μL的PMA暗孵育10 min后,在卤钨灯下曝光5min,以消除死菌细胞DNA的PCR扩增信号。用PMA-q PCR方法对含青枯菌5号生理小种活菌和死菌的混合样本的检测结果表明,死菌的存在不会对活菌细胞DNA的扩增产生影响。建立的PMA-q PCR标准曲线显示,在菌液浓度为103~107CFU/m L的范围内,qPCR循环阈值(Ct)与菌液浓度的对数值之间呈良好的线性关系,线性方程为y=-3.477x+47.489,R~2=0.997。建立的PMA-q PCR方法能更为准确地检测复杂样本中的青枯菌5号生理小种活菌数量,有助于对桑树青枯病的早期诊断和及时制定病害防控措施。     

PMA结合定量PCR方法检测食品中活性志贺菌的研究

为了解决PCR技术不能有效鉴别食品中细菌的死活状态,试验采用叠氮溴化丙锭(PMA)结合定量PCR技术建立食品中志贺菌的活菌检测方法。结果表明:样品中添加浓度为10~20μg/mL的PMA,经过3~5 min强光照射处理,使PMA与细胞膜受损细菌中的DNA共价交联,同时水解游离的PMA,在活菌比例大于1%时实现活菌的定量检测,避免假阳性结果。     

EMA-PCR检测金黄色葡萄球菌活菌的方法

根据金黄色葡萄球菌(SA)耐热核酸酶编码基因(nuc基因)设计特异性引物,对试验菌株进行PCR检测,结果显示,金黄色葡萄球菌扩增出大小为480 bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带.由于传统PCR技术无法区分样品中的死细菌与活细菌,从而使检测结果往往出现很高的假阳性.本试验利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测金黄色葡萄球菌活菌的EMA-PCR方法,较传统PCR大大提高了检测的准确性和可靠性,该方法检测灵敏度可达15 CFU/mL.     

应用EMA-PCR检测沙门氏菌活菌的研究

根据沙门氏菌保守的侵袭蛋白A(invasion protein A,invA)基因序列设计特异性引物,对实验菌株进行PCR检测,结果只有沙门氏菌能扩增出大小为285bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带。本研究利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测沙门氏菌活菌的EMA-PCR方法,从而避免了因分析的样品中含有死细菌而造成的假阳性检测结果。该方法较传统PCR大大提高了检测的准确性和真实性,检测灵敏度可达11CFU/ml。     

发酵饲料中乳酸菌含量检测的EMA-qPCR方法

旨在快速检测发酵饲料中乳酸菌含量,将叠氮溴乙锭(EMA)与q-PCR技术相结合,通过对诸如EMA浓度、曝光时间等影响EMA的因素进行探索,确定EMA的作用条件。在试验条件下用EMA处理已知浓度的乳酸菌菌液,提取乳酸菌DNA,结合q-PCR建立Ct值与乳酸菌含量对数值之间的标准曲线。利用标准曲线,快速计算发酵饲料中的乳酸菌含量。结果表明EMA浓度在3～4μg·mL~(-1)曝光10 min可有效抑制死菌DNA的扩增,从而消除死菌DNA扩增对Ct值的影响。通过对8份发酵饲料进行检测,其结果与平板计数具有较高的符合度。EMA-qPCR方法可用于快速准确地检测发酵饲料中活的乳酸菌含量。     

非洲猪瘟病毒多重PMA-qPCR检测方法的建立及应用

本研究利用叠氮溴化丙锭(PMA)与多重荧光定量PCR(qPCR)技术相结合，建立了一种可以实现非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染性与非感染性(活/死病毒)鉴别的检测方法。通过对ASFV p72、CD2v、MGF110-14L基因保守序列设计特异性引物及探针，建立p72、CD2v、MGF110-14L基因的多重qPCR检测方法。结果显示，本研究建立的多重qPCR检测方法具有较强特异性，与其他常见猪病毒性原无交叉反应；同时，该方法具有较高灵敏度，p72、CD2v、MGF110-14L基因的重组质粒标准品最低检出限均为10²copies/μL。为弥补qPCR技术不能有效区分样品中活/死病毒的缺陷，本研究将构建的多重qPCR与PMA技术相结合。当加入PMA终浓度为10μg/mL、暗孵育10 min、光照强度40 W、光照15 min时，PMA能够抑制灭活病毒基因的扩增且对活病毒基因的扩增无影响；对比普通qPCR与多重PMA-qPCR的灵敏度可知，两者的灵敏度均为10² copies/μL;将多重PMA-q...     

叠氮溴化丙锭结合荧光定量PCR测定布鲁氏菌活菌数方法的建立

为简便、快速测定宿主体内或细胞内布鲁氏菌的活菌数,本研究以布鲁氏菌单拷贝bcsp31基因为检测靶标,设计特异性引物,经优化反应条件及叠氮溴化丙锭(PMA)最佳使用浓度与曝光时间,建立了一种测定布鲁氏菌活菌数的叠氮溴化丙锭--荧光定量PCR方法(PMA-qPCR),并评估了该方法的特异性、敏感性、重复性。结果显示,建立的qPCR标准曲线Ct值与质粒标准品拷贝数对数值之间线性关系良好;特异性试验结果显示,该方法对布鲁氏菌S2株扩增结果为阳性,对大肠杆菌、沙门氏菌、小肠结肠炎耶氏菌、副溶血弧菌扩增结果均为阴性;其对布鲁氏菌S2的检测限为10~3cfu/mL,比常规PCR方法敏感性高100倍;重复性试验结果显示,批间及批内重复试验的变异系数均为0.63%～2.04%,重复性好。利用该方法对不同比例布鲁氏菌S2活菌/死菌混合样品定量测定,结果显示随活菌比例的增大,测得的活菌数与常规qPCR测定值越接近,表明经优化处理的PMA有效抑制了qPCR对死菌DNA的扩增,但对活菌的qPCR扩增无影响。将该方法与平板计数法共同测定TSB纯培养的布鲁氏菌S2活菌数,结果二者的测定值无统计学差异。随后利用这两种方法同时测定两种不同浓度的S2侵染巨噬细胞后的胞内活菌数,结果显示两种方法测定值虽然均差异显著(p0.05),但测得的活菌数均在一个数量级且变化趋势一致,并均与侵染的活菌数呈正相关。上述结果表明,本研究建立的PMA-qPCR检测方法可以对布鲁氏菌活菌实现快速定量检测,为布鲁氏菌活菌数测定相关研究提供可行技术。