水稻瘤矮病毒基因组S8片段全序列测定及其结构分析

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）中国广东信宜分离物（RGDV-C）的基因组S8片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C基因组s8片段全长1578bp（GenBank登录No．AY216767），含有一个ORF，编码一个含有426个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为96．0％和99．1％，与植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的三叶草伤瘤病毒（Wound tumor virus，WTV）和水稻矮缩病毒（Rice dwarf virus,RDV）各分离物的核苷酸同源性分别为56．8％和55．3％～56．0％。从s8编码的外层衣壳蛋白亲缘关系、反向重复序列、病毒粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV与WTV比RGDV与RDV具有更近的亲缘关系。     

应用PCR-RFLP及PCR-SSCP技术研究我国水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的变异

应用反转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）及限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）和单链构象多态性（ＳＳＣＰ）分析技术,快速检测我国水稻条纹病毒（Ｒｉｃｅ ｓｔｒｉｐｅ ｖｉｒｕｓ,ＲＳＶ）ＲＮＡ４基因间隔区（ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｒｅｇｉｏｎ,ＩＲ）的变异。ＩＲ经ＲＴ－ＰＣＲ扩增后得到一段长约６８０ｂｐ的片段,ＲＳＶ７个分离物之间片段大小相同,应用ＡＩｕＩ、ＮｄｅＩ在它们之间检测到ＲＦＬＰ,其中ＢＳ、     

水稻条纹病毒与水稻互作中的生长素调控

利用real-time RT-PCR和高效液相色谱技术对水稻条纹病毒（Rice stripe virus, RSV）病株和RSV侵染的水稻悬浮细胞中生长素合成酶基因YUCAA1和内源生长素的相对表达量和含量进行分析结果表明,在细胞水平,RSV侵染能显著引起YUCAA1基因表达上调2.98倍和内源生长素含量升高2.66倍。而在植株水平,RSV侵染后却导致YUCAA1基因表达下调70%和内源生长素含量降低75%。这暗示RSV与寄主互作的不同阶段能够调控寄主植物生长素的信号传导。同时,利用KPSC缓冲液处理来消除病株内源生长素,能够引起RSV CP基因表达上调近3倍,30 μM IAA溶液处理可使病株内RSV CP基因表达下调45％。由此可见水稻体内生长素含量的变化能够影响RSV在寄主体内的复制。     

花生条纹病毒外壳蛋白基因cDNA的合成、克隆及全序列测定

自田间采集的花生病叶中提取花生条纺病毒（ＰＳｔＶ）总ＲＮＡ,人工合成引物Ｐ１、Ｐ２,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增合成ＰＳｔＶ－ｃｐ的ｃＤＮＡ,并将其克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体上。经限制酶谱分析后进行全序列测定,结果表明：该布１０８４个核苷酸组成,包含了ＰＳｔＶ－ｃｐ ｃＤＮＡ完整的８６１ｂｐ编码序列（编码２８７个氮基酸）以及３＇端２２３ｂｐ非编码序列,与文献报道的４个ＰＳｔＶ－ｃｐ基因具有较高的保守性。     

水稻黑条矮缩病毒基因组片段3全长cDNA的克隆及其序列分析

报道了水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarfvirus,RBSDV）基因组片段3（S3）的全序列。该基因组片段由3572个碱基对组成，其正链RNA的两末端具有与已报道的RBSCV S7－S10基因组片相同的保守序列5′－AAGUUUUU－－AGCNNNNGUC－3′，并在紧邻保守序列处有一片段特异性的8个碱基的反间重复序列。正链RNA只含一个长的开放阅读框，编码一个由1146个氨基酸组成的蛋白，推测其分子量为131.8kD。     

Gateway重组系统快速构建花生条纹病毒cp基因反向重复序列载体

Gateway重组系统是Invitrogen公司推出一种新的克隆策略。鉴于一般用于农杆菌转化植物的质粒比较大，采用常规的酶切和连接的克隆策略耗时、费力，Gaytewayw重组系统为大载体的操作提供了一种快速和可靠的手段。该系统利用噬菌体转染细菌后整合细菌DNA的位点特异性重组策略（Landy，1989），重组过程是保守位点特异性DNA链的切割和重接，整个过程中没有DNA的合成。应用Gateway重组系统构建植物反向重复序列表达载体包括两个重组过程：第一，BP重组：目的片段重组至入门载体（Entry clone）；第二，LR重组，目的片段自入门载体重组至植物表达载体。本实验室拟利用这一系统构建花生条纹病毒（PStV）红安株系的cp反向重复序列载体，进行烟草转化，期望获得抗性的转基因植株。     

水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析

运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒（southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV）湖南鼎城株系的基因组S10片段（SRBSDV-HuNDCS10）,并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp（登录号：JQ337964）,含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5＇URT与3＇URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属（Fijiviruses）氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。     

水稻黑条矮缩病毒玉米分离物基因组S8和S9的序列分析及其原核表达

通过RT-PCR获得了玉米粗缩病病毒湖北分离物(Hbm)基因片段S8和S9的全长cDNA克隆，并测定了它们的全序列。S8全长1936bp，其编码链只含1个ORF，编码1个由591个氨基酸组成、分子量约为68kD蛋白；S9全长l900bp，含有两个非重叠的ORF，分别编码由347个和209个氨基酸组成、分子量分别约为40kD和24kD蛋白。序列分析表明，Hbm-S8和S9与水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)中国不同分离物之间的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94．4％～98．9％和96．0％~99．0％，且与日本RBSDV的序列同源性高于与玉米粗缩病毒相应片段的序列同源性，进一步证明了引起我国玉米粗缩病的病原为RBSDV。SDS-PAGE分析表明，经IPTG诱导，RBSDV8和9编码的蛋白可在大肠杆菌(Escherichia coil)中高效表达。以这些蛋白为抗原，制备了抗血清。用Western blot方法在感病的玉米(Zea mays)植株中可检测到RBSDV-Hbm S8和S9 ORF1编码的蛋白。     

甜菜坏死黄脉病毒新疆分离物外壳蛋白基因的序列分析

用根据国外已报道的甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）的ＲＮＡ２的序列合成的两个引物，通过对ＢＮＹＶＶ新疆分离物的ＲＮＡ逆转录获得了ＢＮＹＶＶ的外壳蛋白基因的ｃＤＮＡ，经ＰＣＲ扩增后用Ｔ４聚合酶补平两端，克隆到ｐＧＥＭ－７Ｚｆ（＋）质粒的ＳｍａＩ位点，转化大肠杆菌ＤＨ５α，经筛选得到正向插入的重组质粒ｐＧＥＢ３。用ＰＣＲ扩增和酶切均得到５９０ｂｐ的ＤＮＡ片段。用ＡＢＩ３７０Ａ型ＤＮＡ全自动序列仪测出该ｃ     

香蕉束顶病毒海南分离物DNA组分的克隆及序列分析

摘要：以中国海南岛地区表现束顶病毒(Banana bunchy top virus, BBTV)症状的香蕉组织总DNA为模板， 通过PCR方法克隆了BBTV海南分离物的6个DNA组分全序列，并进行了核苷酸序列分析。测序结果表明， DNA1~6序列全长分别为1104、1067、1059、1045、1014和1081 nt，均已登录到GenBank(登录号分别为AY450396、AY606084、AY494786、AY494788、AY606085和AY494787)。与世界不同地域分离物进行序列同源分析，发现DNA1序列较保守，与越南分离物的同源性达到了95.4%；而DNA2和DNA4变异较大，其中DNA2序列与广州分离物的同源性仅有83%。 根据DNA1的序列差异分析初步确定BBTV海南分离物属于亚洲亚组。     

水稻草矮病毒基因组vRNA3 NS3基因的克隆、序列分析及原核表达

摘要: 根据RGSV(rice grassy stunt virus )-IR分离物的RNA3序列设计引物，采用RT-PCR技术扩增出RGSV-SX分离物的NS3基因，并进行序列测定及原核表达。结果表明，NS3基因由588个核苷酸组成，编码22.9 kD蛋白。构建了可在E. coli DH5α中表达的质粒pGTNS3，经IPTG诱导，SDS-PAGE分离纯化得到分子量为49.0 kD的GST-NS3融合蛋白，并制备抗血清。应用Western blot 分析寄主水稻(Oryza sativa)和介体昆虫体内NS3基因表达产物，仅在感病水稻植株中检测到NS3蛋白，而在提纯病毒、介体昆虫体内则未检测到。     

马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)东北分离物的核苷酸序列分析

自Gross等(1987)将马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid．，PSTVd)核苷酸序列公布以来，已有20种类病毒全序列被测定出来。类病毒大小一般在240～380核苷酸之间，长度相对稳定，同种类病毒在同一寄主上变化一般不超过10个核苷酸。一种类病毒在不同寄主上可导致出现较多突变，但一般均在15％突变范围之内。PSTVd根据在番茄上的表现症状可分为强系、弱系和中间株系。     

黄瓜花叶病毒赤豆分离物外壳蛋白基因序列分析及原核表达

根据已报道的黄瓜共上壳蛋白基因序列合成引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增并克隆了我国黄瓜花叶病毒赤豆分离物的外壳蛋白基因,序列分析表明,外壳蛋白基因全长６５７个核苷酸,编码２１８个氨基酸,其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组１的分离物有极高的同源性。     

基因枪转化MAR序列介导水稻bar基因的表达分析

以水稻（Oryza sativa L.) 成熟胚愈伤组织作为水稻遗传转化受体，采用带有MAR（matrix attachment region)和不带MAR的两种植物表达质粒进行基因枪轰击转化bar基因，获得抗basta转基因水稻。分析了MAR序列介导在转基因水稻中对转基因表达的影响。研究结果表明，利用MAR序列介导bar基因表达，获得的转基因系的数量比对照提高66．7％，单块抗性愈伤组织再生植株数比对照提高27．3％，MAR序列介导bar基因表达的转基因系中，bar基因的表达水平比对照高，并且不同转基因系间bar基因表达差异比对照小。     

花生矮化病毒(PSV) Mi株系 RNA3全序列分析

完成了中国花生矮化病毒(Peanut stunt virus,PSV)Mi株系RNA3全序列分析。PSV—MiRNA3全长2170个核苷酸，含两个开放阅读框架(ORE)，分别编码3a运动蛋白和壳蛋白(CP)。PSV-MiRNA3核苷酸序列和PSV亚组IER和J株系同源性为77．7％和78．5％，与亚组ⅡW株系同源性为76．7％；同一亚组ER和J株系RNA3序列同源性为91％。PSV—Mi3a和cp基因与PSV-ER，J and W株系同源性分别为78．3％～79．3％和74．4％～77．8％。PSV-Mi 3a和CP蛋白氨基酸序列与PSV-ER，J and W株系同源性分别为73．90%-77．4％和64．80%-77．5％。PSV-Mi RNA35’UTR和IR区域有较大的变异性，与PSV—ER，J and W株系序列同源性分别为78．4％79．8％和70．2％。73．2％，明显低于亚组Ⅰ、Ⅱ两个亚组间株系在这两个区域序列同源性。上述结果说明我国PSV Mi株系不同于已报道的PSV两个亚组，独自构成一个新亚组，即亚组Ⅲ。     

传染性喉气管炎病毒北京株胸苷激酶基因的克隆和序列分析

传染性喉气管炎病毒（infectous laryngotracheitis virus,ILTV)是一种能感染鸡（Gallina)群，导致产生急性上呼吸道感染的α－疱疹病毒。ILTV对鸡群的感染率约为100％，致死率约为40％，致死率约为40％，胸苷激酶(thymidine kinase,TK)基因是疱疹病毒的一个重要的毒力基因，该基因的删除有助于构建缺失tk基因的重组ILTV。为了得到缺失tk的重组ILTV病毒。报道了ILTV北京E2株的tk基因的克隆和测序，并分析了该序列与其它已经发表的其它ILTV毒株tk基因之间的同源性。由DNA序列推导TK的氨基酸序列，并将该序列与其它疱疹毒TK氨基酸序列的同源性进行了分析，可以看到这疱疹病毒TK氨基酸序列在某些区域出现较高的同源性。     

一个与水稻条纹叶枯病抗性基因紧密连锁的分子标记的鉴定

针对水稻条纹叶枯病粳型(Oryza sativa ssp. japonica)抗源镇稻88尚无可供育种利用的分子标记的现状,以镇稻88和感病品种武育粳3号配组构建F2作图群体。在采用单分蘖鉴定和苗期接种鉴定方法对F2群体和F2:3家系分别进行抗性遗传分析的基础上,通过标记分析表明,RAPD标记OPO11与镇稻88中抗性基因紧密连锁,表现为共分离。使用该标记对徐稻3号等3个镇稻88衍生抗性品种进行分析,结果表明,RAPD标记OPO11可应用于镇稻88与武育粳3号组合及其衍生组合的分子标记辅助选择。