微卫星DNA标记在蓝狐单亲亲权鉴定中的应用

主要探讨微卫星DNA标记在蓝狐(Alopex lagopus)单亲亲权鉴定中的可行性,为蓝狐育种的系谱精确鉴定提供依据。选择15个多态信息含量较高的微卫星DNA位点,以6窝蓝狐(母本6只,子代61只)为试验材料,计算15个基因座位的等位基因频率、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、非父排除概率(EP)、累积非亲排除概率(CCE)、亲权指数(PI)和亲权相对机会(RCP)。结果表明:15个微卫星位点的累积非亲排除概率值(CCE)为0.999996。单亲鉴定的PI值为850.5213~966160,RCP为99.8826%~99.9999%。说明所选的15个微卫星位点可用于蓝狐单亲亲权鉴定,其判定成功率和准确率较高,结果可靠。     

圈养雄性南白犀粪便睾酮水平与其年龄关系

为提高圈养南白犀（Ceratotherium simum simum）的繁殖成功率,开展了粪便睾酮水平与其年龄关系研究,采集46头不同年龄雄性南白犀的粪便,测定粪便睾酮含量,记录繁殖成功率。结果表明：圈养雄性南白犀的粪便睾酮水平与其年龄有一定的相关性,呈现随年龄增加逐步增多的趋势,10岁后,粪便睾酮水平显著上升（P<0.05）; 4岁起,逐渐表现出交配行为,交配成功最早在8岁,与野外6岁性成熟相比有所推迟。4～8岁南白犀属亚成体到成体的过渡,同一年龄时的粪便睾酮水平波动较大,对生长发育和繁殖可能产生一定影响,应将这一年龄的南白犀作为关注的重点。     

利用微卫星和SNP标记信息进行奶牛亲子鉴定的模拟研究

本研究旨在比较微卫星标记和单核苷酸多态(SNP)标记进行奶牛亲子鉴定的效率。研究中随机模拟了10 000对含微卫星或SNP标记信息的非亲子关系的个体,用排除法进行亲子鉴定,该过程重复100次。结果表明,标记的多态性对于排除概率的影响最大。达到同样的排除概率,所需低多态标记数量远高于高多态标记。当真实母亲基因型已知时,个体父亲的推断效率较高。达到同样的排除概率,无论标记多态性高或低,3种鉴定类型所需SNP标记数量均大于微卫星标记。当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.484和0.875时,需要的SNP标记数是微卫星标记的5~6倍;当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.363和0.566时,需要的SNP标记数约是微卫星标记的2倍。在2种标记中,达到同样排除概率(大于0.99),采用至少2个矛盾推断原则推断所需标记数为单个矛盾推断原则的1.45倍。结果表明,由于SNP标记具有误判率低、重复性高和易于高通量自动化检测等特点,随着检测成本降低,SNP标记将来完全有可能取代微卫星标记用于奶牛群体的亲子鉴定。     

STR技术在种用东北细毛羊遗传管理中的应用

以10个STR基因座作为遗传标记系统，分析东北细毛羊种群的遗传多样性和亲缘关系。在遗传多样性分析中，群体的平均等位基因数为8．2，平均杂合度为0．794，平均多态信息含量为0．768，遗传多样水平较丰富。在亲缘关系鉴定和确认中，双亲鉴定时，10个微卫星基因座的累积非父排除概率为0．9999，平均父权相对机会(RCP)为99．999％；单亲鉴定时，累积非父排除概率为0．9962，平均RCP为99．993％。根据所选的STR基因座，可建立一套适用于种用东北细毛羊遗传资源分析和亲缘关系鉴定的方法体系，为我国东北细毛羊品种资源的保护和经济性状的筛选提供科学指导。同时，也可为解决东北细毛羊归属纠纷提供一个科学的鉴定方法。     

微卫星DNA在牦牛亲权鉴定中的应用研究

为了探讨微卫星DNA在牦牛亲权鉴定应用的可行性,选用FAO推荐的17个微卫星座位,检测其在天祝白牦牛群体中的多态性水平,计算这17个微卫星座位用于亲权鉴定的累积排除率。结果表明,17个微卫星座位平均等位基因数为6.235;多态信息含量介于0.191~0.824之间,平均为0.608,为高度多态;一个候选亲本的累积排除概率为0.997,2个候选亲本的累积排除概率为0.999 999 97,各个微卫星座位零等位基因频率均在0.05以下,微卫星DNA可以应用于牦牛的亲权鉴定。     

基于微卫星多重PCR技术的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定

本研究旨在建立一套适用于特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子关系的鉴定体系。试验选取11个微卫星标记位点进行组合扩增,通过优化微卫星标记位点组合的引物浓度、退火温度及反应体系等条件,建立了4组多重PCR体系,对多重PCR扩增产物采用毛细管电泳进行基因型分型,经PROSize3.0软件读取基因型分型结果,Cervus 3.0软件分析群体的遗传多样性,鉴定特克塞尔×哈萨克级进F2代(特哈级进F2)和横交F2代(特哈横交F2)的亲子关系。结果表明,特哈级进F2和特哈横交F2的等位基因数为180和140、平均等位基因数为16.364和12.727、平均观测杂合度(Ho)为0.533和0.544、平均期望杂合度(He)为0.807和0.831、平均多态信息含量(PIC)为0.783和0.803。对特哈级进F2和特哈横交F2两个品种70只候选亲本和64只候选子代的11个微卫星标记位点进行亲子关系鉴定,结果表明:当双亲基因型未知时的累积排除概率(CE-1P)为0.9995和0.9997;当单亲基因型已知时的累积排除概率(CE-2P)均达到1.0000;双亲基因型已知的累计排除概率(CEPP)均达到1.0000。说明选择的11个微卫星标记位点具有高度的多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体的亲子鉴定。利用微卫星标记建立的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定体系为分析绵羊群体遗传多样性和辅助育种工作提供了理论依据。     

基于微卫星多重PCR技术的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定

本研究旨在建立一套适用于特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子关系的鉴定体系。试验选取11个微卫星标记位点进行组合扩增，通过优化微卫星标记位点组合的引物浓度、退火温度及反应体系等条件，建立了4组多重PCR体系，对多重PCR扩增产物采用毛细管电泳进行基因型分型，经PROSize3.0软件读取基因型分型结果，Cervus 3.0软件分析群体的遗传多样性，鉴定特克塞尔×哈萨克级进F2代（特哈级进F2）和横交F2代（特哈横交F2）的亲子关系。结果表明，特哈级进F2和特哈横交F2的等位基因数为180和140、平均等位基因数为16.364和12.727、平均观测杂合度（Ho）为0.533和0.544、平均期望杂合度（He）为0.807和0.831、平均多态信息含量（PIC）为0.783和0.803。对特哈级进F2和特哈横交F2两个品种70只候选亲本和64只候选子代的11个微卫星标记位点进行亲子关系鉴定，结果表明：当双亲基因型未知时的累积排除概率（CE-1P）为0.9995和0.9997；当单亲基因型已知时的累积排除概率（CE-2P）均达到1.0000；双亲基因型已知的累计排除概率（CEPP）均达到1.0000。说明选择的11个微卫星标记位点具有高度的多态性和较高的排除概率，适用于遗传分析和个体的亲子鉴定。利用微卫星标记建立的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定体系为分析绵羊群体遗传多样性和辅助育种工作提供了理论依据。     

利用微卫星标记鉴定德州驴亲子关系

试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法（Cervus 3.0软件）和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002~0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率（EP）达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。     

利用微卫星标记鉴定德州驴亲子关系

试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法(Cervus 3.0软件)和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002～0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率(EP)达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。     

荷斯坦牛亲子鉴定检测方法的建立与应用

为了构建北京奶牛中心荷斯坦种公牛个体及亲子鉴定DNA数据库,本研究从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的具有高度多态性的微卫星标记中选取11个常染色体微卫星标记(BM1824、BM2113、ETH3、ETH10、ETH225、INRA023、SPS115、TGLA53、TGLA122、TGLA126和TGLA227),采用荧光引物PCR和ABI3730XL遗传分析仪,对229头荷斯坦种公牛个体基因型进行了检测,并探讨其用于牛个体识别和亲子鉴定的可行性。研究结果表明,11个微卫星标记平均杂合度为0.733,平均多态信息含量为0.695,其中TGLA122标记平均多态信息含量最高为0.866,SPS115标记最低为0.506,均属于高多态性标记。11个标记累积个体识别能力为99.99%,累积非父排除率达到99.99%,随机个体一致性概率为1.59×10-17。研究结果表明上述11个微卫星标记进行个体识别和亲子鉴定的效力与可靠性均很高,同时初步建立了北京奶牛中心荷斯坦种公牛DNA数据库。     

奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选

旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,并检测其在300头中国荷斯坦牛群体中的多态性分布。这些微卫星位点的亲子鉴定效力检测结果表明,8个标记平均等位基因数为14.63,平均多态性信息含量(PIC)为0.747,群体平均观察杂合度(Ho)为0.718,平均期望杂合度(He)为0.773。3种不同情形下进行亲子鉴定时8个位点的结合排除概率(CPE)均≥0.990。8对父子牛亲权鉴定结果表明,利用该8个标记可以识别并剔除系谱中的错误记录。结合排除概率的分析结果表明,当微卫星位点数增加至4个(TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103)时,3种不同情形下的CPE均≥0.949,可以满足个别案例牛亲子鉴定的要求。群体分子系谱构建的结果表明,当微卫星位点数大于或等于6个时,群体内近交系数和总群体近交系数均明显升高。因此,在生产实践中推荐使用TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134位点进行小规模群体(200)的分子系谱构建或亲权鉴定。     

利用高分辨率熔解曲线技术进行猪亲子鉴定的研究

本研究旨在为猪亲子鉴定提供一种快速、准确的鉴定方法。先用非变性聚酰胺凝胶电泳方法对猪的55个微卫星位点进行筛选,再以高分辨率熔解曲线(HRM)技术对筛选出的微卫星位点进行多态性检测,再对其中一微卫星位点进行克隆测序验证,处理得到的数据,进行猪亲子鉴定研究。结果表明:利用非变性聚酰胺凝胶电泳实验筛选出12个适于HRM检测的微卫星位点,HRM技术对12个微卫星多态性进行检测,共检测出50个等位基因,平均值为4.167个,有效等位基因数平均值为2.675 0,群体遗传杂合度平均值为0.595 0,平均多态信息含量为0.540 0;对SW72位点克隆测序的结果与HRM技术检测结果一致;12个微卫星组合在双亲未知、只知单亲和双亲已知的情况下计算的累积排除率各为0.940 1、0.991 5和0.999 9;利用建立的亲子鉴定体系对样本中8个家系进行检测,结果累积排父率均大于0.999 9。HRM技术对12个微卫星位点组合进行检测,能够快速、准确地对猪进行亲子鉴定。     

中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别信息库的建立

为了构建基于微卫星标记的中国荷斯坦种公牛亲子鉴定及个体识别技术平台,本研究选取国际动物遗传学会（ISAG）推荐的12个微卫星标记（BM1824,BM2113,SPS115,ETH10,TGLA122,ETH225,INRA023,TGLA126,TGLA227,BM1818,ETH003和TGLA53）,采用荧光标记毛细管电泳方法,对571头荷斯坦种公牛进行基因型检测。统计结果显示,标记的平均多态信息含量为0．700,平均杂合度为0．735,属于高多态性标记;12个标记的累积排除概率大于0．996,累积一致性概率为4．9×10^-13,将其运用于亲子鉴定和个体识别具有很强的检测效率。此外．通过分析每个标记的检测信号峰图特征,将检测结果与商业化试剂盒进行比较以及利用ISAG参考DNA样品进行等位基因统一命名等手段,建立了标准化的微卫星等位基因分型方法,并初步建立起中国荷斯坦种公牛遗传检测信息库。     

绵羊(ATAG)n四碱基微卫星位点的筛选及其在亲子鉴定中的应用

本试验旨在筛选绵羊高度多态性四碱基微卫星遗传标记,建立适用于绵羊亲子关系鉴定的实验体系。试验以小尾寒羊为主要研究对象,从已有的绵羊参考基因组序列出发,基于全基因组序列筛选法共筛选出53个（ATAG）_n四碱基重复微卫星位点,然后通过基因分型数据共筛选出30个扩增效果好、多态信息含量（PIC）丰富的四碱基重复微卫星位点;30个位点的基因分型结果表明,共扩增出253个等位基因,平均等位基因数为8.433,等位基因数均>5,多态信息含量在0.566~0.898,观测杂合度（Ho）范围在0.548~0.903,期望杂合度（He）范围在0.631~0.921,平均期望杂合度为0.776;哈代-温伯格平衡检验30个位点均处于遗传平衡状态。随后根据PCR的扩增效率从获得的30个多态性位点中筛选出22个微卫星位点用于亲权排除概率的计算,根据多态信息含量的大小由高到低依次增加位点数进行组合。结果表明,在两个亲本的基因型均未知的情况下,标记位点数为15个时,累积排除概率可达到99.99%,其中单个位点的第一非亲排除率（non-exclusion probability of the first parent,NE-1P）介于0.321~0.663之间。利用建立的亲子鉴定体系对16只具有系谱记录的小尾寒羊样本进行检测,结果共鉴定出4个具有高置信度的绵羊家系,鉴定结果与系谱记录完全一致。本试验为绵羊分子系谱的构建、亲子鉴定以及保障绵羊育种工作的正常开展奠定重要基础。     

利用微卫星标记进行猪亲子鉴定

以杜洛克猪、长白猪、大白猪3个品种的48头系谱清楚的猪为样本,使用PAGE法从55个微卫星位点中筛选出扩增效果好、多态性丰富且便于进行多重PCR扩增的位点,对试验样本逐一进行基因分型,并据此进行亲权确认,建立一种高效的亲子鉴定方法。结果显示,试验选取的14个微卫星位点在48个样本中进行排父率分析,在双亲未知、只知单亲和双亲已知的情况下计算的累积排父率分别为0.978 5,0.998 4,0.999 99;利用建立的亲子鉴定体系对样本中8个家系进行检测,结果累积排父率均大于99.99%。结果表明,试验构建的微卫星标记体系,为亲本信息不明的个体进行亲子关系的验证,纠正潜在的错误系谱,建立完整、准确的系谱体系,保证育种值估计的准确性,保障猪育种工作的正常开展具有非常重要的意义。     

基于微卫星标记鉴定湖羊家系

试验旨在基于微卫星（simple sequence repeats，SSR）多态性探索一种鉴定与划分湖羊家系的方法，通过查阅文献筛选出9个分布于多个常染色体、具有高多态性信息、高杂合度的湖羊微卫星位点BM3051、HH64、TGLA137、MAF33、FCB48、VH72、INRA023、ETH152和MCM527。采集30只湖羊种公羊血液，使用试剂盒提取血液基因组DNA，合成筛选出的9个微卫星引物并使用荧光基团标记，利用降落式PCR进行扩增，扩增产物在基因分型后使用CERVUS3.0.7进行基因型分析，使用POPGENE1.32基于Nei氏遗传距离构建树状聚类图，根据图示的亲缘关系远近划分湖羊家系。结果显示，当双亲基因型未知时，9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.2094%；当单亲基因型已知时，9个微卫星位点的累积排除概率为99.9688%；当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%，排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求。根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图，将30只种公羊划分为6个家系，为育种工作提供了一定参考。本方法能够进行湖羊家系的鉴定与划分，对湖羊育种工作具有一定的应用价值。     

单核苷酸多态性标记在牛亲子鉴定中的应用与展望

在牛的育种实践和科学研究中,正确的系谱记录是准确估计育种值、提高遗传进展的基础,是研究各性状分子机理的重要保证。而在生产实践中,由于各种原因,系谱错误在所难免,因此亲子鉴定作为纠正系谱错误的重要方法是育种实践和科研中不可或缺的研究内容。目前用于牛亲子鉴定的标记主要是微卫星标记(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)标记。作为第三代分子标记,SNP标记具有数量丰富、遗传稳定、判型错误率低、操作方便、检测自动化的优点,非常适合用于大规模群体的亲子鉴定。随着SNP检测成本的降低,在牛亲子鉴定中有取代微卫星标记之势。     

黑龙江省完达山东部林区马鹿微卫星位点的筛选

利用黑尾鹿、白尾鹿等近缘物种的18对微卫星引物,对2个东北马鹿肌肉DNA样品和176个粪便DNA样品进行扩增,通过毛细管电泳法筛选适合东北马鹿的微卫星位点。结果表明,其中3个位点为高度多态性位点（PIC〉0.5）,1个为中度多态性位点（0.5〉PIC〉0.25）。共检测到26个等位基因片段,平均每个位点6.5个等位基因。多态信息含量0.393～0.827,个体识别率0.643～0.958,累积个体识别率为0.9999,累积非父排除率为0.9976。这4个多态性微卫星位点为东北马鹿的遗传研究提供了理论依据。     

深县猪保种群遗传多样性简化监测方法研究

为建立深县猪种群多样性监测的简化指标体系,试验采集河北省深县猪4个世代179头猪样本,采用联合国粮农组织和国际动物遗传协会联合推荐的27个微卫星标记进行群体遗传多样性分析,对27个微卫星标记进行两阶段、多梯度抽样,并根据抽样群体和总群体的多态信息含量（PIC）值的变化确定适宜抽样微卫星位点数,再以4个世代样本进行验证。结果表明,选取8个微卫星位点时与全部位点的比较相对偏差可控制在5%以内,且以各分世代的验证比较相对偏差在10%左右,通过比较确定以S0155、S0228、SW632、S0090、CGA、S0101、S0227、SW122这8个微卫星位点构成的简化指标体系可较好地反映深县猪种群遗传多样性的变化。因此,深县猪的保种群群体遗传多样性监测可以简化为检测这8个微卫星位点,同时本研究采用的方法也可为其他保种群的遗传多样性监测方法的简化处理提供参考。     

新疆13个绵羊群体遗传多样性及遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析.通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体内近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)、总群体近交系数(Fit)和基因流(Nm)等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化.结果表明:13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为...