绍兴鸭小群保种效果的分子生物学监测

为监测绍兴鸭小群保种效果,研究利用28个微卫星对绍兴鸭核心群两个世代的120只鸭在分子水平的遗传参数进行检测分析。利用SPSS 17.0检测27、28世代间的群体遗传参数。结果表明,在分子水平上,两个世代的等位基因数、有效等位基因频率、多态信息含量、期望杂合度、表观杂合度差异均不显著;对每个世代每个座位进行哈代-温伯格检验表明,两个世代Nei氏相似性系数极高,Nei氏遗传距离极低,符合遗传规律;该保种场有效保种群体数量为182只,每代近交增量为0.27%,符合家禽每世代近交系数的增量不超过0.50%的原则。结果表明,绍兴鸭的小群保种在分子水平均无显著性变化,小群保种能够有效地保存绍兴鸭的品种特征,对水禽采用这种保种方法是可行的,可以作为监管部门保种监测的辅助手段。     

基于STR技术的4个地方鹅种遗传多样性分析

利用9对高度多态的微卫星引物,运用STR自动化分析技术,对浙东白鹅、皖西白鹅、四川白鹅和太湖鹅等4个地方鹅种的群体遗传多样性进行微卫星分析。根据等位基因频率计算有效等位基因数、群体杂合度等群体遗传参数,分析群体内和群体间的遗传变异,并与上一世代保种群体的遗传信息进行比较。结果表明:在9个座位上共检测到74个等位基因;群体平均期望杂合度为0.605 6,平均多态信息含量为0.553 8。群体间遗传分化差异显著,遗传分化系数为0.043 7。群体间遗传距离为0.033 2~0.111 0,基因流动值为5.820~16.703。两世代遗传多样性无明显差异,表明基因库保种切实保持品种自身的种质特性。     

万载黑兔微卫星标记的遗传多样性分析

对万载黑兔、皖系长毛兔和比利时兔进行遗传多样性检测。利用13个微卫星位点,进行哈代 温伯格平衡（Hardy Weinberg equilibrium,HWE）检验,统计3个种群的基因频率、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F值和遗传距离。研究结果表明：万载黑兔、比利时兔、皖系长毛兔各存在3个不平衡位点,说明群体遗传多样性较丰富。3个群体多态信息含量（PIC）平均值分别为0.35,0.48,0.31。3个群体的He平均值分别为0.40,0.54,0.37;Ho平均值分别为0.39,0.51,0.35。群体间遗传分化系数（Fst）平均为0.120 1,万载黑兔与比利时兔的遗传距离最近,为0.145 2;皖系长毛兔与万载黑兔的遗传距离最远,为0.200 0。     

利用微卫星标记分析滩羊群体的遗传多样性及遗传分化

利用10对微卫星标记对小尾寒羊、宁夏牧区园区白滩羊、保种场滩羊和黑滩羊的遗传多样性和遗传分化进行分析,根据DC和DA遗传距离构建系统树。结果表明:10个微卫星座位中共检测到167个等位基因,每个座位在每个群体均检测到5个以上的等位基因。座位和群体期望杂合度均在0.8左右;座位平均多态信息含量为0.722 3～0.838 5;园区白滩羊平均多态信息含量为0.794 6,保种场白滩羊平均多态信息含量为0.778 4,黑滩羊平均多态信息含量为0.772 3,群体平均多态信息含量为0.772 3～0.794 6。群体间表型分化系数为0.089 3,总群体近交系数为0.674 0,群体内近交系数为0.642 0。运用DC和DA遗传距离,分别采用UPGMA和NJ法构建的系统聚类图基本一致。综合遗传分化系数、遗传距离及聚类图,结果提示,滩羊与小尾寒羊群体间遗传分化程度最大,黑滩羊与白滩羊群体间存在一定的遗传分化,2个白滩羊群体间遗传分化程度相对最小。     

利用微卫星标记分析云南矮马的遗传多样性

为云南矮马资源的保护、开发和利用提供科学依据,采用11个微卫星标记对35匹云南矮马进行遗传多样性分析,计算各微卫星位点的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)并进行了哈代-温伯格平衡检验。结果表明,各位点平均等位基因数8.55,平均有效等位基因数6.33,平均多态信息含量0.81,平均杂合度0.84,处于哈代-温伯格不平衡状态。说明,云南矮马的遗传多样性较丰富。     

洪山鸡提纯选育效果的微卫星分子标记分析

利用8个微卫星座位对洪山鸡的提纯选育效果进行分析,分别计算了群体有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似系数和近交系数等相关参数.结果表明:在零世代基础群和五世代洪山鸡群体中共检测到129个等位基因,片段长度在120～300 bp之间;2个世代的遗传多样性指标大多表现为高度多态,零世代基础群和五世代平均多态信息含量分别为0.861 4和0.649 9,平均观察杂合度分别为0.490 0和0.343 8,平均期望杂合度分别为0.8662和0.826 5;五世代的群体平均遗传相似系数为0.775 9,较零世代基础群体有显著提高(0.673 0);2个世代间的近交系数均值为0.047 7.     

我国三种野生泥鳅遗传多样性的微卫星分析

本研究采用5个微卫星分子标记技术对我国黑龙江泥鳅(M.mohoity)、北方泥鳅(M.bipartitus)、泥鳅(M.anguillicaudatus)进行了遗传多样性分析。结果表明,三种泥鳅的5个微卫星基因座共检测到等位基因数27个,微卫星基因座的等位基因数范围为3~7个。5个微卫星基因座在三种泥鳅的多态信息含量都达到了高度多态的水平,平均PIC值在0.526~0.722之间,说明三种泥鳅具有丰富的遗传多样性。黑龙江泥鳅、北方泥鳅和泥鳅的观测杂合度Ho分别为0.978,0.889和0.742,期望杂合度He分别为0.683、0.781、0.721。三种泥鳅的遗传距离为0.189~0.559,泥鳅和北方泥鳅群体间遗传距离最小为0.189,亲缘关系较近,而泥鳅和黑龙江泥鳅群体间遗传距离最大为0.559,亲缘关系较远。Hardy-Weinberg平衡检验P值。得出所有个体在5个微卫星位点上都无偏离现象。聚类结果显示黑龙江泥鳅、北方泥鳅、泥鳅群体分为二支,泥鳅和北方泥鳅聚为一类,之后两者再与黑龙江泥鳅聚为一类。     

埃及品系尼罗罗非鱼不同选育世代间遗传潜力分析

选用25个微卫星基因座对连续3个选育世代的埃及品系尼罗罗非鱼进行检测,通过分析世代间的遗传差异来探讨埃及品系尼罗罗非鱼的保种现状和遗传潜力。结果表明,3个世代群体在25个微卫星基因座中共检测出105个等位基因,不同基因座上的等位基因数为2~7,3个世代群体的平均有效等位基因数(Ae)分别为2.59、2.52、2.30个,平均期望杂合度(He)分别为0.547、0.545、0.518,平均观测杂合度(Ho)分别为0.479、0.457、0.451,平均多态信息含量(PIC)分别为0.487、0.480、0.458,3个世代群体遗传多样性水平较高,世代间各遗传参数随世代数增长呈略微下降趋势,但差异不显著(P0.05);3个世代间遗传分化指数(Fst)在0.017~0.048之间,均小于0.05,遗传分化程度相对较低;通过分子方差对遗传变异来源分析表明,经过选育群体世代间的遗传分化较小,世代间变异仅占总变异的3.34%,分化主要来源于世代内个体间的遗传差异。目前,采用保种选育方法对埃及品系尼罗罗非鱼世代间的遗传信息较为稳定,具有较高的遗传潜力。     

应用微卫星标记对两个SD大鼠封闭群的遗传学研究

利用7个微卫星标记结合高分辨率全自动核酸分析系统,对四川和上海两个不同地区生产的SD大鼠封闭群进行遗传检测,计算并分析其群体遗传学参数。结果在两个SD大鼠群体中共发现等位基因40个,每位点等位基因数4~8个,平均5.714 3个;平均期望杂合度为0.706 8;平均多态信息含量为0.663 4。两个群体分别检测到38和36个等位基因;平均期望杂合度分别为0.706 9和0.697 9;平均多态信息含量分别为0.655 1和0.646 1;两个群体分别有4个位点和5个位点符合Hardy-Weinberg平衡。两群体间Nei(1972)遗传同一性和遗传距离分别为0.268 2和0.764 8,Nei(1978)无偏遗传同一性和遗传距离分别为0.238 1和0.788 2,不同微卫星位点的平均Fst值为0.090 5,表明两个种群的遗传分化程度为中等分化。试验结果表明,两个种群都符合封闭群动物的群体遗传特征,是比较理想的封闭群。     

长江三角洲白山羊保种群体的SSR遗传多样性分析

长江三角洲白山羊是皮、肉、毛兼优的地方山羊品种。通过微卫星标记（SSR）对长江三角洲白山羊保种群体进行遗传多样性分析,可为种质资源保护和品种改良提供数据支持。选取30个SSR标记,采用PCR扩增和毛细管电泳技术检测海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交白山羊的遗传多样性。对各群体不同位点和各位点不同基因型进行分析。海门山羊、崇明白山羊和崇明地区杂交山羊群体中等位基因总数分别为205、191和147个,平均有效等位基因数（Ne）为4.012、3.812、3.092,平均期望杂合度（He）为0.683、0.668、0.617,平均观测杂合度（Ho）为0.726、0.691、0.633,平均多态信息含量（PIC）为0.647、0.630、0.567。三个群体的平均近交系数（Fis）为0.011 0,平均遗传分化系数（Fst）为0.050 7,平均基因流（Nm）为4.680 6。杂交山羊和崇明白山羊的遗传距离较近,和海门山羊遗传距离较远。系统进化树聚类分析表明,崇明白山羊与崇明杂交山羊聚为一类。两个纯种长江三角洲白山羊群体和杂交群体均表现出较高的杂合度、多态性和遗传变异;两个保种群体为中度遗传分化,近亲繁殖率低,存在基因交流,可用于种质资源的保存和利用。     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

斑点叉尾鮰4个群体遗传多样性的微卫星分析

采用16对微卫星引物对斑点叉尾鮰3个引进地理群体(德克萨斯州、阿拉巴马州和密西西比州)和1个"本地优"群体(丹江口水库和青江水库杂交后选育的优良个体)进行遗传多样性分析。结果表明:4个群体的等位基因数在2～18之间,平均有效等位基因数为5.820 8～6.146 6,平均观测杂合度为0.653 0～0.693 5,平均期望杂合度为0.732 7～0.756 6,平均多态信息含量为0.613 5～0.725 6;哈代-温伯格平衡检验结果显示,4个群体在大部分位点显著偏离平衡,遗传偏离指数D多为负值,表明4个群体均存在一定程度的杂合子缺失。其中,德克萨斯和密西西比群体的遗传距离最远(0.275 0),相似度最低(0.759 6)。分子方差分析结果显示:遗传变异4.22%来自群体之间,95.78%来自于群体内部。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的4个群体的UPGMA系统进化树结果显示,密西西比群体单独聚为一类,德克萨斯、本地优和阿拉巴马群体聚为一类,其中在德克萨斯、本地优和阿拉巴马群体这个分支中,德克萨斯和本地优群体聚为一类。综上所述,4个群体内遗传变异较大,遗传多样性水平较高,具有一定的育种潜力,可以作为良好的育种材料。     

基于基因组测序数据的梅山猪保种现状分析

梅山猪是我国太湖流域优良地方品种之一,以繁殖力高和肉质鲜美闻名于世。为探究这一珍贵遗传资源的保种现状,本研究利用4家梅山猪保种场的143头梅山猪简化基因组测序数据,对现有群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果表明,各保种场群体有效含量均处于严重威胁状态,群体有效含量(Ne)小于65;中梅山群体具较高的多态标记比,小梅山群体具较高的观测杂合度与期望杂合度;小梅山与中梅山2类型间存在较大遗传分化,群体分化指数(Fst)为0.111,遗传距离(D)为0.287;2个小梅山保种场群体间的遗传分化较弱(Fst=0.055,D=0.239),而2个中梅山保种场群体间则达到中等程度遗传分化(Fst=0.127,D=0.273)。本研究利用测序数据首次全面揭示了现有梅山猪保种群体的遗传多样性与遗传结构关系,为更好地保护与利用梅山猪提供了分子依据。     

鲤易捕性状选育群体不同世代微卫星分析

用30对微卫星引物对易捕性状人工选育鲤(Cyprinus carpio)的4个连续世代共计154个个体进行了遗传分析。4个世代(F1-F4)的平均等位基因数分别为7.7619、6.9189、5.0889、4.6667;平均多态信息含量分别为0.6215、0.7512、0.7314、0.7431;平均观测杂合度分别为0.7730、0.7135、0.7593、0.7196,人工定向选育已对群体的多样性造成了影响。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验及F-检验数据显示人工累代选育已经使群体的遗传结构发生了变化,并开始趋于稳定,表现为偏离平衡的位点逐代增加,相邻世代之间遗传分化系数逐代减小。FST平均值0.0995提示出选育群体已处在中等分化水平,有90%的遗传变异来自于群体内个体间。遗传距离及遗传相似性结果显示随着选育世代的增加,世代之间遗传距离越来越小,遗传相似性越来越大,但与理论值仍有差距,说明还有育种潜力,应继续保持遗传效应,确保育种成功。     

鲤易捕性状选育群体不同世代微卫星分析

用30对微卫星引物对易捕性状人工选育鲤(Cyprinus carpio)的4个连续世代共计154个个体进行了遗传分析。4个世代(F1-F4)的平均等位基因数分别为7.7619、6.9189、5.0889、4.6667;平均多态信息含量分别为0.6215、0.7512、0.7314、0.7431;平均观测杂合度分别为0.7730、0.7135、0.7593、0.7196,人工定向选育已对群体的多样性造成了影响。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验及F-检验数据显示人工累代选育已经使群体的遗传结构发生了变化,并开始趋于稳定,表现为偏离平衡的位点逐代增加,相邻世代之间遗传分化系数逐代减小。FST平均值0.0995提示出选育群体已处在中等分化水平,有90%的遗传变异来自于群体内个体间。遗传距离及遗传相似性结果显示随着选育世代的增加,世代之间遗传距离越来越小,遗传相似性越来越大,但与理论值仍有差距,说明还有育种潜力,应继续保持遗传效应,确保育种成功。     

一个剑白香猪实验群体的遗传多样性

选用荧光标记的19个微卫星DNA标记,通过PCR扩增和ABI3700遗传分析仪基因分型,对贵阳中医学院实验猪场的一个剑白香猪群体进行了遗传多样性研究.结果表明,在19个微卫星位点中,仅S0128位点存在哑等位基因(Null allele),SW951和S0218两个位点极显著地偏离哈德一温伯格平衡,其他位点皆处于哈德-温伯格平衡状态;该剑白香猪实验群体的平均等位基因数、平均多态信息含量和平均期望杂合度分别是3.680、0.452和0.521.在近期内没有发牛过瓶颈效应.并用STRUCTURE软件对所研究的群体进行了群体结构的分析,表明作为实验猪群的剑白香猪群体,虽经多年的培育,仍然保持了较丰富的遗传多样性.     

基于微卫星标记的湖羊资源保护效果的评价

为了比较江苏省湖羊资源保护区和苏州市种羊场2个湖羊保种群体的保种效果,了解湖羊遗传多样性的现状,为探索科学有效的保种方法提供理论依据,采用微卫星DNA标记技术,从全基因组水平对保护区和种羊场2个群体进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示:2个湖羊群体的遗传多样性丰富,保护区稍高于种羊场,多态信息含量(PIC)分别为0.821和0.798,期望杂合度(He)分别为0.849 6和0.836 9;两群体间存在着较大的基因交流基因流[基因流(Nm)=16.793 0],群体间遗传分化水平低[群体分化系数(Fst)=0.014 7],保护区的近交程度[近交系数(Fis)=0.451 0]稍高于种羊场(Fis=0.394 5)。2个群体均较好地维持了湖羊丰富的遗传多样性,保种效果差异不大,但应尽量避免近交。     

凡纳滨对虾3个亲本及其子代群体的SSR分析（摘要）（英文）

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OI Q、SIS Q、Kona Bay Q）及其子一代（OI Z、SIS Z、Kona BayZ）共计120个个体进行遗传分析。计算6个群体在8个微卫星位点上的平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均Hardy-Weinberg平衡指数（D）,以上各参数均采用群体遗传学分析软件POP-GENE3.2处理,同时根据Nei的方法计算群体间的遗传距离和遗传相似系数。运用MEGA3.0软件,采取UPGMA方法根据6个群体的遗传距离进行聚类。结果表明：8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2 ～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.479 4 ～0.769 9,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

利用微卫星标记分析长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的遗传多样性

利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富.     

江西省3个地方鸡种遗传多样性分析

为探究江西省3个地方鸡种的遗传多样性,为江西省家禽群体遗传资源的合理利用和种质资源保护提供依据,利用飞行质谱分型技术对宁都黄鸡、白耳黄鸡、安义瓦灰鸡3个群体(463只个体) 1号染色体上的25个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因型分型,计算每个SNP位点的等位基因频率、表观杂合度、期望杂合度、多态信息含量及群体间Nei氏标准遗传距离。结果显示,所有位点在3个群体中的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量分别为1.636、0.367和0.291,其中白耳黄鸡的平均有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高(1.684、0.387和0.303),安义瓦灰鸡最低(1.562、0.328和0.262)。遗传距离和系统聚类结果显示,3个群体的遗传相似性都比较高,安义瓦灰鸡和白耳黄鸡2个群体聚为一类,宁都黄鸡单独聚为一类。