饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响北大核心

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响。利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化。结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大。各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10%提高至14.21%,有害菌群弧菌属数量由10.11%降低至4.68%。研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定。     

处理猪场污水的新型发酵床微生物多样性研究

旨在采用高通量测序技术研究一种用于猪场污水处理的新型发酵床系统的微生物多样性。分别对发酵床表层、中层、深层细菌的16SrDNA和真菌的ITS进行序列测定,分析各层次发酵床中的微生物群落结构特征。结果表明,细菌平均每层获得OTUs36899.33个,真菌平均每层获得OTUs37129.33个。物种分类的结果显示,细菌隶属于24门43纲95目197科390属529种,其中的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacte-roidetes),它们的相对丰度分别为45.96%和28.79%。真菌隶属于4门6纲11目15科18属,优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和柄孢壳属(Zopfiella),其相对丰度分别为59.18%和62.34%。发酵床中层的微生物多样性远高于表层和深层,细菌的多样性和丰富度远高于真菌。研究表明在不同深度的发酵床垫料中微生物的丰富度、多样性、相似性、优势菌群均有不同。     

阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

广西不同季节5龄蚕粪的真菌组成多样性解析

为探明桑蚕粪便的真菌多样性及群落组成,利用高通量测序和平板分离技术分析广西春、夏、秋3季5龄蚕粪中的真菌类群.高通量测序结果表明,3个季节蚕粪样品中的真菌隶属于8门、31纲、77目、181科和311属,优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)(55.98％～84.50％)和担子菌门(Basidiomycota)(6.31％～17.45％);3个季节蚕粪中真菌 DNA 序列的共有OTU聚类数为112个,只占总数的6.78％,表明不同季节之间真菌种类相似性指数低;秋季蚕粪中真菌群落丰富度与多样性均高于春、夏两季蚕粪;春、夏、秋3季的优势菌属分别为介球菌属(Plectosphaerella)(15.49％)、茎点霉属(Phoma)(18.94％)、镰刀菌属(Fusarium)(21.15％).通过平板分离共获得43株真菌,归属18个属,不同季节蚕粪的优势菌属不同,其中5个属(Nagan-ishia、Meyerozyma、Neodidymella、Cephalosporium、Dirkmeia)在高通量测序中未检测到.研究结果表明蚕粪真菌多样性丰富,不同季节对蚕粪真菌的多样性与丰度有显著的影响,该结果有望为蚕沙的合理利用和综合处理提供理论基础.     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析

旨在探究皖南黑猪不同生长阶段粪便菌群和血清免疫指标的纵向变化规律及其相关性。采集27头皖南黑猪哺乳期(20 d)、保育期(60 d)和育肥期(120 d)3个不同生长阶段的粪便及血清样本，通过16S rRNA高通量测序方法及血清检测技术，对皖南黑猪生长发育过程中肠道微生物与免疫指标的演替规律及关联性进行了分析。结果表明，肠道微生物物种丰度分析显示，在门水平上共检测到22个核心菌门，其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是皖南黑猪的主要优势菌门；在属水平上检测到51个核心菌属，其中哺乳期的优势菌属为乳酸菌属(Lactobacillus)、志贺菌属(Shigella)和粪杆菌属(Faecalibacterium)。保育期和育肥期均以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、颤螺菌属(Oscillospira)和密螺旋体属(Treponema)为优势菌属；Alpha多样性分析显示，皖南黑猪肠道菌群的多样性随日龄增长呈逐渐增高的趋势，在保育期达到峰值，育肥期逐渐趋向稳定。Beta多样性分析显示，皖南黑猪保育期及育肥期肠道菌群组成相似聚在一起，而与哺乳期肠道...     

利用16 Sr-DNA高通量测序技术对发酵床垫料微生物区系的分析

本研究旨在了解发酵床养猪垫料微生物菌群区系结构,探索菌种及垫料对发酵床垫料微生物区系的影响。将商业菌、土著菌分别接种于含稻壳与锯末成分比为1∶1和2∶1垫料中,制作成四个处理组的发酵床,经154d猪饲养试验后,收集发酵床垫料,采用16Sr-DNA高通量测序技术对发酵床中微生物区系进行测定分析。结果表明:(1)丰富度方面,土著菌(Chao指数:10175~10754)丰富度高于商业菌(Chao指数:6720~7554);(2)相似性方面,商业菌种处理的菌群结构受垫料因素的影响较小,土著菌处理的菌群结构受垫料因素的影响较大;(3)多样性方面,垫料对菌群多样性的影响较菌种对其的影响大,且稻壳与锯末比值为2∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:6.64~6.91)高于稻壳与锯末比值1∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:5.90~5.94);(4)菌群组成方面,发酵床垫料菌群主要由4个门组成:拟杆菌门(27.66%~60.93%)、厚壁菌门(13.41%~34.21%)、变形菌门(10.28%~14.71%)和放线菌门(4.63%~26.24%),并从属水平上确定了Galbibacter为发酵床垫料微生物的优势菌属。试验发现菌种和垫料对发酵床垫料微生物区系的丰富度、相似性、多样性均有不同程度的影响。     

利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌_Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。     

湖羊羔羊早期断奶前后瘤胃发酵与微生物区系的变化

本试验旨在研究湖羊羔羊早期断奶前后的瘤胃发酵与微生物区系变化,为幼龄反刍动物瘤胃发育变化理论以及羔羊的早期培育等提供依据。选择初生重接近的湖羊公羔(3.81 kg±0.55 kg)16只,1~7日龄饲喂母乳,8日龄与母羊分离,开始饲喂代乳粉(按8日龄体重的2%,分3次等量饲喂)和开食料(自由采食),35日龄断奶。分别于断奶前(21日龄)、后(42日龄)各选择5只羔羊进行屠宰,采集瘤胃内容物,测定瘤胃发酵、酶活和微生物区系。结果表明,断奶后羔羊的瘤胃总挥发性脂肪酸、乙酸、丙酸、丁酸及纤维素酶和α-淀粉酶活性均极显著高于断奶前(P<0.01)。断奶后瘤胃菌群多样性和丰富度均低于断奶前(P<0.05)。断奶前后的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),其中,拟杆菌门为第一优势菌门,在断奶前后分别占61.96%和65.36%,厚壁菌门为第二优势菌门,在断奶前后分别占32.08%和24.03%;两菌门之和在断奶前后分别占瘤胃总菌门的94.04%和89.39%。断奶前后的优势菌属均为unidentified_Prevotellaceae,分别占21.85%和38.49%。断奶前后羔羊瘤胃微生物的功能没有显著变化,都主要集中在复制和修复、碳水化合物代谢和翻译等途径。以上结果说明,羔羊早期断奶后的瘤胃发酵和酶活增强,菌群多样性和丰富度有所降低,在早期断奶前后的优势菌群和功能相似。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

仔猪不同发育阶段结肠微生物菌群特征分析

旨在通过高通量测序技术比较马身猪与晋汾白猪不同生长发育阶段结肠微生物菌群结构与特征的差异。本研究以马身猪和晋汾白猪为试验对象,分别在仔猪1、28和70日龄3个阶段随机挑选体重相近的3头公猪,采用16S rRNA高通量测序技术对结肠微生物多样性进行研究。通过菌群分类学分析发现,两个品种仔猪肠道微生物分布于15个门、28个纲、59个目、100个科、290个属。厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,平均所占比例分别为49.03%、31.94%。仔猪刚出生时品种间肠道微生物多样性差异不显著,随着仔猪生长发育,各品种微生物多样性出现极显著升高,在晋汾白猪仔猪保育阶段(28～70 d)基本趋于稳定。两品种仔猪不同阶段的特异菌群随着日龄增加出现显著差异。关联分析发现,肠道菌群与血清中内毒素(LPS)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)浓度之间存在显著相关性(P0.05),而与二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)浓度相关性不显著(P0.05)。不同品种间,与LPS、TNF-α、IL-6显著相关的结肠微生物菌群存在差异。综上表明,仔猪结肠微生物菌群结构与组成在不同品种、不同生长发育阶段均存在显著差异,对仔猪免疫性能具有重要作用。     

贵州草海越冬黑颈鹤的肠道真菌多样性初探

为了探究濒危物种黑颈鹤(Grus nigricollis)的肠道真菌群落多样性和优势菌群,试验采用从草海收集的3份新鲜的黑颈鹤粪便进行真菌多样性初探,利用高通量测序技术中的Illumina HiSeq平台对转录间隔区1(ITS1)区域进行测序,对操作分类单元(OTUs)进行聚类分析及α、β多样性指数分析。结果表明:从3份样品中共获得221 048条Tags,平均构建OTUs为367个,共有OTUs仅为7个,主要包括4个门、8个纲、10个目、9个科和5个属。其中子囊菌门(Ascomycota,平均含量为46.9%)和担子菌门(Basidiomycota,平均含量为45.8%)为优势门,前者以座囊菌纲(Dothideomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)和枝孢菌属(Cladosporium)、微白粉菌属(Microidium)为主,后者以伞菌纲(Agaricomycetes)、微球黑粉菌纲(Microbotryomycetes)和散尾鬼笔属(Lysurus)、红酵母属(Rhodotorula)为主。α和β多样性指数分析均说明黑颈鹤肠道菌群的种类和数量的丰富度极高,多样性差异显著。     

鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响

本试验旨在研究鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响。随机选取20只成年雄性咖啡貂,分为2组,分别饲喂鲜饲料和混合饲粮,每组10只。屠宰后取后肠内容物,提取肠道细菌基因组。利用16S rDNA高通量测序技术,分析和比较不同序列的分类学水平,研究肠道微生物多样性。结果表明:在2组水貂后肠中,细菌主要归类于6个门,其中厚壁菌门为水貂肠内相对丰度最高的细菌,混合饲粮组和鲜饲料组相对丰度分别为84.08%和83.50%(P=0.36),其次分别为变形菌门(9.37%和7.22%)(P=0.36)、放线菌门(3.85%和5.72%)(P=0.28)、未分类细菌门(1.69%和2.18%)(P=0.47)、蓝细菌门(0.66%和0.85%)(P=0.07)以及拟杆菌门(0.11%和0.32%)(P=0.36),这6个门占所有细菌的99%以上。混合饲粮组乳酸杆菌属细菌相对丰度最高(29.9%),魏斯氏菌属相对丰度次之(21.7%),而鲜饲料组魏斯氏菌属相对丰度最高(32.2%),乳酸杆菌属相对丰度次之(22.2%),其他细菌相对丰度相似。混合饲粮组和鲜饲料组水貂肠道菌群在聚类分析上差异不显著(P0.05),但混合饲粮组差异大的个体数量多于鲜饲料组。综上所述,饲喂营养水平相似,但饲粮组成不同的咖啡貂肠道内细菌组成相似,但不同细菌相对丰度不同,混合饲粮组后肠菌群个体差异较大,分析表明在本研究中饲粮组成是影响咖啡貂肠道菌群差异的主要因素。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门（Firmicutes）丰度升高了2.21%（P > 0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）丰度降低了2.22%（P > 0.05）;从属水平上分析,大肠杆菌属（Escherichia）丰度降低了5.35%（P < 0.05）,肠球菌属（Enterococcus）丰度升高了9.63%（P < 0.05）。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加（P < 0.05）,据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

猪不同发育阶段肠道微生物菌群特征分析

为研究不同生长发育阶段猪肠道微生物菌群结构与特征的差异,本研究将50头28日龄体重8 kg左右的杜×长×大断奶仔猪随机分为5栏,分别在第60、90、120、150、180日龄饲喂前,从每栏随机挑选5头猪,每头采取100 g左右的新鲜粪样,采用16S rRNA高通量测序技术对微生物多样性进行研究。结果显示:通过菌群分类学分析发现,不同时期猪肠道微生物分布于22个门、42个纲、74个目、119个科、321个属和579个种,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、螺旋体门(Spirochaetae)为主要优势菌门,不同时期的特异菌群显著差异;对丰度值前30的肠道菌群与血液免疫抗体浓度进行相关性关联分析发现,IL-2浓度与12个菌群存在显著相关性,IL-6浓度与14个菌群存在显著相关性,IgG浓度与12个菌群存在显著相关性,IgM浓度与11个菌群存在显著相关性,IgA浓度与26个菌群存在显著相关性。综上表明,猪肠道微生物菌群结构与组成在不同生长发育阶段均存在显著差异,对猪免疫性能具有重要作用。