猪ZAR1基因变异及其对产仔数的影响

根据合子阻滞因子1(zygotearrest 1,ZAR1)基因GenBank的DNA序列(DQ231443,gi:83727928)设计2对引物,用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法,进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测,分析该基因在5个品种猪(小梅山、清平、杜洛克、长白和大白)中变异特征及其与产仔数的相关性。测序后在内含子2、3和外显子3中存在6个SNP及在内含子3中存在1处5bp的插入/缺失变异。在5个品种猪群中,对外显子3中的第54碱基处C→T突变(Exon3-BstUⅠ)和内含子3中的5个碱基插入/缺失的变异(Intron3-TspRⅠ)进行了PCR-RFLP检测,并与产仔数进行了关联分析,结果表明,Exon3-BstUⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和2胎总产仔数产生显著(P<0.05)影响,对经产母猪总产仔数产生极显著(P<0.01)影响,对经产母猪的产活仔数影响极显著(P<0.01),携带CC基因型母猪的产仔数均高于TT基因型的;Intron3-TspRⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和经产胎次总产仔数和产活仔数有显著(P<0.05)影响,NN基因型高于MN和MM基因型的产仔数。     

长白猪NEAT1基因C1149G多态性位点与血液和免疫性状的关联(英文)

NEAT1是一个长的非编码RNA,参与了免疫反应、paraspeckle形成以及mRNA的输出等生物学过程。本研究利用PCR-RFLP方法检测了猪(Susscrofa)NEAT1一处C1149G单核苷酸位点的多态性,在检测的猪品种中等位基因频率变异较大。关联分析结果表明,在长白猪群体中CC基因型个体,0日龄和17日龄猪瘟病毒(CSFV)抗体水平,0日龄平均红细胞体积和32日龄红细胞平均血红蛋白浓度显著高于GG或CG基因型;而32日龄的血小板分布宽度、血小板平均容积和大血小板比率则显著低于GG或CG基因型。实验结果可以为猪的分子标记和辅助育种提供参考。     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.     

甘肃高山细毛羊β3-肾上腺素能受体基因(ADRB3)多态性与生长速度相关性分析

β3-肾上腺素能受体基因(β3-adrenergic receptor,ADRB3)的突变影响动物机体的产热机能。为了探讨绵羊ADRB3基因多态性与生产性能的相关性,本研究以甘肃高山细毛羊(Ovis aries)为研究对象,采用PCR-SSCP方法,检测ADRB3基因部分内含子序列的遗传多态性,分析不同等位基因及基因型与其生长速度的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊群体中检测到5种等位基因(A、B、C、D和E),构成7种基因型(AA、AD、BD、BE、CC、CD和DD),存在6个突变位点(T/C、C/T、A/G/C、T/C、A/C和T/C),其中等位基因D和基因型CD频率分别为0.4159和0.2540,为优势等位基因和基因型;与生长速度相关性分析发现,不同基因型对生长速度影响不同,其中基因型差异与二月龄体重显著相关(P0.05),与其他阶段生长速度相关性不显著(P0.05);含有等位基因A和D或基因型AD和BD的群体平均体重优于其他群体,BE基因型个体生长速度最低。本研究发现,甘肃高山细毛羊ADRB3基因内含子区具有丰富的多态性;等位基因A和D可作为甘肃高山细毛羊群体生产性能选育的有效分子标记,基因型AD和BD可作为肉用杂交改良中的有效标记,可用于指导绵羊肉用性能改良。     

鸡ovr基因SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

为研究鸡卵细胞卵黄生成受体（Occyte vitellogenesis Receptor , OVR）对鸡产蛋性能及蛋品质的影响,本试验以六个鸡种（洪山鸡、江汉鸡、双莲鸡、郧阳大鸡、郧阳白羽乌鸡、海兰褐）的一代混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡ovr基因内含子单核苷酸多态性（SNPs）位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析。结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2 T3967G,内含子7 C8099T、A8296G,内含子9 A8839T、G9084A共5个突变位点;其中内含子2 HinfⅠ突变位点与开产日龄、蛋壳厚度相关极显著（p<0.01）,与产蛋量、蛋重、蛋黄比例相关显著（p<0.05）;三种基因型中TT个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体。本研究结果证实了其他学者研究的结论,即ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响。     

B细胞异位基因2（Btg2）多态性与河北小尾寒羊多脊椎性状的关联分析

利用直接测序、PCR-RFLP及dCAPS技术研究了河北小尾寒羊(Ouis aries)B细胞异位基因2的外显子3及3'-uTR上的多态性与河北小尾寒羊多脊椎性状的相关性.经测序结果分析,发现了A150G、C243T和A607G 3个单核苷酸多态性,3个位点的PCR-RFLP分析表明,150位点产生AA、AG和GG基因型;243位点产生CC、CT和TT基因型;607位点产生AA、AG和GG基因型.独立性卡方检测结果表明,150位点的不同表型个体基因型频率差异不显著(P>0.05),243位点的差异极显著(P＜0.01),607位点的差异呈显著水平(P<0.05);进一步对这3个位点进行单倍型分析,其独立性卡方检测表明单倍型在不同表型中差异显著(P＜0.05).其结果表明243位点、607位点以及单倍型GTA可能与小尾寒羊多脊椎性状有关.     

生长分化因子-9(GDF9)基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关联性分析

为探讨生长分化因子-9基因(GDF9)的多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的关系,本研究以中国农业科学院家禽研究所选育的216只邵伯鸡(Gallus domesticus)母系为材料,利用PCR-RFLP技术检测GDF9基因的SNPs,并分析基因多态性对邵伯鸡母系开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄总产蛋数以及300日龄平均蛋重之间的关系。结果显示,在外显子2发现3个突变位点,G2051A位点检测到3种基因型GG、GA和AA,相关分析显示,GG基因型个体的开产体重和开产蛋重显著低于AA型个体(P0.05),而300日龄产蛋数显著高于AA型个体(P0.05);T2273C位点检测到2种基因型TT和TC,TT基因型个体与CT基因型个体的各性状差异均不显著(P0.05),C2336T位点检测到3种基因型CC、CT和TT,CT基因型个体的开产日龄显著早于CC与TT型个体(P0.05),其300日龄产蛋数显著高于CC型与TT型个体(P0.05)。3个位点的联合基因型GGCTCT对开产体重、开产日龄、开产蛋重、300日龄平均蛋重、300日龄产蛋数均有显著影响。研究结果提示,邵伯鸡母系GDF9基因的多态性与产蛋性状呈显著相关,可尝试用联合基因型GGCTCT为筛选邵伯鸡母系产蛋性状的分子标记辅助选择。     

大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析

为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169AC位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998AG位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169AC位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P0.05);g.2998AG位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。     

鸡生长激素基因的PCR—RLFPs分析

本实验以粤黄鸡矮脚黄系等不同蛋鸡、肉鸡品种（系）作为实验材料，研究生长激素（cGH)基因的多态性，由此计算鸡不同群体的基因型频率和基因频率，并用DT软件的类平均法（UPGMA）进行聚类分析，发现cGH内含子1有6种基因型，受3个等位基因控制；内含子4有7种基因型，受4个等位基因控制，丝毛鸡的两个个体的PCR产物则出现双带现象。还发现优质肉鸡，速生型肉鸡内含子1和4的基因型频率和基因频率比较接近，而蛋鸡与它们的差别比较明显，聚类分析有类似的结果。     

金皮猪肉质组织学特性与CAST基因、MyoG基因PCR-MspI多态性的关系研究

本实验选择具有优良肉质的本地金华猪与肉质较差的引进品种皮特兰猪杂交所产的金皮F2代为研究对象,检测金皮F2代猪CAST（calpastatin, CAST）基因、MyoG(Myogenin, MyoG)基因的PCR-MspI多态性,并结合肌球蛋白重链（MHC）免疫组织化学方法,研究猪背腰最长肌的肌肉组织学特性,并对其进行图像分析。结果发现,金皮F2代杂交猪背腰最长肌MHCs阳性（慢肌）纤维的比例为7.62%, 快肌纤维为92.38%。CAST基因的PCR扩增产物为1404bp的片段,酶切后分为A(628bp+499bp+277bp),B（499bp+371bp+277bp+257bp）两种等位基因;MyoG基因的PCR扩增产物长度为1050bp,酶切后分为A（462 bp +408 bp +180 bp）和B（408bp+290bp+180bp+162bp）两种等位基因。.AA、AB和BB基因型频率分别为 0.1795、0.5897和0.2308,A和B的基因型频率分别为 0.4743和0.5256。CC、CD和DD的基因型频率为0.3671,0.5696和0.0633, C和D的基因型频率分别为0.6519和0.3481。统计结果表明,AA、AB、AB、CC、CD、DD基因对眼肌面积,系水率、pH值、导电率等屠宰性状均无显著的影响。CAST基因的不同基因型对肌纤维的轴比有显著影响（P<0.05）,AA单型有产生较多轴比大（近似椭圆形）肌纤维的倾向,而BB则控制形成更多的轴比小（近似于圆形）的肌纤维。具有AA单型的个体具有更多的肌间结缔组织,而具有BB单型的个体的肌间结缔组织较少（P<0.05）,AB单型的个介于两者之间。MyoG基因MspI酶切后的各种基因型对肌肉的肌纤维大小和密度具有显著影响,具有DD基因型的个体的肌纤维面积较大,而具有CC基因型者肌纤维密度最大。     

猪ZAR1基因变异及其对产仔数影响的研究

以合子阻滞因子1（Zygote arrest 1, ZAR1）基因GeneBank的DNA序列（DQ231443，gi:83727928）设计了2对引物，用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法，进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism , SNP)检测，分析该基因在5个品种猪（小梅山、清平、杜洛克、长白和大白）中变异特征及其与产仔数的相关性。测序后在内含子2、3、外显子3中存在6个SNP及内含子3中存在1个5bp的插入/缺失变异。在5个品种猪群中，对外显子3中的第54碱基处C→T突变（Exon3-BstU I）和内含子3中的五个碱基插入/缺失的变异（Intron3-TspR I）进行了PCR-RFLP检测，并与产仔数进行了关联分析，结果表明Exon3-BstU I多态对杜洛克母猪第一胎和二胎总产仔数产生显著（P<0.05）的影响，对经产母猪总产仔数产生极显著（P<0.01）影响，对经产母猪的产活仔数影响极显著（P<0.01），携带CC基因型母猪的产仔数均高于TT基因型的；Intron3-TspR I多态对杜洛克母猪第一胎和经产胎次总产仔数和产活仔数有显著（P<0.05）影响，NN基因型高于MN、MM基因型的产仔数。     

G位点的多态性及其与体重、脂肪沉积性状的相关性

摘要：β-1.4-N-乙酰半乳糖胺转移酶(β-1.4-N-acetylgalactosaminyl-transferase,Galnact-2)是催化O－聚糖合成第一步的糖基转移酶。本研究根据已公布的鸡Galnact-2基因的DNA序列，在突变位点c.363C>G的侧翼（区）设计引物，用PCR- XhoⅠ-RFLP方法在隐性白洛克鸡、杏花鸡、泰和丝毛乌骨鸡、白耳黄鸡、康乐鸡、南城黑鸡等276个体中检测其多态性，并运用华南农业大学杏花鸡与隐性白洛克鸡资源群全同胞参考家系研究这个突变对鸡体重、脂肪沉积性状的影响。结果表明：(1)该突变位点在各品种中具有丰富的多态性；(2)该位点与鸡的体重显著相关。GG型个体的体重比CC型大，两者在出生重及21、28、35、49、56、63、77、84日龄体重差异极显著(P <0.01)；GC型与CC型之间的出生重及21、56、63日龄体重差异极显著(P <0.01)， 35、49、77、84日龄体重差异显著(P <0.05)；GG型与GC型个体体重差异不显著。(3)各种基因型个体的皮下脂肪厚、腹脂重、脂肪带宽、胸肌粗脂肪含量、腿肌粗脂肪含量等5种脂肪沉积性状之间均未见显著性差异。     

鸭脂联素基因多态对肉质和血清生化指标的影响

脂联素在调控动物脂质代谢过程中起着重要作用。根据鸭脂联素基因序列设计1对特异引物扩增兴义鸭和三穗鸭脂联素基因内含子1和部分外显子2,采用SSCP法和DNA直接测序技术检测其多态,分析多态对鸭肉质和血清生化指标的影响。结果显示,在2个鸭群体中均检测到3种基因型BB、BC和CC,等位基因B和C,B均为优势等位基因,多态信息含量均表现为中度多态,卡方检验显示基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0.05）;不同基因型序列比对发现2个SNPs：内含子1的295C〉T突变和外显子2的456T〉C沉默突变;最小二乘分析显示,BB基因型个体的肌内脂肪、血清白蛋白、血清甘油三酯和血清总胆固醇显著高于CC基因型个体（p〈0.05）,表明该多态座位可能对鸭脂肪沉积有一定影响。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

边鸡胰岛素样生长因子1基因（IGF-1）外显子3的多态性及其与繁殖性能的关系

根据GenBank中发表的鸡胰岛素样生长因子1基因(IGF-1)的序列针对外显子2和外显子3分别设计1对引物,采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallus gallus)及2个对照群体(京海黄鸡(Gallus gallus)和尤溪麻鸡(Gallus gallus))的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性能进行相关性分析.结果表明,3个品种在IGF-1外显子2中未检测到多态,而在外显子3中都检测到3种基因型(AA,AB和BB).在边鸡和京海黄鸡中A等位基因为优势等位基因,而在尤溪麻鸡中B等位基因为优势等位基因.克隆测序表明,AA型与BB型相比有两处突变(93A→G和148G→A),其中148 bp处的突变导致氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸,通过与Gen-Bank中的鸡IGF-1基因序列比对,发现两处突变分别位于IGF-1基因外显子3的62 bp和117 bp.最小二乘分析表明,AA与BB基因型个体300日龄的产蛋数存在显著差异(P<0.05).     

猪MC4R基因Asp298Asn位点的多态性及其与商品猪背膘厚的关系

黑素皮质素受体4 ( melanocortin 4 receptor, MC4R) 是G 蛋白耦联受体( G protein coupled receptors,GPCRs) 超家族的一个成员, 在人和小鼠的体重、能量稳态和采食量的调控中发挥重要作用。本研究采用PCR-RFLP技术对MC4R的298位点错义突变（Asp298Asn）在莱芜猪、大莱二元杂交猪和商品猪中的多态性进行了检测,对该突变与商品猪背膘厚的关系进行了关联分析。结果表明,在33头莱芜猪中只检测到11基因型,而在大莱二元杂交猪和商品猪中11、12和22基因型均有分布,且等位基因1的频率均高于等位基因2;在该突变位点三个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。商品猪不同基因型个体背膘厚差异显著,22基因型个体的背膘厚显著高于12基因型（P <0.01）和11基因型（P <0.05）个体。因此,MC4R基因298位点的Asp298Asn错义突变与商品猪的背膘厚有关,可以作为以西方猪种为杂交亲本的商品猪背膘厚的分子标记。     

猪UCP3基因多态性及其与脂肪沉积、肉质性状的相关分析

在QTL定位的基础上选取猪解偶联蛋白3(UCP3)作为控制脂肪沉积性状和肉质性状的候选基因。对猪UCP3基因的部分编码区进行了测序，在395 bp处发现了1个cSNP位点。该cSNP位点发生G→A突变，并导致相应编码氨基酸由甘氨酸→精氨酸的改变。该位点可以被限制性内切酶SmaⅠ识别。利用PCR-RFLP方法，对186头大白×梅山F2资源家系进行UCP3片段SmaⅠ位点分析，发现AA、AB和BB三种基因型，其中A等位基因频率0.56，B 0.44。经统计分析发现，在该F2群体中，UCP3 SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。UCP3 SmaⅠ位点主要表现为加性效应，基因型AA降低膘厚，提高系水力和降低失水率，但同时也降低肌内脂肪含量。