纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构的研究

本试验对纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构特性及差异性进行了研究,旨在从猪肠道微生物的角度揭示纯种柯乐猪耐粗饲特性及巴×柯杂交猪对青绿饲料的适应能力,为后期微生物添加剂的设计、柯乐猪杂交利用及标准化养殖提供依据。纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后(100 kg左右),随机各选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠内容物,进行高通量测序和生物学信息分析。结果显示:纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪各肠段Alpha多样性指数差异不显著(P0.05);Beta多样性分析显示,2个品种猪大部分样品交叉聚集到一起;肠道菌群结构分析显示,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪小肠阶段以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌门,到了结肠阶段则是以拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门为优势菌门;纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪结肠中有大量的纤维分解菌属,巴×柯杂交猪结肠中月形单胞菌属(Selenomonas)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的相对丰度显著或极显著高于纯种柯乐猪(P0.05或P0.01),而消化球菌属(Peptococcus)、聚乙酸菌属(Acetitomaculum)、Leeia的相对丰度则显著低于纯种柯乐猪(P0.05);LEfSe分析后发现纯种柯乐猪结肠中富集着大量的产短链脂肪酸菌,其中纤维降解菌有聚乙酸菌属、瘤胃球菌科的不可培养瘤胃细菌4C0d_17(uncultured_rumen_bacterium_4C0d_17)、Leeia、拟杆菌纲、拟杆菌目,与纤维降解菌起协同作用的菌群有考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、考拉杆菌属的uncultured_Veillonellaceae_bacterium;巴×柯杂交猪结肠中富集的纤维降解菌有月形单胞菌属、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)。上述结果表明,在整个肠道菌群结构上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的优势菌在类别上非常接近,体现了环境相同效应,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的肠道菌群结构相对稳定且相似度高;在属水平上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的结肠中纤维降解菌表现出差异,纯种柯乐猪结肠内纤维降解菌的比例较高,说明引入外源血对肠道菌群结构有一定的影响,巴×柯杂交猪对粗纤维的消化能力较弱于柯乐猪。     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明：雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(Shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae＿Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(Streptococcus,3.74%)、SMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(P<0.05);在...     

基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。     

添加植物乳杆菌对低水分稻秸青贮微生物组成影响研究

为了明确乳酸菌添加剂对低水分青贮过程中微生物组成及发酵品质的变化影响,探讨微生物与挥发性脂肪酸间存在的相互关系,采用气相色谱法与高通量测序技术对青贮过程中(3、5、7、10、15、30、60 d)挥发性脂肪酸生成量及微生物组成进行测定,并分析两者之间的互作关系。结果表明,与对照组相比,添加植物乳杆菌(5×10~6 cfu·g~(-1) FM)后可以显著降低低水分粳稻青贮的丙酸、正丁酸、异丁酸、正戊酸和异戊酸的生成量(P0.05),提高乙酸生成量(P0.05),并降低青贮中微生物多样性(P0.05),提高厚壁菌门的丰度,抑制变形菌门的丰度,提高乳杆菌属的丰度,降低其他菌属特别是肠杆菌属所占丰度。低水分粳稻青贮过程中,优势菌门分别为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和蓝菌门,优势菌属分别为肠杆菌属、乳杆菌属、克雷伯氏杆菌属、沙雷氏菌属、乳球菌属、泛菌属、柠檬酸杆菌属、拉乌尔菌属、肠球菌属、沙门氏菌属和梭菌属。乳杆菌属与乙酸、戊酸分别呈正、负相关(P0.05),同时与肠杆菌属、柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、日沟维肠杆菌属、乳球菌属、魏斯氏菌属等呈负相关(P0.05)。乳球菌属、厌氧杆菌属、肠球菌属和梭菌属均呈现出与丙酸、正丁酸、异丁酸正相关,戊酸与气球菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、梭菌属、肠杆菌属等15属微生物均表现出正相关(P0.05)。肠杆菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、勒克氏菌属、日沟维肠杆菌属等5属微生物与乙酸含量负相关(P0.05),魏斯氏菌属表现出与丙酸、异丁酸正相关(P0.05)。添加植物乳杆菌可以提高低水分粳稻青贮的发酵品质,抑制多种挥发性脂肪酸的生成,同时降低青贮过程中细菌组成的多样性。     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸含量的影响

本试验旨在研究不同饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸(SCFA)含量的影响。试验选取45头平均体重为54.27 kg的健康金华猪,随机分为低纤维组(LF组)、中纤维组(MF组)和高纤维组(HF组),每组5个重复,每个重复3头猪。LF组饲喂基础饲粮,MF组和HF组分别在基础饲粮中添加7.5%和15.0%苜蓿粉;LF组、MF组和HF组饲粮中的纤维水平分别为3.86%、4.55%和5.92%。试验期60 d。试验结束后,每个重复选取1头接近平均体重的猪进行屠宰,取盲肠内容物用于提取微生物基因组DNA,采用实时荧光定量PCR对特定的微生物类群进行定量分析,同时采用高通量测序分析菌群结构,并测定SCFA含量。结果表明:1)金华猪体重随着饲粮纤维水平的升高呈现上升的趋势(P0.05),平均日增重显著升高(P0.05)。2)金华猪盲肠中的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),占90%以上,其中拟杆菌门相对丰度随饲粮纤维水平升高而显著升高(P0.05)。3)在属水平上,优势菌属分别是拟杆菌目S24-7菌属(Bacteroidales S24-7 group norank)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、普雷沃氏菌科UCG-003菌属(Prevotellaceae UCG-003)、毛螺菌科XPB1014菌属(Lachnospiraceae XPB1014group)和瘤胃球菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae UCG-005)等。其中,拟杆菌目S24-7菌属和拟普雷沃氏菌属的相对丰度随着饲粮纤维水平的升高而升高(P0.05)。4)与LF组相比,HF组金华猪盲肠中乳酸杆菌、梭菌群Ⅰ以及丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度显著升高(P0.05),丁酸和总SCFA含量也显著升高(P0.05)。由此可见,适当提高饲粮纤维水平可提高金华猪盲肠中拟杆菌目S24-7菌属、拟普雷沃氏菌属相对丰度以及菌群发酵产丁酸关键酶丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度,从而提高盲肠中丁酸及总SCFA的含量,最终改善金华猪的平均日增重。     

正常和腹泻水貂肠道微生物16S rRNA测序差异性分析

为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因，本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序，并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示，与正常水貂相比，腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知，水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异，对疾病的诊断和治疗有一定的意义，并对微生态制剂的发展提供了数据支持。     

利用16SrDNA扩增子测序技术分析不同品种猪盲肠微生物菌落多样性

为了研究中国特有地方猪种丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌落的组成,揭示地方猪种耐粗饲特性的机理,本试验采用16SrDNA扩增子测序技术比较分析了体重90kg左右的丫杈猪、青裕猪和乌金猪盲肠微生物菌群的多样性。结果显示,在门水平上3个品种猪的核心菌群均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),在属的水平上均为普雷沃菌属(Prevotella)和拟杆菌属(Bacteroides);在3个猪种的盲肠中均发现了与降解纤维素相关的细菌,其中纤维杆菌属(Fibrobacter)和梭菌属(Clostridium)在丫杈猪盲肠中的数量显著高于青裕猪和乌金猪(P0.05),普雷沃氏菌属(Prevotella)在丫杈猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P0.05),拟杆菌属(Bacteroides)在青裕猪盲肠内的数量显著高于丫杈猪(P0.05),螺旋体门(Spirochaetes)在青裕猪盲肠内的数量显著高于乌金猪(P0.05)。结果表明,3个品种猪盲肠内微生物菌群分布的种类相似度高,但分布规律和数量存在显著差异;对与纤维素消化相关菌群的分析表明,丫杈猪对纤维消化的能力是3个品种中最强的,其次是青裕猪,乌金猪最弱。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

圈养与散放、野生鸟类肠道菌群差异的Meta分析

圈养是濒危野生动物重引入的重要措施之一,为了阐明圈养与野生、散放与圈养条件下鸟类肠道菌群的差异,在Web of Science和CNKI数据库中检索已发表的中英文文献,提取肠道微生物群落数据并使用R(Meta)进行分析。结果表明:圈养与野生相比,鸟类肠道厚壁菌门(Firmicutes)的丰度显著增加,拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度显著下降,梭菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度显著下降,而粪球菌属(Coprococcus)和布劳特氏菌属(Blautia)的丰度显著增加;散放与圈养相比,鸟类肠道拟杆菌门和放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著增加,Olsenella的丰度显著下降。圈养对鸟类肠道菌群组成产生影响,散放会减轻一部分圈养的影响使其更接近野生鸟类。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异，筛选出腹泻驴驹的特异性菌群，试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份，利用16S rRNA高通量测序技术，对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比，在门水平上，厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中；在属水平上，腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异，厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

添加植物乳杆菌对低水分稻秸青贮微生物组成影响研究

为了明确乳酸菌添加剂对低水分青贮过程中微生物组成及发酵品质的变化影响,探讨微生物与挥发性脂肪酸间存在的相互关系,采用气相色谱法与高通量测序技术对青贮过程中(3、5、7、10、15、30、60 d)挥发性脂肪酸生成量及微生物组成进行测定,并分析两者之间的互作关系。结果表明,与对照组相比,添加植物乳杆菌(5×10⁶ cfu·g^-1 FM)后可以显著降低低水分粳稻青贮的丙酸、正丁酸、异丁酸、正戊酸和异戊酸的生成量(P<0.05),提高乙酸生成量(P<0.05),并降低青贮中微生物多样性(P<0.05),提高厚壁菌门的丰度,抑制变形菌门的丰度,提高乳杆菌属的丰度,降低其他菌属特别是肠杆菌属所占丰度。低水分粳稻青贮过程中,优势菌门分别为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和蓝菌门,优势菌属分别为肠杆菌属、乳杆菌属、克雷伯氏杆菌属、沙雷氏菌属、乳球菌属、泛菌属、柠檬酸杆菌属、拉乌尔菌属、肠球菌属、沙门氏菌属和梭菌属。乳杆菌属与乙酸、戊酸分别呈正、负相关(P<0.05),同时与肠杆菌属、柠檬酸杆菌属、芽孢杆菌属、日沟维肠杆菌属、乳球菌属、魏斯氏菌属等呈负相关(P<0.05)。乳球菌属、厌氧杆菌属、肠球菌属和梭菌属均呈现出与丙酸、正丁酸、异丁酸正相关,戊酸与气球菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、梭菌属、肠杆菌属等15属微生物均表现出正相关(P<0.05)。肠杆菌属、芽孢杆菌属、柠檬酸杆菌属、勒克氏菌属、日沟维肠杆菌属等5属微生物与乙酸含量负相关(P<0.05),魏斯氏菌属表现出与丙酸、异丁酸正相关(P<0.05)。添加植物乳杆菌可以提高低水分粳稻青贮的发酵品质,抑制多种挥发性脂肪酸的生成,同时降低青贮过程中细菌组成的多样性。     

保育猪舍空气、粪便、鼻腔黏液及猪组织器官的微生物群落多样性分析

为了探寻规模化猪场封闭舍内空气微生物和猪体微生物菌群结构、丰度之间的相关性,建立完善的消毒防疫机制,在山西省介休市某规模化猪场选取单栋饲养量为500头的半封闭保育猪舍1栋,分别采集舍内空气(n=9)、鼻腔黏液(n=7)、粪便(n=7)、猪组织器官(n=4)(喉头、气管、淋巴、肺部)共27个样本,对样本中的细菌进行16S r DNA(V3+V4区)高通量测序,分析微生物群落种类及丰度。结果显示:猪舍空气样本中的微生物群落种类和丰度最高,空气样本和猪鼻腔黏液、粪便、猪组织器官样本的微生物组成和相对丰度基本一致,所占比例最高的为厚壁菌门,其次为拟杆菌门,丰度较高的菌种为梭菌、链球菌、普雷沃氏菌、乳酸菌等;猪舍空气样本菌群中丰度较高的病原菌属为梭菌属和链球菌属。结果表明:保育猪舍空气、鼻腔黏液、粪便、猪组织器官中的微生物群落结构及其丰度具有较高的相关性,对猪场疾病防控有一定指导意义。