豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。

     

荔枝种质遗传多样性的SRAP分析

为评价荔枝种质的遗传多样性,从88对SRAP引物中筛选出22对多态性高、稳定性好的引物,用于研究46个荔枝品种.每对引物组合产生6～19条谱带,其中多态性条带284条,占总带数的97.93%.46个种质的相似系数在0.469～0.838之间,平均相似系数为0.644.其中,秤砣与红荔的相似性系数最大,亲缘关系最近;小丁香与三月红、三月红与A13两对相似系数最小,亲缘关系最远.UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.644处46份荔枝供试品种被划分为4个类群,并且来源地相同的品种间亲缘关系较密切.22对多态性引物中,引物me7-em2在海垦18中扩增出1条特征谱带,引物me3-em7在水东中也扩增出1条特征谱带,而仅凭这1条特征带就可以将荔枝品种海垦18或水东与其它材料区别开来.这说明SRAP标记可用于荔枝的品种鉴定和群体遗传结构的研究.     

海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析

利用SRAP标记, 选用132对带型清晰的多态性引物, 对我国引入海岛棉以来培育的36个国内品种及20个国外品种进行遗传多样性分析。共检测到419个多态性位点, 每组合的多态性条带数从2~9不等, 平均为3.17。利用NTSYS-pc 2.10e 软件采用Jaccard’s相似系数和UPGMA方法进行聚类分析。结果表明, 大部分具有亲缘关系的品种聚在同类中, 说明其结果与系谱具有一定的相符性; 56个品种的平均遗传相似系数为0.497, 变化范围在0.312~0.876之间, 说明我国海岛棉品种在分子水平上存在较大差异; 我国3个育种时期育成品种的平均相似系数依次为0.501、0.507和0.548, 表明我国现在育成的品种相对于早期品种遗传多样性在逐渐降低。这些结果为我国海岛棉育种提供了有益的参考。     

杏鲍菇遗传多样性的SRAP和ITS分析

研究来自中国不同地区和日本的27株杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性,以期为杏鲍菇的鉴定和选育提供分子依据。利用SRAP和ITS标记联合使用的方法,通过聚类分析对供试杏鲍菇菌株进行研究。筛选出9对SRAP引物共扩增出151条条带,其中具有多态性条带130条,平均多态性比例为83.3%,多态性信息含量(PIC)变幅在0.27~0.42,平均为0.36。通过ITS序列对供试菌株进行亲缘关系分析,与SRAP分析的结果一致,均表明地域来源相近的部分菌株聚在一起,亲缘关系较近,而地域相隔较远的部分菌株也聚为一类,其亲缘关系也很近。2种标记均显示供试杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性较为丰富,其遗传相似性与地理分布存在一定的联系。SRAP和ITS联合使用能够得到更好的效果,从而为杏鲍菇遗传多样性研究提供更为有力的参考。     

甘蓝种质资源遗传多样性的SRAP分析

本研究利用26对SRAP引物组合对46份甘蓝材料的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,以期为甘蓝亲本选配提供参考。结果表明这26对引物共扩增出稳定清晰的条带439条,其中多态性条带为227条,多态性位点比率为51.7%。根据SRAP扩增结果,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,结果表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围是0.41～0.99。在相似性系数为0.568的水平上,可将46份甘蓝品种分为4大类,除第4类是形态特征明显有别于其它材料的抱子甘蓝外,其余3类结球甘蓝的主要聚类依据是其开花时间依次间隔一个星期左右。     

青蒿种质资源遗传多样性的SRAP分析

以45份青蒿种质为试材,将分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)应用于青蒿种质资源的遗传多样性研究.利用TREECONW软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果表明:30对引物组合共得到382条扩增条带,其中有312条呈现多态性,占81.7%,从DNA分子水平显示出供试种质遗传多样性较为丰富.遗传相似系数变化范围0.683 6～0.857 1.聚类分析表明,青蒿种质亲缘关系与来源地无明显相关性,仅在小分支中表现出一定的地域相关性.     

利用SRAP标记分析玉米遗传多样性

相关序列扩增多态性(SRAP)是一种基于PCR的新型分子标记技术.本研究的目的在于探讨利用该标记进行玉米种质资源遗传多样性分析和杂种优势群划分的价值及可行性.利用22对SRAP引物对16个玉米自交系进行了遗传多样性分析,共扩增出197条具多态性的条带,平均多态性信息量为0.8847,平均多态性比率为59.8%.通过聚类分析将16个自交系分为5个群,其划分结果与系谱分析基本一致.该结果表明SRAP标记是一种适合于玉米种质遗传多样性研究的分子标记.     

应用SRAP分析中原牡丹核心种质的多样性

为进一步探索中原牡丹品种核心种质的遗传多样性,采用SRAP分子标记技术对58个中原牡丹核心种质进行了遗传多样性分析。结果表明,23对引物组合共扩增出稳定清晰的条带595条,其中多态性条带377条,占64.3%;每对引物组合的平均条带数和多态性带数分别为25.9,16.4条;供试品种间成对遗传相似系数为0.567~0.894,平均为0.752;采用UPGMA法,在遗传相似系数为0.692处,供试材料聚为7个类群,表明中原牡丹核心种质具有较丰富的遗传多样性。聚类结果显示,单花类和台阁类有分别聚在一起的趋势,但与牡丹花型分类并不完全一致;花色相近的品种没有聚到一类中,而是分散在各个类别中,即聚类结果与牡丹品种的花型、花色等性状没有明显的关系,说明重瓣性低的品种与重瓣性高的品种间存在较大的遗传差异。这可能与牡丹长期引种、选择和反复杂交等导致的品种来源复杂有关。     

利用SRAP标记分析我国甜菜三大产区骨干材料的遗传多样性

利用SRAP分子标记, 选用甜菜中SRAP的88对引物组合分别对4个经济性状差异较大的代表性品系(高产型、高产低糖抗丛根病型、标准型、中产高糖抗褐斑病型)进行扩增,筛选出有效引物组合33对。采用筛选的33对引物检测全国三大产区的241份甜菜材料及9份外国材料,扩增到719条带,其中多态性条带459条,多态性条带的比率平均为63.8%。利用MEGA3.1软件中的Compute over-all mean计算,组内品种间平均遗传距离为0.4165,平均遗传相似系数为0.6593。遗传相似系数平均值为外国品种(0.7528)>单胚品系(0.6945)>多胚四倍体品系(0.6816)>多胚二倍体品系(0.6612)。利用MEGA3.1软件,在遗传距离0.20处,将供试材料分为4大类群。结果表明,我国三大产区供试材料遗传多样性丰富,其中东北产区优于华北与西北产区。利用POPGEN32软件将供试材料与外国品种分为两类,表明我国材料与外国品种的遗传基础存在较大差异。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析

为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。     

红花品种遗传多样性的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)技术对8份国内不同来源以及8份国外不同国家的,共计16份红花栽培种进行遗传多样性分析。选用20对多态性较高的引物组合对材料进行PCR扩增,而后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,获得多态性条带。共获得354条清晰的条带,其中,135条为多态性条带,多态性比率为38.14%。遗传相似系数在0.3~0.9之间,平均相似系数为0.65,表明红花种内不同栽培种之间具有较高的遗传多样性和相似性。     

基于SRAP标记的玉米自交系遗传多样性与群体结构分析

利用筛选出的31对SRAP引物,对33份玉米自交系进行PCR扩增,采用PopGene 1.23、Structure2.3.3等软件完成玉米自交系遗传多样性和群体结构剖析,为自交系合理利用和杂交组配提供理论依据。结果显示,31对SRAP引物共检测出196个等位变异,平均6.32个;多态性比率40.00%~70.59%,平均为53.08%;基因多样性为0.2156~0.8854,平均为0.5495;PIC为0.1809~0.8976,平均为0.5507。结构分析表明,K=4时,△K值最大,即这些自交系可以划分成4个类群,依次为Reid、旅大红骨、塘四平头与PB群,新选自交系也相应地被划分到这四大类群里,没有独立成群。4个类群中,塘四平头群与旅大红骨群的遗传关系最近,与Reid群遗传关系最远。从系谱的亲缘关系分析,大部分已知自交系其SRAP聚类结果与系谱追踪结果有较好的一致性。     

内蒙古胡麻地方品种资源遗传多样性分析

为了揭示内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记对23份胡麻地方品种进行了遗传多样性分析。结果表明：胡麻25.0μL SRAP-PCR最佳反应体系为10μmol/L正反向引物0.3μL、2×Taq Master Mix 9.0μL、DNA模板量40ng;18对SRAP引物扩增得到219个条带,平均每对引物扩增的条带为12.17,多态性条带为136,多态性比率为62.10%,观测等位基因数为2.00,平均每个位点有效等位基因数1.59,多态性信息量（PIC）平均为0.61;有效等位基因数（N_e）、香农信息指数（I）和Nei’s遗传相似系数（H）分别为1.5630、0.6715和0.4738;在遗传相似系数0.55处供试胡麻分为两大类,在遗传相似系数0.38处,第一大类群分为3个亚群。结论认为,内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性丰富,同一个地区培育的胡麻品种亲缘关系较近。     

北方部分粳稻品种遗传关系的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对18个北方粳稻品种进行了分类和亲缘关系研究.从70个引物组合中筛选出12个用于PCR反应,共扩增出108个条带,平均每个引物扩增的条带数为9个,多态性条带78个,多态性比率为72.2%,显示了较高的多态性.应用SPSS11.5分析软件对18种供试材料进行了聚类分析,结果显示,18个粳稻品种可明显分为4类,其中第1类又可分为2个亚类.比较发现,北方粳稻品种的SRAP分析结果与系谱法基本吻合,表明sRAP可用于北方粳稻品种的类群划分及亲缘关系研究.     

利用SRAP与SSR标记分析不同类型甜菜的遗传多样性

为选育优质甜菜新品种, 指导种质资源引进和利用, 为进行分子标记辅助选择育种提供科学依据, 采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合, 对甜菜单胚雄性不育系及保持系等49份材料进行遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的64对引物组合及SSR的11对引物组合进行扩增, 分别筛选出有效引物组合11对和9对。SRAP的11对引物组合共产生199条扩增带, 其中有86条多态性带, 多态性带的比率平均为43.7%。SSR的9对引物共产生35条扩增带, 多态性比率为100%。全部材料的平均遗传距离为0.3860, 平均遗传相似系数为0.6795, 大约30%的材料遗传距离或遗传相似系数具显著或极显著差异。遗传相似系数平均值比较, 多胚四倍体品系0.7264＞单胚杂交组合0.7243＞国外品种0.7060＞多胚二倍体品系0.6908＞单胚品系0.6837。在遗传距离0.20处, 将49个甜菜材料划分为A、B、C、D 4个类群, D类群又分为4个亚类, 较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性。表明不同甜菜品种具有相当高的异质性, 国外与国内材料的遗传基础存在一定差异, 但生产应用的甜菜品种间存在亲缘关系较近、遗传基础较窄的倾向。     

基于SRAP分子标记的银胶菊遗传多样性分析

银胶菊(Parthenium hysterophor L.)是热带地区入侵植物,主要分布在路边、荒地和农田,生长繁殖迅速,危害作物产量和人畜健康,植株具有较强的化感作用抑制农作物的生长。本研究探究银胶菊的入侵特性与遗传变异之间的相关关系,为预测其入侵趋势提供依据。对48对引物用优化的SRAP反应体系进行筛选,最终得到17对多态性较好的引物组合,对海南、云南、广西等15个居群共计300份样品进行遗传多样性分析。结果表明,三省分布的银胶菊与中国其它地区银胶菊居群都具有较高的遗传多样性;其中63.67%的遗传多样性来自居群间,而居群内部遗传多样性并不高;居群间基因流较低,聚类分析中遗传距离与地理距离不一致。由此推测银胶菊多以人为因素扩散。