基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。     

SSR标记与桑树发芽率、节间距性状的相关性研究

利用微卫星(SSR)标记技术寻找与桑树发芽率和节间距性状基因紧密连锁的分子标记,可为高产桑树品种的选育提供分子遗传学方面的依据。用10对SSR引物对172份桑树品种(品系)的基因组DNA进行扩增,结果在获得的67个标记中有66个具有多态性,多态性比率为98.51%。分析供试桑品种(品系)基因组SSR标记与桑树发芽率、节间距性状的关联性发现:SSR标记mulstr4-3、mulstr6-4、mlstr6-6、ss19-1与桑树的发芽率呈显著性相关,相关系数分别为0.209、-0.215、-0.208、0.226;SSR标记mulstr3-3、mulstr4-1、ss04-1、ss04-3、ss18-1与桑树枝条的节间距呈显著性相关,相关系数分别为-0.255、0.424、-0.248、0.216、0.229,其中标记mulstr4-1可能与控制节间距性状的基因相连锁。     

36份桑树种质资源桑叶1-脱氧野尻霉素含量与SSR标记遗传多样性的相关性分析

1-脱氧野尻霉素(1-deoxynojirimycin,DNJ)在降血糖、降血脂、抗病毒和抗肿瘤中具有一定的药用价值,而桑树是已知植物中DNJ含量最高的物种.为了适应药用专用桑种质资源开发需求,对收集的36份桑树种质资源开展SSR标记遗传多样性和DNJ含量分析,探讨其内在关系,为高DNJ含量桑树种质资源的挖掘提供依据.结果表明,供试36份桑树种质资源的桑叶DNJ含量差异很大,平均值为1.279 4 mg/g,变幅为1.03～1.61 mg/g,变异系数为0.127 6;5对SSR引物的扩增产物在36份桑树种质资源间均存在多态性,共检测到32个基因型,等位基因数均值3.8,观测杂合度均值0.62,多态性信息量(PIC)0.61.基于SSR标记遗传距离的聚类分析显示供试36份桑树种质资源可分成3大类,而基于DNJ含量的聚类分析可将供试桑树种质资源分成2大类,2个聚类结果的比较分析显示同一类群桑树种质资源间DNJ含量相当.研究结果表明,桑树SSR标记遗传多样性与DNJ含量遗传多样性存在相似性.     

42份高粱与苏丹草及其2个杂交种DNA指纹图谱的构建

选用100个RAPD引物和95对SSR引物进行PCR扩增,旨在构建42份高粱和苏丹草品种资源及2份国审品种高粱-苏丹草杂交种的DNA指纹图谱。结果表明,从100个RAPD引物中筛选到9个多态性高、重复性好的引物,多态性条带比率为64.06%,利用4个核心RAPD引物可以为每份品种构建1张特定的数字指纹,并通过其中1个引物F-01构建了1张能鉴别2个杂交种的RAPD指纹图谱,不过该图谱不能区别皖草3号与其父本Sa。从95对SSR引物中筛选出多态性丰富的引物73对,多态性条带比率为86.06%,通过3对核心SSR引物就可以构建42份高粱和苏丹草的SSR数字指纹,同时利用其中1对SSR引物txp18,寻找到2个杂交种的互补带,从而构建了2个高粱-苏丹草杂交种的SSR指纹图谱,这张SSR指纹图谱不仅能鉴别皖草2号和3号,还可以把杂交种与其亲本区别开来。     

42份高梁与苏丹草及其2个杂交种DNA指纹图谱的构建

选用100个RAPD引物和95对SSR引物进行PCR扩增,旨在构建42份高粱和苏丹草品种资源及2份国审品种高粱苏丹草杂交种的DNA指纹图谱。结果表明,从100个RAPD引物中筛选到9个多态性高、重复性好的引物,多态性条带比率为64．06％,利用4个核心RAPD引物可以为每份品种构建1张特定的数字指纹,并通过其中1个引物F-01构建了1张能鉴别2个杂交种的RAPD指纹图谱,不过该图谱不能区别皖草3号与其父本Sa。从95对SSR引物中筛选出多态性丰富的引物73对,多态性条带比率为86．06％,通过3对核心SSR引物就可以构建42份高梁和苏丹草的SSR数字指纹,同时利用其中1对SSR引物txp18,寻找到2个杂交种的互补带,从而构建了2个高粱-苏丹草杂交种的SSR指纹图谱,这张SSR指纹图谱不仅能鉴别皖草2号和3号,还可以把杂交种与其亲本区别开来。     

甘肃省胡枝子属植物的遗传多样性分析

采用SSR分子标记技术,研究甘肃胡枝子属10个种的遗传多样性和遗传结构,并利用10对紫花苜蓿和4对山生柳SSR引物对胡枝子进行了通用性分析,筛选出7对重复性高、条带清晰的引物,获得105个SSR多态性位点,多态性达83％.引物平均等位基因数为1.91,平均有效等位基因数为1.51.各引物的Shannon指数的多态性平均...     

利用SSR、ISSR和RAPD技术构建苜蓿基因组DNA指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定多态性位点的RAPD、SSR和ISSR引物,建立苜蓿基因组DNA的SSR、ISSR和RAPD分子标记技术体系,并利用分子标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱.筛选出36个RAPD引物,8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了182个RAPD多态性位点和丰富的SSR和ISSR多态性位点,构建了55个苜蓿品种(系)的SSR、ISSR和RAPD指纹图谱.结果表明,不同苜蓿品种(系)的SSR多态性有较大差异;苜蓿品种ISSR指纹图谱多态性丰富,稳定性比RAPD强;可以通过2～3个引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种,SSR和ISSR指纹图谱可以更好地用于苜蓿品种鉴定和遗传多样性分析.     

高丹草SSR引物设计及分子遗传框架图谱构建

利用高粱EST序列和BAC克隆,以Primer 5.0程序设计了10对高丹草SSR引物,结果发现有3对引物在皖草2号高丹草的亲本间表现多态性,其中2对来自BAC的引物可用于遗传连锁图谱构建.除以上10对SSR引物外,再选取已公布的245对高粱SSR引物,以180个皖草2号(TX623A×S722)的F2代单株作为构图群体,构建了一个包括4个连锁群、33个SSR标记的高丹草遗传图谱,图谱覆盖基因组长度458.5cM,平均图距13.8cM.     

利用SSR标记鉴定家蚕不同系统的品种初探

选择能够区分中国系统和日本系统的分子标记对品种鉴定和杂交率检测具有重要意义。采用了17对微卫星标记(SSR)引物,对7个中系品种、7个日系品种和3个欧系品种及1个中系×日系杂交种进行了多态性分析。筛选出15对具有多态性的SSR引物,其中11对SSR引物在中系品种和日系品种间具有多态性,同时获得2个理想的SSR位点,其组合完全可以对供试的中系品种和日系品种进行鉴定。引物FL1148在中系的7个品种间的条带基本一致,在日系的7个品种间,除保存品种6048外,均具有一致的带型,保存品种6048具有和7个中系品种一致的带型,引物FL1113在6048和7个中系品种间的带型均不相同。引物FL1148和FL1125的PIC值分别为0.654、0.785,说明SSR标记引物FL1125能对家蚕品种进行有效鉴定。     

沙田柚芽变品种真龙柚的分子标记鉴定

真龙柚是沙田柚的优变芽系选育而成。为了进一步确定芽变系性状的可遗传性,对沙田柚和真龙柚及其无性系子代6个样品进行了RAPD和SSR分析。结果显示：8个RAPD引物共扩增出43条稳定清晰条带,其中5条具有多态性,多态性比率为11.63%,平均每个引物扩增5.37条带;26对SSR引物共扩增出34条带,只有5条带具有多态性,多态性比率为14.71%。结果表明：真龙柚与沙田柚的遗传距离为0.063,它们之间在DNA水平上存在遗传差异,说明真龙柚是由遗传物质改变引起的,非环境因素控制,具有可遗传性,通过RAPD和SSR技术可以有效鉴定,RAPD引物A07、A05和SSR引物SS15、TAA27均能将真龙柚和沙田柚鉴别出来。