西瓜杂交种遗传多态性的SRAP标记分析

 利用新型分子标记SRAP ( Sequence2Related Amp lified Polymorphism) 进行西瓜杂交种遗传多态性的研究, 利用25个引物组合对当前生产上推广的20个西瓜杂交种进行扩增, 从中筛选得到20个多态性引物组合, 共产生135个多态性条带, 平均每个引物组合产生71.1个多态性条带, 显示了较高的多态性比率。聚类分析20个引物组合的扩增结果, 20份材料分为3大类, Jaccardps相似系数在0.29～0.86之间。     

中国马铃薯部分栽培品种遗传多样性的AFLP分析

 采用AFLP方法分析中国各地79个马铃薯栽培品种, 获得了8对引物组合的扩增谱带, 为马铃薯品种的鉴定提供了分子依据。8对引物组合扩增结果共获得801条带, 平均每对引物组合产生100.13条带。其中493条为多态性条带, 平均多态性检出率为61.2% , 引物组合E11 /M51扩增的多态性比率最高。聚类分析将材料分成3类, 聚类结果与地域无明显相关。     

部分矮牵牛品种亲缘关系的SRAP分析

本文首次利用分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)对部分矮牵牛品种进行亲缘关系分析。采用88对引物对我国栽培的58个矮牵牛品种进行扩增,从中筛选得到20个多态性较高的引物组合,共产生389条多态性条带,平均每个引物组合产生19.5个多态性条带,每个引物组合分别产生13～40个扩增带,Jaccard's相似系数在0.55～0.87之间。在遗传距离(GD)为0.67处,可将58个矮牵牛品种分为4个类群,第一类群主要为暖色系列的品种,第二类群为黄色花品种,第三、四类群为冷色花品种,白色花品种聚类较散。本研究结果为开展矮牵牛新品种保护、种子纯度检测以及分子育种提供了分子生物学资料。     

SRAP在葱栽培品种遗传多样性研究中的适用性分析

为评价SRAP技术对葱品种进行鉴定和遗传关系分析的适用性, 对20个葱栽培品种的表型特征进行了观察记载, 利用256个SRAP引物组合对其进行了遗传多样性研究。结果表明: (1) 256个SRAP引物组合中有161个引物组合产生多态性条带, 占所用引物组合数的62.9%。161个引物组合共产生336条多态性条带, 不同引物组合产生的多态性条带数为1～6个, 平均2.1个。20个葱栽培品种遗传相似系数变幅为0.464～0.938, 平均0.703。(2) 依据SRAP进行聚类分析的分类结果与依据表型特征分类的结果一致。上述结果说明SRAP标记可以在葱栽培品种的鉴定和遗传多样性研究中应用。     

辣椒自交系间亲缘关系的SRAP标记分析

利用SRAP标记技术对34份辣椒材料进行了基因组多态性分析,采用30对引物组合进行扩增,其中有28个引物组合可以获得多态性扩增,28个引物组合共扩增出356条带,其中多态性条带298条,多态性条带比例83.7%。通过聚类结果分析发现,在遗传相异系数为0.39处,可将辣椒的2个变种分开,即长角椒(C.f.var.longum Sent)和灯笼椒(C.f.var.grossum Sent),这与自交系间系谱关系相似;遗传相异系数在0.33处将34份辣椒自交系材料分成4个类群,运用SRAP分子标记是可以基本区分本套辣椒自交系材料的基本类型的。     

梨新品种及其亲本的AFLP分析

利用荧光AFLP技术, 对20个梨新品种及其23个亲本(共43个品种) 进行研究。从64对引物组合中筛选出7对用于扩增, 共获得784条带, 其中多态性带699条, 多态性为89.2%。扩增结果显示, 7对引物组合在29个品种中扩增出特征带, 每对引物组合均能将所有品种鉴别开, 表明荧光AFLP技术用于梨品种鉴定的效率很高。通过聚类, 从分子水平对梨新品种及其亲本的遗传关系进行分析, 并对20个梨新品种进行分类, 为梨杂交育种的亲本选配提供了理论参考。     

萱草部分野生种和栽培品种亲缘关系的AFLP分析

 借助AFLP标记对35份萱草野生种和栽培品种进行亲缘关系研究, 结果表明, 7对引物组合对萱草共扩增出条带380条, 其中多态性条带357条, 平均多态性达到93.39% , 单对引物扩增条带19～85条, 平均每对引物组合扩增多态性条带51条。7对引物扩增出的多态性条带均超过90.0%。种质资源相似系数为0.3822～0.9656, 平均相似系数为0.7039。UPGMA聚类结果将供试材料分为3类, 即早花、中花和晚花类, 同一产地的品种基本能聚在一起。AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示萱草种质资源的亲缘关系。     

基于SRAP的三倍体无子西瓜品种指纹分析和杂种纯度鉴定

为了解三倍体无子西瓜品种SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)扩增特点及其在三倍体西瓜杂种纯度鉴定中的适应性,利用SRAP引物组合对当前生产上推广的9个三倍体无子西瓜品种进行了指纹分析和杂种纯度鉴定研究。结果表明,1)30对引物组合中筛选出多态性引物组合24对,共产生109条多态性带,平均每对引物组合产生多态性带4.5条,单个组合的多态性比率在12.5%～80%。2)结合多对SRAP引物组合,可以鉴别不同品种。3)在黑蜜5号及其父母本的指纹分析中,发现有1对引物组合(ME4/EM3)在黑蜜5号杂交种上扩增出了特异的条带,可以区分母本和杂交种,试验证明该引物组合能够用于黑蜜5号的杂种纯度鉴定。     

基于SRAP分子标记的24个黑木耳栽培菌株遗传分析

以24个北方地区主栽的黑木耳菌株为材料,采用相关序列扩增多态性SRAP分子标记,对24个黑木耳菌株进行遗传分析。结果表明,从48对引物中筛选出了稳定性好、可重复性高、多态性稳定并能扩增出清晰明亮条带的25对引物,扩增出133条多态性条带,片段大小在0.1～1.5 kb,平均每个引物扩增出6条多态性条带。基于非加权组平均法(UPGMA)的聚类分析结果表明:遗传相似系数变化范围为0.56～1.0,在遗传相似系数为0.56时,将24个黑木耳菌株划分为2大类群,第一类包括黑山等18个菌株;第二类包括黑29等6个菌株。     

SRAP对东北区骨干甜菜单胚品系的遗传多样性分析

为了探明东北区甜菜单胚不育系的遗传基础和类群划分,使用SRAP分子标记技术对48份东北区甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性进行分析。筛选出21对多态性较高的引物组合对供试材料进行PCR扩增,共扩增出366条带,其中196条是多态性带,平均多态性条带比率是53.6%。平均遗传距离是0.3945,平均遗传相似系数是0.6740。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,供试材料被分为5个类群。结果表明,东北区48份甜菜单胚品系骨干材料的遗传多样性较为丰富,利用各类不育系做亲本,将可获得杂交优势好的杂交组合。     

仁用杏品种SRAP遗传多样性分析及指纹检索系统的开发

利用SRAP标记对24份仁用杏品种进行了遗传多样性分析。15对引物共扩增出280条带,其中241条为多态性谱带,多态性比率为85.34%;每个引物组合扩增谱带数在13 ~ 24条之间,平均为18.7条;多态性信息含量（PIC）在0.28 ~ 0.65之间,平均为0.51。基于引物Me4-Em4扩增的多态性谱带,构建的指纹检索系统可以区分24个仁用杏品种。根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,在相似系数为0.70处可将24个仁用杏品种分为4组,聚类结果与形态分类基本一致。     

梅遗传多样性的SRAP分析

 为探明梅种质资源间的亲缘关系,利用SRAP标记对梅135份样品进行了遗传多样性分析。17个引物组合共扩增出124个位点,其中多态性位点为106个,多态位点比率87.5%。每个引物组合扩增位点数在4 ~ 12个之间,平均每个引物组合扩增位点数为7.3;通过NTSYS软件计算得到的样品间SM相似系数介于0.556 ~ 0.958,平均值为0.733,显示梅资源间存在一定的遗传差异;根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类分析将135份样品分为7组,聚类分析结果与梅种的形态分类系统基本相符。     

云南芋种质资源遗传多样性的AFLP分析

 采用荧光标记引物的AFLP分子标记技术, 用筛选出的“3 + 2”引物组合, 对48份云南芋种进行遗传多样性分析, 3对引物共扩增出184个DNA位点, 平均每对引物可检测出56.3个多态性位点,多态性位点高达91.8% , 云南芋种质资源在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。聚类分析表明: 野生种质和栽培种质的亲缘关系较远, 栽培种质基于AFLP标记的分类结果与形态性状基本一致, 少数材料差异较大。     

海南椰子栽培品种的SSR标记分析

应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。     

山葡萄种质资源SSR遗传多样性分析

对360份山葡萄种质资源进行了遗传多样性分析研究。从245对引物中筛选出18对用于供试材料的SSR扩增;单条引物扩增条带为4~13条,平均9.44条;扩增产物长度介于150~1 000 bp,以200~750 bp的扩增片段居多;18对引物共扩增出170条带,其中多态性条带167条,多态性百分率为98.2%;Shannon’s多样性指数(I)为1.778051。某些品种(系)产生了特有SSR标记带,共5条,占2.95%。     

Rose (Rosa hybrida L.) EST-derived microsatellite markers and their transferability to strawberry (Fragaria spp.)

The ‘Genome database for Rosaceae (GDR)’ provides a large collection of expressed sequence tags (ESTs) harboring simple sequence repeats (SSRs) from several Rosaceae genera, including Rosa (rose). Primer pairs flanking SSR were designed for 312 unique Rosa ESTs based on GDR database. Eight rose (Rosa hybrida L.) genotypes were tested for PCR amplification, and 287 (92%) of the primer pairs generated allele-specific PCR bands that were readily scored. From 183 (63.7%) primer pairs that evidenced polymorphic alleles among the eight rose cultivars, 20 pairs evidencing EST sequence homology to known gene functions and high levels of polymorphism were selected and utilized for DNA fingerprinting and genetic diversity assessments of 47 rose hybrids. A total of 202 polymorphic bands were scored and generated unique fingerprints for each rose hybrid. The Nei–Li genetic similarity coefficients among 1081 pair-wise comparisons of 47 cultivars exhibited a broad range of genetic variations from 0.30 (‘Grand King’ and ‘Carnival’) to 0.99 (‘First Red’ and ‘Red Champ’). UPGMA cluster analysis divided 47 hybrids into five major groups and two sub-groups. The cross-species transferability of 273 EST-SSR primer pairs was evaluated using four genotypes of the strawberry, a genus member of the Rosaceae family. PCRs on the DNA samples of strawberry were successful for 165 primer pairs; among these, 123 pairs amplified 243 polymorphic bands. As surrogates of the marker transfer, the phenetic relationship among the four strawberry genotypes was evaluated. Genetic similarity coefficients varied from 0.78 (‘Maehyang’ and ‘Janghyee’) to 0.64 (‘Janghyee’ and ‘Pragana’). The results of cluster analysis showed that the three octaploid strawberry cultivars were quite similar, whereas the diploid ‘Pragana’ was related distantly at the genomic DNA level. The EST-SSR markers developed in the present study can be efficiently utilized for genetic diversity studies in Rosaceae.