烤烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性研究

田间调查了69份烤烟品种形态学性状,并进行各品种间的遗传距离分析;对69份烤烟种质资源进行SSR分析,估算遗传相似系数;结合这2种方法对69份烤烟资源进行遗传多样性研究.结果表明,69份烤烟种质材料间的遗传距离在0.32~7.83之间,平均为2.80,其遗传相似系数在0.30~0.96之间,平均为0.70.聚类分析结果为,供试品种大致分为国外优质种质及其衍生的后代、国内外地方品种、早花类型品种、晚花类型品种等几个类群.结合形态学标记和分子标记对烤烟种质资源进行遗传多样性评价,揭示了烤烟种间的遗传多样性与亲缘关系.     

基于形态学与SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析

通过对多个甘薯种质资源的17个表型性状进行调查和通过SSR分子标记,进行主成分分析和聚类分析,进而对甘薯种质资源遗传多样性进行了全面分析。主成分分析结果显示,有7个主成分的特征值大于1,累计贡献率达72.69%,主成分1和2直观反映了地上部性状,可以解释表型差异的32.84%;聚类分析显示,144份甘薯材料在遗传距离0.198 2处,划分为5个族群,遗传距离0.298 8处将第Ⅴ族群分为两个亚群（V-1、V-2）。其中,瓦尔图努2号和福建武平农家种两个材料表型独特,可以在今后的甘薯育种中作为亲本材料。聚类分析结果显示,144份甘薯材料均可以分为5个类群,两者结果一致,即来源地相近的品种遗传差异较小。     

桑树种质资源SSR标记的遗传多样性分析

利用简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分子标记技术分析了172个桑树品种(系)的遗传多样性,结果表明,10对SSR引物在172份材料中共检测出了67个等位变异,平均每对引物检测到6.7个等位变异,其中多态性标记为66个,多态性比率为98.51%。利用种间的遗传相似性系数进行聚类分析,可将5个种分为三类,白桑、鲁桑、广东桑可聚为一类,山桑、瑞穗桑各为一类。其中白桑与鲁桑的亲缘关系最近,相似性系数为0.9935,山桑和瑞穗桑的亲缘关系最远,相似性系数为0.6866,这一结果与桑树形态学的分类结果大体一致。     

栽培小豆种质资源遗传多样性SSR标记分析

利用7对SSR引物对来自中国、日本、韩国、不丹、越南等5国的104份栽培小豆种质资源基因组DNA进行扩增分析。共获得了44条多态性带,平均6.29条。104个小豆种质材料以遗传相似系数0.28为阀值,聚类分析将104份栽培小豆种质材料分为14大类,结果表明中国西南地区的栽培小豆种质存在较丰富的遗传多样性;初步认为中国西南地区可能是小豆的一个起源中心和遗传多样性中心。同一地域或气候相似地区的材料聚为一类,说明供试材料遗传背景与其原产地背景有一定关联性。     

基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析

【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_e)为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_ST)平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_m)平均为4.627(N_m> 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei...     

利用SSR标记分析小豆种质资源的遗传多样性

 【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量（PIC值）为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS的聚类可以将145份小豆种质划分为5组,根据组内种质的地理来源,可分别命名为东北组、华北Ⅰ组、华北Ⅱ组、华东组和混合组,其中混合组主要由湖北、陕西及国外种质组成。利用STRUCTURE对小豆种质资源的遗传结构分析与NTSYS聚类结果基本一致,即种质的遗传背景与地理来源有关。【结论】中国小豆种质资源遗传变异丰富,不同地理来源小豆间存在遗传分化,可以作为小豆生态区划的重要参考依据。     

基于形态学标记的茄子种质资源遗传多样性分析

为拓宽茄子遗传基础,加快选育适合内蒙古地区种植的茄子新品种,对65份茄子种质资源的20个形态学性状进行遗传多样性分析,结果表明:20个性状在供试材料之间存在丰富的遗传变异,变异范围在16.40％～102.68％,果形、单果重、果实纵径、果实横径、果形指数等与果实有关的性状均表现出较高的遗传变异;果皮色、果萼颜色、首花节位与茎色呈极显著正相关,果形与果肉色、果顶形状呈极显著正相关;单果重与果顶形状、果形呈极显著负相关;聚类结果较分散,大致可分为5个大类9个亚类,近缘野生茄和栽培茄与其近缘野生茄划分明显.     

三叶木通种质资源形态学标记的遗传多样性分析

以96份来源于贵州、湖南、秦岭地区的三叶木通实生种质资源为材料,对其19个表型性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析.结果表明,10个数量性状变异系数范围为12.9%～41.4%, 9个质量性状的遗传多样性指数范围为0.59～1.85;通过相关分析可知,大部分性状之间都有显著相关性;主成分分析将表型性状整合为4个主成分,累积贡献率达到64.714%,第1主成分主要与果实性状有关,第2和第3主成分都主要与叶片长宽和形态有关,第4主成分主要与植株染病情况有关;聚类分析将96份资源划分为3个类群,第Ⅰ类为果实、叶片较大的类群,第Ⅱ类为果实抗病性较强类群,第Ⅲ类为无果实着生、株型疏散类群.综合分析三叶木通种质资源遗传多样性,为三叶木通种质资源的利用及品种选育等提供重要参考.     

秦巴山地玉米种质资源的SSR标记遗传多样性分析

为了明确秦巴山地玉米自交系的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对26份玉米自交系进行了遗传多样性分析,以遗传相似系数0.624 5为标准,将自交系分为5个类群,初步确定其遗传关系。结果表明:在供试材料中共检测到212个等位基因变异,平均每对引物检测到的等位基因变异为8.83个,变异为4～11个,平均多态性信息量PIC值为0.75,变化范围为0.31～0.93;自交系HSZ-3R被划分到第Ⅲ类群里,与其他25份材料的遗传相似系数范围在0.407 9～0.671 1之间,HSZ-3R与其他4个类群的玉米自交系配置组合具有一定的杂种优势;自交系HB41065被划分到第Ⅴ类群,与其余25份参试自交系材料的遗传相似系数为0.402 5～0.600 0,遗传距离较远,杂种优势较强,在秦巴玉米组合选配中可作为重点材料加以利用。     

基于SSR标记的燕山板栗种质资源遗传多样性分析

利用筛选出的21对SSR引物对7个燕山板栗群体142份资源和1个太行山板栗群体9份资源进行遗传多样性分析,并构建不同群体的聚类树状图和主坐标分析图,旨在为燕山板栗种质资源的遗传背景明晰和创新利用提供依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量为0.614 5～0.972 3,平均0.866 8。8个板栗群体有效等位基因数Ne、Nei’s多样性指数H、Shannon’s信息指数I、总遗传多样性指数Ht、群体内遗传多样性指数Hs分别为1.457 8、0.309 9、0.468 0、0.306 2和0.291 2,说明燕山板栗群体的遗传多样性和变异度较高,其中遵化群体的多态性位点百分率最高,为97.18%,青龙和迁西群体次之,分别为95.77%和94.37%,表明遵化、迁西一带是燕山板栗资源遗传多样性最为丰富的区域。UPGMA聚类分析表明,迁西和宽城群体间的遗传相似性最大,亲缘关系最近;怀柔和邢台(太行山)群体间的遗传相似性最小,遗传差异较大。聚类分析图和主坐标分析图可将燕山板栗主产区青龙、迁西、宽城、兴隆、遵化和怀柔群体资源划为1类,而处于太行山区邢台群体为1类,说明燕山板栗和外来品种存在明显的差异,各群体的遗传关系和地理来源有一定关联性。     

46份大白菜种质资源SSR标记的遗传多样性分析

利用30对SSR引物分析了46份大白菜品种的遗传多样性。结果表明,30对引物共检测到170个多态性位点,平均每对引物检测到5.667个,变化范围为2~10个;引物的多态信息含量分布范围为0.367~0.793,平均值为0.633,等位基因多样性指数分布范围为0.485~0.817,平均值为0.685。UPGMA聚类分析将46份大白菜品种划分为五大类,说明本研究中的大白菜品种具有较为丰富的遗传多样性。     

ICRISAT花生微核心种质资源SSR标记遗传多样性分析

【目的】评价ICRISAT花生微核心种质资源的遗传多样性水平,揭示ICRISAT花生微核心种质资源遗传多样性,验证传统植物学分类的可靠程度,为充分发掘、利用ICRISAT花生微核心种质资源提供必要信息。【方法】采用27对花生SSR引物,对ICRISAT微核心花生种质168份材料(来自世界五大洲42个国家)进行遗传多样性分析;利用NTSYS-pcV2.0软件进行主成分分析(PCA)并绘制三维空间聚类图;利用Popgene V1.32估算种质群间的Nei78遗传距离等参数并进行UPGMA聚类分析,采用MEGA3.1绘制种质群间聚类图。【结果】27对SSR引物共扩增出115条多态性条带,每对引物平均扩增出4.2930个等位变异,其中有效等位变异数2.7931,有效等位变异所占比重为65.49%;PM137、16C6、14H6、8D9和7G02等引物最为有效,其Shannon’s信息指数均在1.5以上,等位变异数5个以上,有效变异数3.7个以上。在多粒型群体中,来源于南美洲和印度种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在珍珠豆型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲和非洲种质资源的遗传多样性较高;在普通型群体中,来源于北美洲种质资源的遗传多样性较低,来源于南美洲、美国和非洲种质资源的遗传多样性较高。来自南美洲的花生种质资源具有较高的遗传多样性,与花生起源于南美洲的结论一致。PCA分析,发现栽培种花生种质资源由4个差异明显的基因源构成,"hypogaea"包括普通型种质资源,"vulgaris"包括珍珠豆型种质资源,"fastigiata1"包括多粒型种质资源,"fastigiata2"包括多粒型种质资源。植物学分类单位间的Nei78遗传距离介于16.336—23.607cM,UPGMA聚类方法将花生属植物学分类单位聚成5个组群,"组群1"对应"hypogaea"基因源,"组群2"对应"vulgaris"基因源,"组群3"对应"fastigiata1"、"fastigiata2"基因源之和,"组群4"和"组群5"分别代表秘鲁型和赤道型基因源,聚类结果支持4个基因源的划分。【结论】ICRISAT花生微核心种质资源具有丰富的遗传多样性,不同来源的变种群间存在明显的遗传差异,并分化成4个基因源,研究结果部分支持栽培种花生传统的植物学分类体系。为拓宽花生育成品种的遗传基础,应充分发掘ICRISAT微核心种质各基因源的遗传潜力。     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

SSR分子标记分析云南引种油橄榄种质资源遗传多样性

【目的】对云南油橄榄出现不同品种之间的混淆、同种异名及同名异种进行准确鉴定。【方法】利用SSR荧光标记技术对云南永仁及丽江收集的82份油橄榄样品进行遗传多样性和分子鉴定。【结果】所筛选的20对引物共检测出181个等位变异,每对引物检测出3~14个等位变异,平均为9.05个。整个群体的观望杂合度为0.138 1~0.822 6之间,平均为0.489,期望杂合度为0.509 8~0.871 5之间,平均为0.721 6,PIC值在0.8以上的引物位点有3个,分别是DCA09、DCA18和GAPU71B。20个位点的扩增产物片断大约在53~233 bp之间。根据各品种的Nei’s遗传距离,运用UPGMA方法构建了所有品种的聚类图,结果 82份油橄榄参试样本被聚成了9个大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一大组中。【结论】云南油橄榄选育品种及引种品种均具有高水平遗传多样性。     

甜瓜种质资源多样性的SSR分析

采用EST-SSR标记对59份甜瓜(Cucumis melo L.)种质资源的遗传多样性进行研究。结果表明,46对EST-SSR标记中有23对扩增出多态性,EST-SSR标记的多态性信息含量(Polymorphic information content,PIC)值的分布范围为0.239~0.588,平均值为0.386;46个标记共检测到54个多态性位点,种质两两之间的简单匹配(Simple matching,SM)系数范围为0~0.981;聚类结果表明,在相似系数为0.19处,59份甜瓜种质可以分为2类。     

25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析

利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.     

基于SSR分子标记的广西柿种质资源遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记技术分析广西柿种质资源的遗传多样性,为其资源的分类、鉴定、保护和开发利用提供依据.[方法]设计48对SSR引物,对从广西不同生态气候区收集的93份柿种质资源进行PCR扩增、聚类分析和主成分分析,探讨不同种质资源的遗传多样性和亲缘关系.[结果]在48对引物中,15对SSR引物可从93份柿种质中扩增获得1 59条带,多态性条带比例为96.86%;各种质间的遗传相似系数在0.478~0.925,平均为0.667.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.640处可将93份柿种质资源分为A、B、C、D4组,其中柿栽培种、油柿和君迁子分属不同组中,野柿与柿栽培种间存在交叉现象.主成分分析结果表明,前三主成分贡献率依次为14.18%、5.25%和4.11%,累积贡献率为23.54%;主成分分析可将93份柿种质材料分为四大类,与聚类分析结果基本一致.[结论]广西柿种质资源遗传背景广、多样性较丰富,可为柿资源开发利用和新品种选育提供重要材料;SSR分子标记可作为柿种质资源分类和鉴定的可靠工具.     

基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据。利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较。结果表明:(1) 12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678。(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源。由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性。     

基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究

利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。     

基于SSR标记的桃种质资源遗传多样性研究

评价了桃种质资源的遗传多样性水平及遗传结构,为其保存提供理论依据。利用12对SSR引物对53份桃种质资源进行了遗传多样性分析,利用Neighbor-Joining聚类对其遗传结构进行了分析比较。结果表明:(1) 12对引物在53个样品中的平均等位基因数(Na)为7.917,Shannon多样性指数(I)为1.409,平均有效等位基因数(Ne)为3.399,平均观察杂合度(Ho)为0.657,期望杂合度(He)平均值为0.678。(2)基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析表明:53个桃样品被分为3个组,同时能清楚地鉴别出同物异名的种质资源。由此可知,供试的桃种质资源表现出较高的遗传多样性水平;大部分遗传关系较近的品种以及部分形态学性状相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的关联性,同时聚类结果与品种的地理分布具有一定相关性。