太行菊DNA提取和ISSR标记的筛选与优化

为了探索太行菊DNA的适宜提取方法,获得适用于太行菊的ISSR标记,以太行菊为试验材料,采用常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法提取太行菊总DNA,利用提取的太行菊DNA对ISSR引物进行了筛选和优化。结果表明,改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用ISSR引物对总DNA进行扩增,进而从测试的50条ISSR引物中选出了扩增效率高,条带丰富的15条引物。通过设置温度梯度对每条引物的反应条件进行了优化。最后,使用引物UBC848对部分群体样品进行检测,得到了效果稳定、重复性好的扩增结果。上述结果表明,通过温度梯度筛选出的ISSR引物适用于太行菊的群体遗传学研究。     

云南岩白菜资源的DNA提取和ISSR引物筛选

提取滇产岩白菜资源的基因组DNA并进行ISSR引物的筛选,为用ISSR标记研究云南岩白菜资源的遗传多样性奠定基础。DNA提取采用改良的CTAB法,质量检测采用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度计法,ISSR引物选用加拿大哥伦比亚大学开发的100条引物。结果表明,从18份云南岩白菜资源的幼叶中提取了基因组DNA,浓度在1 387.5～12 000 ng/μL之间,A260/A280的值在1.61～1.85之间,琼脂糖凝胶电泳检测呈一条带;从100种ISSR引物中筛选出了22种扩增结果好的引物。所提DNA质量较高,该提取方法适用于从酚类和蛋白质含量高的植物材料中提取DNA;22个ISSR引物可用于岩白菜资源的遗传多样性研究。     

石榴基因组DNA的提取及RAPD引物筛选

以山东省枣庄市峄城区中国石榴种质资源圃内石榴品种为材料,采取改良CTAB法提取石榴基因组DNA,经RAPD-PCR扩增筛选引物。结果表明：CTAB法提取的石榴基因组DNA谱带清晰,纯度高,浓度大,可以用于RAPD分析。从50条随机引物中筛选出多态性高、重复性好的多态性引物20条。20条引物对10个品种扩增结果共产生180个位点,多态性位点为134,多态性比率为74.4%。     

枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明：改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH₂O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩...     

石油污染土壤总DNA的提取

寻找一种可获得高浓度、大片段的石油污染土壤微生物总DNA的提取方法。分别采用SDS的细胞裂解法、溶菌酶和SDS裂解法、实验室改进法、试剂盒法提取石油污染土壤总DNA。研究结果表明4种方法都可获得石油污染土壤微生物总DNA,但每种方法在提取量和纯度上有一定差异;实验室改进法提取的DNA产率是最高的,试剂盒法提取DNA纯度最高。实验室改进法获得的微生物总DNA,稀释20倍可直接用于PCR扩增。土壤样品经过一定的预处理后提取的DNA片段大小在23100 bp,实验室改进法提取土壤微生物总DNA产率、纯度较好,不经过纯化可直接用于PCR扩增及其他分子生物学实验的操作。     

火龙果总DNA提取方法比较研究

摘要：火龙果组织中含有多糖及其他次生代谢物质,因而难以提取高质量的DNA。本试验以火龙果嫩茎为材料,进行多种DNA提取方法比较研究,并通过琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA样品进行检测,结果表明,改良CTAB法和微量CTAB法均可用于火龙果DNA提取,尤其是微量CTAB法,提取的DNA纯度较为理想,能满足后续分子生物学研究的要求。     

SSR分子标记技术在西瓜品种纯度快速鉴定中的应用研究

根据杂交种带型双亲互补的原则，从10对西瓜SSR引物中筛选出适合北京市主栽西瓜品种纯度鉴定引物．其中品种京欣1号和京欣3号可鉴定的引物最多，均达到6对；京秀和航兴天秀1号可鉴定引物最少，只有两对结合西瓜种仁DNA快速提取方法，利用筛选的引物对已知纯度样品进行鉴定，结果显示SSR标记能准确鉴定样品中混杂的亲本种子。可用于西瓜杂交品种纯度快速鉴定。     

云南高海拔地区桃种质资源ISSR体系的建立和优化

本试验以云南高海拔地区桃种质资源的样本为试验材料,从提取的100余份DNA样品中随机抽取1份,再用初筛的引物UBC-891,用于ISSR体系的优化。根据单因素试验和正交试验设计,本研究发现了最佳ISSR-PCR反应体系。研究结果表明:25μL的ISSR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer(含 Mg~(2+)),1.5 mmol/L Mg~(2+),2.0 U Taq-DNA聚合酶,0.10 mmol/L dNTPs,0.40μmol/L引物,45 ng DNA组合最佳。Taq-DNA聚合酶浓度对反应影响最大。本研究为引物筛选和云南高海拔地区桃种质资源ISSR遗传多样性研究提供了理论基础。     

果树基因组DNA的提取和PCR扩增测序方法

为避免多年生果树组织中的多糖和酚类物质影响基因组DNA的提取质量,在CTAB提取缓冲液中加入2%PVP-40和2% β-巯基乙醇,以改进的CTAB提取方法从苹果嫩叶中提取基因组DNA.所得DNA样品D260nm/D280nm比值为1.98～2.05,纯度高.当用DNA样品和设计的特异引物进行PCR扩增时,其PCR产物只出现一条清晰电泳谱带,质量满足测序要求,采用DNA纯化试剂盒纯化后可直接用于测序.该方法已成功用于"国光"和"金冠"苹果的基因组DNA测序,是一个操作简便、快捷和高效的方法,非常适用于果树基因组DNA的提取和测序.     

青藏高原珍稀藏药水母雪莲药材DNA微量提取方法优化

本研究采用改良CTAB法、改良SDS法、高盐低p H法提取自然风干的水母雪莲植株的基因组DNA,并对提取方法进行优化筛选出适合于水母雪莲药材DNA的提取方法。研究表明改良CTAB(CTAB浓度为2%,PVP浓度为1%,β-巯基乙醇浓度为2%)法所提取的基因组DNA得率较高,且使用氯仿/异戊醇抽提两次时提取出的DNA质量较好,能够满足ISSR分析要求。在此基础上对实验材料进行预处理,优化获得了完全适用于水母雪莲风干药材DNA提取的一整套提取流程。该方法能够有效去除次生代谢产物对DNA提取的影响,且对原材料消耗较少,可以应用于后续水母雪莲种质资源鉴定和遗传多样性分析。     

鹿茸基因组DNA提取方法的比较研究

本研究旨在建立一种稳定、高效的鹿茸药材DNA提取方法,以满足后续的鹿茸DNA条形码鉴定方法需求。采用2种试剂盒、改良的CTAB法以及SDS法对市场上5个厂家共8批次的鹿茸药材进行基因组DNA的提取,参考2015版《中华人民共和国药典》四部通则9107考察了样品量、水浴温度、水浴时间3个因素。实验结果表明4种方法均可以从鹿茸药材中提取出基因组DNA,其中天根试剂盒提取效果最佳,改良的CTAB法提取效果较差;通过方法学考察得出使用天根试剂盒,提取条件为样品量70 mg、水浴温度56℃,水浴时间6 h时提取效果最佳。本研究优化得到的天根试剂盒提取鹿茸DNA方法操作简便,提取DNA浓度、质量优良,能够用于后续的DNA条形码鉴定中。     

一种适用于PCR扩增的甜菜干种子DNA快速提取方法的研究

为了寻求一种快速提取甜菜DNA的方法,利用改良CTAB法对甜菜干种子DNA进行了提取,经琼脂糖电泳及SRAP和SSR两种随机引物扩增检测,结果表明该法提取的DNA完整性好,SSR及SRAP扩增条带清晰,符合甜菜SSR-PCR及SRAP-PCR对DNA质量的要求。本研究建立了快速提取甜菜DNA的体系,为分子标记在将来甜菜品种指纹图谱构建及辅助育种等方面的应用奠定了坚实的基础。     

一种改良的快速高质大豆基因组DNA提取方法

为了探索一种适用于大豆叶片基因组DNA的快速、高效的提取方法,在传统的SDS提取方法的基础上,通过将缓冲液成分和浓度进行改良并加入表面活性剂Tween-20,优化实验流程。用限制性内切酶对该方法提取的DNA进行酶切及电泳检测,可得均一弥散条带。以提取的DNA模版扩增大豆Actin基因,测序后证实片段正确。同样以其为模版以SSR引物Sctt011进行SSR-PCR反应,并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,也可观察到特异性明显且无杂质的目的条带。实验结果表明,该方法提取的DNA完全符合各种分子实验的要求。本研究方法可用于快速提取大豆叶片基因组DNA,同时提高了提取DNA的质量。     

紫色观赏辣椒基因组DNA提取及ISSR-PCR体系的优化

摘 要：为探索紫色观赏辣椒基因组DNA的最佳提取条件和建立ISSR-PCR最优反应体系,对比了三种基因组DNA提取方法,并通过正交设计实验优化了ISSR-PCR反应体系。结果表明,采用高盐低pH法从两种观赏辣椒中提取的基因组DNA的A260/A280值分别为1.807和1.818,DNA电泳条带明亮整齐,无拖尾;ISSR-PCR最优反应体系(20 μL)为：1×PCR buffer,1.5 mmol/L Mg2+,0.6 μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTPs,1.0U Taq DNA聚合酶,60 ng模板DNA,扩增所得分子图谱稳定性高、重复性好;唯有高盐低pH法提取的DNA经该ISSR-PCR体系扩增能体现出两个辣椒品种间分子图谱的差异。     

杨树基因组DNA提纯方法的优化及其RAPD鉴定

(安徽农业大学林学与园林学院,合肥 230036)     

纳米磁珠联合PCR检测甘蔗杆状病毒方法的建立和初步应用

本研究通过对DNA提取裂解液的成分和用量以及裂解时间等因素进行系统优化,建立了一种高通量的磁珠法提取甘蔗总DNA,再进行PCR检测甘蔗杆状病毒(SCBV)的方法。采用核酸自动提取仪,应用纳米磁珠提取甘蔗总DNA,经PCR检测甘蔗杆状病毒,并与以试剂盒提取DNA为模板的PCR检测结果进行比较。结果显示,经优化的裂解液成分为EDTA·Na20.08 mol/L、NaCl 0.8 mol/L、SDS 2%和Tris-HCl0.10 mol/L,裂解时间为20 min,可用于纳米磁珠提取甘蔗总DNA进行SCBV检测。所建立的方法通量高、成本低、耗时短,可用于SCBV的批量检测。     

苦瓜基因组DNA的提取及ISSR扩增体系的优化

为了快速获取高质量的苦瓜基因组DNA,以便进行苦瓜白粉病抗性基因分子标记研究,比较了不同的DNA提取方法、不同部位的苦瓜叶片提取基因组DNA的产量和质量,探究了苦瓜基因组DNA提取的最佳方法和叶片的最适部位;研究了ISSR-PCR的退火温度,并采用正交设计法对影响ISSR-PCR的Mg²⁺、dNTPs、Taq酶、模板DNA以及引物浓度等5个因素进行了优化。结果表明,采用改良CTAB法从苦瓜顶端嫩叶中提取的基因组DNA OD260/OD280值在1.8~1.9之间,OD260/OD230值为2.0左右,对DNA样品进行琼脂糖凝胶电泳检测,主带清晰,降解较少,产量和纯度均较高,效果较好。优化后的ISSR-PCR反应体系为：2.5μL 10×PCR buffer,2.5 mmol/L MgCl₂,250μmol/L dNTPs,10 ng模板DNA,0.75 U Taq酶,引物浓度0.7μmol/L,反应总体积为25μL,引物UBC826最佳退火温度为53℃。该体系在多次重复中均能获得良好的扩增结果。苦瓜基因组DNA提取的最佳方法为改良CTAB法,最适合的部位为顶端嫩叶。     

小麦基因组的一种简易提取方法

摘要：【研究目的】在综合分析多种提取小麦DNA方法的基础上,改良发展了一种快速简便高效的小麦基因组DNA提取方法。【方法】以春小麦Thatcher和以Thatcher为背景的近等基因系TcLr19,TcLr20, TcLr28为材料,改进后的方法提取的基因组DNA用抗叶锈基因Lr20的STS标记、Lr19和Lr28的SCAR标记、Lr28的SSR 标记进行PCR扩增,【结果】各分子标记都扩增出条带清晰正确的目的片段【结论】这表明该方法能够获得适用于STS、SCAR、SSR标记PCR扩增的高质量的DNA,而且该DNA简易提取方法加快了DNA提取速度、降低了污染源和成本,为大批量提取DNA提供了技术支撑。     

大豆不同生长时期基因组DNA提取方法的优化

以优质大豆品种冀豆7号、冀豆16号、五星1号、五星2号和MK（Maverick）不同生长时期的叶片为材料,分别采用不同方法提取大豆基因组,并通过对提取的DNA的含量测定、琼脂糖凝胶电泳分析和内参基因的PCR扩增,对不同方法所提取的DNA质量进行综合评价。结果表明：在嫩叶期,改进的CTAB法能够 分离出纯度高、质量好的DNA,而在开花期,采用本试验的新改良CTAB法可以有效去除多糖、酚类等物质得到完整性和纯度较好的大豆基因组,为大豆的分子生物学研究奠定了基础。