基于转录组序列的胡萝卜EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

胡萝卜(Daucus carota var. sativa)是一类重要的全球性蔬菜作物。为了全面了解其转录组SSR位点特点,并开发胡萝卜EST-SSR分子标记,本试验对胡萝卜的根、茎、叶混合组织进行转录组测序分析,共获得42 668条Unigene,其中6 611条Unigene序列中含有8 241个SSR位点,SSR发生频率为15.49%,平均分布为0.665 0 kb。主要优势重复序列为二核苷酸,占总SSR的45.35%。以48份胡萝卜为材料,从60对SSR引物中筛选出21对条带清晰稳定、多态性高的引物,其中有11对引物多态信息含量(PIC)大于0.500 0,属于高多态性引物,这些引物占开发引物的52.38%,表明筛选出的21对SSR引物具有较好的遗传多样性。聚类分析可将48份胡萝卜材料在相似系数为0.687 2处分为四类,聚类结果与胡萝卜颜色和产地存在一定的相关性。试验结果为胡萝卜的种质资源鉴定、品种鉴别和分子标记辅助育种等研究提供理论依据。     

基于转录组测序的黑枣EST-SSR引物开发与鉴定分析

目前黑枣已有的分子标记比较匮乏,本研究基于转录组测序技术对黑枣品种进行SSR引物开发,为黑枣种质资源评价及分子标记辅助育种提供有力的技术支持。本研究对‘冀洪1号’黑枣转录组序列进行了分析筛选和开发,并利用开发出的引物进行了验证分析。结果表明:共得到52 537个Unigene序列,SSR位点总数22 327个,包含SSR的Unigene序列数为15 286条。黑枣SSR位点的重复单元中,二核苷酸重复类型的SSR最多(52.26%),其次为单核苷酸(25.84%)及三核苷酸(19.25%)。随机挑选90对EST-SSR引物进行验证,有效扩增率为77.78%(70对),多态性引物比例为18.57%(13对),对13个多态性位点进一步分析可得,共扩增了35个等位基因,PIC值介于0.233~0.677之间,平均为0.430。本研究开发出的EST-SSR分子标记,为后期进行黑枣良种的鉴别及分子育种提供了分子技术手段。     

基于苦瓜转录组序列的SSR分子标记开发

为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料'大沥-11'6个组织的59 740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测出31 066个SSR位点,出现频率(发现的SSR个数与总Unigene数之比)为52.00％,平均每2.62 kb出现1个SSR...     

桃EST-SSR引物的开发及通用性分析

本研究基于NCBI-EST数据库开发了4 526对桃EST-SSR引物,探究桃EST-SSR引物在蔷薇科30个物种的通用性,并对上述30个物种进行了聚类分析。结果表明,以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复最多,分别占35.80%、36.43%和25.56%;抽选了100对EST-SSR引物在12个桃品种中共扩增出237个条带,其中有79对引物具有多态性;期望杂合度平均为0.38;观察杂合度平均为0.12;引物鉴别力平均为0.41;66.67%的桃EST-SSR引物在30个蔷薇科物种中扩增出多态性条带,说明桃EST-SSR引物在蔷薇科植物中具有较高的通用性。     

灰毡毛忍冬转录组SSR位点分析及EST-SSR标记开发

灰毡毛忍冬(Lonicera macranthoides)为中药山银花的一种基原植物,在中国南方广泛分布,具有很高的药用价值和经济价值.本研究利用MISA工具对灰毡毛忍冬转录组74 057条Unigenes中的SSR位点进行了分析,其中15 587条Unigene共计含有SSR位点20 161个,SSR发生频率为21....     

基于高通量测序的野百合转录组分析

本研究基于新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq?4000对野百合进行转录组测序,对物种的转录组序列进行统计,并将得到的数据进行de novo组装,结果共获得47 605条Unigenes,总长度为33 972 306 bp,平均长度为713 bp,N50为 1 204 bp.将获得的 Unigenes ...     

新疆野樱桃李EST-SSR引物开发及通用性评价

野生樱桃李是中国濒临灭绝的树种之一。本研究从分子水平对野樱桃李进行研究,以期为制定保护策略提供理论依据。从NCBI 数据库中下载樱桃李EST 序列,用SSR Hunter l.3 查找SSR 位点,用Primer 6.0 设计了30 对引物并验证引物的通用性。结果表明：有20 对引物能扩增出有效条带,扩增率为66.67%,其中9 对引物能扩增出多态性条带,多态性比率为45%。用20 对有效引物在欧洲李和天山樱桃中进行扩增,均表现良好的通用性,且同属植物间的通用性明显高于同科植物间,说明引物通用性的高低与基因组的差异有关,亲缘关系越近引物通用性越高。     

油木奈 果实生长发育机制初步研究

（福建农林大学园艺学院，福州 350002）     

基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1kb.其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%).基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多.长度主要分布在20～30 bp(76%).利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%.结果表明:利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法.     

Evaluation of resistance to sharka (Plum pox virus) of several Prunus rootstocks

Sharka (Plum pox virus, PPV) severely affects the production of most Prunus species in the areas affected by the disease. In this study, the resistance of 15 Prunus rootstocks to a Dideron type isolate of PPV was evaluated under controlled conditions in an insect‐proof greenhouse. After four cycles of study,‘GF677’ almond x peach hybrid,‘Myrobolan 29C plum and ‘L2’ cherry did not show any symptoms and were ELISA‐DASI and RT‐PCR negative. These were considered resistant to PPV. The rest of the rootstocks assayed showed symptoms of sharka (confirmed by ELISA‐DASI or RT‐PCR), although the level of susceptibility was different for each rootstock.‘GF305’ peach, ‘Puebla de Soto’ plum and ‘Real Fino’ apricot, were highly susceptible to PPV, showing strong sharka symptoms and being ELISA and RT‐PCR positive. ‘Marianna 2624’ plum,‘AC 9921‐07’ hybrid and ‘CP‐2’ plum showed susceptibility to PPV confirmed by ELISA‐DASI and RT‐PCR positives.‘Nemaguard’ and ‘Nemared’ hybrids, ‘Torinel’ plum and ‘STN2’ hybrid showed an intermediate susceptibility to PPV with slight sharka symptoms and were ELISA‐DASI and RT‐PCR positive. Whereas, ‘Montclar’ peach and ‘Evrica’ hybrid showed moderate resistance to PPV with slight sharka symptoms and were ELISA positive but RT‐PCR negative. The results open new possibilities in the search for different sources of resistance to PPV within Prunus.     

油初始坐果机制研究

以成年油木奈树为材料,对其初始坐果进行了研究。结果表明,盛花后2周内,油木奈出现大量的落花落果;幼果(子房)低水平的GA1 3与油木奈的落花落果高峰关系密切,而内源细胞分裂素ZRs和[diH]ZRs以及ABA与幼果(子房)的生长呈显著的正相关;初始坐果期,油木奈的雌配子体发育缓慢,且有相当数量的胚囊中途退化、败育,无法正常受精,从而导致其大量的落花落果。文中就油木奈的初始坐果机制进行了讨论。     

套袋对柰李果实外观及香气物质的影响

为给果袋在优质柰李果生产中的科学使用提供技术支持和参考依据,以10年生柰李树为试材。以不套袋为对照,分别采用单层白色纸袋、双层外黄内黑纸袋对柰李果实进行套袋处理。对不同处理下柰李果实基本品质、色泽、挥发性物质含量变化情况进行测定和分析。结果表明,不同处理间果实纵径、横径、侧径和单果重均未见显著差别。与不套袋相比,套袋能显著增加L^*值、a^*值、b^*值;单层白色纸袋和双层外黄内黑纸袋处理可溶性固形物分别降低17.70%和8.04%,只有单层白色纸袋处理存在显著差异;果实中挥发性物质的总含量均提高,单层白色纸袋和双层外黄内黑纸袋处理分别提高52.60%和48.91%;套袋处理果实醛类香气物质含量显著提升。说明套袋处理可以明显提升果面光洁度,果皮色泽更鲜艳,果实挥发性物质总量提高,双层外黄内黑纸袋效果更好。     

基于10个棉花腺体相关材料转录组的EST-SSR标记开发

棉花是重要的经济作物,但有毒棉酚的存在,使棉子得不到充分的利用,所以低酚棉育种是棉花育种的重要内容之一。色素腺体是棉酚的储存器官,开发功能型分子标记,加密棉花遗传图谱对色素腺体和其他重要性状相关基因的研究具有重要作用。本试验以10个有腺体和无腺体材料转录组信息为基础开发EST-SSR标记,在12895条1 kb以上的Unigene中共搜索到1546个SSR位点,发生频率和平均距离分别是11.99%和15.99 kb。得到的EST-SSR中,二碱基和三碱基重复是主要的重复类型,分别占30.85%和48.97%,AT/TA和GAA/CTT分别是二碱基和三碱基的优势重复类型。对长度≥20 bp的SSR共设计合成了56对引物,在这10个材料中进行检测,能扩增出清晰条带的有38对,占67.86%,其中呈多态性的有9对,占23.68%,并对其所在的Unigene功能和表达量进行了初步分析。本研究进一步证明了棉花EST-SSR标记开发的可行性,并且为棉花高密度遗传图谱和腺体相关基因的研究奠定了基础。