健康和腹泻川金丝猴粪样菌群比较分析

通过对比健康与腹泻成年川金丝猴粪便菌群,初步探讨腹泻对川金丝猴粪便细菌区系的影响。采集成年川金丝猴稀软粪样和正常粪样各7份,利用变形梯度凝胶电泳(DGGE)和实时荧光定量(Real-time PCR)技术分别定性和定量检测粪样菌群变化。结果表明,健康与腹泻粪样菌群DGGE指纹图谱形成2个聚类,相似性为0.78,细菌多样性指数差异不明显。健康成年川金丝猴粪样菌群以梭菌属(包括柔嫩梭菌、梭菌clusterⅪVa、梭菌clusterⅣ)、拟杆菌-普氏菌属为主要优势菌群;肠道微生物定植抗力指标B/E值为0.97;腹泻粪样中双歧杆菌数量(P0.01)、乳酸杆菌数量(P0.05)显著低于正常粪样,而梭菌clusterⅠ和肠杆菌显著(P0.05)高于正常粪样,其他菌群差异不显著,B/E值(P0.01)极显著降低。表明腹泻导致川金丝猴粪样菌群结构失调。     

川金丝猴肠道淋巴瘤病理学诊断

在野生动物疾病的诊治过程中,肿瘤疾病不可忽视,但由于野生动物病理学技术的匮乏,经常导致肿瘤疾病无法快速确诊。北京动物园兽医院曾接收1例川金丝猴死亡样本,经病理组织学观察结果显示其肠道患有淋巴瘤,结合临床诊断、化验室诊断进一步得到确认,为今后相关疾病的提前预判提供了参考依据,也为今后野生动物肿瘤病理学诊断提供了思路。     

圈养川金丝猴、猕猴肠道寄生虫感染及其形态观察

2007年11~12月对陕西省珍稀野生动物抢救饲养中心的川金丝猴(R.roxellanae)、猕猴(Macaca mu-latta)进行了肠道寄生虫感染情况及其种类形态的研究。采用生理盐水涂片、碘液染色、铁苏木素染色法对川金丝猴、猕猴进行粪便检查,并对检出的寄生虫进行数码显微摄像。结果川金丝猴、猕猴肠道寄生虫的感染率分别为91.67%、100%,共检出7种肠道寄生虫,其中以鞭虫(Capillariasp.)、芽囊原虫(Blastocystissp.)、溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)感染较为严重。     

旋毛虫感染小鼠肠道菌群的变化

选取18只BALB/c小鼠进行旋毛虫灌胃,以灌胃前1d作为时间起点,于第0、1、7、14、28天分别收集小鼠粪便,同期选取12只同种小鼠作为对照。采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)法对小鼠粪便中双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、梭菌、拟杆菌、直肠真杆菌、柔嫩梭菌以及脱硫弧杆菌进行定量检测。结果显示,双歧杆菌数量在第7、14、28天均显著低于对照组(P<0.01),第1天无变化;乳杆菌第7、14、28天低于对照组(P<0.05),第1天无变化;肠球菌与梭菌在第7、14、28天均高于对照组(P<0.05),第1天无变化;拟杆菌、直肠真杆菌、柔内梭菌以及脱硫弧杆菌均无明显变化(P>0.05)。结果表明,旋毛虫感染可引起小鼠肠道菌群变化,从而引起小鼠肠道菌群失调。     

非手术治疗川金丝猴肠梗阻

通过保守疗法治愈川金丝猴肠梗阻多例,具有操作方便,治疗风险小,疾病恢复期短,无并发症等特点。适用于手术疗法护理困难的野生灵长类肠梗阻的治疗。     

复合抗氧化剂对早期断奶仔猪肠道主要菌群的影响

研究旨在探讨复合抗氧化剂对早期断奶仔猪肠道主要菌群的影响.选择12窝21日龄(杜×长)二元杂交仔猪,随机分成3组,每组4窝猪,分别为对照组、断奶组和抗氧化剂组.对照组和断奶组饲喂基础日粮,抗氧化剂组在基础日粮中添加6.75 g/kg复合抗氧化剂.断奶组和抗氧化剂组分别于21日龄断奶,对照组继续哺乳.在仔猪24日龄时,每窝随机取1头进行屠宰,无菌采集仔猪盲肠内容物,以SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR技术测定盲肠内容物中乳酸杆菌和大肠杆菌数量的变化.结果表明:1)与对照组相比,断奶组乳酸杆菌数量降低了49.3％,大肠杆菌数量增加了66.2％;抗氧化剂组乳酸杆菌数量有下降的趋势,但差异不显著,大肠杆菌数量显著降低了57.9％.2)与断奶组相比,抗氧化剂组乳酸杆菌显著升高,大肠杆菌数量显著降低.仔猪早期断奶应激可导致肠道菌群紊乱,在日粮中添加复合抗氧化剂能够促进肠道有益菌并抑制有害菌的增殖,提高仔猪肠道健康.     

圈养成年非洲狮和幼年非洲狮肠道菌群多样性的比较分析

通过PCR-DGGE技术探讨同一养殖环境中的成年非洲狮和幼年非洲狮肠道菌群多样性。提取总DNA,对16S rDNA的V3区进行变形梯度凝胶电泳,对DGGE图谱进行特异性条带回收和克隆测序,通过BLAST与已知条带对比,结果显示:成年非洲狮肠道内含有梭菌属Clostridium)、毛螺旋菌Lachnospiraceae bacterium)、优杆菌属Anaerovorax)、乳球菌属Lactococcus)、消化链球菌属Peptostreptococcus)和Blautia菌属。而幼年非洲狮肠道内菌群较少且均为共有菌群,如:拟杆菌Bacteroidetes bacterium)、瘤胃菌属(rumen bacterium),UPGMA聚类分析得出,成年非洲狮与幼年非洲狮之间菌群结构相似度较低,仅为34%.以上结果表明,非洲狮成长的不同阶段,菌群结构存在明显的差异。这为野生动物不同阶段微生态制剂的研发提供理论基础。     

江西地区腹泻仔猪肠道致病菌谱的分析及梭杆菌的分离鉴定

为研究与仔猪腹泻相关的肠道菌群的组成,本试验利用细菌16S rDNA高通量测序分析对比腹泻与健康仔猪肠道菌群的组成差异,并建立荧光定量PCR计数方法测定仔猪肠道梭杆菌数,结合变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)图谱技术对腹泻仔猪肠道梭杆菌属进行分析;依据菌群分析结果,对腹泻仔猪肠道梭杆菌进行分离鉴定。相比健康仔猪肠道菌群组成,腹泻组(D组)仔猪肠道梭杆菌属(Fusobacterium)丰度显著高于健康组(H组),而厚壁菌门(Firmicutes)、乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度显著低于H组(P<0.05);在种水平上,D组死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)显著高于H组(P<0.05),而食淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylovorus)则显著低于H组;荧光定量PCR检测结果也表明腹泻新生仔猪肠道中梭杆菌数量显著高于健康仔猪(P<0.05);仔猪肠道梭杆菌属PCR-DGGE图谱结果显示,具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)在健康与腹泻仔猪中均有被检测到,但仅在D组中检测到的梭杆菌为uncu...     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便,基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明,不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长,厚壁菌门的相对丰度逐渐增加,变形菌门的相对丰度逐渐降低;共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势,在18～22岁达最高;Beta多样性结果表明,组间差异大于组内差异,不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌,34...     

肠道菌群的分析

可以通过测定猪肠道中乳酸茵和大肠杆菌的比率而评定猪的健康状态。     

圈养川金丝猴冬季昼间活动时间分配及空间利用研究

2012年12月~2013年2月,通过直接拍摄观察,采用瞬时扫描记录方法,对上海动物园内圈养条件下4只川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)的活动时间分配和笼舍空间利用率进行了初步研究,结果表明:川金丝猴圈养环境下大部分时间用来休息,占昼间活动时间的46.27%,其次是理毛行为,占22.20%,摄食和玩耍行为分别占9.73%,6.90%,乞食和移动行为分别占5.04%、5.76%,其他行为占4.10%;休息行为有2个高峰,分别为8:00~9:00时和16:00时以后,摄食行为只在8:00~9:00时有一个较为明显的高峰,理毛行为集中在10:00时;通过对空间利用率的比较,A、B、C、D、E各区均有利用,但是A区、C区、D区的占用率明显高于B区、E区,A区主要用来休息,B区、C区、D区主要用来玩耍和移动,E区主要用来取食和休息。     

Eurasian blackbird predated by wild Rhinopithecus roxellana in the Qinling Mountains,China

Although there are some reports that have described primates eating animals, it is unknown whether predation on vertebrates exists in herbivorous leaf‐eating primates. We have witnessed firsthand wild Sichuan snub‐nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana) preying on and consuming Eurasian blackbirds (Turdus meruld) in the Qinling Mountains of China. This event suggests that R. roxellana, which has previously been described as a herbivorous leaf‐eating primate, may be partially carnivorous and the correct classification of this species would be omnivorous. Furthermore, food‐share behavior among higher‐ranked members occurs in a one‐male unit when vertebrate prey is hunted by this species.     

Major histocompatibility complex and mate choice in the polygynous primate: the Sichuan snub‐nosed monkey (Rhinopithecus roxellana)

The highly polymorphic genes within the major histocompatibility complex (MHC) not only play a major role in immunity resistance, but also seem to provide hints for mate choice in some animal populations. In the present study we investigated MHC‐related mate choice in a small natural population (group size 40–55 individuals) of a polygynous primate, the Sichuan snub‐nosed monkey (Rhinopithecus roxellana). We found that there was no evidence either for MHC‐disassortative mating, or for females to mate with males based on MHC heterozygosity or specific alleles. Nevertheless, of the 11 alleles identified, we found that the frequencies of 2 alleles, Rhro‐DRB2 (P < 0.01) and Rhro‐DRB5 (P < 0.05) were higher in offspring than in their parents. These findings suggest that MHC‐DRB in this population of R. roxellana is unlikely to be associated with mating preferences. Limited female opportunities for mate choice are likely due, in part, to the harem breeding structure present in R. roxellana, and the relatively small number of resident adult males in our study band (N = 4–6). In addition, we suggest that differences in the frequency of particular alleles across generations may be linked to parasite resistance in a fluctuating environment; however, confirmation of this finding requires further study.     

宏基因组学在哺乳动物肠道微生物中的应用

哺乳动物的肠道内栖息着庞大复杂的微生物群体,其微生物群体与宿主的消化吸收、物质的营养代谢和免疫功能密切相关,是影响机体健康的重要因素之一。随着分子生物学技术在肠道微生物领域的应用,特别是新一代测序技术的快速发展,使得人们对复杂的肠道微生物的研究更加深入。基于宏基因组学技术不仅能够研究肠道微生物组的多样性、揭示消化道微生物对宿主生理代谢的影响,还能进一步深入挖掘新的功能基因,并揭示宿主基因与微生物组间的互作关系和共同进化。作者综述了宏基因组学技术在哺乳动物肠道微生物中的主要应用和存在的不足,并展望了其在肠道微生物研究中的广阔应用前景,从而加深人们对肠道微生物影响宿主肠道健康作用的认识。     

猪不同生长阶段肠道微生物组的变化及其影响因素

肠道是机体重要的消化与免疫器官,维持肠道健康对猪的生长发育和疾病预防具有十分重要的意义。高通量测序技术的发展极大地促进了人们对肠道微生物功能的认知,猪肠道微生物组的研究正逐步成为热点。目前,尽管对某一生长阶段猪的肠道微生物组已有较为深入的理解,但仍缺乏有关商品猪整个生命周期范围内肠道微生物组动态变化的全面纵向研究。而从出生到出栏,猪在整个生长周期内的肠道微生物组并不是一成不变的,是一个动态的发育过程。作者综述了猪哺乳期、断奶期、育肥期和妊娠期等从出生到育肥过程中不同阶段肠道微生物组的纵向变化及其主要影响因素：一方面,肠道微生物群落结构的显著变化主要发生在断奶期;另一方面,虽然肠道微生物组成随着时间始终在不断变化,但仍有一部分优势菌是一直存在的,这部分优势菌被称为核心菌群,而只在特定时期才出现的菌只是胃肠道中的"过客",也最易受外界因素影响。肠道微生物组与多种因素相关,如年龄、饮食、环境、抗生素使用等,其中饮食对塑造肠道微生物起到至关重要的作用。本文可为理解猪在不同生长发育阶段肠道微生物的动态变化规律及改善猪生长性能和健康水平的微生物技术手段提供理论参考。     

不同龄期柞蚕的表皮生长因子受体(ApEGFR)基因的表达特性分析

根据NCBI公共数据库获取的家蚕表皮生长因子受体基因序列,设计8对针对表皮生长因子受体基因的特异性引物。提取柞蚕中不同龄期和不同组织中总RNA,以Oligo-dT为引物,反转录为第一链cDNA,经PCR扩增,荧光定量PCR检测,结果表明表皮生长因子受体基因在不同发育阶段中的表达有差异。不同发育阶段和整个眠期的柞蚕中,ApEGFR的mRNA均有表达,但在5龄和3眠期的时候的表达量最高。不同组织中,在柞蚕的丝腺中ApEGFR的mRNA表达量最高,表皮最低。     

如皋鸡不同时期肌肉组织生长相关基因的表达谱分析

旨在了解如皋鸡不同时期肌肉生长发育机制。本研究利用基因芯片技术,分析在不同生长阶段下(2～12周龄)如皋鸡肌肉组织基因的表达情况。获得了13 379个基因的差异表达动态图谱。在不同生长阶段下肌肉组织生长基因的表达发生变化,与2周龄相比,4和12周龄下调表达的基因数量多于上调表达的基因数量,6、8和10周龄下调表达的基因数量少于上调表达的基因数量。同时对杂交数据进行多种聚类分析。利用实时荧光定量PCR验证4个基因的差异表达,其结果和芯片杂交分析的结果基本一致。初步建立了不同时期肌肉生长应答基因的动态表达谱,比较全面地获得了肌肉生长应答基因,初步揭示了如皋鸡不同时期肌肉生长发育机制。     

A newly‐found pattern of social relationships among adults within one‐male units of golden snub‐nosed monkeys (Rhinopithecus roxenalla) in the Qinling Mountains,China

Group living provides various advantages to individuals in regards to protection avoidance, intergroup competition, productive success and social information. Stable one‐male units (OMUs) consist of relationships between the adult females and the resident male as well as the relationships among adult females. Based on continuous observation of a reproductive group of golden snub‐nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana) in the Qinling Mountains, we analyzed the relationships among adult individual dyads within 4 OMUs. The results indicated that in golden snub‐nosed monkey societies, females not only had no strong tendency to build a relationship with the resident male in the OMU but also had no strong tendency to build relationships with other females in the OMU. In comparison with hamadryas (Papio hamadryas) and gelada baboons (Theropithecus gelada), the relationships within golden snub‐nosed monkeys OMUs showed neither the star‐shaped pattern observed in hamadryas baboons nor the net‐shaped pattern observed in gelada baboons. We concluded that the relationships within golden snub‐nosed monkey OMUs indicated a third pattern in nonhuman primate societies. Future research is required to determine the potential mechanisms for such a pattern.     

大熊猫粪便中微生物与寄生虫的宏转录组学分析

旨在探究大熊猫粪便中微生物组成以及耐药基因和寄生虫的真实情况。采集6只健康成年大熊猫的新鲜粪便,利用宏转录组学测序技术分析大熊猫粪便微生物组成及功能、耐药基因种类、丰度和寄生虫的组成,探讨优势细菌与耐药基因的相关性。结果表明,大熊猫粪便内微生物种类多样,包括细菌、真菌和病毒等,但以细菌为主。在门水平上,细菌类群中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为优势菌门,在真菌菌门中担子菌门（Basidiomycota）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉亚门（Mucoromycota）相对丰度较高,雌性和雄性大熊猫粪便菌群丰度没有显著性差异（P>0.05）。Unigenes功能分析表明,大熊猫粪便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代谢等过程。在大熊猫粪便中共检测出25大类、304种耐药基因,其中,外排泵类基因的种类最多、相对丰度最高。此外,在大熊猫粪便中共发现63属126种寄生虫,寄生虫种包括线虫、绦虫和吸虫,其中,线虫为优势虫种。通过相关性分析发现,链球菌属（Streptococcus）、埃希杆菌属（Escherichia）、肠球菌属（Enterococcus）、苏黎世杆菌属（Turicibacter）与外排泵类、喹诺酮类、四环素类、糖肽类、多肽类和磺胺类耐药基因呈显著正相关性（P<0.05）。本研究从宏转录组水平揭示了大熊猫粪便中微生物、耐药基因组成以及寄生虫种类,对大熊猫微生物相关疾病和寄生虫病防控具有重要意义。