基于SSR分子标记的番茄遗传多样性分析

为探究收集于国内外不同番茄种质资源的亲缘关系,选用48对SSR引物856份番茄材料进行遗传多样性及群体结构分析。结果显示,46对多态性SSR标记在856份番茄材料中共检测到228个等位位点,平均每个标记检测到4.957个等位位点;各位点Shannon’s多样性指数和基因多样性平均值分别为0.687和0.383;多态性信息含量指数(polymorphism information content, PIC)平均值为0.335,说明检测的材料具有一定的遗传多样性。根据番茄果实大小将其分为3大类群,野生番茄(7份)、樱桃番茄(207份)及栽培型番茄(642份)三个类群;通过群体结构分析将856份材料划分为4个类群,两种类群划分有相似的结果。本研究为番茄种质资源的有效利用及核心种质构建提供了理论基础。     

基于SSR标记的冬瓜种质资源遗传多样性分析

为了加强冬瓜种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,本研究利用SSR标记在分子水平上对111份冬瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物共扩增出182条条带,其中多态性条带169条,多态率92.86%;通过POPGENE 1.31软件计算每对引物的平均有效等位基因数(Ne)为1.393 2,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.260 1,平均Shannon's信息指数(I)为0.418 7。采用Jaccard相似系数进行种质间的聚类分析,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。通过聚类结果可知,种质材料未按照地理来源划分,但相同果型、籽型的种质资源间亲缘关系较近。本研究基于SSR标记分析冬瓜种质资源遗传多样性并进行亲缘关系的聚类,将为冬瓜种质的保存和利用提供理论依据。     

海南岛火焰兰SSR标记开发、遗传多样性与群体结构分析

为了开发火焰兰(Renanthera coccinea)的SSR引物,进而开展海南岛火焰兰的种质鉴定、遗传多样性和群体结构分析。本研究采用三代测序技术首先获得火焰兰参考转录组,然后开发了火焰兰的SSR引物,最后基于SSR引物利用分子变异分析(AMOVA)、非加权组平均法(UPGMA)聚类、主坐标(PCoA)与群体结构分析等方法对来自海南岛不同地理分布的396份火焰兰资源进行研究。结果表明,所开发的17对三核苷酸多态性SSR引物能够有效地鉴别所收集的396份火焰兰种质。AMOVA分析显示,火焰兰群体间呈现极高程度的遗传分化,并且群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异。群体结构分析显示,来自不同地理分布的海南岛火焰兰存在3个不同的基因库,而且绝大多数群体是独立进化的,只有少数群体存在遗传混合,这一结果与UPGMA和PCoA分析的结果基本一致。综上可知,本研究新开发的17对SSR引物有效鉴定了396份海南岛火焰兰种质,揭示了其遗传多样性和群体遗传结构,对火焰兰的种质资源保护和育种计划具有非常重要的参考价值。     

小扁豆种质资源SSR标记遗传多样性及群体结构分析

从145对SSR引物中筛选到14对多态性引物,对选取国家种质库的440份小扁豆种质资源进行SSR标记遗传多样性分析,共检测出87个等位变异,平均每个SSR位点6.2143个;平均Shannon-Weaver指数(I)为1.1869。16个不同地理来源群体间表现出显著的遗传多样性差异,国外群体的遗传多样性水平(0.9837)远高于国内群体(0.3485)。PCA、UPGMA法聚类分析和Structure群体结构分析结果相互间完全吻合。440份参试材料从遗传结构上可划分为8个组群,揭示国外群体遗传分化大,群体间的亲缘关系较远;国内群体与之相反。研究结果显示,山西、宁夏和甘肃省是我国小扁豆资源遗传多样性最丰富、遗传关系较复杂的地区,应对该区域小扁豆资源进一步搜集、保护和研究。同时,应继续加强小扁豆资源的国外引种与交流,做进一步系统研究和开发利用。     

基于SSR标记的高原粳稻品种遗传多样性分析

利用中国农业行业标准(NY/T 1433-2014)推荐的48对SSR引物,对81个高原常规粳稻推广品种进行遗传多样性分析。结果表明:37对SSR引物在81个品种间具有多态性,共检测到139个等位基因(分子量变异范围为89~288 bp),每对引物检测到的等位基因数(Na)为2~10个,平均3.76个。Nei基因多样性指数(He)为0.025~0.769,平均为0.438。SSR多态信息量(PIC)分布范围为0.024~0.727,平均为0.416。遗传相似系数变幅为0.42~1.0,平均为0.65。2007-2016年育成的品种遗传多样性低于2007年前育成的品种,两个时期育成的品种有15个SSR位点的等位基因存在差异。聚类分析表明,遗传相似系数为0.62时,81个品种划分为4个类群,其中第Ⅰ类、第Ⅱ类和第Ⅲ类分别包括4个、5个和12个品种,第Ⅳ类包括60个品种,占供试品种数的74.1%。表明大多数品种间遗传距离近,遗传基础较窄。在今后的水稻育种中,应加强有利基因发掘、引进和创新利用,以拓宽高原粳稻的遗传基础。     

芝麻种质资源SSR标记遗传多样性与群体结构

利用42对具明显多态性的SSR引物, 分析国内外545份芝麻品种的遗传多样性和群体结构。结果检测到106个等位变异位点, 引物多态位点范围为3~9个, 平均为3.8个/引物, Y1994引物的等位位点最多, 为9个。引物Shannon信息指数(I)范围为1.4834~0.1233, 平均值为0.6450; 多态信息指数(PIC)范围为0.7481~0.0516, 平均值为0.4092, 平均杂合度(He)为0.1162。UPGMA聚类、二元主成分及群体结构分析结果基本一致; 供试545份芝麻资源可被分为3个UPGMA组群, 在群体结构上分为3个亚群; 芝麻资源整体遗传分化较小, 亲缘关系较近。中国7个生态群种质相似系数范围为0.9811~0.5462, 东北西北等区域资源与黄淮、江汉、华中华南等区的亲缘关系较远; 国外7个生态群相似系数为0.9726~0.7442, 非洲区与日本区种质亲缘关系较近, 与中国资源亲缘关系较远。中国种质资源遗传基础较为狭窄, 遗传多样性与地理分布不完全相关, 而国外资源遗传多样性丰富。在今后芝麻育种工作中, 应加强国外资源的引进与利用, 并注重国内不同类群资源利用, 拓宽我国芝麻品种遗传基础。     

利用SSR标记分析云南保山玉米遗传多样性

本研究利用农业标准(NY/T1432-2014)推荐的SSR核心引物,以云南保山推广种植的15个玉米品种为研究材料,进行遗传多样性分析.结果表明,共有17对引物在玉米品种间产生72个多态性片段,每对引物扩增出3～6个多态性片段,平均每个引物4.3个;有效等位基因数为1.219～1.750,平均为1.448;Nei's遗...     

云南糯稻遗传多样性的SSR分析

用24对单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物分析云南省63个糯稻品种的遗传多样性,结果显示云南糯稻总体遗传多样性水平较高。24个SSR位点共检测到153个等位基因,均为中度或高度多态位点。总群体平均香农指数为1．4493,平均Nei’s基因多样性指数为0．7187。滇西南、滇南和滇东南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。AMOVA分析表明糯稻的遗传变异主要存在于地区内品种间（79％）,只有5％遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占16％,保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。聚类分析显示Nei’s遗传相似系数为0．22时云南糯稻品种分为籼糯和粳糯2个类群,但是不能区分地理组。     

利用SSR分析四倍体棉种多态性

利用SSR标记对60份四倍体棉种材料进行遗传多样性分析,其中包括42份陆地棉野生种系。结果显示, 从1 050对SSR引物筛选出的95对SSR引物均能在60份材料间扩增出稳定明显的多态性条带,共检测出660个片段,其中多态性片段584个,占88.5%。每个位点的等位基因为2~12个,平均每对引物6.1个。UPGMA聚类分析显示, 42份材料的相似性系数(GS)在0.306~1.000之间,平均成对相似系数为0.493。95对引物的多态信息含量(PIC)的变幅为0.278~0.905,基因多样性(H¢)的变幅为0.451~2.451, 有效等位基因数(Ne)在1.385~10.490之间变动。SSR标记在陆地棉野生种系及四倍体棉种间均可反映丰富的遗传多样性信息,其中陆地棉与陆地棉野生种系中阔叶棉的亲缘关系最近,海岛棉和达尔文棉的亲缘关系非常相近,黄褐棉和毛棉相对较近,陆地棉与其他4个棉种的亲缘关系最远。     

用SSR标记对云南爆裂玉米地方种遗传多样性的研究

本文利用SSR标记分析了14份代表云南不同生态地区的爆裂玉米种质的遗传多样性.从96对SSR引物中筛选出分布于玉米基因组10条染色体上的43对引物,每对引物可以稳定地检测到1～13个多态性片段,共232个,平均为5.40个,片段大小介于65～490bp之间.检测出1个等位基因(allele)的引物有3对,占所筛选引物的7.0%;检测出12个和13个等位基因的引物也有3对,占所筛选引物的7.0%;其余37对引物检测出的等位基因一般在2～9个,占所筛选引物的86.0%.结果表明云南爆裂玉米地方种质具有较高的遗传多样性.通过聚类分析将云南爆裂玉米分为3个类群,4个亚群,聚类结果与云南不同海拔地势的变化走向基本相符.     

利用SSR标记评价普通菜豆种质遗传多样性

利用36对SSR引物对332份国内普通菜豆、16份国外普通菜豆和29份野生菜豆的遗传多样性进行了分析,等位变异数和多样性指数的计算结果显示,3种生态型普通菜豆遗传多样性由大到小的顺序为国内普通菜豆、野生菜豆和国外普通菜豆;我国贵州、云南、黑龙江等省普通菜豆的遗传多样性较为丰富。基于SSR数据,对377份普通菜豆种质资     

基于SSR标记的苔草种质遗传多样性分析

苔草属(Carex L.)植物为莎草科多年生草本,在园林绿化、畜牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用.为了了解新西兰苔草品种间的遗传多样性及与国内苔草的地域差异,对其进行分子标记分析.本研究利用筛选得到的10对SSR引物对12份苔草材料(包括10份新西兰引进品种)进行遗传多样性分析,结合聚类分析等揭示苔草材料...     

利用SRAP与SSR标记分析不同类型甜菜的遗传多样性

为选育优质甜菜新品种, 指导种质资源引进和利用, 为进行分子标记辅助选择育种提供科学依据, 采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合, 对甜菜单胚雄性不育系及保持系等49份材料进行遗传多样性分析。利用4个表型差异显著的甜菜品系对SRAP的64对引物组合及SSR的11对引物组合进行扩增, 分别筛选出有效引物组合11对和9对。SRAP的11对引物组合共产生199条扩增带, 其中有86条多态性带, 多态性带的比率平均为43.7%。SSR的9对引物共产生35条扩增带, 多态性比率为100%。全部材料的平均遗传距离为0.3860, 平均遗传相似系数为0.6795, 大约30%的材料遗传距离或遗传相似系数具显著或极显著差异。遗传相似系数平均值比较, 多胚四倍体品系0.7264＞单胚杂交组合0.7243＞国外品种0.7060＞多胚二倍体品系0.6908＞单胚品系0.6837。在遗传距离0.20处, 将49个甜菜材料划分为A、B、C、D 4个类群, D类群又分为4个亚类, 较好地显示了甜菜材料丰富的遗传多样性。表明不同甜菜品种具有相当高的异质性, 国外与国内材料的遗传基础存在一定差异, 但生产应用的甜菜品种间存在亲缘关系较近、遗传基础较窄的倾向。     

新疆自育陆地棉品种SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对94份新疆自育陆地棉品种的基因组进行分析,研究新疆陆地棉品种的遗传多样性。结果: 从分布于棉花全基因组的206对SSR标记中筛选出54对具有稳定多态性的引物, 共检测出153个多态性位点, 每对引物的等位变异为2~6个,平均为2.93个;基因型多样性(H′)变幅为0.0439–0.7149,平均为0.4491;引物多态信息含量(PIC)为0.0430–0.6640,平均为0.3831。表明SSR标记在品种间可以反映较丰富的遗传多样性信息。94份品种间成对遗传相似系数变幅为0.3846~0.9835, 71.9%的品种相似系数在0.601~0.800内,反映出新疆陆地棉品种间的遗传相似性相对较高。根据UPGMA 聚类分析,在阈值为0.63时,将94份品种划分为2个类群,说明新疆陆地棉品种间遗传关系相对简单,品种的遗传基础相对狭窄,品种遗传组分差异较小,总体上遗传多样性不够丰富;分子聚类结果与品种本身遗传系谱背景和演变趋势吻合度较高,符合品种的真实特性。研究证明,自育品种在分子水平上差异不大,需要努力拓宽品种选育的遗传基础。     

人工六倍体小麦后代衍生群体遗传多样性研究

通过四倍体二粒小麦和节节麦杂交而获得的人工合成六倍体小麦,含有丰富的普通小麦品种改良有益基因,作为拓宽普通栽培小麦性状和新品种改良的新的种质资源已广泛应用于普通小麦的遗传改良实践中.利用分布于小麦A、B、D基因组21条染色体、28个不同染色体臂上的37对微卫星引物,对人工合成六倍体小麦与四川成都平原普通栽培小麦主栽品种杂交、回交经多代选择而形成的117份人工合成六倍体小麦衍生后代高代群体系(其中川麦38、川麦42、川麦43和川麦47为审定品种)进行了DNA分子水平上的分析,共检测到256个等位基因变异,平均每个SSR标记位点检测到6.92个等位变异基因.每个SSR位点等位基因变异数在1～14个,变异幅度较大,表明SSR分子标记在人工合成六倍体小麦中表现出高水平的遗传变异.A,B,D基因组中,D基因组表现出的多态性信息含量最低,为0.427 6,B基因组次之,为0.534 6,A基因组最高,达到 0.614 5(A>B>D).辛普森指数比较的结果也反映出相同的变化趋势,A基因组最高,为1.187 4,B基因组次之,为1.081,D基因组最小,为0.804 6(A>B>D).综合多态性信息含量和辛普森指数的估值,表明这一批人工合成六倍体小麦后代衍生高代群体接受的遗传基因既来自人工合成六倍体小麦,又来自普通栽培小麦,显示杂合度类型丰富,具有较高的遗传差异.根据获得的等位基因变异片断的分布情况进行UPGMA聚类,发现A,B,D基因组基因型间的遗传相似系数较低, A,B,D三基因组37个SSR标记位点所得平均遗传相似系数为0.472 1,A基因组平均遗传相似系数为0.379 7,B基因组平均遗传相似系数为0.462 7,D基因组上平均遗传相似系数为0.581 5,反映出人工合成六倍体小麦后代衍生群体材料的遗传多样性处于较高水平.本研究结果证明利用人工合成六倍体小麦所具有的普通小麦野生近缘种中的基因库改良现代小麦,丰富其遗传基础,减少其生物和非生物胁迫的脆弱性,是一条行之有效的途径.     

利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性

正确评价茶树地方品种的遗传多样性是有效保护和利用茶树地方品种的前提条件。本研究从西湖龙井群体种中选取91个单株,用SSR分子标记分析其遗传多样性。采用计算机模拟方法,探讨了抽样群体样本量、SSR引物等位基因数影响茶树地方品种的主要遗传多样性参数值的变化规律。结果表明,样本量对茶树地方品种的遗传多样性参数值有不同程度的影响,当样本量达到15个单株时,各遗传参数值趋于稳定;SSR引物等位基因数对茶树地方品种各遗传多样性参数值的影响很大,而且达到总体遗传多样性90%所需的样本量也很不一样。当SSR引物等位基因数为5时,24个茶树单株才能达到茶树地方品种总体90%以上的遗传变异。本研究为茶树地方品种遗传多样性的评价和采用合理的保护策略提供了科学依据。     

基于SSR标记的华南野生蓖麻遗传多样性分析

国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检测到等位基因4.819个、有效等位基因2.410个,平均多态性信息含量(PIC)为0.481,平均Shannon's信息指数(I)为1.007,平均期望杂合度(He)为0.525,均高于以往报道结果。按地理来源分析,来自广东的材料遗传多样性最高,广西的次之,海南的最低。群体遗传结构分析将240份材料划分为3个类群,每个类群遗传背景独特,与地理分布基本一致,类群间存在一定程度的基因交流。聚类分析在遗传相似系数为0.404时,将240份材料分为4个组,组间亲缘关系与地理分布没有直接联系,但随着遗传相似系数的增大,同一地区的材料有聚到一起的趋势。以上结果证明中国华南野生蓖麻材料遗传多样性较为丰富,是比较独特的一类蓖麻种质资源,应进一步加强保护、研究和利用。本研究对华南野生蓖麻的高效保护和研究利用提供了数据参考。