莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

饲粮中添加花生秧对伊拉兔肠道菌群的影响

本试验旨在研究饲粮中添加花生秧对伊拉兔肠道菌群的影响。选取(35±2)日龄、健康状况良好、体重相近的120只生长期伊拉兔(公母各占1/2),随机分为6组,每组4个重复,每个重复5只伊拉兔。6组试验兔分别用花生秧添加量为0(对照组)、10.0%、12.5%、15.0%、17.5%和20.0%的颗粒饲料进行饲喂。预试期7d,正试期42d。饲喂试验结束后,应用高通量测序技术对试验兔盲肠微生物的16SrDNAV3~V4区进行生物信息学分析。结果显示:在门水平上,与对照组相比,15.0%、17.5%和20.0%添加组盲肠内容物中Candidatus Saccharibacteria的比例显著减少(P<0.05),17.5%、20.0%添加组盲肠内容物中放线菌门(Actinobacteria)的比例显著减少(P<0.05)。在属水平上,与对照组相比,17.5%、20.0%添加组盲肠内容物中Ⅳ型梭菌属(Clostridium Ⅳ)的比例显著增加(P<0.05)。由此可见,饲粮中添加花生秧后可影响伊拉兔盲肠微生物群落的平衡,改变一些具有重要代谢功能的细菌的比例。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便,基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明,不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长,厚壁菌门的相对丰度逐渐增加,变形菌门的相对丰度逐渐降低;共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势,在18～22岁达最高;Beta多样性结果表明,组间差异大于组内差异,不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌,34...     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构,并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础,本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便,通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示,比格犬肠道菌群在门水平上有6个门,相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲,相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目,相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科,其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响.利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化.结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大.各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10％提高至14.21％,有害菌群弧菌属数量由10.11％降低至4.68％.研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定.     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞茵(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道茵群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道茵群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P＜0.05);...     

转lncRNA-GTL2对小鼠肠道微生物菌群组成的影响

本试验旨在研究通过转基因技术转入长链非编码RNA基因是否会对小鼠肠道微生物的菌落结构和构成产生影响,利用高通量测序技术对3月龄转基因和非转基因小鼠的肠道微生物菌群进行测序和分析,在门水平和属水平进行对比和t检验,结果显示,在同一性别内转入长链非编码RNA基因GTL2（lncRNA-GTL2）后,小鼠肠道微生物的菌落结构和构成总体上没有显著差异,但存在个体差异。本研究未发现转入长非编码RNA对肠道微生物菌群在门和属水平上产生显著的影响。     

应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测,筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌,为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上,犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上,犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...     

肠道菌群紊乱与帕金森病相关性的研究进展

帕金森病(Parkinson's Disease,PD)又称震颤性麻痹,是一种常见于中老年人的神经系统变性疾病,该病以中脑黑质多巴胺能神经元丢失和神经元细胞内 α-突触核蛋白异常聚集为主要的病理特征.肠道菌群(Microbiota,GM)对人体健康的维护具有重要意义,不仅影响人体的消化与吸收能力,而且对人体的抗感染和自...     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本,采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较,各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻,从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌,且分离率差异不大;2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组;3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

民猪肠道菌群特征分析

试验旨在解析不同月龄民猪的肠道菌群特征及粗纤维对民猪肠道微生物的影响。选择5头体重为(100±7.24)kg的10月龄成年母猪(成年组)和(50±4.31)kg的6月龄青年母猪(青年组),青年组又分为正常饲喂组(5头)和添加粗纤维组(4头),采集同一时间、新鲜的粪便样品,提取总DNA,利用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区,使用Illumina Hiseq 2000测序平台测序,通过计算Ace和Shannon多样性指数以及与已知数据库的比对,分析菌群多样性及结构特征。结果表明:3个处理组在菌群多样性方面无显著差异(P0.05);3组均以拟杆菌门、厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例最高,总计可达91%~92%,粗纤维的添加明显改变了青年组肠道微生物的组成,大幅提升了拟杆菌门所占的比例,降低了厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例,使其菌群分布比例更接近成年个体;同时,粗纤维的添加也促进了肠道微生物内纤维杆菌属的增加。     

断奶马驹小肠菌群多样性分析

本试验旨在研究断奶马驹十二指肠、空肠和回肠菌群的多样性,为全面评价断奶后马属动物小肠发育、健康、功能等提供参考依据。选取6匹平均体重为（147.08±4.86） kg的哈萨克断奶马驹为研究对象,在相同的饲养管理和饲粮营养水平条件下饲养60 d。采集断奶马驹十二指肠、空肠和回肠的内容物,采用16S rRNA高通量测序技术检测各肠段内容物中菌群的多样性。结果显示：1）断奶马驹十二指肠菌群的ACE指数和PD＿whole＿tree指数均显著高于空肠（P<0.05）。2）在门水平上,厚壁菌门是十二指肠、空肠和回肠中最主要的优势菌,其次是变形菌门和拟杆菌门,其中空肠中厚壁菌门的相对丰度比回肠提高了26.98%(P<0.05),回肠菌群中变形菌门和梭杆菌门的相对丰度显著或极显著高于十二指肠和空肠（P<0.05或P<0.01）。在科水平上,回肠中肠杆菌科和巴斯德氏菌科的相对丰度均显著高于空肠（P<0.05）,且巴斯德氏菌科的相对丰度还显著高于十二指肠（P<0.05）;十二指肠中瘤胃球菌科的相对丰度较空肠提高了156.04%(P<0.05)。在属水平上,回肠中肠...     

基于高通量测序研究黄芩-连翘配伍对LPS诱导的急性肺炎小鼠肠道菌群的影响

研究黄芩-连翘配伍对LPS诱导的急性肺炎小鼠肠道菌群的影响,采用加热回流法制备不同比例的黄芩-连翘配伍组合物。选取健康昆明小鼠72只,随机分为6组(正常对照组、模型组、地塞米松阳性药物组、3个黄芩-连翘不同比例配伍组),每组12只,连续灌服相应药物7 d,正常对照组和模型组给予等量生理盐水;第8天,除正常对照组外,其余组小鼠均采用LPS(10 mg/mL)滴鼻法建立小鼠急性肺炎模型。造模6 h后,采取每组小鼠盲肠内容物及结肠组织,开展结肠病例组织学观察,高通量测序检测小鼠肠道菌群结构及分布情况。结果显示,与正常对照组相比,模型组小鼠结肠黏膜上皮变性、坏死、脱落,绒毛排列不整齐,腺体有一定的脱落,纹状缘不清晰,完整性遭到破坏;黄芩-连翘配伍组(1∶1,2∶3,1∶2)小鼠的黏膜上皮结构较完整,结肠绒毛排列较整齐,纹状缘较清晰,损伤较少;Beta多样性分析结果显示,模型组小鼠肠道菌群分开较明显;黄芩-连翘配伍组(2∶3,1∶1,1∶2)和阳性药物组介于正常对照组和模型组之间,各组小鼠肠道菌群在属水平上分析样本的分离程度及群落结构和组成有显著性差异;利用LEfSe组间群落差异性分析发现,模型...     

赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌人工感染雏鸡的肠道菌群多样性的影响

为了解不同浓度赤芍黄柏制剂对致病性大肠杆菌(Escherichia coli)感染的雏鸡肠道菌群多样性的影响,本研究对240只15日龄健康雏鸡随机编号后分为空白对照组(CON)、感染组(BC)、低剂量治疗组(TL)和高剂量治疗组(TH)4个组,除对照组外,其余各组(BC、TL、TH)均使用致病性大肠杆菌进行感染,感染0...